Die ''Defiant'' ist später maßgeblich an der Rückeroberung von [[Deep Space 9]] beteiligt. Zuerst eskortiert von der [[USS Sitak|USS ''Sitak'']] und der [[USS Majestic|USS ''Majestic'']] und später von mehreren [[B'rel-Klasse|Bird-of-Prey]], gelang es der Defiant durch die Front des [[Dominion]] zu brechen und nach [[Deep Space 9]] zu gelangen. Als das Minenfeld vor dem bajoranischen Wurmloch durch das Dominion abgetragen wird und detoniert, lässt Sisko das Schiff in das Wurmloch steuern, um dort mit den [[Propheten]] zu sprechen. In dem Gespräch kann er sie davon überzeugen, dass es für [[Bajor]] verheerend sei, wenn die Verstärkung des Dominion in den Alpha-Quadranten gelangen würde und dass die Propheten eingreifen müssen. ({{DS9|Sieg oder Niederlage}})

Der erste wissenschaftliche Auftrag seit langem führt die ''Defiant'' gemeinsam mit der [[USS Rubicon|''Rubicon'']] zu einer Raumanomalie, in welcher der [[Subraum]] komprimiert ist. Hintergrund dieser Mission ist es, es der Föderation zu ermöglichen, [[Transwarpkanal|Transwarpkanäle]] zu schaffen, was gegenüber dem Dominion einen taktischen Vorteil bedeuten würde. Allerdings wird die ''Defiant'' von einem Jem'Hadar-Angriffsjäger überrascht und geentert, da die Sensoren in der Nähe der Anomalie stark eingeschränkt sind. ({{DS9|Das winzige Raumschiff}})