Einige Zeit später befinden sich Kirk, Spock McCoy und die [[Diplomat]]in [[Nancy Hedford]] im Shuttle [[Galileo (NCC-1701/7) (2267-2268)|''Galileo'' (NCC-1701/7)]] auf dem Rückflug zur ''Enterprise''. McCoy will sie an Bord der ''Enterprise'' auf die [[Sakuro-Krankheit]] behandeln. Plötzlich erscheint eine Energiewolke und bringt das Shuttle zum [[Planetoid]]en [[Epsilon Gamma Canaris IIIN]]. Auf der Oberfläche treffen Kirk, Spock und McCoy auf [[Zefram Cochrane]]. Cochrane ist begeistert nach so vielen Jahren wieder auf Menschen zu treffen und erklärt, dass aufgrund eines Dämpfungfeldes das Shuttle die Oberfläche nicht verlassen kann. Bei Hedford verstärken sich langsam die Symptome ihrer Krankheit und McCoy kümmert sich um diese. Cochrane berichtet Kirk, dass das Energiewesen, welches er [[Companion]] nennt, ihn hier auf den Planetoiden geholt hat. Der Companion hat auch dafür gesorgt, dass das Shuttle auf dem Planetoiden landet, damit Kirk und seine Leute Cochrane Gesellschaft leisten können. Da Hedford im Sterben liegt, versuchen Kirk, Spock und McCoy alles um den Planetoiden wieder verlassen zu können. Als Kirk und Spock versuchen den Companion außer Gefecht zu setzen, muss McCoy hilflos mit ansehen, wie der Companion die beiden angreift. Erst als Cochrane eingreift, bricht der Companion den Angriff auf Kirk und Spock ab. Darauf versuchen Kirk und Spock mit Hilfe des [[Universalübersetzer]]s Kontakt aufzunehmen und diese erkennen dabei, dass der Companion ein weibliches Wesen und in Cochrane verliebt ist. Als Hedford im Sterben liegt, verbindet sich der Companion mit dem Körper von Hedford und die beiden beginnen eine Symbiose. Hedford und Cochrane bleiben auf dem Planetoiden zurück, während Kirk, Spock und McCoy mit dem Shuttle zur ''Enterprise'' zurück fliegen. ({{TOS|Metamorphose}})

Um Kontakt mit den [[Melkotianer]]n aufzunehmen, beamt Kirk mit einem Außenteam, darunter auch McCoy auf [[Melkotischer Planet|ihren Planeten]]. Die Melkoten warnen sie davor auf den Planeten zu beamen, aber Kirk ignoriert die Warnung. Zur Strafe muss das Außenteam sterben. Das Außenteam findet sich darauf in einer Simulation von [[Tombstone]] des Jahres [[19. Jahrhundert|1881]] wieder und soll bei der Schießerei am OK-Corral sterben. Das Außenteam übernimmt die Rolle der [[Clanton-Bande]], welche dann von [[Wyatt Earp]], [[Morgan Earp]], [[Virgil Earp]] und [[Doc Holiday]] getötet wird. Da die Earps mit ihren Waffen dem Außenteam überlegen sind, versucht McCoy ein Betäubungsmittel herzustellen, um die Earps zu betäuben. Er trifft dabei auf Doc Holiday, welcher ihm die Zutaten für das Mittel gibt und McCoy stellt das Betäubungsmittel her. Um zu testen, ob das Mittel wirkt, testet McCoy an Scott das Betäubungsmittel. Aber aufgrund des Einflusses der Melkotianer ist dieses Mittel wirkungslos. Es kommt wenig später zu dem Duell, bei dem das Außenteam den Earps unterlegen ist. Um sich vor den Waffen der Earps zu schützen, versetzt Spock dort das Außenteam in einen tranceähnlichen Zustand, damit sie an die Illusionen glauben und die Waffen ihnen dort nichts anhaben können. Bei der darauf folgenden Schießerei können die Geschosse dem Außenteam nichts anhaben. Danach kommt es zu einem Faustkampf zwischen den Earps und dem Außenteam. Als Kirk seinen Gegner verschont, statt ihn zu töten, bemerken die Melkotianer, dass Kirk wirklich friedliche Absichten hat und sie stellen einen erfolgreichen Erstkontakt her. ({{TOS|Wild West im Weltraum}})

