Bei einer Sonnenexplosion wird der Captain der ''Dauntless'' getötet und das Schiff schwer beschädigt. Der erste Offizier, der Spieler, wird zum Captain befördert und hat damit das Kommando über die ''Dauntless''. Seine Aufgabe ist es, den Vorfall in einer wenig erkundeten Umgebung des Raums zu untersuchen. Schon bald stellt sich heraus, dass eine bisher unbekannte Macht ihre Finger im Spiel hat, aber auch alte bekannte verfolgen dunkle Ziele, von denen sie sich oft nur durch Gewalt abbringen lassen. Zwischen dem Spieler und der sicheren Zukunft stehen verschiedenste Kriegsschiffe, z. B. [[Romulaner|romulanische]] [[Warbird]]s, [[Cardassianer|cardassianische]] [[Galor-Klasse|Galor]]s und sogar eine cardassianische [[Raumstation]].