Die USS ''Rubicon'' wird [[2371]] auf der [[Raumstation]] [[Deep Space 9]] stationiert und fungiert als Ersatz für die zerstörte [[USS Mekong|USS ''Mekong'']]. Das Runabout erhält den Namen ''Rubicon'' von [[Commander]] [[Benjamin Sisko]]. ({{DS9|Familienangelegenheiten}})

Anfang [[2372]] führen [[Doktor]] [[Julian Bashir]] und [[Chief]] [[Miles O'Brien]] mit der ''Rubicon'' eine Bioinspektion auf [[Merik III]] im [[Gamma-Quadrant]] durch. Auf dem Rückflug nach Deep Space 9 muss die ''Rubicon'', durch Einwirkung eines [[Subraum-Magneton-Impuls]]es, auf dem [[Planet]]en [[Bopak III]] notlanden. Die beiden werden kurze Zeit später von einer Gruppe [[Jem'Hadar]] gefangen genommen, welche auch für die Aussendung des Impulses verantwortlich sind. [[Goran'Agar]] versucht auf der Planetenoberfläche eine Gruppe Jem'Hadar von der [[Droge]] [[Ketracel-White]] zu befreien. Als Goran'Agar erfährt, dass Bashir [[Arzt]] ist, verlangt er seine Unterstützung. Bashir ist fasziniert von Goran'Agar und will ihm helfen, doch O'Brien sieht in den Jem'Hadar noch immer eine Bedrohung. Mit der ''Rubicon'' plant O'Brien die Flucht. Bashir findet jedoch keinen Weg die Jem'Hadar von den Ketracel-White zu befreien. Mit der Zeit geht den Jem'Hadar das Ketracel-White aus. Goran'Agar lässt unerwartet O'Brien und Bashir frei. Mit der ''Rubicon'' kehren beide auf die Station zurück. ({{DS9|Der Hippokratische Eid}})

Ein paar Wochen später benötigt [[Jadzia Dax]] ein Runabout, woraufhin [[Captain]] Sisko ihr die ''Rubicon'' überlässt. ({{DS9|Die Übernahme}})

[[2374]] untersucht die [[USS Defiant (NX-74205)|USS ''Defiant'']] ein [[Subraumkompressionsanomalie|Subraum-Kompressions-Phänomen]]. Diese Forschung soll bei der Erschaffung von [[Transwarpkanal|Transwarpkanälen]] helfen. Durch diese Anomalie werden allerdings auch Objekte [[Schrumpfen|verkleinert]]. Mit der ''Rubicon'' erforschen Bashir, Dax nd O'Brien die Anomalie. Doch durch den Effekt der Anomalie werden das Runabout und dessen Crew ebenfalls geschrumpft. Sisko und seine Crew überwachen auf der ''Defiant'' die Mission des Runabouts, als plötzlich die ''Defiant'' von den Jem'Hadar angegriffen und darauf übernommen wird. Dadurch bricht der Kontakt zwischen dem Runabout und der ''Defiant'' ab und das Runabout treibt in der Anomalie. Doch dem Runabout gelingt es einen Weg aus der Anomalie zu finden, doch es ist immer noch winzig klein. Da das Runabout keinen Kontakt zur ''Defiant'' herstellen kann, fliegt dieses durch den Impulsschacht in die ''Defiant'' hinein. Dort angekommen bemerken Bashir, Dax und O'Brien, dass die ''Defiant'' von den Jem'Hadar übernommen worden ist. Sisko und seine Crew versuchen währenddessen wieder heimlich die Kontrolle über die ''Defiant'' zu bekommen. Dax und O'Brien erkennen, dass Sisko es nicht allein schafft und Hilfe benötigt. Bashir und O'Brien werden ins Computersystem der ''Defiant'' gebeamt und versuchen dort die Computerkontrolle frei zu schalten. Mit viel Mühe schaffen es die beiden die Kontrolle frei zu schalten. Sisko gelingt es dadurch die Kontrolle über das Schiff wieder zu erlangen, doch dabei wird er von den Jem'Hadar entdeckt. Das Runabout greift darauf die Jem'Hadar an und es gelingt der Crew der ''Defiant'' wieder die Kontrolle über das Schiff vollständig zu erlangen. Nach der Rückeroberung der ''Defiant'' wird die ''Rubicon'' auf ihre normale Größe gebracht. ({{DS9|Das winzige Raumschiff}})

 

{{HGI|Die ''Rubicon'' wurde nach dem berühmten Fluss in [[Italien]] benannt.}}

 

{{HGI|Nach dem Roman ''[[Schatten (Roman)|Schatten]]'' verwendet [[2383]] [[Kira Nerys]] die ''Rubicon'', um ein [[Romulaner|romulanisches]] Schiff im [[Bajoranisches Wurmloch|Wurmloch]] aufzuhalten. Mit der ''Rubicon'' rammt Kira das Schiff und dadurch wird dieses zerstört. Die ''Rubicon'' wird dadurch auch schwer beschädigt. Kira wird bei dieser Aktion von den [[Wurmlochwesen]] gerettet.}}