Auf [[Bajor]] gilt Dukat als einer der schlimmsten Kriegsverbrecher der [[Besetzung]]. Er selbst sieht sich eher als ein fürsorgender Vater, der die Bajoraner beschützt hat. Er verweist oft auf bajoraner-freundliche Maßnahmen seinerseits, dennoch bleiben Mord, Folter und Mißhandlungen auf Bajor an der Tagesordung. Er sieht diese Maßnahmen als nötig an, denn die Bajoraner würden sich sich mit ihrem [[Bajoranischer Widerstand|Widerstand]] selbst schaden. ({{DS9|Tiefes Unrecht}}).

In den ersten Jahren nach Ende der Besetzung ist er bestrebt, die Sicht Bajors und vor allem die von Kira Nerys auf ihn zu korrigieren. Möglich ist auch, dass er deswegen seine halb-bajoranische Tochter Tora Ziyal überhaupt anerkennt . ({{DS9|Indiskretion}}).

Als die Cardassianer [[Schlacht um Deep Space 9|2373 ins bajoranische System zurückkehren]], will Dukat den Planeten erneut besetzen, jedoch hindert ihn der Nichtangriffspakt zwischen Bajor und dem Dominion. In den folgenden Wochen bemüht sich Dukat um ein neues Bild in der bajoranischen Geschichte, dennoch begrüßen die Bajoraner die zurückkehrende [[Föderation]] später als Befreier . ({{DS9|Zu den Waffen!|Sieg oder Niederlage}}).

Den Wendepunkt in der Beziehung Dukats zu Bajor stellt seine Zeit mit Benjamin Sisko dar, nachdem dieser mit ihm gestrandet ist. Dukat, inzwischen von Halluzinationen geplagt, erkennt seinen unbändigen Hass auf die Bajoraner, die sich weigern, seine Größe anzuerkennen. Er beschließt Bajor und sein Volk zu vernichten. Dazu verschreibt er sich dem Kult der [[Pah-Geister]] und schafft es kurzzeitig, die Bajoranern von den [[Propheten]] zu trennen. Als er später versucht, die Pah-Geister mithilfe Winn Adamis freizulassen, wird seine Seele er in den [[Feuerhöhlen]] gefangen . ({{DS9|1 = Das Gute und das Böse|2 = Tränen der Propheten|3 = Das, was du zurückläßt, Teil II}}).