So wird als erstes [[Sternenflotte]]nschiff die ''Voyager'' neben einem [[Ablativgenerator]] mit Transphasentorpedos ausgestattet, um den [[Borg]] entgegenzutreten, die ihr [[Transwarpzentrum]] verteidigen und . Von diesem Transwarpzentrum aus will die ''Voyager''-Crew durch einen [[Transwarpkanal]] in den [[Alpha-Quadrant|Alpha-Quadranten]] zu fliehen. Die Borg sind auf den Einsatz dieser Waffe aus der Zukunft nicht vorbereitet und erleiden starke Verluste. Der ''Voyager'' gelingt es unter anderem , die [[Interspatialer Verteiler|Verbindungsknoten]] eines Transwarpkanals zu zerstören, wodurch dieser zusammenbricht und den Weg hinter ihnen versperrt. ({{VOY|Endspiel, Teil II}})

* Die Tatsache, dass die [[Liste von Crewmitgliedern der USS Voyager|Crew der USS ''Voyager'']] mit den an Bord befindlichen Bauteilen und Werkstoffen diese Torpedos herstellen konnte, legt die Vermutung nahe, dass diese Torpedos keine wesentlich größere Sprengkraft haben, als die stärkste konventionelle Waffe des Raumschiffes.  * Zusammen mit dem im Namen befindlichen Wortteil ''Transphasen'' deutet dies darauf hin, dass diese Waffe durch eine Manipulation seines Phasenzustand [[Phase]]nzustand wirksam ist und die maximal zur Verfügung stehende Sprengkraft/Energiemenge einfach nur besser und effizienter ausnutzt, um größeren Schaden als ein gewöhnlicher Photonentorpedo anzurichten, ohne eine real größere Sprengkraft zu haben.

* Im Roman ''[[Mehr als die Summe]] '' werden diese Torpedos als letzte Alternative verwendet.