Ähnlich dem [[Quantentorpedo]], beinhaltet der Transphasentorpedo mehrere Raum-Zeit-Strings, die beim Aufprall auf das Zielobjekt in sich zusammenfallen und somit eine gewaltige Explosion hervorrufen. Der wesentliche Unterschied zum Quantentorpedo ist jedoch die Tatsache, dass bei einem Transphasentorpedo kurz nach dem Abschuss die Frequenzphasen dieser Strings überlagert werden, was zu einem "Verschwimmen" ihrer Polarität führt. Trifft der Torpedo nun auf sein Ziel, werden Zeitgleich mit der Detonation der Raum-Zeit-Strings enorme Energien frei, da die wechselnde Stringpolarität plötzlich gestoppt und der String extrem instabil wird. Der größte Teil der freiwerdenden Energie tritt bei der Detonation des Torpedos durch den [[Subraum ]] aus und erzeugt somit heftigsten Schaden am getroffenen Objekt.

Obwohl der Transphasentorpedo eindeutig seine Zerstörungskraft durch eine Verbindung mit dem Subraum erreicht, fällt er nicht unter das [[Khitomer-Abkommen]], da er weder den Subraum beschädigt, noch das getroffene Schiff in den Subraum zerrt. Auf oder an dem getroffenen Objekt werden auch nach heftigstem Transphasenbeschuss keine Subraumanomalien auftreten. Indem der Torpedo die Phase verläßt, kann er mühelos [[Schilde ]] und Panzerung [[Hüllenpanzerung|Panzerungen]] durchdringen.

Als erstes [[Sternenflotte]]nschiff wurde die [[USS Voyager]] durch Admiral Janeway neben einer [[Ablative Armierung|ablativen Armierung]] mit Transphasentorpedos ausgestattet, um den drohenden [[Borg ]] entgegentreten und durch ihre [[Transwarpkanal|Transwarpkanäle]] in den [[Alpha-Quadrant]] fliehen zu können. Die [[Borg]] waren auf den Einsatz dieser Waffe aus der Zukunft nicht vorbereitet und verloren ihren wichtigsten ihr wichtigstes [[TranswarpknotenpunktTranswarpzentrum]] im [[Delta-Quadrant]], da sie nicht im Stande waren die futuristische Technologie zu assimilieren.