Als Zweitbester seiner Klasse hält Bashir die [[Rede|Eröffnungsrede]], während [[Elizabeth Lense]] als Klassenbeste der medizinischen Fakultät die [[Rede|Abschlussrede]] hält. Lense nimmt als Klassenbeste den Posten als Mediziner auf der [[USS Lexington (NCC-6183230405)|USS ''Lexington'']] an. Bashir kann sich dafür jeden weiteren freien Posten selbst auszusuchen. Er entscheidet sich für Deep Space 9, weil er die Herausforderung liebt. ({{DS9|Der Abgesandte, Teil I|Die Erforscher}})

Wenig später trifft Bashir Dax in der [[Holosuite]], wo sie mit einer Konzentrationsübung, einer Art bunten Sphäre, beschäftigt ist. Als er versucht, die Kontrolle über das Spiel zu übernehmen, platzt die Sphäre sofort, denn er ist eher an Dax als an der Übung interessiert. Auf seine Annäherungsversuche reagiert sie jedoch ausweichend. Zu dieser Zeit wird der Bajoraner [[Ibudan]] tot in der [[Holosuite]] aufgefunden. Bashir leitet die medizinische Untersuchung in dem Fall und Odo beginnt mit den Ermittlungen. Mit der Zeit führen die [[Indiz]]ien auf Odo und dieser wird [[Verdacht|verdächtigt]] Ibudan [[Mord|ermordet]] zu haben. Bashir sammelt inzwischen [[Gen|Gen-Proben]] vom Tatort und untersucht diese. Bashir und Dax forschen gemeinsam und mit der Zeit entwickelt sich aus den Proben eine [[Zelle (Biologie)|Zellkultur]], die zu wachsen beginnt. Schließlich erkennt Bashir, dass sich aus dieser Zellkultur ein [[Klon]] von Ibudan entwickelt. Es stellt sich dadurch heraus, dass Ibudan in Wirklichkeit gar nicht ermordet worden ist, sondern das sein [[Ibudan (Klon 1)|Klon]] getötet wurde. Später kann Odo den echten Ibudan für den Mord an seinem Klon verhaften. Ibudan wollte diesen Mord Odo in die Schuhe schieben, um sich an Odo zu rächen, da ihn Odo vor Jahren verhaften ließ. Zu dieser Zeit ist reagiert Bashir ziemlich [[Eifersucht|eifersüchtig]] auf Sisko in Bezug auf Dax, da Bashir Gefühle für Dax hat. Bashir denkt, Sisko und Dax könnten eine Beziehung beginnen, aber nach einem Gespräch mit diesem erfährt Bashir, dass Sisko kein Interesse an Dax hat und die beide nur Freunde sind. ({{DS9|Unter Verdacht}})

