| Fraktion= [[Sternenflotte]] zuvor [[Maquis]]

Nachdem Captain Janeway vom Doktor einer intensiven Untersuchung, wegen Halluzinationen untersucht wird, übernimmt er das Kommando auf der Brücke. Als die [[BothanerBotha]] sie kontaktieren, verhandelt er mit dem Botha. Diese stellen sich als Falle heraus. Chakotay leitet die Gegenmaßnahmen gegen drei angreifende Schiffe der Botha. Der Kampf verläuft schlecht, jedoch kommt der Captain auf die Brücke. Daraufhin tritt der Fremde näher an den Monitor heran. Jeder auf der Brücke sieht einen anderen, ihm nahe stehenden Menschen auf dem Schirm und viele Besatzungsmitglieder werden paralysiert. Chakotay fährt daraufhin mit dem Turbolift zum Maschinenraum, wird jedoch ebenfalls paralysiert. ({{VOY|Rätselhafte Visionen}})

[[Datei:Chakotay bei der Besprechung über Rebellion AlphaNeelix und Harry Kim bekennen Farbe.jpg|thumb|left|Chakotay bei der Besprechung über ''Rebellion Alpha''.]] 

Kurze Zeit später wird die ''Voyager''<nowiki> </nowiki>von den Hirogen angegriffen und<nowiki> </nowiki>auch von ihnen erobert. Die Hirogen führen darauf Simulationen mit der Crew auf dem Holodeck durch. Die Crew glaubt Teil der Simulation zu sein, während die Hirogen ihre Opfer auf dem Holodeck jagen. Chakotay verkörpert dabei die Rolle des [[Miller (Captain)|Captain Miller]] und leitet den amerikanischen Angriff auf [[Sainte Claire]]. ({{VOY|Das Tötungsspiel, Teil I}})

Nachdem man auf ein Raumschiff mit [[Koaxialwarpantrieb]]<nowiki> </nowiki>trifft, lässt Janeway Sicherheitsmaßnahmen ergreifen. Da es auf dem fremden Schiff technische Probleme gibt, will er den Piloten [[Steth]] herausbeamen lassen, was jedoch nicht möglich ist. Nachdem der Pilot gerettet werden kann, bittet er Chakotay,darum Steth bei der Reparatur seines Schiffes helfen zu dürfen, was Chakotay genehmigt. Später unterhält er sich mit Paris über dessen Arbeit. Nachdem Janeway von Steth angegriffen wird, glaubt er Paris, dass er im Körper von Steth steckt. So ermöglicht er die Verhaftung des Identitätsdiebs. ({{VOY|Vis a vis}})

[[Datei:Chakotay und Seven treffen auf Paris ohne Raumanzug.jpg|thumb|Chakotay und Seven treffen auf Paris ohne Raumanzug]]Wenig später geht an Bord der ''Voyager'' das [[Deuterium]] aus und das Schiff hat somit fast keinen Treibstoff mehr. Janeway befiehlt Chakotay und Tuvok weitere Einsparmöglichkeiten zu suchen. Als er wenig später die Astrometrie betritt und Seven bei der Arbeit erblickt, weist er sie zurecht, dass sie die Astrometrie vor einer Stunde hätte schließen soll. Seven entgegnet, dass sie nach neuen Treibstoffquellen gesucht hat und gerade hochkonzentriertes Deuterium auf einem Planeten der [[Dämon-Klasse]] entdeckt hat. Nachdem ein Versuch das Deuterium an Bord zu beamen gescheitert ist, beraten die Führungsoffiziere, wie man das Deuterium abbauen kann. Als sich der Doktor darüber beschwert, dass Neelix und einige Besatzungsmitglieder auf der Krankenstation einquartieren wollen, weist er dies zurück.Nachdem er wieder auf der Brücke ist, befiehlt Janeway ihm die ''Voyager'' auf dem Planeten zu landen. Anschließend sucht er Paris und Kim mit Seven of Nine. Als Chakotay abstürzt, zieht Paris ihn hoch und heißt sie willkommen. Er berichtet, dass er das Bewusstsein verlor und wieder atmen konnte, als er aufwachte. Überrascht über seine Entdeckung, meldet er dies Janeway und empfiehlt eine Untersuchung von Kim und Paris. Es stellt sich heraus, dass sie scheinbar bioformiert wurden. Chakotay begibt sich daraufhin mit Seven auf die Suche nach der Ursache der Bioformierung. Sie entdecken Lebenszeichen und finden die echten Kim und Paris. Er lässt sie an Bord beamen. Später verlangt das Silberblut die gesamte Crew der ''Voyager'' zu duplizieren. Janeway geht darauf ein und der Crew gelingt Deuterium von der Oberfläche zu bekommen. ({{VOY|Dämon}})

