Kurz darauf begeben sich der Doktor, Kim und Fähnrich [[Ahni Jetal]] auf eine Außenmission. Der Doktor macht von dieser Mission viele [[Holofotografie|Holofotos]], als plötzlich [[~/Raumschiff/VOY/5x11/2|das Shuttle ]] von [[~/Spezies/VOY/5x11/1|einer fremden Spezies ]] angegriffen wird. [[~/Person/VOY/5x11/3|Ein Fremder ]] beamt sich an Bord des Shuttles und schießt auf die dreiDrei, doch der Doktor ist gegen diese Waffe immun. Darauf beamt der Doktor den Fremden von Bord, doch Kim und Jetal sind schwer verletzt. Der Doktor fliegt mit dem Shuttle zur ''Voyager'' zurück, um die beiden dort zu behandeln. Beide liegen jedoch im Sterben und der Doktor kann die beiden nur mit einem komplizierten Verfahren retten. Der Doktor kann sich nicht entscheiden, wen er zuerst retten soll und entscheidet sich schließlich zuerst für Kim und rettet ihm mit der Operation sein Leben. Doch während er Kims Leben rettet, stirbt Jetal. Doch nach dem Tod von Jetal macht sich der Doktor Vorwürfe wegen seiner Entscheidung, da beide die gleiche Überlebenschance gehabt haben und er Jetal sterben ließ. Sein Programm gerät in eine [[Feedback|Feedback-Schleife]] und der Doktor fängt langsam an durchzudrehen. Um den Doktor zu retten, werden seine Erinnerungen an diese Ereignisse gelöscht. ({{VOY|Verborgene Bilder}})

Die ''Voyager'' und die Borg können dem Angriff von Spezies 8472 entkommen und Janeway entwickelt zusammen mit den Borg eine Waffe gegen Spezies 8472. Um mit den Borg besser zusammenarbeiten zu können, wählen die Borg einen Repräsentanten [[Seven of Nine]]. Inzwischen gelingt es dem Doktor mit Hilfe von modifizierten Nanosonden Kim von der fremden DNS zu heilen. Mit diesen modifizierten Nanosonden ist auch Spezies 8472 verwundbar. Als ein weiteres [[Bioschiff]] von Spezies 8472 angreift, opfern sich die Borg, um die ''Voyager'' und die Waffe gegen Spezies 8472 zu schützen. Dabei beamen sich einige Borg darunter auch Seven of Nine an Bord der ''Voyager''. Der Doktor beginnt darauf mit der Behandlung der schwer verletzten Janeway, die durch den Angriff von Spezies 8472 verletzt worden ist. Als die Borg die Kontrolle über die ''Voyager'' übernehmen wollen, lässt Chakotay sie durch Öffnung einer Luke in den Weltraum blasen, nur Seven of Nine gelingt es an Bord zu bleiben. Später gelingt es der ''Voyager'' mit Hilfe der mit Nanosonden modifizierten Torpedos Spezies 8472 zu besiegen und die 8472 ziehen sich zurück. Seven wird vom [[Borg-Kollektiv]] getrennt und ihre menschliche Anatomie beginnt sich langsam zu regenerieren. ({{VOY|Skorpion, Teil II}})

Da Seven ihre Borgimplantate langsam abstößt, beginnt der Doktor sie zu entfernen. Tuvok überwacht in dieser Zeit diesen Vorgang, da er in Seven noch immer eine Bedrohung sieht. Der Doktor erschafft bei der Behandlung von Seven auch ein neues künstliches Auge für Seven. Währenddessen bemerkt auch Kes weitere Veränderungen an sich. Aufgrund ihres telepathischen Kontakts mit Spezies 8472 scheinen sich diese Kräfte weiter zu entwickeln. Die hilft mit ihren neuen Kräften den Doktor dabei eins der Implantate von Seven zu entfernen. Da Kes’ Kräfte immer stärker werden und sie , versucht der Doktor sie zu behandeln, doch er kann den Prozess nicht aufhalten. Da Kes ihre Kräfte nicht mehr kontrollieren kann, verlässt Kes die ''Voyager''. Kes beginnt sich zu einem höheren Wesen weiter zu entwickeln. Mit ihren Kräften schleudert sie die ''Voyager'' fast 109.000 500 Lichtjahre näher an den Alpha-Quadranten heran. Inzwischen gelingt es dem Doktor die meisten Implantate von Seven zu entfernen und sie sieht wieder fast wie ein Mensch aus. ({{VOY|Die Gabe}})