Kurz darauf besucht [[Kai]] [[Opaka]] die Station. Sisko lädt die Kai zu einem Flug durch das Wurmloch in den Gamma-Quadranten ein. Bashir und Kira begleiten die beiden. Im Gamma-Quadrant erhält die USS ''Yangtzee Kiang'' einen Notruf und Sisko geht diesem Notruf nach. Im [[Orbit]] eines [[~/Mond (Satellit)/DS9/1x13/1|Mondes]], von dem der Notruf stammt, wird die ''Yangtzee Kiang'' angegriffen und stürzt ab. Sisko, Kira und Bashir überstehen den Absturz unverletzt, jedoch wird Opaka tödlich verletzt und Bashir kann nichts mehr für sie tun. Die überlebenden Offiziere werden in einem Konflikt zwischen den [[Ennis]] und den [[Nol-Ennis]] verwickelt. Die Offiziere werden von den Ennis gefangen genommen und dort erfahren sie von dem Konflikt zwischen beiden Völkern. Plötzlich greifen die Nol-Ennis an, aber der Angriff wird schnell abgewehrt. Nach dem Kampf kümmert sich Bashir um die Verletzten. Einige Augenblicke später taucht Opaka lebendig auf und Bashir kann sich dies nicht erklären und auch die toten Ennis erwachen plötzlich wieder zum Leben. Bashir will diesen Vorfall untersuchen und begibt sich zur abgestürzten ''Yangtzee Kiang''. Dort findet Bashir heraus, dass die beiden verfeindeten Gruppen durch eine [[Mikrobe]] in der [[Atmosphäre]] wiederbelebt werden. Bashir stellt auch fest, dass die Mikroben nur auf diesem Mond überleben können. Währenddessen versucht Sisko zwischen den Ennis und den Nol-Ennis zu vermitteln, doch er scheitert und beide Gruppen bekämpfen sich weiter. Als Sisko angegriffen wird, rettet Bashir Sisko, damit dieser nicht auch getötet wird. Bashir will versuchen die Mikroben zu deaktivieren, damit die Personen in Frieden sterben können und nicht mehr dieses grausame Leben führen müssen. Doch als Bashir sieht, dass die Ennis dies zu ihrem Vorteil im Kampf gegen die Nol-Ennis nutzen wollen, lässt er davon ab. Die Offiziere können schließlich von Dax und O'Brien gerettet werden und beamen auf die USS ''Rio Grande''. Kai Opaka bleibt auf dem Mond zurück, um den Ennis und den Nol-Ennis bei der Beendigung ihres Konfliktes zu helfen. ({{DS9|Die Prophezeiung}})

Bashir bleibt mit auf der Station, um diese gegen den Kreis zu verteidigen. Kira und Dax versuchen währenddessen den Beweis nach Bajor zu bringen, welcher Beweist, dass der Kreis von den Cardassianern mit Waffen beliefert wird. Einige Zeit später übernimmt eine militärische Einheit der Bajoraner die Station. Die Bajoraner such die Station ab, da diese vermuten das einige Offiziere der Sternenflotte sich noch versteckt halten. Während die Offiziere warten verpflegt O'Brien seine Kameraden mit [[Kampfration]]en, doch Bashir und die anderen sind nicht besonders begeistert davon. Bashir erwähnt, dass O'Brien sich mit diesem Essen keine Freunde macht. Als sich eine Gruppe bajoranische Soldaten in einen Frachtraum begibt, nimmt Bashir mit seiner Gruppe diese Gefangen. Die Sternenflottenoffiziere sorgen weiterhin für genügend Ablenkung und es gelingt ihnen genügend Zeit zu verschaffen, so dass Kira und Dax den Beweis überbringen können. Als die Bajoraner sehen, dass die Cardassianer hinter all dem stecken, wird der [[Putsch]] des Kreises beendet und die Föderationsangehörigen kehren nach Deep Space 9 zurück. Trotz des Siegs wird Li von [[Colonel]] [[Day Kannu]] erschossen. Bashir kann nichts für ihn tun und er stirbt. ({{DS9|Die Belagerung}})

Hudson erklärt Sisko, dass die Föderation die Kolonisten aufgegeben hat und das die Cardassianer Waffen in die Entmilitarisierte Zone schmuggeln. Sisko versucht Hudson zu überzeugen zur Sternenflotte zurückzukehren, doch Hudson setzt Sisko, Kira und Bashir außer Gefecht. Die drei Offiziere kehren darauf auf die Station zurück. Inzwischen verhaftet Odo Quark, da er festgestellt hat, dass Quark Waffen an den Maquis verkauft. Sisko und Odo verhören darauf Quark und Quark verrät seine Geschäftspartner beim Maquis. Wenig später spürt Sisko die Maquis-Basis auf, wo Dukat gefangen gehalten wird. Sisko, Bashir und Odo gelingt es Dukat aus der Gewalt des Maquis zu befreien und einige Anhänger des Maquis zu verhaften. Später ist Sisko gezwungen eine Waffenlieferung des Maquis zu stoppen und es kommt zu einem Kampf im [[Weltraum]]. Mit O'Brien befindet sich Bashir auf der [[USS Mekong|USS ''Mekong'']] und er greift die Maquis-Schiffe anund können eins der Schiffe außer Gefecht setzen. Sisko muss bei diesem Kampf wieder gegen seinen Freund Hudson kämpfenund lässt diesen schließlich entkommen. Zwar kann der Maquis aufgehalten werden, aber Sisko weiß das , dass die Lage in der Entmilitarisierte Entmilitarisierten Zone angespannt bleiben wird. ({{DS9|Der Maquis, Teil II}})

