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Während der nächsten drei Monaten kümmert sich Weyoun darum, dass die Cardassianer den Nichtangriffspakt mit dem Dominion einhält. Weyoun ist allerdings sehr verärgert, da es Dukat noch immer nicht geschafft hat das Minenfeld zu entfernen. Als Weyoun erfährt das die Bajoraner auf die Station zurückkehren ist dieser sehr erfreut, da er alle für Freunde hält und er bittet [[Kira Nerys]], dass er sich mit Odo treffen darf. Als Odo später Weyoun bittet seinen Sicherheitsdienst wieder einsetzten zu lassen, erfüllt Weyoun sofort seine Bitte. Weyoun bittet Odo am [[Regierungsrat von Deep Space 9]] teilzunehmen und Odo erfüllt Weyoun diese Bitte. ({{DS9|Zeit des Widerstands}})
[[Datei:Weyoun beim Angriff auf Deep Space 9.jpg|thumb|Weyoun während des Angriffs auf Deep Space 9.]]
Nachdem Damar ein Padd verloren hat, in dem er Vorschlägt die letzten [[Ketracel-White]] Vorräte zu vergiften, um die Jem'Hadar zu eliminieren, wird dieses von den Jem'Hadar gefunden. Darauf eskaliert die Situation und es kommt zu einem Streit zwischen den Jem'Hadar und den Cardassianern im [[Quarks]], bei dem es zu mehreren Todesopfer gibt. Weyoun und Dukat gelingt es zwar den Streit zu schlichten und sie müssen weiterhin den Anschein wahren, dass sie noch immer Alliierte und Freunde sind. Als die [[Gründerin]] nach Deep Space 9 kommt, um den Kriegsverlauf zu überwachen, fühlt sich Weyoun sehr geehrt. Doch als sich die Gründerin wegen der Entfernung des Minenfelds bei Weyoun erkundigt, macht Weyoun Dukat Vorwürfe, dass dieser das Minenfeld noch immer nicht entfernt hat. Der Gründerin fällt auf, dass Weyoun und Dukat ziemlich oft miteinander konkurrieren. ({{DS9|Hinter der Linie}})
Währenddessen gelingt es Damar einen Weg zu finden das Minenfeld zu deaktivieren und nachdem [[Rom]] versucht hat dies zu verhindern, wird dieser verhaftet. Kira bittet darauf Weyoun Rom frei zulassen, doch Weyoun stimmt der Bitte Kira nicht zu da Rom hingerichtet werden soll. Später sieht er zufrieden mit Dukat zu wie die Minen deaktiviert werden, allerdings erfährt er dass sich eine große Flotte der Föderation der Station nähert. Als sich kurz darauf Dukat mit Damar wegen seiner Tochter streiten, mischt sich Weyoun in diesen Streit ein, da es im Moment wichtigere Sachen gibt als lächerliche Familienangelegenheiten. Kurz darauf meldet sich Weyoun bei der Gründerin, da sich eine Streitmacht der Sternenflotte der Station nähert. ({{DS9|Ein kühner Plan}})
[[Datei:Die Verfolgung des Kriegsgeschehens.jpg|thumb|left|Weyoun, Dukat und die Gründerin verfolgen das Kriegsgeschehen.]]
Während des Kampfes beobachten Weyoun und Dukat das Kampfgeschehen der Flotten. Dukat erkennt dabei sofort Siskos Kampfstrategie, allerdings versteht Weyoun diese nicht und Dukat dies. Dukat will Weyoun vor der Gründerin bloßstellen, doch Weyoun erklärt, dass lieber Dukat der Gründerin die Strategie erklären soll. Als es so Aussieht, dass die Dominion-Flotte die Schlacht gewinnt und bald die Verstärkung aus dem Gamma-Quadrant kommt, feiert Dukat seinen Sieg. Doch Weyoun ermahnt Dukat zur Vorsicht da der Krieg noch nicht gewonnen ist. Weyoun befürchtet, dass nach der Eroberung der Föderation eine Rebellion von der ausbrechen könnte und er schlägt Dukat vor die komplette Bevölkerung der [[Erde]] auszurotten. Doch Dukat will dies nicht zulassen, da er es einen wahren Sieg erkennt, wenn der Feind eine Niederlage anerkennt und nur im Notfall sollte man den Feind ausrotten. Weyoun findet diese Eigenschaft an Dukat interessant und faszinierend. Später beobachten Weyoun, Dukat und die Gründerin die Deaktivierung der Minen von der [[Operations Center|OPS]] aus, aber sie ahnen nicht, das inzwischen die Waffen der Station sabotiert sind. Als die [[USS Defiant (NX-74205)|''Defiant'']] auftaucht befiehlt Weyoun diese zu Zerstören, doch diese fliegt ins Wurmloch wo sich die Verstärkung des Dominions nähert. Doch diese Verstärkung wird von den [[Wurmlochwesen]] vernichtet und die ''Defiant'' beginnt die Station anzugreifen. Da die Waffen der Station nicht mehr funktionieren, keine Verstärkung erscheint und sich immer mehr Schiffe der Föderation der Station nähern, veranlasst Weyoun die Evakuierung der Station. Dabei passt Weyoun persönlich auf die Gründerin auf, damit dieser nichts geschieht. ({{DS9|Sieg oder Niederlage}})
Weyoun kehrt nach [[Cardassia Prime]] zurück, als die [[Föderation]] und die [[Klingone]]n Deep Space 9 zurückerobern. Da Dukat über dem [[Tod]] seiner Tochter zerbrochen ist und in Föderationsgefangenschaft gerät, ernennt Weyoun [[Damar]] zum neuen Führer der Cardassianischen Union. ({{DS9|Statistische Wahrscheinlichkeiten}})