Kurz darauf erhält die ''Enterprise'' den Auftrag, nach der vermissten [[USS Defiant (NCC-1764)|USS ''Defiant'' (NCC-1764)]] zu suchen. Als die ''Defiant'' entdeckt wird, beamt ein Außenteam, zu dem auch McCoy gehört, an Bord des Schiffes. Dort angekommen, finden sie die gesamte Besatzung tot auf. Aufgrund einer [[Interphasische Spalte]], die die [[Völker des Spiegeluniversums|Tholianer]] im Spiegeluniversum des [[22. Jahrhundert]]s erzeugt haben, befindet sich das Schiff in [[Interphase]]. Durch die Auswirkung der Interphase hat sich die gesamte Crew getötet. McCoy bemerkt als erstes, dass das Schiff mitsamt der Crew sich aufzulösen beginnt. Kirk befiehlt sofort auf die ''Enterprise'' zurück zu beamen, doch da die Energie für den Transport nicht ausreicht, bleibt Kirk an Bord der ''Defiant'' zurück. Doch aufgrund der Interphase verschwindet die ''Defiant'', mitsamt Kirk. Die Besatzung beginnt nach ihrem vermissten Captain zu suchen, als plötzlich Chekov beginnt wahnsinnig zu werden und die Crew anzugreifen. Auch weitere Crewmitglieder beginnen aufgrund der Interphase wahnsinnig zu werden und McCoy beginnt verzweifelt nach einem Heilmittel zu suchen. Während seiner Forschung wird McCoy von einem seiner eigenen Pfleger angegriffen, doch McCoy gelingt es diesen zu überwältigen. Spock sucht noch immer nach der vermissten ''Defiant'', als plötzlich die [[Tholianer]] auftauchen und die ''Enterprise'' angreifen. Mit ihren [[Tholianischer Netzspinner|Netzspinnern]] spinnen die Tholianer ein Netz um die ''Enterprise'' und diese ist gefangen. Da Kirk nun scheinbar auch nicht mehr gerettet werden kann, hält Spock eine Gedenkfeier für den Captain, an der auch McCoy teilnimmt. Nach der Gedenkfeier will McCoy die Nachricht hören, welche Kirk im Falle seines Todes für Spock und McCoy hinterlassen hat. In dieser Botschaft erklärt Kirk, dass McCoy auf Spock hören soll. allerdings soll sich Spock bei McCoy Rat holen, wenn er diesen benötigt. Darauf entschuldigt sich McCoy für sein Verhalten gegenüber Spock, da er ihm die ganze Zeit die Schuld für den Angriff der Tholianer gegeben hat. Wenig später sieht [[Nyota Uhura]] eine Erscheinung von Kirk und sie berichtet dies sofort McCoy, doch dieser glaubt ihr nicht. McCoy vermutet, dass nun auch Uhura unter den Wahnvorstellungen leidet. Wenig später sehen auch weitere Crewmitglieder, darunter auch McCoy, die Erscheinung des Captains. Durch die Erscheinung findet Spock einen Weg Kirk zurück zu beamen. Zur selben Zeit findet McCoy ein Heilmittel gegen die Wahnsymptome. Spock gelingt es durch eine Interphasenspalte aus dem Netz der Tholianer zu entkommen und darauf kann Kirk wieder aus der Interphase befreit an Bord gebeamt werden. ({{TOS|Das Spinnennetz}})

Ende des Jahres [[Datei:McCoy auf Elba II.jpg|thumb|left|McCoy hilft auf Elba II.]] Wenig später taucht ein Fremder namens [[Lokai]] an Bord der ''Enterprise'' auf. Lokai ist auf der einen [[Gesicht]]shälfte schwarz auf der anderen weiß. McCoy kann sich das seltsame Äußere nicht erklären und hält Lokai für einen Mutanten. Diese Theorie wird jedoch widerlegt, als ein zweiter dieser Spezies namens [[Bele]] an Bord der ''Enterprise'' auftaucht. ({{TOS|Bele jagt Lokai}})