Nach dem Angriff auf die ''Odyssey'' ist sich die Föderation der Gefahr durch das Dominion bewusst. Auf Deep Space 9 bereiten sich die Offiziere auf eine [[Invasion]] des Dominions vor. Es finden in dieser Zeit Simulationen statt, um sich auf den Angriff des Dominions vorzubereiten. Allerdings verlaufen die Simulationen schlecht für die Station, da die Jem'Hadar bei einem Angriff auf die Station überlegen sind. Deswegen bekommt Commander Sisko für Deep Space 9 die [[USS Defiant (NX-74205)|USS ''Defiant'' (NX-74205)]] zugeteilt. Sisko hat den Auftrag Kontakt mit den [[Gründer]]n des Dominions aufzunehmen. Die ''Defiant'' ist für diese Mission mit einer [[Romulaner|romulanischen]] [[Tarnvorrichtung]] ausgestattet. Bashir begleitet Sisko mit in den Gamma-Quadranten, allerdings muss dieser vorher noch die Krankenstation an Bord der ''Defiant'' aufrüsten. Bei der Mission wird die ''Defiant'' von den [[Jem'Hadar]] angegriffen und schwer beschädigt. Bei den Kampf übernimmt Bashir die [[Conn]], aber schließlich wird die ''Defiant'' von den Jem'Hadar übernommen und nur Kira und Odo können entkommen. Auf der Brücke kämpft Bashir gegen die Jem'Hadar, doch dieser wird beim Kampf überwältigtund außer Gefecht gesetzt. Die ''Defiant'' wird darauf zur [[Heimatwelt der Gründer]] gebracht. ({{DS9|Die Suche, Teil I}})

Wenige Wochen später leidet Dax unter starken [[Halluzination]]en und sie verliert mehrmals ihr Bewusstsein. Bashir tut alles um ihr zu helfen, aber es gelingt ihm nicht. Da Bashir Dax nicht helfen kann, bringt die ''Defiant'' Dax zu ihren Heimatplaneten [[Trill (Planet)|Trill]]. Während des Fluges zum Planeten wünscht Dax die Gesellschaft von Bashir und möchte in seinem Quartier mit Übernachten. Doch auf Trill sinken die [[Isoboramin]]werte von Dax und diese droht daran zu sterben. Bashir kümmert sich auch auf Trill um Dax. Es stellt sich heraus, dass es Probleme mit einen der Wirte von Dax gibt. Die Erinnerungen von [[Joran Belar]] wurden im [[Dax (Symbiont)|Dax-Symbionten]] unterdrückt. Schließlich werden die unterdrückten Erinnerungen in Dax freigesetzt und Jadzia wird gerettet. ({{DS9|Das Equilibrium}})

