Nachdem die Gründer einen Anschlag auf der Erde verübt haben, ist Bashir in schlechter Stimmung. In dieser Zeit versuchen sich Bashir und O'Brien auf der Holosuite abzulenken. Auf der Erde findet Captain Sisko inzwischen heraus, dass Admiral [[Leyton]] einen [[Militärputsch (2372)|Militärputsch]] plant. Sisko beordert die ''Defiant'' zur Erde, welche Beweise für den Putsch von Leyton hat. Leyton will dies verhindern und lässt die ''Defiant'' von der [[USS Lakota|USS ''Lakota'']] angreifen. Es gibt Tote und Verletzte an Bord der ''Defiant'' und Bashir muss diese behandeln. Schließlich bricht die ''Lakota'' den Angriff auf die ''Defiant'' ab, als ihr Captain [[Erika Benteen]] den Verrat von Leyton erkennt. Später wird Leyton von Sisko gezwungen zurückzutreten. ({{DS9|Die Front|Das verlorene Paradies}})

Wenige Wochen später begleitet Jake Sisko Bashir auf eine medizinische Konferenz, um einen Artikel über ihn zu schreiben. Auf den Rückflug zur Station, berichtet Bashir von seinen medizinischen Erfolgen, doch dem jungen Sisko langweilen diese Erzählungen. Plötzlich erhält [[~/Raumschiff/DS9/5x04/1|das Runabout ]] einen Notruf von [[Ajilon Prime]]. Die Kolonie wird von Klingonen angegriffen und da es an medizinischen Personal mangelt, fliegt Bashir dort hin. Allerdings macht sich Bashir Sorgen, dass Jake Sisko etwas geschehen könnte, doch Jake Sisko erwähnt er wird schon auf sich achten. Auf der Oberfläche leistet Bashir medizinische Hilfe und Sisko wird als Sanitäter eingesetzt. Bashir führt einige Operationen an den Patienten durch, als ein weiter Angriff der Klingonen auf die Kolonie stattfindet und der Strom fällt aus. Da die Kolonie ihre weiteren Generatoren zum Schutz vor den Klingonenangriffen benötigen und die Patienten aufgrund des Energieausfalls im sterben liegen, versucht Bashir zusammen mit Sisko einen Generator aus ihrem Shuttle zu holen. Auf dem Weg dorthin werden die beiden von den Klingonen angegriffen. Bashir wird verletzt und von dem jungen Sisko getrennt. Sisko bekommt Angst und versucht sein Leben zu retten indem er weg rennt. Inzwischen gelingt es Bashir mit letzter Kraft dem Generator aus dem Runabout zu bergen und zur Kolonie zu bringen. Die Energieversorgung wird wieder hergestellt und Bashirs Verbrennungen werden versorgt. Bashir macht sich Vorwürfe, da er nicht weiß was mit Sisko geschehen ist und er den Jungen in Gefahr gebracht hat. Als Sisko wieder auftaucht, ist Bashir erleichtert und entschuldigt sich bei ihm, dass er ihn auf diesen Planeten mitgenommen hat. Doch Bashir ahnt nichts von Siskos Schuldgefühlen ihm gegenüber, da Sisko Bashir im Stich gelassen hat. Bei einem weiteren Angriff der Klingonen, dringen diese in den Komplex ein und Bashir hilft bei der Evakuierung der Patienten. Wenig später trifft die ''Defiant'' bei Ajilon Prime ein und die Klingonen können vertrieben werden. Wieder an Bord von Deep Space 9 schreibt Jake Sisko über die Ereignisse und seine Erlebnisse auf Ajilon Prime. ({{DS9|Die Schlacht um Ajilon Prime}})

