An Bord der ''Voyager'' wird Jonas zum [[Crewman]] ernannt und dient unter [[B'Elanna Torres]] im [[Maschinenraum]]. Zu dieser Zeit entwickelt [[Tuvok]] ein [[Holoprogramm]] , das „[[Rebellion Alpha]]“ heißt. Tuvok hat dieses Programm als [[Übung]]sprogramm im Fall einer [[Meuterei|Maquismeuterei]] erstellt. Tuvok programmiert auch Crewman Jonas in dieses Programm ein. Aber durch die gute Zusammenarbeit zwischen Maquis und Sternenflotte gerät dieses Programm bei Tuvok in Vergessenheit. ({{VOY|Rebellion Alpha}})

[[2372]] wird durch einen Angriff der Kazon [[Kurt Bendera]], ein guter Freund von Jonas, [[Tod|getötet]]. [[Hogan]] und Jonas versuchen, [[Captain]] [[Kathryn Janeway]] davon zu überzeugen mit den Kazon zusammen zu arbeiten zusammenzuarbeiten und einen [[Technologie]]austausch vorzunehmen. Aber Janeway lehnt dies ab, da es gegen die [[Erste Direktive]] verstößt. Aber auch Chakotay und Tuvok schlagen dies dem Captain vor und schließlich willigt sie ein und nimmt Kontakt mit den [[Kazon-Nistrim]] auf. Bei den Nistrim lebt [[Seska]], ein ehemaliges Crewmitglied der ''Voyager'', welche zu den Kazon [[Überläufer|übergelaufen]] ist. Aber bei den Verhandlungen kommt es zu einen Streit zwischen Janeway und [[Culluh]], dem Anführer der Kazon-Nistrim, und Janeway lehnt darauf die [[Allianz]] mit den Kazon ab. Als Jonas dies mitbekommt , hält er Janeway für einen schlechten Captain, die nur die Vorschriften der [[Sternenflotte]] im Sinn hat, anstatt die ''Voyager'' zurück nach Hause zubringenzu bringen. Jonas glaubt, dass eher Seska und die Kazon die ''Voyager'' nach Hause bringen können als Janeway. Darauf nimmt Jonas Kontakt zu Seska und den Kazon auf und versorgt sie mit wichtigen Informationen. ({{VOY|Allianzen}})

Wenige Wochen später hilft Jonas bei der Überwachung von [[Thomas Eugene Paris|Tom Paris']] [[Shuttle]]flug, bei dem dieser den [[Warp 10|Warp-10-Sprung]] schafft. Später nimmt Jonas Kontakt mit dem Kazon [[Rettik]] auf. Jonas [[bericht]]et ihn alles über den Warp-10-Sprung, damit Rettik dies weiter an Seska berichtet. Durch den Warpsprung beginnt Paris zu [[Mutation|mutieren]] und [[der Doktor]] will mit Hilfe von [[Antiproton]]en die ursprüngliche [[DNS]] von Paris wieder herstellen. Jonas überwacht mit die Prozedur, allerdings befreit sich Paris und überwältigt die Crew im Maschinenraum und flieht. Doch wenig später gelingt es dem Doktor, Paris ' ursprüngliche DNS wieder her zu stellen. ({{VOY|Die Schwelle}})

Als die Kazon Jonas den [[Befehl]] geben, die ''Voyager'' zu [[Sabotage|sabotieren]], weigert sich Jonas, dies zu tun. Er ist zwar gern bereit, den Kazon Informationen zu liefern, aber er will dem Schiff nicht schaden. Schließlich meldet sich Seska selbst bei Jonas und erklärt, dass sie die ''Voyager'' auch ohne seine Hilfe übernehmen kann. Sie droht Jonas, wenn er nicht das Schiff sabotieren wird, erleidet erleide er dasselbe Schicksal wie Janeway und ihre Crew. Dies überzeugt Jonas und er plant, die [[Warpspule]]n zu sabotieren, damit die Kazon die ''Voyager'' bei [[Hemikek IV]] abfangen können. Zu der Zeit bemerkt Jonas auch das seltsame und aufmüpfige Verhalten von Paris und meldet dies den Kazon. ({{VOY|Lebensanzeichen}})

Kurz darauf verlässt Tom Paris die ''Voyager'' und schließt sich einem [[Talaxianer|talaxianischen]] [[Konvoi]] an. Jonas berichtet dies sofort Seska und Paris wird von den Kazon [[Gefangener|gefangen]] genommen. Jonas erfüllt seinen Auftrag und sabotiert den [[Warpkern]] der ''Voyager''. Es droht ein [[Warpkernbruch]]. Scheinbar tut Jonas alles, um den Kern zu retten, aber Torres ist gezwungen, Plasma durch die [[Warpgondel]]n abzulassen um den Warpkern zu retten. Dabei werden die Warpspulen schwer beschädigt. Es scheint so, dass Jonas alles getan hat, um den Kern zu retten, dabei wird er schwer verletzt. Auf der [[Krankenstation]] berichtet Neelix alles über den Held Jonas in seiner Sendung ''[[Briefing mit Neelix]]''. Durch den Schaden an den Warpspulen ist die ''Voyager'' gezwungen, in das [[Hemikek-System]] zu fliegen, um dort Material für die [[Reparatur]] der Spulen zu besorgen. Neelix betreibt zu der Zeit Nachforschungen für seine Sendung ''Briefing mit Neelix''. Er stellt dabei fest, dass im Aufzeichnungssystem einige Nachrichten und im Logsystem Logeinträge gelöscht worden sind. Er geht dem nach und findet heraus, dass es einen [[Spion]] an Bord der ''Voyager'' gibt. Neelix forscht weiter und stellt auch Michael Jonas unbequeme Fragen. Als die beiden allein im Maschinenraum sind , versucht Jonas Neelix zu töten. Durch eine plötzliche Nachricht von dem Doktor wird Jonas daran gehindert, seine Tat zu vollenden. Jonas bemerkt nun, dass er sich in Gefahr befindet, entdeckt zu werden. Er legt eine falsche Spur und nun scheint es, dass Tom Paris in Wirklichkeit der [[Verräter]] ist. Auf dem Kazonschiff findet Tom Paris zur selben Zeit heraus, dass Michael Jonas der Verräter ist. Paris gelingt mit einem Shuttle die [[Flucht]]. Aber er wird von den Kazon verfolgt und angegriffen. Er übermittelt der ''Voyager'' den Namen des Verräters. Jonas befindet sich zu der Zeit gerade mit Neelix im Maschinenraum. Er ist gerade dabei die [[Waffe]]n der ''Voyager'' zu sabotieren, damit die ''Voyager'' beim Kampf gegen den Kazon wehrlos ist. Die Kazon greifen die ''Voyager'' an. Neelix versucht Jonas bei seiner Sabotage aufzuhalten, und es kommt zum Kampf zwischen den beiden. Bei dem Zweikampf stürzt Jonas in ein [[Plasmafeuer]] beim Warpkern und verbrennt. Neelix gelingt es im letzten Moment, die Waffen wieder zu aktivieren und die ''Voyager'' kann die Kazon vertreiben. ({{VOY|Der Verräter}})