Kurz darauf kauft Quark die Trümmerteile eines im Gamma-Quadranten abgestürzten Raumschiffs. In diesen Trümmern befindet sich jedoch ein [[Baby]]. Quark bringt das Kind zu Bashir und dieser untersucht es. Das Baby scheint zwar gesund zu sein, allerdings kann Bashir die Spezies des Babys nicht zu ordnen. Allerdings stellt Bashir fest, dass das Baby einen erhöhten Stoffwechsel hat. Das Baby entwickelt sich innerhalb von wenigen Stunden zu einem Teenager. Bashir wundert sich über die Entwicklung, aber er stellt fest, dass dies bei seiner Spezies normal zu sein scheint. Innerhalb von wenigen Stunden wächst [[~/Person/DS9/3x06/3|der Junge ]] heran und es stellt sich heraus, dass es sich um einen Jem'Hadar handelt. Dieser greift Bashir an, aber Odo kann ihn unter Kontrolle bringen. Die Sternenflotte wünscht die Auslieferung des Jungen, da diese so ein Jem'Hadar untersuchen kann. Doch Bashir und Odo sind dagegen und wollen nicht das der Junge als Versuchsobjekt endet. Während seiner Arbeitet findet Bashir heraus, dass die Jem'Hadar die [[Droge]] [[Ketracel-White]] zum Überleben benötigen. Odo versucht inzwischen den Jem'Hadar zu zähmen, aber der Jem'Hadar will nichts anderes als kämpfen und töten. Odo sieht schließlich ein, dass er den Jem'Hadar nicht helfen kann und bringt ihn zurück zu seinem Volk. ({{DS9|Der Ausgesetzte}})

Als Major Kira unter starken [[Stress]] steht, verordnet Bashir ihr, sich im Quark's zu entspannen. Sie bekommt dort zur Auswahl, ein Glas [[Karvino-Saft]], [[Lorvan-Cracker]], einen [[Jumja-Stick]], Spielmarken und ein Besuch in der Holosuite. Bashir verordnet ihr, dass sie zwei von diesen Dingen nutzen muss. Quark bekommt von Bashir den Auftrag Kira zu überwachen, damit sie sich entspannt. ({{DS9|Defiant}}) Während des bajoranischen [[Dankbarkeitsfest]]s beginnen sich einige Personen auf der Station seltsam zu benehmen. Die betroffenen Personen beginnen sich ineinander verlieben. Sisko bemerkt dieses Verhalten, als Dax ihre Gefühle ihm offenbart. Sisko wundert sich über ihr seltsames Verhalten und bringt sie zu Bashir. Darauf beginnt Bashir diese zu untersuchen. Doch Bashir kann aber nichts an ihr finden und Dax tut so als sei dies ein Scherz gewesenund Bashir glaubt ihr dies. Darauf wird Dax ohne Befund aus der Krankenstation entlassen. Später benehmen sich immer mehr Personen seltsam und Bashir will weitere Untersuchungen durchführen. Kira begleitet ihn. Auf der Krankenstation fangen beide an, sich innig zu küssen und die beiden kommen nicht mehr voneinander los. Selbst als Sisko die beiden zu sich ruft, küssen die beiden sich innig weiter. Sisko bemerkt schließlich, dass die [[betazoid]]ische Botschafterin [[Lwaxana Troi]] für dieses seltsame Verhalten verantwortlich ist. Troi leidet unter dem [[Zanthi-Fieber]], durch diese Krankheit übertragen sich ihre Gefühle auf andere Personen. Nach ein paar Tagen sind alle wieder genesen und verhalten sich wieder normal. ({{DS9|Das Festival}})