[[Datei:Der_Doktor_und_der_Isomorph_verstehen_sich_gut.JPG|thumb|left|Der Doktor und der Isomorph.]] Da nun Kes dem Doktor nicht mehr bei seiner Arbeit unterstützen kann, ernennt der Doktor motgedrungen wieder Paris zu seinem medizinischen Assistenten, der ihn auf der Krankenstation unterstützt. Kurz darauf erhält die ''Voyager'' einen Notruf von einer [[Isomorphe Projektion|Isomorphen Projektion]], die ähnlich wie ein Hologramm funktioniert. Der Doktor will diesem Isomorph sofort helfen. Janeway stimmt der Bitte des Doktors zu und Torres begibt sich mit dem Doktor in [[~/Raumschiff/VOY/3x04/1|einem Shuttle ]] zum Schiff des Isomorphen. Der Isomorph berichtet, dass seine Crew durch einen Virus getötet wurden ist und er nun Hilfe bei der Reparatur des Schiffes benötigt. Torres kann das Programm des Isomorphen stabilisieren und er beginnt sich mit dem Doktor anzufreunden. Doch Torres bemerkt ein seltsames, ihr gegenüber feindseliges Verhalten des Isomorphen. Torres berichtet dies dem Doktor, doch der Doktor versteht das Verhalten seines Kollegen, da es ihm ähnlich ergangen ist. Doch inzwischen findet Torres heraus, dass der Isomorph die gesamte Crew an Bord des Schiffes ermordet hat. Doch plötzlich taucht der Isomorph auf und versucht Torres zu töten, Torres gelingt es aber den Isomorph zu deaktivieren. Als der Doktor und Torres von dem Schiff fliehen wollen, taucht plötzlich der Isomorph wieder auf, verletzt Torres und deaktiviert den Doktor. Mit letzter Kraft gelingt es Torres den Isomorph zu vernichten und den Doktor wieder zu aktivieren. Beiden gelingt es auf die ''Voyager'' zurück zu kehren und dort behandelt der Doktor die verletzte Torres. ({{VOY|Der Isomorph}})

Einige Zeit später empfiehlt der Doktor, dass Seven ihre erste richtige Nahrung zu sich nehmen darf. Doch bei ihrer ersten Nahrungsaufnahme hat sie seltsame Erinnerungen an die Borg und plötzlich aktivieren sich einige Borg-Implantate in ihr und Seven verliert die Kontrolle über sich. Seven flieht mit [[~/Raumschiff/VOY/4x06/1|einem Shuttle ]] von der ''Voyager''. Der Doktor entwickelt ein Mittel, die die Produktion ihrer Nanosonden stoppt, um sie so aufhalten zu können. Es stellt sich heraus, dass ein Borgsignal, das von Seven of Nines ehemaligen Schiff, der [[USS Raven|USS ''Raven'']], stammt. Nachdem es gelungen ist dieses Signal zu deaktivieren, kehrt Seven auf die ''Voyager'' zurück. Der Doktor deaktiviert darauf ein Implantat in Seven of Nines Sevens Körper, damit sie nicht mehr solche Signale empfangen kann. ({{VOY|Der schwarze Vogel}})

Mit Hilfe eines [[Hirogen-Kommunikationsnetzwerk|Kommunikationsnetzwerkes]] einer unbekannten Spezies entdeckt Seven ein Föderationsraumschiff. Mit dem Netzwerk versucht die ''Voyager'' Kontakt zum dem Schiff, das sich an der Grenze zum Alpha-Quadranten befindet, aufzunehmen. Aber das Signal ist zu schwach und kommt zum Schiff nicht durch. Captain Janeway beschließt ein stärkeres Signal durch das Netzwerk zu transferieren. Janeway schickt darauf den Doktor durch das Netzwerk in den Alpha-Quadranten. Der Doktor transferiert sich auf die [[USS Prometheus (Prometheus-Klasse)|USS ''Prometheus'']] und aktiviert sich dort auf der Krankenstation. Doch der Doktor findet nur tote Crewmitglieder vor. Er erfährt schließlich, dass die Romulaner das Schiff übernommen haben. Der Doktor aktiviert darauf das [[Medizinisch-Holographisches Notfallprogramm der USS Prometheus|MHN der ''Prometheus'']]. Dieses MHN gehört zum MHN-Modell II und der Doktor versucht mit dem MHN II die ''Prometheus'' zurückzuerobern. Doch die beiden geraten häufig in Streitereien, da das MHN II den Doktor für ein primitives Programm hält. Doch der Doktor berichtet von seinen Erfahrungen und Erlebnissen und dass er sogar schon [[Sex]] gehabt hat. Das MHN II hält das jedoch nicht für möglich, doch der Doktor erklärt, dass er seinem Programm eine Kleinigkeit hinzugefügt hat, um Sex haben zu können. Beide versuchen mit [[NeurozinNeurazine-Gas]] die Romulaner zu betäuben, doch dabei wird der Doktor gefangen genommen. Doch dem MHN II gelingt es das Gas zu verteilen und damit die Romulaner zu betäuben. Beide begeben sich danach auf die Brücke und versuchen die Kontrolle über die Steuerung zu übernehmen. Plötzlich melden die Sensoren, dass sich drei [[Warbird]]s der [[D'deridex-Klasse]] der ''Prometheus'' nähert. Den beiden gelingt es nicht den Warbirds zu entkommen, als sich plötzlich auch weitere Schiffe der Sternenflotte nähern. Bei dem Kampf gelingt es den beiden Hologrammen schließlich [[~/Raumschiff/VOY/4x14/2|einen der Warbirds ]] zu vernichten und die anderen Warbirds ziehen sich zurück. Darauf beamt ein Trupp der Sternenflotte auf die ''Prometheus''. Der Doktor berichtet der Sternenflotte, dass die ''Voyager'' im Delta-Quadranten verschollen ist, und über die Erlebnisse der Crew. Die Sternenflotte tut nun alles, um die verschollene ''Voyager'' nach Hause zu holen. Danach wird der Doktor durch das Netzwerk zurück auf die ''Voyager'' transferiertund berichtet Janeway von seiner erfolgreichen Mission. ({{VOY|Flaschenpost}})

