Die ''Voyager'' und die Borg können dem Angriff von Spezies 8472 entkommen und Janeway entwickelt zusammen mit den Borg eine Waffe gegen Spezies 8472. Um mit den Borg besser zusammenarbeiten zu können, wählen die Borg einen Repräsentanten [[Seven of Nine]]. Inzwischen gelingt es dem Doktor mit Hilfe von modifizierten Nanosonden Kim von der fremden DNS zu heilen. Mit diesen modifizierten Nanosonden ist auch Spezies 8472 verwundbar. Als ein weiteres [[Bioschiff]] von Spezies 8472 angreift, opfern sich die Borg, um die ''Voyager'' und die Waffe gegen Spezies 8472 zu schützen. Dabei beamen sich einige Borg darunter auch Seven of Nine an Bord der ''Voyager''. Der Doktor beginnt darauf mit der Behandlung der schwer verletzten Janeway, die durch den Angriff von Spezies 8472 verletzt worden ist. Als die Borg die Kontrolle über die ''Voyager'' übernehmen wollen, lässt Chakotay sie durch Öffnung einer Luke in den Weltraum blasen, nur Seven of Nine gelingt es an Bord zu bleiben. Später gelingt es der ''Voyager'' mit Hilfe der mit Nanosonden modifizierten Torpedos Spezies 8472 zu besiegen und die 8472 ziehen sich zurück. Seven wird vom [[Borg-Kollektiv]] getrennt und ihre menschliche Anatomie beginnt sich langsam zu regenerieren. ({{VOY|Skorpion, Teil II}})

Da Seven ihre Borgimplantate langsam abstößt, beginnt der Doktor sie zu entfernen. Tuvok überwacht in dieser Zeit diesen Vorgang, da er in Seven noch immer eine Bedrohung sieht. Der Doktor erschafft bei der Behandlung von Seven auch ein neues künstliches Auge für Seven. Währenddessen bemerkt auch Kes weitere Veränderungen an sich. Aufgrund ihres telepathischen Kontakts mit Spezies 8472 scheinen sich diese Kräfte weiter zu entwickeln. Die hilft mit ihren neuen Kräften den Doktor dabei eins der Implantate von Seven zu entfernen. Da Kes’ Kräfte immer stärker werden und sie , versucht der Doktor sie zu behandeln, doch er kann den Prozess nicht aufhalten. Da Kes ihre Kräfte nicht mehr kontrollieren kann, verlässt Kes die ''Voyager''. Kes beginnt sich zu einem höheren Wesen weiter zu entwickeln. Mit ihren Kräften schleudert sie die ''Voyager'' fast 109.000 500 Lichtjahre näher an den Alpha-Quadranten heran. Inzwischen gelingt es dem Doktor die meisten Implantate von Seven zu entfernen und sie sieht wieder fast wie ein Mensch aus. ({{VOY|Die Gabe}})

[[Datei:Der_Doktor_und_der_Isomorph_verstehen_sich_gut.JPG|thumb|left|Der Doktor und der Isomorph.]] Da nun Kes dem Doktor nicht mehr bei seiner Arbeit unterstützen kann, ernennt der Doktor motgedrungen wieder Paris zu seinem medizinischen Assistenten, der ihn auf der Krankenstation unterstützt. Kurz darauf erhält die ''Voyager'' einen Notruf von einer [[Isomorphe Projektion|Isomorphen Projektion]], die ähnlich wie ein Hologramm funktioniert. Der Doktor will diesem Isomorph sofort helfen. Janeway stimmt der Bitte des Doktors zu und Torres begibt sich mit dem Doktor in [[~/Raumschiff/VOY/3x04/1|einem Shuttle ]] zum Schiff des Isomorphen. Der Isomorph berichtet, dass seine Crew durch einen Virus getötet wurden ist und er nun Hilfe bei der Reparatur des Schiffes benötigt. Torres kann das Programm des Isomorphen stabilisieren und er beginnt sich mit dem Doktor anzufreunden. Doch Torres bemerkt ein seltsames, ihr gegenüber feindseliges Verhalten des Isomorphen. Torres berichtet dies dem Doktor, doch der Doktor versteht das Verhalten seines Kollegen, da es ihm ähnlich ergangen ist. Doch inzwischen findet Torres heraus, dass der Isomorph die gesamte Crew an Bord des Schiffes ermordet hat. Doch plötzlich taucht der Isomorph auf und versucht Torres zu töten, Torres gelingt es aber den Isomorph zu deaktivieren. Als der Doktor und Torres von dem Schiff fliehen wollen, taucht plötzlich der Isomorph wieder auf, verletzt Torres und deaktiviert den Doktor. Mit letzter Kraft gelingt es Torres den Isomorph zu vernichten und den Doktor wieder zu aktivieren. Beiden gelingt es auf die ''Voyager'' zurück zu kehren und dort behandelt der Doktor die verletzte Torres. ({{VOY|Der Isomorph}})

Einige Zeit später empfiehlt der Doktor, dass Seven ihre erste richtige Nahrung zu sich nehmen darf. Doch bei ihrer ersten Nahrungsaufnahme hat sie seltsame Erinnerungen an die Borg und plötzlich aktivieren sich einige Borg-Implantate in ihr und Seven verliert die Kontrolle über sich. Seven flieht mit [[~/Raumschiff/VOY/4x06/1|einem Shuttle ]] von der ''Voyager''. Der Doktor entwickelt ein Mittel, die die Produktion ihrer Nanosonden stoppt, um sie so aufhalten zu können. Es stellt sich heraus, dass ein Borgsignal, das von Seven of Nines ehemaligen Schiff, der [[USS Raven|USS ''Raven'']], stammt. Nachdem es gelungen ist dieses Signal zu deaktivieren, kehrt Seven auf die ''Voyager'' zurück. Der Doktor deaktiviert darauf ein Implantat in Seven of Nines Sevens Körper, damit sie nicht mehr solche Signale empfangen kann. ({{VOY|Der schwarze Vogel}})