Kurz darauf verlässt Nog Deep Space 9 um auf die Sternenflottenakademie zu gehen. Zum Abschied verkauft Nog all seine Sachen. Dax kauft Nog ein erotisches Holosuite-Programm ab und schenkt dieses Programm Bashir. Später schenken O'Brien und Bashir Nog zum Abschied einen Reiseführer über die Erde und Nog nimmt diesen Dankbar entgegen. ({{DS9|Kleine, grüne Männchen}}) Einige Zeit später befindet sich die ''Defiant'' im Gamma-Quadranten, um mit den Karemma zu [[Verhandlung|verhandeln]]. Plötzlich wird die ''Defiant'' von den Jem'Hadar angegriffen. Sisko lässt das Schiff [[~/Planet/DS9/4x08/1|in einen [[GasrieseGasriesen]]n fliegen, um den Jem'Hadar-Abfangjägern zu entkommen. Doch die Jem'Hadar folgen der ''Defiant'' in die Atmosphäre und es kommt zu schweren Gefechten, dabei wird die ''Defiant'' schwer beschädigt. Als sich ein Riss in der Hülle bildet, muss die Krankenstation evakuiert werden. Während Bashir die Evakuierung leitet, kommt es zu einer Explosion und dabei wird Dax verletzt. Bashir kann Dax noch rechtzeitig in eine Jefferies-Röhre bringen, bevor das schützende [[Kraftfeld]] um die [[Schiffshülle]] nachlässt. Die beiden sitzen in der Röhre fest, doch der [[Sauerstoff]] reicht nur für wenige Stunden und es wird immer kälter. Dax lehnt sich an Bashir an, damit die beiden sich gegenseitig wärmen. Für Bashir geht damit indirekt ein Wunsch in Erfüllung, er hat sich immer gewünscht mit Dax in eine Notsituation zu kommen, bei der sie dann zusammen kommen. Worf gelingt es in der Zwischenzeit die Dominionschiffe zu vernichten. Ein paar Stunden später können Dax und Bashir gerettet zu werden. ({{DS9|Das Wagnis}})

Nachdem die Gründer einen Anschlag auf der Erde verübt haben, ist Bashir in schlechter Stimmung. In dieser Zeit versuchen sich Bashir und O'Brien auf der Holosuite abzulenken. Auf der Erde findet Captain Sisko inzwischen heraus, dass Admiral [[Leyton]] einen [[Militärputsch (2372)|Militärputsch]] plant. Sisko beordert die ''Defiant'' zur Erde, welche Beweise für den Putsch von Leyton hat. Leyton will dies verhindern und lässt die ''Defiant'' von der [[USS Lakota|USS ''Lakota'']] angreifen. Es gibt Tote und Verletzte an Bord der ''Defiant'' und Bashir muss diese behandeln. Schließlich bricht die ''Lakota'' den Angriff auf die ''Defiant'' ab, als ihr Captain [[Erika Benteen]] den Verrat von Leyton erkennt. Später wird Leyton von Sisko gezwungen zurückzutreten. ({{DS9|Die Front|Das verlorene Paradies}})

Wenige Wochen später begleitet Jake Sisko Bashir auf eine medizinische Konferenz, um einen Artikel über ihn zu schreiben. Auf den Rückflug zur Station, berichtet Bashir von seinen medizinischen Erfolgen, doch dem jungen Sisko langweilen diese Erzählungen. Plötzlich erhält [[~/Raumschiff/DS9/5x04/1|das Runabout ]] einen Notruf von [[Ajilon Prime]]. Die Kolonie wird von Klingonen angegriffen und da es an medizinischen Personal mangelt, fliegt Bashir dort hin. Allerdings macht sich Bashir Sorgen, dass Jake Sisko etwas geschehen könnte, doch Jake Sisko erwähnt er wird schon auf sich achten. Auf der Oberfläche leistet Bashir medizinische Hilfe und Sisko wird als Sanitäter eingesetzt. Bashir führt einige Operationen an den Patienten durch, als ein weiter Angriff der Klingonen auf die Kolonie stattfindet und der Strom fällt aus. Da die Kolonie ihre weiteren Generatoren zum Schutz vor den Klingonenangriffen benötigen und die Patienten aufgrund des Energieausfalls im sterben liegen, versucht Bashir zusammen mit Sisko einen Generator aus ihrem Shuttle zu holen. Auf dem Weg dorthin werden die beiden von den Klingonen angegriffen. Bashir wird verletzt und von dem jungen Sisko getrennt. Sisko bekommt Angst und versucht sein Leben zu retten indem er weg rennt. Inzwischen gelingt es Bashir mit letzter Kraft dem Generator aus dem Runabout zu bergen und zur Kolonie zu bringen. Die Energieversorgung wird wieder hergestellt und Bashirs Verbrennungen werden versorgt. Bashir macht sich Vorwürfe, da er nicht weiß was mit Sisko geschehen ist und er den Jungen in Gefahr gebracht hat. Als Sisko wieder auftaucht, ist Bashir erleichtert und entschuldigt sich bei ihm, dass er ihn auf diesen Planeten mitgenommen hat. Doch Bashir ahnt nichts von Siskos Schuldgefühlen ihm gegenüber, da Sisko Bashir im Stich gelassen hat. Bei einem weiteren Angriff der Klingonen, dringen diese in den Komplex ein und Bashir hilft bei der Evakuierung der Patienten. Wenig später trifft die ''Defiant'' bei Ajilon Prime ein und die Klingonen können vertrieben werden. Wieder an Bord von Deep Space 9 schreibt Jake Sisko über die Ereignisse und seine Erlebnisse auf Ajilon Prime. ({{DS9|Die Schlacht um Ajilon Prime}})

