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Als die [[Cardassianer]] sich entschließen, [[Bajor]] zu verlassen, bleibt auch eine alte Erzverarbeitungsanlage in Form der [[Raumstation]] [[Terok Nor]] zurück. Als die [[Föderation]] sich dazu entschließt, Bajor zu unterstützen, übernimmt sie auch die Verwaltung dieser alten Station. Sie erhält anschließend die neue Bezeichnung [[Deep Space 9]] und wird nach und nach modernisiert. Die ''Enterprise'' ist eines der ersten Schiffe der Sternenflotte, die an diese neue Raumstation andockt. Sie bringt die ersten [[Führungsoffizier]]e, sowie die ersten Exemplare der neuen [[Danube-Klasse|''Danube''-Klasse]] zur Station, die von nun an hier stationiert sind ({{DS9|Der Abgesandte, Teil I}}).
Die ''Enterprise'' erreicht die [[Remmler -Phalanx]], um die häufig anfallenden [[Baryonpartikel]] beseitigen zu lassen. Allerdings nutzen einige Terroristen die Gelegenheit, um eine bestimmte Menge [[Trilithium]]harz zu stehlen, was durch einige Veränderungen zu waffenfähiges Material verändert werden kann. Obwohl Captain Picard alleine auf dem Schiff ist, kann er dennoch durch sein Training und seine Erfahrung die Terroristen überlisten ({{TNG|In der Hand von Terroristen}}).
Im Jahr 2370 soll die USS ''Enterprise'' nach der verschwundenen [[USS Pegasus|USS ''Pegasus'']] suchen. Dabei wird diese Mission von [[Rear-Admiral]] [[Erik Pressman|Pressman]] persönlich überwacht. Als man das Wrack schließlich findet, entfernt Pressman heimlich eine illegale Technologie in Form einer [[Interphasen-Tarnvorrichtung]] aus dem Schiff. Als dies jedoch später entdeckt wird, lässt Captain Picard den Admiral unter Arrest stellen, da er gegen den [[Vertrag von Algeron]] verstoßen hat ({{TNG|Das Pegasus-Projekt}}).