Als ein verletzter [[~/Person/VOY/4x16/2|Hirogen]] auf seinem Schiff von einem Außenteam der ''Voyager'' geborgen wird, wird er sofort auf die Krankenstation der ''Voyager'' gebracht. Der Doktor behandelt den Verletzten, warnt ihn aber, dass er ein Hologramm ist und nicht von den Hirogen angegriffen werden kann. Der Hiroge hat zu der Zeit ein Mitglied von Spezies 8472 gejagt, das sich nun ebenfalls an Bord der ''Voyager'' befindet. Der Doktor untersucht später [[~/Person/VOY/4x16/8|das verletzte Mitglied von Spezies 8472]], kann allerdings nicht viel für es tun. Als weitere Hirogen auftauchen, beamt Seven den Hirogen und das Mitglied von Spezies 8472 zu den anderen Hirogen. Zu der Zeit beginnt der Doktor mit Seven ein soziales Training, damit sie sich besser in die Crew integrieren kann. Seven gefallen die Übungen zu Beginn überhaupt nicht, aber sie übt weiterhin mit dem Doktor. ({{VOY|Die Beute}})

Nachdem Seven den Händler [[Kovin]] verletzt hat, behandelt der Doktor ihn. Später unterhält sich der Doktor mit Seve Seven über ihr Verhalten, als sie beginnt sich seltsam und ängstlich zu verhalten. Der Doktor versucht mit einer Therapie die Erinnerungen von Seven zu erforschen, um herauszufinden warum sie sich so ängstlich verhält. Bei diesen Erinnerungen erfährt der Doktor, dass Seven von Kovin entführt worden ist und ihr von ihm Borg-Technologie entwendet wurde. Der Doktor berichtet Janeway von Sevens Erinnerungen im Bezug auf Kovin. Janeway beginnt basierend auf Sevens Erinnerungen gegen Kovin zu ermitteln. Doch Kovin beteuert seine Unschuld. Als jedoch die Indizien gegen ihn sprechen, flieht Kovin. Bei späteren Ermittlungen stellt sich dann aber heraus, dass Kovin die Wahrheit gesagt hat und dass die Erinnerungen von Seven fehlerhaft sind. Als man dies Kovin mitteilen will, glaubt er der ''Voyager''-Crew nicht. Mit seinem Schiff greift Kovin die ''Voyager'' an, doch dabei überladen sich die Waffen seines Schiffs und es explodiert. Der Doktor macht sich darauf schwere Vorwürfe, da er mit für den Tod von Kovin verantwortlich ist. Er bittet sogar Captain Janeway ihn auf seine ursprüngliche Programmierung zurückzusetzen, damit so etwas niemals wieder geschieht, doch Janeway verweigert dem Doktor seine Bitte, da er nur aus seinen Fehlern lernen kann. ({{VOY|Im Rückblick}})

Kurze Zeit später wird die ''Voyager'' von den Hirogen angegriffen und auch von ihnen erobert. Die Hirogen führen darauf Simulationen mit der Crew auf dem Holodeck durch. Die Crew glaubt Teil der Simulation zu sein, während die Hirogen ihre Opfer auf dem Holodeck jagen. In den nächsten drei Wochen muss der Doktor die verletzte Crew behandeln, damit sie wieder aufs Holodeck gebracht werden können. Als Seven verletzt wird, behandelt der Doktor sie und es gelingt ihm sie so zu programmieren, dass sie sich wieder an alles erinnern kann. Währenddessen versucht Kim, der für die Hirogen auf der Brücke arbeitet, die [[Neurales Interface|neuralen Interphasen Interphaces]] zu deaktivieren, damit sich die Crew wieder an alles erinnert. Seven kehrt mit ihren Erinnerungen aufs Holodeck zurück und dem Doktor und Kim gelingt es auch Janeways Interphase Interface zu deaktivieren, damit sie sich an alles erinnern kann. Auf dem Holodeck, in der eine Simulation des [[Zweiter Weltkrieg|zweiten Weltkrieges]] läuft bricht währenddessen ein Kampf aus, in dem die Crew gegen die [[Nazi]]s kämpft. ({{VOY|Das Tötungsspiel, Teil I}})