Wenig später machen Bashir, Leeta, Dax, Worf und Quark Urlaub auf [[Risa]]. Worf ist davon nicht begeistert, da er seine Freizeit lieber allein mit Dax verbringen will. Trotzdem begleiten die anderen Worf und Dax nach Risa, um sich dort zu Vergnügen. Bashir und Leeta wollen auf Risa ihre Beziehung freundschaftlich zu beenden. Beide begehen wenig später das [[Ritual der Trennung]] und damit beenden sie ihre Beziehung. Quark dient dabei als Zeuge, doch er ist enttäuscht das die Trennung der beiden so friedlich von statten geht. Bashir und Quark erfahren darauf von Leeta, dass sich diese sich frisch verliebt hat. Als Quark und Bashir jedoch erfahren, dass sich Leeta in Rom verliebt hat, reagieren die beiden entsetzt und können nicht verstehen das es ausgerechnet Rom in den sich Leeta verliebt hat. Zur selben Zeit befindet sich eine die [[Neue Essentialisten-Bewegung]] auf Risa und die Gruppe will zeigen, dass die Bürger der Föderation wachsam sein sollen und ihre Zeit nicht mit Urlaub verschwenden sollen. Dabei stören die Essentialisten den Urlaub der anderen Touristen. Die Essentialisten manipulieren mit Hilfe von Worf das [[Wetterkontrollsystem]] und es gibt die nächsten Tage nur noch [[Regen]]. Bashir ist über Worf und die Essentialisten verärgert, da diese ihn seinen Urlaub verderben. Aber Worf sieht sein Fehlverhalten ein und mit seiner Hilfe können die Essentialisten vertrieben werden. Als das Wetter wieder angenehm auf Risa ist, vergnügt sich Bashir auf Risa mit [[Jamaharon]]. ({{DS9|Die Reise nach Risa}})

Bashir behandelt kurz darauf Sisko, Dax, Garak und Odo. Die vier Vier werden bewusstlos in einem Runabout aufgefunden, als sie nach Deep Space 9 zurückgekehrt sind. Die vier Vier befinden sich durch Odo in einer [[Große Verbindung|Verbindung]] und erleben Erinnerungen von Odo aus der Besatzungszeit. Wenig später können die vier dank Odo aus der Verbindung befreit werden und erwachen auf der Krankenstation. ({{DS9|Die Schuld}})

Kurz darauf werden Sisko und seiner seine Crew von Worf und General Martok gerettet. Die Offiziere verbringen einige Zeit auf der ''Rotarran''. Als die ''Rotarran'' schließlich Sternenbasis 375 erreicht, sind vor allem O'Brien und Bashir froh kein klingonisches Essen und Gesänge mehr hören zu müssen. ({{DS9|Söhne und Töchter}})