=== 2269 ===[[Datei:McCoy auf Elba II.jpg|thumb|left|McCoy hilft auf Elba II.]]Anfang [[2269]] Einige Zeit darauf überwachen Scott und McCoy die Aktivitäten auf [[Elba II]], als sich Kirk und Spock auf der Oberfläche des Planeten befinden. Später hilft McCoy bei der Behandlung der geistig kranken Patienten auf der Planetenoberfläche. ({{TOS|Wen die Götter zerstören}})

Als Kirk kurz darauf Ende des Jahres bei einem Transport auf den Planeten [[Gideon]] verschwindet, will McCoy alles daransetzen, um Kirk wieder zu finden. Aber die Regierung verbietet der Crew ihren Planeten zu betreten. Darauf beamt Spock heimlich zu den Koordinaten, welche die Regierung von Gideon dem Captain gegeben haben. McCoy will Spock begleiten, doch Spock verweigert sich. Spock beamt zu den Koordinaten und findet dort eine Nachbildung der ''Enterprise'', welche die Bewohner von Gideon für Kirk gebaut haben. Die Bevölkerung will damit über Kirk an den Erreger der [[Veganische Choriomeningitis]] gelangen. Mit Spock kehrt Kirk auf die ''Enterprise'' zurück. ({{TOS|Fast unsterblich}})

 Kurz darauf Anfang [[2269]] fliegt die ''Enterprise'' nach [[Memory Alpha]], der großen [[Bibliothek|Zentralbibliothek]] der Föderation. Auf dem Weg dorthin trifft das Schiff auf ein Energiefeld, wobei es sich jedoch, wie sich später herausstellt, um die [[Zetarianer]] handelt. Die Zetarianer nehmen Lieutenant [[Mira Romaine]] in Besitz und diese bricht dabei zusammen. McCoy behandelt diese und vermutet zu beginn sie leide unter der [[Raumkrankheit]]. Zur selben Zeit setzt die ''Enterprise'' den Kurs nach Memory Alpha fort, aber auch der Planetoid wird von diesem Energiefeld angegriffen. McCoy gehört mit zu dem Außenteam, welches nach Memory Alpha beamt, aber er kann dort nichts mehr tun, da es nach dem Angriff keine Überlebenden gibt. Als das Energiefeld die ''Enterprise'' angreifen, stellt sich heraus, dass Romaine von den Fremden besessen ist. Um Romaine von den Zetarianern zu befreien, wird diese in die [[Unterdruckkammer]] gebracht. Dort wird der [[Druck]] erhöht und McCoy überwacht die Lebensanzeichen von Romaine. Durch den hohen Druck werden die Zetarianer vernichtet. ({{TOS|Strahlen greifen an}})

Bei einem [[Questar M-17~/Stern/TAS/1x01/1|toten Stern]] entdeckt die ''Enterprise'' ein [[Questar-M-17-Pod-Schiff~/Raumschiff/TAS/1x01/1|unbekanntes Schiff]]. Kirk beamt mit einem Außenteam, darunter auch McCoy an Bord. Dort angekommen stellt man fest, dass die Besatzung, das Schiff anscheinend selbst zerstört hat. Das Außenteam entdeckt, dass das Schiff von einem [[Körperloses Wesen|fremden Wesen]] übernommen worden ist. Das Wesen vernichtet das Schiff und im letzten Moment kann das Außenteam wieder an Bord der ''Enterprise'' gebeamt werden. Leider kommt auch das Wesen mit an Bord und übernimmt die Kontrollen über die ''Enterprise''. Kirk gelingt es darauf das Wesen zu überlisten und kann so die ''Enterprise'' retten. ({{TAS|Das körperlose Wesen}})

