Der Begriff '''Flotte''' bezeichnet eine militärische Organisationseinheit verschiedener Arten von Kriegschiffen. Eine Flotte besteht aus mehreren Geschwadern, die je nach Einsatzspektrum variieren und zusammengesetzt sein können. Die Geschweder bestehen dann entweder aus Angriffsschiffen, Kreuzern oder Zerstörern. Geführt wird die Flotte von einem Admiral, kann jedoch auch, in Ausnahmefällen, von untergeordneten Rängen befehligt werden, wenn es dem Einsatz entspricht. In diesem Fall spricht man dann von einer ''Sondereinsatz - Flotte'' oder auch von einem '''Sonderkampfverband'''.

Die gesamte [[Sternenflotte]] wird vom Sternenflotten-Hauptquartier in [[San Francisco]] geführt. Die einzelnen Teilflotten haben ihre einzelnen Führungszentren im gesamten Föderationsraum verteilt. Meist finden sich diese Hauptquartiere in den [[Sternenbasis|Sternenbasen]] oder in den [[Raumstation|Raumbasen]] der Sternenflotte verteilt.