Als man auf einen Nebel der [[Mutara-Klasse-Nebel|Mutara-Klasse]] stößt, stellt sich heraus, dass er eine tödliche Wirkung auf Humanoide hat. Die Analyse des Doktors ergibt, dass die Verletzungen durch eine [[subnukleonische Strahlung]] verursacht wurden. Da der Nebel nur sicher passiert werden kann, wenn die Besatzung in Stasiskammern geht, erhält der Doktor das Kommando und wird von Seven of Nine unterstützt. Bei der letzten Dienstbesprechung, meldet Chakotay, dass die Kammern rechtzeitig zur Verfügung stehen werden. Gegenüber Janeway äußert er seine Bedenken, über die beiden, die das Kommando übernehmen sollen. Janeway kann seine Bedenken jedoch ausräumen. ({{VOY|Eine}})

[[Datei: Chakotay will von B'Elanna Torres die Wahrheit wissen.jpg|thumb|left|Chakotay willvon will von Torres die Wahrheit wissen.]] 

Wenig später<nowiki> </nowiki>nimmt man Kontakt mit den Moneanern auf. Diese bitten um Hilfe, da sich<nowiki> </nowiki>das Eindämmungsfeld, welches den Ozean ihres Planeten erhält, schwächer<nowiki> </nowiki>wird. Ein Außenteam, dem auch Paris angehört, untersucht daraufhin das Eindämmungsfeld am Meeresgrund mit dem Delta-Flyer. Man entdeckt, dass der Ozean durch die [[Sauerstoffraffinerie]]n geschädigt wird und informiert<nowiki> </nowiki>die Moneaner darüber. Als die Moneaner nicht auf die Hinweise reagieren, greift Tom Paris mit dem Delta-Flyer die Sauerstoffraffinerien an. Um ihn zu stoppen, schlägt Chakotay den Einsatz eines Torpedos als Wassermine vor. ({{VOY|Dreißig Tage}})

[[Datei:Chakotay befiehlt Torres die Voyager zu sabotieren.jpg|thumb|left|Chakotay befiehlt Torres, die ''Voyager'' zu sabotieren.]]In seiner Freizeit nimmt sie gemeinsam mit Janeway ein Abendessen ein und tauscht<nowiki> </nowiki>sich über die neuesten Gerüchte auf dem Schiff aus. Später überwacht er auf der Brücke, wie der Fremde [[Tash]] sein Subraumkatapult benutzt um in seine Heimat zurückzukehren. Anschließend wird er von Seven of Nine gerufen, die ihn ins astrometrische Labor bittet. Dort informiert sie ihn, dass sie vermutet, dass Janeway die ''Voyager ''absichtlich im Delta-Quadranten stranden ließ. Sie vermutet eine Zusammenarbeit mit dem Fürsorger und den Cardassianer. Sie vermutet, dass die Föderation versucht eine militärische Präsenz im Delta-Quadranten zu etablieren. Chakotay hält diese Vermutung jedoch für reine Spekulation. Allerdings hat er gewisse Zweifel und trifft Vorbereitungen. Daher bringt er die Sensorendaten persönlich zu Torres und verlangt die Sabotage der Schildemitter um sechs Stunden Zeit zu gewinnen. Torres glaubt jedoch Seven nicht und hält es für einen Scherz. Als er wenig später eine Energiesignatur entdeckt und Sevens Alkoven untersucht, begegnet er Captain Janeway. Sie stellen fest, dass sie in die Irre geführt wurden. Daraufhin veranlasst Chakotay eine Untersuchung des Alkovens durch den Doktor. Es stellt sich heraus, dass Seven of Nine Fehlfunktionen hat, da sie zu viele Daten herunterlud. Captain Janeway gelingt es Seven of Nine davon zu überzeugen, dass sie sich geirrt hat. Anschließend spricht sie sich mit Chakotay bei einer Tasse Kaffee aus. ({{VOY|Die Voyager-Konspiration}})

