Im Orbit des Planeten [[Excalbia]] erscheint [[Abraham Lincoln]] und bittet Kirk, dass dieser an Bord gebeamt wird. Kirk befiehlt seinen Offizieren Lincoln in [[Galauniform]] zu empfangen. Doch McCoy versteht Kirks Verhalten nicht, da er Lincoln nicht für echt hält. Lincoln bittet Kirk und Spock ihn mit auf die Planetenoberfläche zu begleiten. McCoy ist dagegen, dass die beiden auf die Planetenoberfläche beamen, trotzdem begleiten Kirk und Spock Lincoln auf die Planetenoberfläche. Auf der Oberfläche wollen die [[Excalbianer]], dass Kirk zusammen mit Spock, Lincoln und [[Surak]] gegen [[Dschingis Khan]], [[Colonel]] [[Green (Colonel)|Green]], [[Zora]] und [[Kahless]] einen Kampf gut gegen böse führen. Von der Brücke aus muss McCoy auf den Bildschrim den Kampf mit ansehen. Doch Kirk und Spock können den Kampf gewinnen und kehren darauf auf die ''Enterprise'' zurück. ({{TOS|Seit es Menschen gibt}})

Die ''Enterprise'' besucht den Planeten [[Sarpeidon]]. Dieser Planet steht kurz vor der Vernichtung durch eine [[Supernova]] des [[Stern]]s [[Beta Niobe]]. Kirk beamt mit Spock und McCoy auf den Planeten. In einer Bibliothek treffen sie auf [[Atoz]], den letzten Bewohner des Planeten. Alle anderen sind durch das [[Atavachron]] in die Vergangenheit geflohen. Als Kirk schreie aus dem Portal hört rennt dieser hindurch. Er landet in einer Zeit welcher dem [[Mittelalter]] auf der Erde ähnelt. McCoy und Spock wollen Kirk folgen, allerdings landen diese 5000 Jahre in der Vergangenheit, in der [[Eiszeit]] des Planeten. McCoy bricht schnell in der Kälte zusammen. Die beiden werden [[Zarabeth]], einer Frau welche in diese Zeit verbannt worden ist, gerettet. Zarabeth bringt die beiden in ihre Höhle und kümmert sich dort um McCoy. McCoy bemerkt, dass sich Spock aufgrund des Zeitsprungs seltsam verhält, er isst Fleisch und zeigt sogar Emotionen. Spock beginnt sogar aggresiv gegenüber McCoy zu reagieren. McCoy will zurück in die Gegenwart, aber Spock will bei Zarabeth bleiben. Da allerdings nur beide gemeinsam durch das Atavachron zurück können, muss Spock McCoy begleiten und Zarabeth in der Vergangenheit zurück lassen. Kurz bevor der Planet vernichtet wird verlässt die ''Enterprise'' das [[Beta-Niobe-System|System]]. ({{TOS|Portal in die Vergangenheit}})

Auf dem Planet [[Camus II]] tauschen Kirk und Dr. [[Janice Lester]] ihre Körper. Die übrigen Mitglieder des Außenteams bekommen davon nichts mit. Lester/Kirk will auf diese Art Kontrolle über ''Enterprise'' erlangen. Währenddessen wird die bewusstlose Kirk/Lester auf die Krankenstation gebracht. McCoy will Kirk/Lester behandeln, aber da Lester/Kirk nicht aufliegen will, befiehlt der falsche Kirk, dass [[Arthur Coleman]], welcher in Lesters Plan eingeweiht ist, die falsche Lester behandelt. McCoy befolgt wiederwillig den Befehl des falschen Kirks. Zur selben Zeit bemerken McCoy und die anderen Crewmitglieder ein seltsames Verhalten an Kirk. McCoy will darauf Kirk vollständig untersuchen, er kann allerdings nichts an ihm vorfinden. Spock führt zur selben Zeit eine Gedankenverschmelzung mit Lester durch und erkennt, dass sich Kirk in ihrem Körper befindet. Als Spock den falschen Kirk diesen Sachverhalt vorwirft, klagt Kirk Spock wegen Meuterei an. Damit Lester/Kirk das Kommando behalten kann, verurteilt er Spock und Kirk/Lester zum Tode und will beide hinrichten lassen. Das seltsame Verhalten des Captain verunsichert allerdings auch McCoy und Scott. Die beiden stimmen gegen den Captain und der falsche Kirk verurteilt auch McCoy und Scott zum Tode. Durch das seltsame Verhalten des Captains beginnen nun auch Suslu und Chekov zu meutern. Kurz vor der Hinrichtung gelangt Kirk wieder in seinem Körper und bekommt wieder die Kontrolle über die ''Enterprise''. Lester bricht darauf hysterisch zusammen und Coleman verspricht sich um sie zu kümmern. ({{TOS|Gefährlicher Tausch}})

