Im Jahr [[2259]] ist Scott noch immer auf der ''Enterprise'' stationiert und ist mit an der Rettung des Planeten [[Nibiru]] beteiligt. Die ''Enterprise'' befindet sich zu dieser Zeit versteckt im [[Ozean]] des Planeten, doch Scott ist davon gar nicht begeistert, da das [[Salz]]wasser der ''Enterprise'' schadet. Seine Wut über die Situation lässt Scott an Kirk und [[Leonard McCoy (Neue Zeitlinie)|Leonard McCoy]] aus, welche nach einem eher unfreiwilligen Tauchgang aus der [[Luftschleuse]] steigen. Kirk erklärt er, dass das Salzwasser den Rumpf beschädigt und fragt ihn, wie er auf die dumme Idee gekommen sei, ein Schiff auf dem [[Meer]]esboden zu verstecken; doch sein Captain hat in diesem Moment keine Zeit um auf seine Fragen einzugehen, da er sich um Spock, welcher im nahen [[Vulkan (Geologie)|Vulkan]] feststeckt, sorgt. Kirk will mit der ''Enterprise'' in den Vulkan fliegen, um Spock zu retten. Doch Scott hält dies für keine gute Idee, da das Risiko für die ''Enterprise'' zu groß wäre. Als die ''Enterprise'' startet, sieht Scott plötzlich auf den Monitor einen riesigen [[Fisch]], welcher ihn in Schrecken versetzt und er ist froh , endlich den Ozean zu verlassen. Die ''Enterprise'' fliegt in den Vulkan, kann dort Spock retten und den Vulkanausbruch verhindern und somit die [[Nibiraner]] retten. Allerdings wird Kirk durch den Bruch der [[Oberste Direktive|obersten Direktive]] das Kommando über die ''Enterprise'' entzogen.

Nach dem Angriff auf die Admiralität der [[Sternenflotte]] in [[San Francisco]] durch [[John Harrison]], findet Scott den entscheidenden Hinweis, wo dieser sich hingebeamt hat. In den [[Trümmer]]n des [[Shuttle]]s hat er ein transportables Beamer-Gerät gefunden, welches noch die Koordinaten von [[Qo'noS]] anzeigt. Durch diesen Hinweis kann Kirk das Kommando über die ''Enterprise'' und die Einsetzung von Spock als seinen [[Erster Offizier|ersten Offizier]] fordern. Die ''Enterprise'' wird durch diese Entdeckung von [[Admiral]] [[Alexander Marcus]] mit hochtechnologiesierten hochtechnologisierten Torpedos nach Qo'noS geschickt, um Harrison aufzuhalten. An Bord der ''Enterprise'' stellt sich Scott allerdings quer. Er will die Torpedos erst genehmigen, wenn er einen von ihnen auseinander gebaut und kontrolliert hat, doch die Pläne und weitere Informationen zu ihnen sind geheim. Er kommt mit seinem Captain in Konflikt, welcher einfach die Genehmigung will , um endlich loszufliegen. Im Verlauf der Diskussion hat Scott keine andere Wahl und bittet um Freistellung vom Dienst, was Kirk widerwillig gewährt. Scott, der sich klar wird, um was er gerade gebeten hatte, wendet sich nochmals als Freund an Kirk und sagt ihm, dass er auf keinen Fall diese Torpedos einsetzen soll, dann geht er mit Keenser von Bord.

Nachdem Scott wieder auf der [[Erde]] ist, befindet er sich mit Keenser in einer [[Bar]] in San Francisco, betrinkt sich und schimpft auf die Sternenflotte, die seine Formel geklaut hat , und auf Keensers geringe EigenaktiveEigenaktivität. Während er so rumzettertrumzetert, meldet sich Kirk auf seinem Kommunikator und gibt ihm die Koordinaten zu einer bestimmten Sache in der Nähe von [[Jupiter]]. Scott ist allerdings wütend auf seinen Freund und spricht ihn wegen der Sache mit den Torpedos an, worauf Kirk erwidert, dass er um eine Freistellung gebeten hatte, worauf Scott die Verbindung trennt und vor sich hin schmollt. Letztendlich nimmt er sich allerdings ein Shuttle und fliegt die Koordinaten an. Dort findet Scott einen riesigen Hangar mit einem erschreckend großem Etwas vor. Scott entdeckt die [[USS Vengeance|USS ''Vengeance'']], welche von Admiral Marcus kommandiert wird , und begibt sich heimlich an Bord. Marcus fordert die Auslieferung von dem inzwischen gefangenen Harrison und Kirk erwidert, dass er die wahre Identität von Harrison als [[Khan Noonien Singh (Neue Zeitlinie)|Khan Noonien Singh]] kennt. Darauf greift Marcus die ''Enterprise'' an und will diese vernichten.