Da die Hirogen überall an Bord Holoemitter installiert haben, weiten sich die Kämpfe vom Holodeck über das gesamte Schiff aus. Der Doktor bekommt es mit immer mehr Verletzten zu tun. Doch die Hirogen schalten den Doktor ab, da sie nun wollen, dass ihre Beute verletzt zurück bleibt. Doch Janeway transferiert den Doktor auf das Holodeck und aktiviert ihn wieder. Der Doktor ist nun in einer Klingonensimulation zusammen mit Neelix, der glaubt ein klingonischer Krieger zu sein. Zur selben Zeit gelingt es Janeway vollständig die Interphasen Interfaces zu deaktivieren und nun erinnert sich jedes Crewmitglied wieder an alles. Janeway versucht mit ihrer Crew und einigen Hologrammen die ''Voyager'' von den Hirogen zurückzuerobern. Der Doktor und Neelix müssen sich währenddessen mit den Klingonen beschäftigen, die wieder in den Kampf ziehen wollen. Janeway gelingt es zur selben Zeit einen Waffenstillstand mit dem Kommandanten der Hirogen auszuhandeln und die Kämpfe werden vorerst abgebrochen. Doch einige Hirogen wollen weiter kämpfen und sie töten sogar ihren Kommandanten. Danach brechen die Kämpfe wieder aus. Es kommt aus dem ganzen Schiff zu Kämpfen mit der Crew, die gegen Hirogen und holografische Nazis kämpfen. Doch Neelix und der Doktor greifen mit den holografischen Klingonen die Nazis und die Hirogen an und die Hirogen werden von den Klingonen besiegt. Kim gelingt es inzwischen das Hologitter an Bord des Schiffes zu überladen und die Hologramme werden deaktiviert. Nach den Kämpfen gelingt es Janeway wieder einen Waffenstillstand auszuhandeln und sie übergibt den Hirogen die Holotechnologie. Danach verlassen die Hirogen die ''Voyager''. ({{VOY|Das Tötungsspiel, Teil II}})

Als die [[Deuterium]]vorräte der ''Voyager'' aufgebraucht sind und die Energie knapp wird, werden Notmaßnahmen getroffen, um Energie zu sparen. Die Crew muss ihre Quartier verlassen und ins Kasino umsiedeln. Doch Neelix will sich nicht dorthin umsiedeln lassen und macht es sich stattdessen mit einigen Crewmitgliedern auf der Krankenstation gemütlich. Der Doktor protestiert dagegen, da er sich in seiner Privatsphäre verletzt fühlt, doch Chakotay stellt ihn vor die Wahl, entweder er lässt Neelix und die anderen auf der Krankenstation bleiben oder er wird einfach deaktiviert. Zur selben Zeit befindet sich die ''Voyager'' im Orbit eines [[Y-Klasse]]-Planeten[[Planetoid]]en. Auf der Oberfläche versuchen Paris und Kim Deuterium zu finden. Als aber der Kontakt zu den beiden abbricht, ist Janeway gezwungen die ''Voyager'' auf der Oberfläche zu landen. Zur gleichen Zeit hat Neelix Schwierigkeiten auf der Krankenstation zu leben, da der Doktor nachts laut singt. Als Neelix droht mitzusingen, gibt der Doktor nach und lässt die anderen in Ruhe schlafen. Währenddessen findet ein Außenteam [[Thomas Eugene Paris (Silberblut)|Paris]] und [[Harry Kim (Silberblut)|Kim ]] und bringt die beiden auf die Krankenstation. Der Doktor ist froh, da er nun Patienten hat, endlich Neelix und die anderen von seiner Krankenstation zu vertreiben. Als der Doktor Paris und Kim untersucht, stellt er fest, dass die beiden vom Planeten Planetoiden umgewandelt worden sind und nur die Atmosphäre des Planeten Planetoiden atmen können. Doch später stellt sich heraus, dass es sich um [[Silberblut]]-Duplikate von Kim und Paris handelt. Die echten Paris und Kim werden gefunden und werden auf die Krankenstation gebracht. Die ''Voyager'' bekommt das Deuterium im Austausch dafür, dass das Silberblut die Crew duplizieren darf. ({{VOY|Dämon}})