Kurze Zeit später wird McCoy zum Commander [[Beförderung|befördert]]. ({{TAS|Das körperlose Wesen}})

Spock erschafft bei der Untersuchung von [[Orion (Planet)|Orions]] Vergangenheit mit Hilfe des Wächters der Ewigkeit, eine [[alternative Zeitlinie]], in der Spock in jungen Jahren gestorben ist. In dieser Zeitlinie erkennt McCoy Spock nicht mehr. Spock muss die Zeitlinie korrigieren und er reist in die Vergangenheit um sein eigenes Leben zu retten. Als Spock darauf auf die ''Enterprise'' zurückkehrt, freut sich McCoy Spock wieder zusehen. ({{TAS|Das Zeitportal}})

Kurz darauf bedroht eine [[kosmische Wolke]] den bewohnten Planeten [[Mantilles]]. Die Wolke hat bereits mehrere Planeten in dem [[Pallas-XIV-System|System]] verschlungen. Die ''Enterprise'' fliegt in die Wolke, um die Wolke von Innen zu vernichten. Kirk erkundigt sich bei McCoy über den Anatomischen Aufbau dieser Wolke. Es stellt sich heraus, dass die Wolke eine [[Intelligenz]] besitzt. Spock kann mit Hilfe der Geistesverschmelzung Kontakt zu dem Wesen aufnehmen. Die Wolke ist sich nicht bewusst, dass dieser Planet bewohnt ist. Die Wolke nutzt Planeten als Nahrung, da es aber Leben auf diesen Planten gibt, sucht sich das Wesen andere Nahrungsquellen und Mantilles ist gerettet. ({{TAS|Die gefährliche Wolke}})

Die ''Enterprise'' bekommt den Auftrag einen [[Sektor|Raumsektor]] zu untersuchen, in dem alle exakt 27,346 Jahre Raumschiffe verschwinden. Als der Moment gekommen ist empfängt die ''Enterprise'' ein Signal. Plötzlich beginnen sich alle Männer an Bord seltsam zu benehmen. Sie wirken verliebt und verträumt. Kirk setzt einen Kurs auf das [[Taurean-System]], wo das Signal herkommt. Kirk beamt mit einen Außenteam, zu dem auch McCoy gehört, auf den [[Taurus II (Taurean-System)|Planet]]. Auf dem Planeten leben allerdings nur Fraue. McCoy und die anderen werden den Frauen unterwürfig. Die Frauen saugen den Männern ihre Lebensenergie ab und McCoy und die anderen beginnen rapide zu altern. Uhura kann mit einem Außenteam, welches aus Frauen besteht, McCoy und die anderen retten. Die Technik welche für das Verhalten und die Alterung der Männer verantwortlich ist, wird vernichtet und es wird ein friedlicher Kontakt aufgenommen. Der Alterungsprozess der Männer kann wieder umgekehrt werden. ({{TAS|Das Lorelei Signal}})