Kurz darauf übernimmt die ''Defiant'' die [[Argolis-Mission]]. Zu der Zeit ist Sisko der [[Adjutant]] von Admiral Ross und arbeitet auf der Sternenbasis 375 und Dax wird der neue Kommandant der ''Defiant''. Die ''Defiant'' hat bei dieser Mission den Auftrag eine [[Sensorenphalanx]] des Dominions zu vernichten. Während der Mission übernimmt Bashir die [[Conn]] für den erkrankten [[Haj (24. Jahrhundert)|Haj]]. Dax ist erstaunt, dass Bashir ein so guter Pilot ist. Die Mission ist erfolgreich und die Phalanx wird vernichtet. Nach dieser Mission feiern die Offiziere bei Sternenbasis 375 ihren Erfolg. ({{DS9|Hinter der Linie}})  Wenig später bereitet Captain Sisko auf der Sternenbasis 375 die [[Operation Rückkehr]] für die Rückeroberung von Deep Space 9 vor. Die Föderationsflotte bricht auf, um die Station zurückzuerobern. Es kommt zu schweren Gefechten mit den Cardassianern und den Dominion. Mit Hilfe der Klingonen gelingt es der Föderation, Deep Space 9 zurückzuerobern. Als Bashir und O'Brien wieder zurück auf der Station sind, verabreden sich die beiden für die Holosuite, um ihre Schlachten wieder durchzuspielen. ({{DS9|Ein kühner Plan|Sieg oder Niederlage?}})

Wenige Wochen später behandelt Bashir die Überlebenden der [[Datei:Bashir untersucht Molly.jpgUSS Valiant (NCC-74210)|thumb|left|Bashir untersucht Molly OUSS ''Valiant''Brien.]] , darunter Jake Sisko, Nog und [[Dorian Collins]]. ({{DS9|Valiant}})

Wenige Wochen später behandelt Bashir die Überlebenden der [[USS Valiant (NCC-74210)Datei:Bashir untersucht Molly.jpg|thumb|left|USS Bashir untersucht Molly O''Valiant'']], darunter Jake Sisko, Nog und [[Dorian CollinsBrien.]]. ({{DS9|Valiant}})

In den nächsten Monaten leitet die zum [[Colonel]] beförderten Kira die Station. Bashir und O'Brien befinden sich in dieser Zeit mit der ''Defiant'' häufig auf Konvoimissionen und dies bedrückt sie. Den beiden fällt es auch auf, dass es Worf nach dem Verlust seiner Frau sehr schlecht geht. Bashir und O'Brien versuchen Worf zu helfen und doch dieser lehnt die Hilfe der beiden ab. Später finden beide heraus, dass es Worf bedrückt das seine Frau nicht ehrenvoll gestorben ist und sie nach den klingonischen Sitten nicht ins [[Sto'Vo'Kor]] gelangt. Durch die Konvoimissionen, hat Worf auch keine Möglichkeiten ihre Ehre in einem glorreichen Kampf wieder herzustellen, damit ihre Seele ins Sto'Vo'Kor gelangen kann. Darauf bitten Bashir und O'Brien General Martok, dass dieser eine gefährliche Mission für Worf plant, damit dadurch die Seele von Jadzia ins Sto'Vo'Kor gelangen kann. Mit der IKS ''Rotarran'' plant Martok die Schiffswerft des Dominion im Orbit von [[Monac IV]] an zu greifen und Worf willigt sofort ein an dieser Mission teil zu nehmen. Als Freunde von Jadzia Dax wollen Bashir, O'Brien und auch Quark Worf auf dieser Mission begleiten, um diese zu ehren. Obwohl Worf dies zu Beginn ablehnt, nehmen seine Kollegen an dieser Mission teil. ({{DS9|Das Gesicht im Sand}})