Wenig später machen Bashir, Leeta, Dax, Worf und Quark Urlaub auf [[Risa]]. Worf ist davon nicht begeistert, da er seine Freizeit lieber allein mit Dax verbringen will. Trotzdem begleiten die anderen Worf und Dax nach Risa, um sich dort zu Vergnügen. Bashir und Leeta wollen auf Risa ihre Beziehung freundschaftlich zu beenden. Beide begehen wenig später das [[Ritual der Trennung]] und damit beenden sie ihre Beziehung. Quark dient dabei als Zeuge, doch er ist enttäuscht das die Trennung der beiden so friedlich von statten geht. Bashir und Quark erfahren darauf von Leeta, dass sich diese sich frisch verliebt hat. Als Quark und Bashir jedoch erfahren, dass sich Leeta in Rom verliebt hat, reagieren die beiden entsetzt und können nicht verstehen das es ausgerechnet Rom in den sich Leeta verliebt hat. Zur selben Zeit befindet sich eine die [[Neue Essentialisten-Bewegung]] auf Risa und die Gruppe will zeigen, dass die Bürger der Föderation wachsam sein sollen und ihre Zeit nicht mit Urlaub verschwenden sollen. Dabei stören die Essentialisten den Urlaub der anderen Touristen. Die Essentialisten manipulieren mit Hilfe von Worf das [[Wetterkontrollsystem]] und es gibt die nächsten Tage nur noch [[Regen]]. Bashir ist über Worf und die Essentialisten verärgert, da diese ihn seinen Urlaub verderben. Aber Worf sieht sein Fehlverhalten ein und mit seiner Hilfe können die Essentialisten vertrieben werden. Als das Wetter wieder angenehm auf Risa ist, vergnügt sich Bashir auf Risa mit [[Jamaharon]]. ({{DS9|Die Reise nach Risa}})

Bashir behandelt kurz darauf Sisko, Dax, Garak und Odo. Die vier Vier werden bewusstlos in einem Runabout aufgefunden, als sie nach Deep Space 9 zurückgekehrt sind. Die vier Vier befinden sich durch Odo in einer [[Große Verbindung|Verbindung]] und erleben Erinnerungen von Odo aus der Besatzungszeit. Wenig später können die vier dank Odo aus der Verbindung befreit werden und erwachen auf der Krankenstation. ({{DS9|Die Schuld}})

Kurz darauf werden Sisko und seiner seine Crew von Worf und General Martok gerettet. Die Offiziere verbringen einige Zeit auf der ''Rotarran''. Als die ''Rotarran'' schließlich Sternenbasis 375 erreicht, sind vor allem O'Brien und Bashir froh kein klingonisches Essen und Gesänge mehr hören zu müssen. ({{DS9|Söhne und Töchter}})

Nach der Rückeroberung der Station planen Worf und Dax ihre [[Klingonische Hochzeit|Hochzeit]]. Worf fragt seine Freunde, ob sie an dem [[Kal'Hyah]]-Ritual teilnehmen. Bashir denkt sofort an eine Junggasellenabschiedsparty und sagt sofort zu. Aber in Wirklichkeit handelt es sich um eine harte Prüfung für die Ausdauer. So muss Bashir vier Tage in der Hitze fasten und dies zerrt sehr an seinen Kräften. Während der Prüfung des Blutes schläft Bashir schließlich vor Erschöpfung ein. Worf fragt darauf wer sich als erstes freiwillig meldet, um sich seine Adern aufschneiden zu lassen. Als O'Brien bemerkt, dass Bashir schläft, treten O'Brien, Sisko und [[Alexander Rozhenko]] einen Schritt zurück. Somit ist Bashir ohne es zu ahnen der erste Freiwillige für diese Prüfung. Später müssen Bashir und O'Brien über glühende [[Kohle]]n hängen und beide schwören sich bei Worf für diese Qualen zu rächen. Doch durch einen Streit von Worf und Dax wird die Hochzeit abgesagt. Als dies Bashir und O'Brien erfahren, freuen sie sich, dass sie endlich wieder was essen dürfen. Beide begeben sich darauf in Quarks, um dort etwas zu essen. Doch als Quark den beiden das Essen vorbei bringt, hält sie Sisko vom Essen ab, da die Hochzeit nun doch statt findet. Auf der Hochzeit dürfen die Teilnehmer der Kal'Hyah darauf das Paar symbolisch verprügeln. Bashir und O'Brien können es nicht erwarten zu Worf schlagen zu können und Bashir fragt Martok ständig wann er endlich zuschlagen darf. Als die Hochzeit abgeschlossen ist, dürfen Bashir und O'Brien endlich auf Worf einschlagen und beide stürzen sich auf Worf, um sich für das Leiden, welches die beiden während des Kal'Hyah ertragen mussten, zu rächen. ({{DS9|Klingonische Tradition}})