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[[Datei:Der Doktor untersucht Erster.jpg|thumb|Der Doktor untersucht die neue Drohne.]]
Der Doktor begleitet wenig später ein Außenteam [[~/Raumschiff/VOY/5x02/2|in einem Shuttle]], das die Entstehung eines [[Protostellarer Nebel|protostellaren NebelProtonebel]]s beobachten will. Er möchte unbedingt mit seiner [[Holokamera]] einige Bilder machen. Doch durch die Ausdehnung des Nebels droht das Shuttle zu explodieren und das Außenteam zu sterben. Beim Beamen gelangen einige Nanosonden in den Mobilen Emitter des Doktors und der Emitter wird beschädigt. Der Doktor ist wieder auf der Krankenstation und bittet, dass Torres seinen Emitter so schnell wie möglich repariert. Doch durch die Nanosonden und die DNS von Fähnrich [[Mulcahey]] entwickelt sich eine Borg-Drohne mit der Technologie aus dem 29. Jahrhundert. Der Borg nennt sich [[Erster (Borg)|Erster]] und Seven kümmert sich um den Borg. Bei einer Untersuchung stellt der Doktor fest, dass sein Emitter nicht mehr von dem Borg entfernt werden kann. Doch schon bald wird das [[Borg-Kollektiv]] auf den jungen Borg aufmerksam und will ihn in das Kollektiv einfügen. Doch der junge Borg opfert sich, beamt auf die [[Borg-Sphäre]] und fliegt mit ihr in den Protonebel. Dabei wird die Sphäre vernichtet und der junge Borg wird dabei schwer verletzt. Der Borg wird darauf auf die Krankenstation gebeamt, doch als der Doktor ihn behandeln will, aktiviert Erster ein Kraftfeld. Der Borg will sterben, da ansonsten die ''Voyager'' ständig von den Borg angegriffen wird. Nach dem Tod des Borgs bekommt der Doktor seinen Emitter wieder. ({{VOY|Die Drohne}})
[[Datei:Der Doktor untersucht toten 8472.jpg|thumb|left|Der Doktor untersucht ein totes Mitglied von Spezies 8472.]]
[[Datei:Der Doktor ist glücklich über seinen Fund.jpg|thumb|Der Doktor ist glücklich über seinen Fund.]]
Nachdem die ''Voyager'' eine [[Borg-Sonde]] vernichtet hat, beamt die Beatzung die [[Trümmer]] an Bord. Der Doktor ist sehr begeistert, als er in den Trümmern einige medizinische Komponenten entdeckt. Zu der Zeit beschließt Janeway von den Borg eine [[Transwarpspule]] zu stehlen, damit die ''Voyager'' mit dieser Technologie schneller zurück in den Alpha-Quadranten reisen kann. Doch bei dem Diebstahl der Transwarpspule bleibt Seven auf dem Borgschiff zurück und kehrt zum [[Borg-Kollektiv]] zurück. Janeway plant eine Rettungsmission und lässt die gestohlene Transwarpspule in den [[Delta Flyer(2375)|''Delta Flyer'']] installieren. Der Doktor soll diese Rettungsmission begleiten, da er sich um den medizinischen Zustand von Seven kümmern soll. Der ''Flyer'' fliegt durch einen [[Transwarpkanal]] zum [[Unikomplex]] der Borg. Doch das Programm des Doktors scheint den Flug durch den Transwarpkanal nicht richtig zu vertragen und er wird [[Raumkrankheit|raumkrank]]. Später gelingt es Janeway Seven aus der Gewalt der Borg zu befreien und der Doktor stellt fesst, dass Seven vollständig gesund ist. Später kehrt der ''Flyer'' zur ''Voyager'' zurück. Mit der Transwarpspule gelingt es der ''Voyager'' 20.000 Lichtjahre näher an den Alpha-Quadranten hinzu gelangen. ({{VOY|Das ungewisse Dunkel, Teil I|Das ungewisse Dunkel, Teil II}})
[[Datei:Der Doktor behandelt Harry Kim.jpg|thumb|left|Der Doktor behandelt Kims Erkrankung.]]
[[Datei:Der Doktor in Seven of Nine.jpg|thumb|left|Der Doktor im Körper von Seven.]]
Wenige Wochen später begleitet der Doktor Kim und Seven auf eine Außenmission im neuen [[Delta Flyer II(2377)|''Delta Flyer'']]. Plötzlich wird der ''Flyer'' von den [[Lokirrim]] angegriffen, die keine Hologramme in ihrem Territorium dulden und mit ihren Waffen den Doktor vernichten wollen. Doch der Doktor transferiert sein Programm in die Implantate von Seven und kann sich so vor den Lokirrim verstecken. Der Doktor hat nun die Kontrolle über den Körper von Seven und erlebt zum ersten Mal, wie es ist seine Sinne zu nutzen. Er bemerkt, dass Kim sehr nach [[Schweiß]] riecht und findet diesen Geruch ekelhaft. Kim und Seven werden von den Lokirrim verhaftet und in eine Zelle gebracht. Währenddessen genießt der Doktor das erste Mal, wie es ist etwas zu essen, doch Kim denkt nur an die Flucht. Kurz darauf wird Seven zum Kommandanten [[Ranek]], der sich über die genaue Mission des ''Flyers'' erkundet. Doch Seven zeigt Ranek die Funktionen des ''Flyers'' und repliziert einen [[New Yorker Käsekuchen]]. Als Seven den Kuchen probiert, bemerkt der Doktor in ihr, wie köstlich so ein Kuchen schmeckt. Deshalb gönnt sich der Doktor im Körper von Seven einige Portionen von dem Kuchen und probiert auch weitere Gerichte aus. Seven und Ranek trinken auch zusammen Wein und Seven ist leicht angetrunken. Dadurch bekommt Seven den mobilen Emitter und der Doktor verlässt wieder ihren Körper. Doch Seven ist sehr verärgert, was der Doktor mit ihrem Körper getan hat. Als die Lokirrim zu Seven zurückkommen, transferiert sich der Doktor wieder in ihren Körper. Als Ranek zu Seven kommt, will er sie küssen, doch der Doktor in ihrem Körper stößt Ranek entsetzt fort. Doch später nutzt Seven die Flirtversuche, um Ranek außer Gefecht zu setzen. Der Doktor schickt heimlich eine Nachricht an die ''Voyager''. Seven wird darauf von Ranek gefangen genommen, als die ''Voyager'' auftaucht. Janeway fordert die Freilassung der Gefangenen und bei dem Kampf wird Ranek verletzt. Inzwischen hat der Doktor den Körper von Seven verlassen und beginnt Ranek zu behandeln. Nachdem der Doktor das Leben von Ranek gerettet hat, dürfen er, Kim und Seven zurück auf die ''Voyager''. An Bord der ''Voyager'' lädt Seven dem Doktor zum Essen ein. Da der Doktor nicht essen kann, beschreibt Seven ihm die Sinne und dem Genuss. ({{VOY|Körper und Seele}})
[[Datei:Der Doktor bei den Hologrammen.jpg|thumb|Der Doktor bei Idens Hologrammen.]]