Seven of Nine<nowiki> </nowiki>entdeckt wenig später ein Mikrowurmloch und empfängt eine Botschaft von<nowiki> </nowiki>der Sternenflotte. Darüber informiert sie die Brücke. Nachdem man Kontakt mit dem Sternenflottenkommando aufnehmen kann, stößt die Crew darauf im Kasino an. ({{VOY|Das Pfadfinder-Projekt}})

Als das Schiff<nowiki> </nowiki>auf eine Neutronenwellenfront trifft, bespricht sie mit den anderen Führungsoffizieren die Situation im astrometrischen Labor. Er erkundigt sich nach den Auswirkungen der Strahlung auf die Crew. Janeway antwortet, dass dieser durch eine Schutzimpfung begegnet werden soll. Er arbeitet auf der Brücke, als das Schiff die Wellenfront durchfliegt. Nach einiger Zeit, sucht er Janeway auf dem Holodeck auf und besucht später Neelix. Nachdem er wieder im Dienst ist, holt er bei Seven of Nine die neuesten Sensordaten ab und zeigt sie Janeway. Auf der Brücke, unterhält er sich mit Janeway über ihre Holodeckaktivitäten und freut sich darüber, dass sie auf dem Holodeck Spaß hat. Als man die Wellenfront schon fast verlassen hat, verstärkt sich diese wieder. Nachdem das umgekehrte Warpfeld, welches als Anker fungierte, versagt, lässt Chakotay die Manövriertriebwerke aktivieren um das Schiff zu stabilisieren. Jedoch bleibt diese Maßnahme ergebnislos. Daher will er den Deflektor aktivieren, um sich einen Weg durch die Wellenfront zu schneiden. Janeway stimmt diesem Plan zu und die ''Voyager'' kann den Sturm verlassen. ({{VOY|Fair Haven}})

Nachdem Seven<nowiki> </nowiki>of Nines Effizienzanalyse ergibt, dass besonders drei Crewman Probleme haben, effizient zu arbeiten, stellt Janeway fest, dass diese Offiziere auch noch nie auf einer Außenmission waren. Chakotay meint, dass Harren nie antritt, Celes die Leistungsanforderungen nicht erfüllt und Telfer immer vom Doktor krankgeschrieben wird. Chakotay will sie daher vom Dienst befreien und ihren Interessen nachgehen lassen. Janeway begibt sich auf eine Außenmission mit den Offizieren. Dabei werden sie von einer Dunkle-Materie-Lebensform angegriffen und werden nach einem Angriff bewusstlos. Die ''Voyager'' kann sie retten und Chakotay ist bei Janeway als sie erwacht und teilt ihr mit, dass es allen gut gehe. ({{VOY|Der gute Hirte}})

Da sich einige Betrüger als Crewmitglieder der ''Voyager'' ausgeben und ihre Handelspartner bestehlen, nimmt [[Orek]] mit ihnen Kontakt auf. Er fordert Dilithium zurück, dass Janeway<nowiki> </nowiki>angeblich gestohlen haben soll. Er präsentiert ihnen eine visuelle Aufzeichnung, die das belegen soll. Mit Orek kommen sie überein, die Fremden, die sich als Crew der ''Voyager'' ausgaben, zu verfolgen. Letztlich gelingt es die Betrüger aufzuspüren und zu verhaften. ({{VOY|Lebe flott und in Frieden}})