Kurz darauf bedroht eine [[kosmische Wolke]] den bewohnten Planeten [[Mantilles]]. Die Wolke hat bereits mehrere den Planeten in dem [[Alondra]] im [[Pallas-XIV-System|System]] verschlungen. Die ''Enterprise'' fliegt in die Wolke, um die Wolke von Innen zu vernichten. Kirk erkundigt sich bei McCoy über den Anatomischen Aufbau dieser Wolke. Es stellt sich heraus, dass die Wolke eine [[Intelligenz]] besitzt. Spock kann mit Hilfe der Geistesverschmelzung Kontakt zu dem Wesen aufnehmen. Die Wolke ist sich nicht bewusst, dass dieser Planet bewohnt ist. Die Wolke nutzt Planeten als Nahrung, da es aber Leben auf diesen Planten gibt, sucht sich das Wesen andere Nahrungsquellen und Mantilles ist gerettet. ({{TAS|Die gefährliche Wolke}})

Die Einige Zeit später wird die ''Enterprise'' durchfliegt wenig später von drei romulanischen Schiffen angegriffen. Da die ''Enterprise'' den Romulanern unterlegen ist, versucht Kirk mit der ''Enterprise'' durch ein geheimnisvolles [[Energie]]feld Energiefeld zu fliegen, um so den Romulanern zu entkommen. Kirks Plan funktioniert und kurz darauf finden merkwürdige Ereignisse an Bord stattdie ''Enterprise'' kann den Romulanern entkommen. Der Doch plötzlich treibt der Computer treibt seine Scherze mit der Crew und die Besatzung findet heraus, dass das geheimnisvolle Energiefeld den Computer der ''Enterprise'' übernommen hat. Zu der Zeit befinden sich McCoy, Sulu und Uhura im [[Erholungsraum]] um sich zu entspannen. Der Computer baut dort mehre Fallen in das Programm ein und verwandelt die Landschaft in eine Eiswüste, woraufhin die drei zu erfrieren drohen. Später verwandelt sich der Erholungsraum auch noch in ein [[Irrgarten]]. Schließlich können die drei aber wieder befreit werden und Kirk überlistet des Computer. Die ''Enterprise'' wird daraufhin wieder freigegeben. ({{TAS|Wüste Scherze}})

Während die ''Enterprise'' zu der Wolke fliegt, bemerkt McCoy das Kirk mit [[Willard Will Decker]], dem ehemaligen Kommandanten der ''Enterprise'' konkurriert. McCoy spricht offen seinen Freund auf das seltsame Verhalten gegenüber Decker an. Wenig später gelangt Spock mit einer [[Vulkanische Langstreckenfähre|vulkanischen Langstreckenfähre]] auf die ''Enterprise'' und McCoy ist sehr erfreut Spock wieder zu sehen, doch Spock bleibt wie immer ganz ruhig. Spock erklärt Kirk und McCoy, dass ihn diese seltsame Wolke gerufen hat und er an Bord nun mit dieser Wolke Kontakt aufnehmen will.

Wenig später begleitet McCoy Kirk bei einer Trainingsmission an Bord der ''Enterprise''. Während des Fluges erhält die ''Enterprise'' einen Notruf von der Raumstation [[Regula I]]. Kirk übernimmt als ranghöchster Offizier das Kommando über die ''Enterprise'' und geht diesem Notruf nach. Auf dem Weg dorthin trifft die ''Enterprise'' auf die [[USS Reliant(NCC-1864)|USS ''Reliant'']], welche von Khan Noonien Singh übernommen wurde, nach dem er von Ceti Alpha V entkommen ist. Die ''Reliant'' greift die ''Enterprise'' an. Khan will seine Rache an Kirk ausüben, weil dieser ihn auf dem Planeten ausgesetzt hat. Die ''Enterprise'' wird bei diesem Kampf schwer beschädigt und McCoy muss sich um die vielen Verletzten kümmern, von denen er nicht alle retten kann. Kirk gelingt es zur selben Zeit Khan zu überlisten und die ''Enterprise'' fliegt schwer beschädigt nach Regula I.

<gallery caption="Leonard H. McCoy im Laufe der Jahre" perrow="4">

* (mit Ausnahme von der Episoden {{e|Das Geheimnis der Stasis-Box}}, {{e|Das gestohlene Gehirnwellenmuster}} und {{e|Gefährliche Prüfung}})}}