Nach Spocks Tod kehrt die ''Enterprise'' zur Erde zurück. Scott gelingt es in dieser Zeit die Schäden an der ''Enterprise'' zu reparieren. Allerdings beginnt sich in dieser Zeit McCoy seltsam zu verhalten und Kirk trifft McCoy verwirrt in Spocks Quartier vor. McCoy erwähnt, dass er auf Genesis zurück gelassen wurde und zum [[Berg Seleya]] auf Vulkan gebracht werden muss. McCoy muss darauf medizinisch behandelt werden. Im [[Raumdock]] will sich Scott dann um die Umrüstung der ''Enterprise'' kümmern. Doch [[Flottenadmiral]] [[Harry Morrow]] macht Scott klar, dass die ''Enterprise'' außer Dienst gestellt wird. Statt dessen wird Scott zum Captain befördert und auf die [[USS Excelsior|USS ''Excelsior'']] versetzt, um bei der Entwicklung des [[Transwarpantrieb]]s mit zu helfen. Scott ist nicht besonders begeistert von dieser Beförderung, da er die ''Excelsior'' für ein hässliches Schiff hält. Scott dient in dieser Zeit unter dem Kommando von Captain [[Lawrence H. Styles]]. Inzwischen erfährt Kirk von Spocks Vater [[Sarek]], dass Spock vor seinem Tod seine [[Katra]] übertragen hat und beide finden heraus, dass Spock seine Katra in McCoy transferiert hat. Kirk muss McCoy und Spocks Leichnam nach Vulkan bringen, damit beide gerettet werden können. Inzwischen ist aber Genesis zum Sperrgebiet erklärt worden und Kirk muss die ''Enterprise'' stehlen, um sich dahin zu begeben. Im Auftrag von Admiral Kirk sabotiert Scott den Warpantrieb der ''Excelsior'', damit diese die ''Enterprise'' nicht verfolgen kann.