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Die [[Xindi-Biowaffe]] ist ein nicht durch den [[Xindi-Rat]] befürwortetes Projekt der [[Xindi-Reptilianer]], welches ebenfalls auf die Vernichtung der [[Mensch]]heit durch eine [[Biogene Waffe]] abzielt.
Zunächst schleusen die Reptilianer eine [[Agent]]in auf die [[Enterprise (NX-01)|''Enterprise'']] ein, welche sich der Crew als [[Sklaverei|Sklavin]] „[[Rajiin]]“ ausgibt. Nachdem sie jedoch beim Sammeln der biometrischen Daten der Menschen auffliegt und in die [[Arrestzelle]] gesteckt wird, wird sie von einem Stroßtrupp von Reptilianern und [[Xindi-InsektoideInsektoid|Insektoiden]] befreit und mitsamt ihrer gesammelten Daten dem Rat vorgeführt, der sich jedoch empört über die Aktionen zeigt.
Durch die [[Sphärenbauer]] werden dann einige Reptilianer auf die [[Erde]] des [[Zeiteinheit|Jahres]] [[2004]] geschickt, welche vor Ort Daten über die [[Blut]]gruppen der Menschen sammeln und den [[Biologie|biologischen]] Kampfstoff für jede der vorkommenden Blutgruppen und die beiden unterschiedlichen [[Rhesus-Faktor]]en. Dabei werden die Xindi von einem Menschen namens [[Loomis (21. Jahrhundert)|Loomis]] unterstützt, der die Proben in Form von sedierten Menschen gegen Bezahlung abliefert.