Wenig später wird Cyrano Jones von den Klingonen verfolgt, allerdings wird dieser von der ''Enterprise'' gerettet. Allerdings hat Jones auch einige Tribbles dabei, doch Jones versichert Kirk, dass sich diese Tribbles nicht vermehren. McCoy untersucht die gentisch veränderten Tribbles, kann allerdings vorerst nichts vorfinden. Mit der Zeit beginnen die Tribbles jedoch zu wachsen und sie werden immer größer. McCoy findet heraus, dass aufgrund dieser gentischen Veränderung die Klingonen immer größer werden. McCoy behandelt die riesigen mit [[Neoacillin]], dadurch zerfallen die riesigen Tribbles in hunderte von kleinen Tribbles. ({{TAS|Mehr Trouble mit Tribbles}})

Einige Zeit später wird der vermisste [[Carter Winston]] an Bord der ''Enterprise'' gebeamt. McCoy bedankt sich bei Winston, dafür das er seiner Tochter vor zehn Jahren mit seinen Hilfslieferung das Leben gerettet hat. Von Kirk bekommt McCoy den Auftrag Winston zu untersuchen, doch McCoy entdeckt einige Annormale Werte bei Winston. Später stellt sich jedoch heraus, dass Winston in Wirklichkeit ein [[Vendorianer]] ist, welcher im Auftrag der [[Romulaner]] die ''Enterprise'' [[Sabotage|sabotieren]] soll. Der Vendorianer setzt McCoy außer Gefecht und nimmt dessen Gestalt an. Allerdings erkennen Kirk und Spock schnell, dass es sich bei McCoy nicht um den echten handelt und sie finden den echten McCoy in einem abgesperrten Raum. Kirk und Spock suchen weiter nach dem Vendorianer, als plötzlich die Romulaner auftauchen. Als die Romulaner die ''Enterprise'' angreifen, hilft der Vendorianer der ''Enterprise'' den Romulanern zu entkommen. Der Vendorianer hat nicht nur die Gestalt von Winston angenommen, er hat auch Teile der Persönlichkeit und die auch Güte für die Winston berühmt ist übernommen. ({{TAS|Der Überlebende}})

Auf dem Planeten [[Phylos]] gehört McCoy zum Außenteam. Dort wird Sulu von einer [[Retlaw-Pflanze]] vergiftet und McCoy kann nicht viel für ihn tun. Allerdings wird Sulu von einem [[Phylosier]] behandelt und McCoy ist erstaunt wie schnell das Gegengift wirkt. Später wird Spock von den Phylosiern entführt und soll geklont werden. McCoy gehört mit zu dem Rettungsteam und er entwickelt ein Pflanzenvernichtungsmittel, um gegen die Phylosier kämpfen zu können. Schließlich gelingt es dem Außenteam Spock zu befreien und eine friedliche Einigung mit den Phylosiern zu finden. ({{TAS|Das Superhirn}})

Kurz darauf fliegt die ''Enterprise'' ins [[Galaktischer Kern|Zentrum der Galaxie]], um dort Forschungen durch zu führen. Die ''Enterprise'' wird in einem geheimnisvollen Energiewirbel gefangen und verschwindet in ein anderes [[Raum-Zeit-Kontinuum]], in dem die bekannten Naturgesetze nicht gelten. Dort erscheint der Crew ein Wesen, welches sich als [[Lucien]] vorstellt. Er sieht aus wie der [[Teufel]] und freut sich auf das Treffen mit den Menschen. Er zeigt Kirk, Spock und McCoy [[Megas-Tu]], die Heimat der [[Megasier]], eine Rasse von magischen Wesen die auch vor Jahrhunderten auf der Erde gelebt haben. Als die Megasier die ''Enterprise'' entdecken, wird die Crew der ''Enterprise'' und Lucien vor ein [[Gericht]] gebracht. Lucien wird angeklagt den Menschen verraten zu haben wo Megas-Tu liegt, während die Menschen für ihre Verbrechen in der Vergangenheit angeklagt werden. Die Menschen haben in der Vergangenheit die Megasier als [[Ketzer]] und Hexen verfolgt. Kirk verteidigt, dass die Menschen sich weiterentwickelt haben und kann dies auch Beweisen. Kirk, seine Crew und Lucien werden freigelassen und ein friedlicher Kontakt kommt mit den Megasier kommt zu Stande. ({{TAS|Das Geheimnis von Megas-Tu}})