 Im Im darauffolgenden Kampf mit dem Raumschiff der Hologramme, bedient Chakotay die taktische Station. Es gelingt den Hologrammen jedfoch zu entkommen. Chakotay wird anschließend mit Captain Janeway von Seven of Nine über das Ausmaß der Schäden informiert. Gerade als Chakotay fragt, wie die Hologramme ihre Schilde durchdringen konnten, tritt Tuvok hinzu und beantwortet die Frage damit, dass die Hologramme ihren Deflektorstrahl entgegen ihrer Schildfrequenz modulierten. Man begibt sich anschließend auf die Jagd nach den Hologrammen. Wegen Meinungsverschiedenheiten kündigen die Hirogenjäger die Zusammenarbeit auf und machen sich allein auf die Suche. Die ''Voyager'' folgt deren Schiff und erreicht so das Schiff der Hologramme in einem Nebel. Um nicht entdeckt zu werden, reist man in dem Sog, den die Hirogenschiffe hinter sich herziehen. Nachdem man das Schiff der Hologramme aufgespürt hat, kann man die Hirogenschiffe kampfunfähig schießen. Jedoch beamen die Hologramme die Hirogen auf den Planeten, um sie dort zu jagen. Janeway befiehlt daher Chakotay ein Shuttle zu nehmen und die Hologramme zu deaktivieren. ({{VOY|Fleisch und Blut, Teil II}})

 Wenig [[Datei:Chakotay überzeugt seine Maquis Janeway zu helfen.jpg|thumb|Chakotay überzeugt seine Maquis, Janeway zu helfen.]]Wenig später sucht er den Frachtraum auf und entdeckt Icheb und Naomi Wildman beim Puzzeln. Da Icheb eigentlich einen Aufsatz über Transwarpinstabilitäten schreiben soll, bittet er Chakotay dies für sich zu behalten. Chakotay willigt ein, wenn Icheb Neelix nichts von dem antarianischen Apfelwein erzählt, den er im Frachtraum vor Neelix versteckt hat. Icheb rät ihm die Kisten zwischen den Borgkomponenten zu verstecken, da Neelix diese niemals inventarisiert. Anschließend begibt er sich in das Quartier von Captain Janeway um mit ihr zu Abend zu essen. Dieses wird jedoch bald darauf unterbrochen, weil das Schiff auf eine Zeitanomalie trifft. Chakotay begibt sich in den Maschinenraum und versucht mit Torres den Warpkern auszustoßen, als sich dieser destabilisiert. Dabei wird er allerdings durch eine temporale Entladung getroffen und verletzt. Der Doktor behandelt ihn auf der Krankenstation, allerdings wird das Schiff in verschiedene Zeitrahmen zersplittert. Als Chakotay auf der Brücke nach dem Rechten sehen will, verschwindet im Turbolift sein Medizinkoffer, da er in einen anderen Zeitrahmen gewechselt ist. Auf der Brücke gelangt er in einen Zeitrahmen, in dem sich das Schiff noch im Alphaquadranten befindet und wird von Janeway gefangen genommen. Er versucht ihr die Situation zu erklären, aber sie hält es für eine Sabotage des Maquis und lässt Chakotay in die Arrestzelle bringen. Auf dem Weg dorthin, verschwinden die Sicherheitsoffiziere im Turbolift und Chakotay gelangt in den nächsten Zeitrahmen. Im Maschinenraum hat Seska mit den Kazon die Kontrolle und verhaftet Chakotay. Er berichtet ihr, dass ein Kommandotrupp an Bord ist und Sabotage durchführt. Als Chakotay einen Zeitriss auf der zweiten Ebene entdeckt, schlägt er zwei Kazon nieder und geht hindurch. So gelangt er wieder auf die Krankenstation und bespricht die Situation mit dem MHN. Da Chakotay der einzige ist, der die Barrieren überwinden kann, will er wieder auf die Brücke fahren und mit dem Captain reden. Er erzählt, dass er weiß, dass sie klassische Musik liebt, aber nie ein Instrument lernte. Da er sie nicht überzeugen kann, injiziert er ihr das Hypospray und verlässt die Brücke mit ihr. Auf dem Weg ins astrometrische Labor informiert er sie darüber, dass Kim es konstruiert hat. In der Astrometrie treffen sie auf Naomi Wildman und Icheb, 17 Jahre in der Zukunft. Von den beiden erfahren sie mehr über die Anomalie und begeben sich anschließend in Frachtraum 2, um Seven of Nine zu finden. Dieser ist in der Zeit, als sie eine Allianz mit den Borg eingingen. Von Seven of Nine erfahren sie, wie sie das Schiff wieder in Gleichzeitigkeit bringen können. Dafür müssen sie jedoch die bioneuralen Gelpacks im Schiff modifizieren. Vom Doktor erhalten sie Gürtel, welche es ihnen ermöglicht die Zeitrahmen zu wechseln. Nachdem sie vor Makroviren geflohen sind, gelangen sie auf das Holodeck in eine Simulation von Doktor Chaotica. Dieser nimmt sie gefangen, wird jedoch von Janeway animiert die Holodeckkontrollen zu entdecken. So können sie entkommen und treffen im Transporterraum auf Torres und einige Maquis, die sich im Jahr 2371 befinden. Chakotay informiert Janeway darüber, dass sie die Phalanx des Fürsorgers zerstörte und sie daher hier strandeten, um die Ocampa zu retten. Anschließend gelangen sie ins Kasino, dass sich in der Gegenwart befindet und wo, Tuvok an einer Strahlenvergiftung stirbt. Anschließend begeben sie sich in einen Turbolift und fahren auf Deck 11. Janeway will das Schiff mit ihrem Zeitrahmen synchronisieren, aber Chakotay kann sie überzeugen, dass die Crew zusammenwachsen wird und sie Völker, wie die Ocampa retten. Er informiert sie über Seska, die für die Cardassianer spionierte, mit den Kazon das Schiff übernahm und dann besiegt wurde. Chakotay begibt sich in den Maschinenraum und erhält von Seska die Erlaubnis, Vorbereitungen zu treffen, um das Schiff wieder in Gleichzeitigkeit zu bringen. Diese plant jedoch das Schiff in ihrem Zeitrahmen zu synchronisieren. Gerade als sie diesen Plan umsetzen will, springen Paris und Kim aus dem anderen Zeitrahmen von der zweiten Ebene des Maschinenraums herunter und überwältigen die Kazon. Anschließend treffen sie alle Vorbereitungen, um das Schiff wieder in Gleichzeitigkeit zu bringen. Chakotay verabschiedet sich von Janeway und initiiert den Impuls. Nachdem er im Maschinenraum erscheint, konfiguriert er mit Torres den Deflektor zu einem Blitzableiter, der dadurch ausbrennt, aber die temporale Integrität des Schiffs erhält. Als Janeway eine Erklärung für seine Handlungsweise verlangt, antwortet er, dass er diese Frage aufgrund der obersten temporalen Direktive nicht beantworten kann. Anschließend setzen sie ihr Abendessen fort und philosophieren über die Zukunft. ({{VOY|Zersplittert}})

