Im Spiel geht es im allgemeinen darum die ISS Excelsior vor der Zerstörung zu bewahren und ihr auf ihrem Flug von Janus Vortex nach Janus Ultima zu helfen, so gut man kann. Es gibt insgesammt insgesamt 19 Missionen, die alle auf Star Trek (Raumschiff Enterprise) basieren, der Ablauf die Handlung wurde jedoch leicht verändert. Der Spieler selbst steuert nicht etwa ein grosses Raumschiff (wie die Enterprise), er steuert nur einen kleinen Jäger aus dem Hangar der Excelsior.