Einige Wochen später begibt sich O'Brien heimlich nach [[New Sydney]] um nach [[Miroca Morica Bilby]] zu suchen. Da sie mit dem [[Orion-Syndikat]] zu tun hat, verheimlicht O'Brien Captain Sisko, dass er nach ihr sucht. O'Brien weiht nur Bashir wegen dieser Sache ein. Als sich O'Brien mehre Tage nicht meldet, macht sich Bashir sorgen um seinen Freund. Schließlich berichtet er Sisko was geschehen ist. Bashir bekommt von Sisko Ärger, da er dies um O'Brien verheimlicht hat. Da Dax von New Sydney stammt, schickt er sie dorthin um nach dem Chief zu suchen. Wenig später kann Dax O'Brien auf New Sydney aus findig machen. ({{DS9|Die verlorene Tochter}})

Odo trifft einige Zeit später den Wechselbalg [[Laas]] und will diesen darauf seinen Freunden vorstellen. Aber Laas mag die [[Solid|Humanoiden]] nicht besonders und er gibt dies auch zum Ausdruck. Er [[bericht]]et, überall wo sich Humanoide ausbreiten, zerstören sie die Natur und töten [[Tier]]e. Gerade als Laas davon berichtet, bringt Quark Bashir ein [[Vilm-Steak]]. Als Laas Bashir darauf böse ansieht, zieht Bashir seine Bestellung zurück und sagt zu Quark, dass er das [[Steak]] erstmal warm halten soll. Odo ist darauf sehr verärgert über Laas, da er seine Freunde beleidigt hat. Später nimmt Laas die Form von [[Nebel (Atmosphäre)|Nebel]] an und breitet sich auf dem Promenadendeck aus. Bashir und O'Brien ist dies sehr unangenehm, als beide durch diesen Nebel laufen. Auf Bitten von Odo nimmt Laas darauf wieder die Humanoide Gestalt an. Doch plötzlich greift ein Klingone Laas an und Odo geht dazwischen. Doch Laas verletzt darauf einen weiteren Klingonen tödlich und obwohl Bashir diesen darauf behandelt , kann Bashir nichts mehr für ihn tun und der Klingone stirbt. Darauf wird Laas verhaftet, doch und soll verurteilt werden. Doch mit Kiras Hilfe kann Laas fliehen und dieser zieht weiter. ({{DS9|Hirngespinst}})

In einer [[Alternative Zeitlinie|Alternativen Zeitlinie]] wird Captain Sisko 2372 durch einen Unfall in den [[Subraum]] gezogen. Da es keine Möglichkeit gegeben hat Sisko zu retten, wird dieser für tot erklärt. Bashir nimmt auch mit an der Gedenkfeier für Sisko teil. 2373 taucht Sisko wieder auf und Bashir untersucht ihn darauf. Aber Bashir kann nicht verhindern, dass Sisko wieder in den Subraum gezogen wird. In der Zwischenzeit verschlechtern sich die Beziehung zwischen den Klingonen und der Föderation immer mehr und schließlich verlässt die Sternenflotte Deep Space 9. Jake Sisko versucht einige male seinen Vater zurück zu holen, aber es gelingt ihm nicht. [[25. Jahrhundert|2422]] versuchen Jake Sisko, Dax, Bashir und Captain Nog Sisko aus dem Subraum zu befreien. Bashir ist in dieser Zeit bereits zum Commander befördert worden. Bashir führt in dieser Zeit viele Referate oder er kümmert sich um seine Kinder. Auf der ''Defiant'' wird der Unfall, durch den Sisko in den Subraum gezogen worden ist, nachgestellt. Aber auch dies misslingt Jake Sisko und ihm gelingt es nicht seinen Vater zu retten. Jahre später findet Jake heraus, dass sein Tod seinen Vater retten kann. Beim letzten Besuch von seinen Vater tötet sich Jake und Benjamin Sisko wird zu dem Moment des Unfalls zurück geschleudert. Sisko kann diesen Unfall verhindern und diese [[Zeitlinie]] wird aufgelöst. ({{DS9|Der Besuch}})

{{SORTIERUNG:Bashir, Julian}}[[Kategorie:Mensch|Bashir, Julian]][[Kategorie:Sternenflottenpersonal|Bashir, Julian]][[Kategorie:Sektion-31-Personal]]