Im selben Jahr kommt es unter den Borg zum Aufstand. Einige Borg treffen sich während ihrer Regenerationszyklen in [[Unimatrix Zero]], einer virtuellen Umgebung. Die Borg-Königin sieht darin eine große Gefahr und versucht die befallenden Drohnen zu finden. Captain [[Kathryn Janeway|Janeway]] und [[Seven of Nine]] versuchen den Borg in Unimatrix Zero zu helfen indem sie einen Virus freisetzt damit die Borg-Königin keine Möglichkeit hat die befallenden Borg zu finden. Die Borg-Königin zerstört inzwischen alle Schiffe, die auch nur ansatzweise vom Virus befallen sind. Ein infizierter Borg reicht schon für die Vernichtung von 60.000 Drohnen aus. Janeway findet eine Möglichkeit die befallenden Borg zu befreien aber dafür muß muss Unimatrix Zero vernichtet werden. Janeway ist erfolgreich und viele Borg werden aus dem Hive-Bewusstsein befreit ({{VOY|Unimatrix Zero, Teil I|Unimatrix Zero, Teil II}}).