Während des Kampfes gegen die ''Enterprise'' sabotiert Scott die Waffensysteme der ''Vengeance'' und verhindert so die Zerstörung der ''Enterprise''. Darauf bittet Scott Kirk um seine Rettung von der ''Vengeance''. Doch da der Transporter nicht funktioniert, begeben sich Kirk und Khan mit Raumanzügen zur ''Vengeance''. Scott bekommt von Kirk den Auftrag , die Luftluke zum Hangardeck zu öffnen, damit er und Khan an Bord kommen können. Scott ist von der Idee nicht begeistert und äußert seine Bedenken, macht sich dann aber auf den Weg. Als Scott die Luke öffnen will, wird dieser von einem [[~/Person/Film/12/2|Sicherheitsoffizier]] überwältigt. Doch Scott gelingt es die Luke zu öffnen und durch einen Gurt, wird er nicht wie der Sicherheitsoffizier in den [[Weltraum]] gesaugt. Nachdem Kirk und Khan im letzten Moment durch die Luftluke gekommen sind, führt Khan Scott und Kirk durch das Schiff zur Brücke, um Admiral Marcus zu stellen. Nachdem Khan während eines kleinen Kampfes mit den Sicherheitsleuten des Schiffes verschwunden ist, weist Kirk seinen Freund an, diesen auf der Brücke zu betäuben. Scott ist kurz verwirrt und fragt nach, wieso er Khan, welcher ihnen hilft, betäuben soll, doch Kirk berichtigt ihn und meint, dass sie ihm helfen. Kurz darauf taucht Khan wieder auf und sie gehen zur Brücke.

Auf der Brücke stellen sie Admiral Marcus. Nachdem die Situation gesichert scheint, betäubt Scott Khan und bewacht ihn. Doch die Betäubung hält nicht lange. Khan überwältigt ihn und Kirk, verletzt die ebenfalls anwesende [[Carol Marcus (Neue Zeitlinie)|Carol Marcus]] und tötet Admiral Marcus, dann droht er der ''Enterprise'' mit der Ermordung ihres Captains, sollte er nicht seine Torpedos zurückbekommen. Nachdem der Deal steht, beamt Khan die übrigen Drei rüber drei hinüber und bereitet die Vernichtung des Schiffes vor. Auf der ''Enterprise'' tragen Scott und Kirk die verletzte Marcus auf die [[Krankenstation]], da wird das Schiff von der Explosionswelle der explodierenden Torpedos erwischt und schwer beschädigt. Die Energie und Notversorgungssysteme fallen aus. Scott hat einen Plan , um das Problem zu lösen und rennt mit Kirk runter in den Maschinenraum und zum Warpkern. Scott und Kirk versuchen die ''Enterprise'' wieder manövrierfähig zu machen. Während des Absturzes des Schiffes werden sie im Maschinenraum allerdings von der [[Schwerkraft]] überrascht und hängen an einem der Wartungsstege. [[Pavel Andreievich Chekov (Neue Zeitlinie)|Pavel Chekov]] kommt herbeigeeilt und kann die beiden vor dem Tod retten.

Unten beim Kern angekommen, muss Scott feststellen, dass die Energieklammern falsch ausgerichtet sind und somit eine Wiederherstellung der Energie unmöglich ist. Er gibt das Schiff auf, doch Kirk lässt sich davon nicht beirren und rennt zur Sicherheitsschleuse. Scott rennt ihm nach, da er weiß, was er vorhat, kann diesen aber nicht aufhalten oder von der Idee abbringen, da Kirk ihn bewusstlos schlägt und am Steuerpult des Kerns festmacht. Nachdem die Energie wiederhergestellt und das Schiff gerettet wurde, informiert Scott Commander Spock darüber, dass dieser sofort runter herunter kommen solle. Er steht abseits und muss machtlos zuschauen, wie Kirk hinter dem Sicherheitsglas stirbt. Spock verfolgt darauf Khan auf die Oberfläche, um diesen aufzuhalten. Spock kann Khan wieder einfangen und durch sein [[Super-Blut|Blut]] kann Kirk gerettet werden. ({{film|12}})

Als Scott ein Jahr später seinen Dienst, wegen eines moralischen Konflikts bei Kirk quittiert, begleitet Keenser ihn und verlässt ebenfalls die ''Enterprise''. auf der Erde verbringen beide auch ihre Freizeit zusammen. Als Scott später auf die ''Enterprise'' zurück kehrt, kommt auch Keenser wieder mit an Bord. ({{film|12}})

;[[2257]]: Scott wird aufgrund eines missglückten Experiments nach Delta Vega strafversetzt.

;Scott:Ich hatte eine kleine Meinungsverschiedenheit mit meinem Ausbilder über relativistische Physik und ihre Bedeutung fürs Subraumreisen. Er glaubte doch echt, die Reichweite des Beamens einer Pampelmuse sei nicht mehr als 100 Meter. Ich hab ihm gesagt, ich könnte nicht nur eine Pampelmuse von einem Planeten zum benachbarten Planten Planeten im gleichen System beamen, was nebenbei einfach ist, ich könnte es mit einer Lebensform. Also versuchte ich es mit Admiral Archers geliebten Beagle.