Als er im Jahr [[2369]] vorrübergehend das Kommando über die Enterprise-D übernahm und Picard für kurze Zeit ablöste, führte er einige strenge Änderungen ein, wie zum Beispiel anstatt einer Drei-Schicht-Rotation, sollen die Crewmitglieder eine Vier-Schicht-Rotation führen oder das der [[Counselor]] [[Deanna Troi]], die auf freiwilliger Basis die offizielle Uniformplicht wählen kann, jetzt an die offizielle Uniform gebunden ist. [[Commander]] [[William T. Riker]] entwickelte eine Antisympathie mit Jellico. Als Picard von den Cardassianern gefangen und gefoltert wurde, verstand Riker nicht, dass Jellico so einfach das Leben von Picard riskieren kann. Das Streitverhältnis der Beiden endete damit, dass Jellico ihn suspendiert suspendierte und in seinem Quartier arrestierte und [[Data]] dessen Posten zu übertragenübertrug. Als ein wichtiger Shuttleflug bevorstand, war Jellico auf Anraten von [[La Forge]] gezwungen Riker um Hilfe zu bitten. In seinem Quartier wiederspiegelten sich die Beiden ihren gegenseitigen Streit. Riker entschließt sich schlussendlich den Auftrag anzunehmen, den er ist der beste Shuttlepilot der Enterprise-D. Nachdem Picard durch ein Abkommen wieder befreit wurde, übernahm er wieder das Kommando ''seines'' alten Schiffs. Riker schien sichtlich erleichtert zu sein. Auch der [[Erste Medizinische Offizier]] der Enterprise [[Beverly Crusher]] hatte eine schlechte Beziehung mit ihm, da sie bei Missionsbesprechungen immer über einen schlechten Ton mit ihm kommunizierte.