Nach den letzten Ereignissen will die Crew der ''Enterprise'' wieder auf den Landurlaubsplaneten Urlaub machen. Als das Außenteam auf den Planeten beamt, erinnern sich Sulu und McCoy an die alten Zeiten, vor allem als sie dem Kaninchen und Alice aus dem Wunderland. Vor kurzer Zeit ist der Wächter des Planeten gestorben und der Computer des Planeten übernimmt die Steuerung über die Phantasiewesen. McCoy sieht sich gerade ein Haus aus den Südstaaten an, als dieser plötzlich von der [[Herzkönigin]] und ihren Karten angegriffen wird. Im letzten Moment kann McCoy zurück auf die ''Enterprise'' gebeamt werden. Allerdings wird Uhura von dem Computer entführt. Kirk, Spock, McCoy und Sulu begeben sich zurück auf den Planeten, um dort nach Uhura zu suchen. Bei der Suche findet das Außenteam das Grab vom Wächter des Planeten. Darauf wird das Außenteam von zwei [[Pterosaurier]] angegriffen, doch das kann sich noch rechtzeitig in einer Höhle verstecken. Mit einem Trick gelingt es Kirk und Spock zum Hauptcomputer zu gelangen. Dort erfahren sie vom Computer, dass er es Leid ist anderen Vergnügen zu bereiten. Kirk kann den Computer zu einer friedlichen Koexistenz überzeugen in der sie gegenseitig von einander lernen. Der Computer lässt Uhura wieder frei und die Crew kann ihren verdienten Urlaub auf den Planeten machen. McCoy und Sulu machen darauf ein [[Picknick]] zusammen mit Alice, dem weißen Kaninnchen und einem [[Drache]]n. ({{TAS|Phantasie oder Wirklichkeit}})

Als nächstes bekommt die ''Enterprise'' den Auftrag, den Gauner Harry Mudd auf [[Arkadia III]] zu verhaften. Kirk gelingt dies und Harry Mudd kommt in den Arrest an Bord der ''Enterprise''. Mit Hilfe von [[Liebeskristall]]en gelingt es Harry Mudd zu fliehen, währen sich die Besatzungsmitglieder der ''Enterprise'' untereinander verlieben. McCoy bemerkt, wie Spock Emotionen für Christine Chapel zeigt. Zur selben Zeit kann Harry Mudd mit einem Shuttle fliehen und nimmt Schwester Chapel als [[Geisel]].

Kirk und Spock verfolgen sie und beamen auf den Planeten, wo die beiden sich befinden. Auf den Planeten werden sie von Steinmonstern angegriffen, doch in letzter Sekunde können Kirk und die anderen mit einem [[Nottransport]] entkommen. In der Zeit steht McCoy unter dem Einfluss des Liebeskristalls und erzählt den Frauen seine Heldengeschichten. Nach wenigen lässt die Wirkung der Kristalle nach und die Crew verhält sich wieder normal. ({{TAS|Der Liebeskristall}})

=== 2270 ===

==Spätere Karriere==

Nach dem Ende der Fünf-Jahres-Mission unter [[Captain]] [[James T. Kirk|Kirk]] verlässt McCoy die [[Sternenflotte]] und macht eine Privatpraxis auf. [[2273]] wird er vom inzwischen zum [[Admiral]] [[Beförderung|beförderten]] Kirk zurück auf die ''Enterprise'' geholt, obwohl er [[Schwur|geschworen]] hat nie wieder zur Sternenflotte zurückzukehren. An Bord der ''Enterprise'' ist McCoys frühere [[Krankenschwester|Oberschwester]] [[Christine Chapel]] inzwischen Chefärztin. ({{Film|1}}) [[2293]] will McCoy eigentlich in den Ruhestand gehen, er entscheidet sich dann aber doch anders und wird später noch zum Admiral befördert.