 Nachdem Nachdem B'Elanna Torres schwanger wird, gratuliert er ihr im Maschinenraum und schlägt ihr später auch einen Namen für das Kind vor. Außerdem bietet er sich als Pate an, jedoch entscheidet sich Torres für den Doktor, da Chakotay so gut wie nichts über Kindererziehung weiß. ({{VOY|Abstammung}})

 Als Als man den Notruf eines Gefangenentransporters empfängt, nimmt man die Überlebenden<nowiki> </nowiki>an Bord. Anschließend besprechen Janeway, Chakotay, Tuvok und der Gefängnisdirektor [[Yediq]] die Situation in Janeways Raum. Nachdem das Schiff von einem [[Benkaraner|benkaranischen]] Schiff angegriffen wird, dass die Gefangenen befreien will, übernimmt er die taktische Station. Letztlich gelingt es den Befreiungsversuch zu vereiteln. ({{VOY|Reue}})

[[2383]] kommandiert er die [[USS Protostar|USS ''Protostar'']] und transportiert Admiral Janeway im Delta-Quadranten, als das Schiff von [[Drednok]] angegriffen und geentert wird. Chakotay sendet noch einen Notruf, ehe er überwältigt wird. Drednok eignet sich auch Chakotays Kommandocode "Zulu X-Ray X-Ray / 475" an. ({{PRO|Erstkontakt|Zeitphasen|Präludium}}; {{e|Der Körpertausch}})

* {{e|Erstkontakt}}* {{PRO|Der Körpertausch}}}}