Die Produzenten waren mit der Rolle der Dr. Pulaski nicht zufrieden und strichen sie wieder aus der Serie. Die Produzenten wollte nicht wieder einen neuen Arzt in die Serie einführen. So kam es, dass McFadden zu Beginn der [[TNG Staffel 3|dritten Staffel]] in die Serie zurückkehrte. In dieser Staffel wurden für die männlichen Besatzungsmitglieder die zweiteiligen Uniformen eingeführt. Die alten einteiligen Overalls hatten den Nachteil, dass sie sich unter den Scheinwerfern schnell aufheizten. Bei diesen Uniformen hatte Stewart das Bedürfnis, die Jacke ständig herunter ziehen zu müssen. Später nannte man diese Angewohnheit auch <q>[[Picard-Manöver|Das Picard-Manöver]]</q>. Mit der Zeit nahmen auch die anderen Schauspieler dieses Verhalten an. Da der Gesundheitszustand von Robbenberry sich verschlechterte, übernahm Rick Berman die Rolle des ausführenden Produzenten. In der dritten Staffel stießen [[Michael Piller]], [[Ronald D. Moore]], [[Brannon Braga]] und [[Ira Steven Behr]] zum Autorenteam dazu. Während der dritten Staffel kostete eine Folge 1,3 Millionen Dollar. In der Folge {{e|Die alte Enterprise}} kehrte Crosby als Yar in einer alternativen Zeitlinie zurück. Zum ersten mal übernahm auch [[Dwight Schultz]] seine Rolle als [[Reginald Barclay]] und Lenard kehrte als Botschafter Sarek auf dem Bildschirm zurück. Am Ende der dritten Staffel gab es den ersten Cliffhanger: {{e|In den Händen der Borg}}, der mit den Worten: <q>Fortsetzung folgt</q> endete, um bei den Zuschauern Neugier auf die [[TNG Staffel 4|vierte Staffel]] zu wecken.   

Aufgrund des großen Erfolges der Serie wurde in der [[TNG Staffel 4|vierten Staffel]] das Budget pro Folge aufgestockt. Eine Episode kostete nun bis zu 1,6 Millionen Dollar. Während dieser Staffel verließ Wheaton die Serie aufgrund der Tatsache, dass er mehrere Filmangebote bekam. Ab der Folge {{e|Die Rettungsoperation}} hatte die Serie mehr Folgen, als die originale Serie. Die Staffel endete wieder mit einem Cliffhanger: {{e|Der Kampf um das klingonische Reich, Teil I}} welcher gleichzeitig die hundertste Folge war. Dorten hatten auch [[Barbara March]] als [[Lursa]] und [[Gwynyth Walsh]] als [[B'Etor]] ihren ersten Auftritt.  

Die [[TNG Staffel 5|fünfte Staffel]] wurde vom Tod Roddenberrys überschattet. Die Folgen: {{e|Wiedervereinigung? Teil I}} und {{e|Wiedervereinigung? Teil II}} wurden ihm gewidmet. Gleichzeitig hatte Nimoy als Spock in den beiden Folgen einen Gastauftritt. Der große Erfolg gab der Serie recht, ihr Budget für eine Folge wurde auf 1,7 Millionen Dollar erhöht.  

Zur Mitte der [[TNG Staffel 6|sechsten Staffel]] begann die neue Serie {{S|DS9}}. Zum ersten Mal liefen zwei Star-Trek-Serien parallel im Fernsehen. Diese Tatsache tat jedoch dem Erfolg beider Serien keinen Abbruch, die Fans blieben beiden Serien gleichermaßen treu. In dieser Staffel kam es sogar zu einem Crossover zwischen den beiden Serien wo die ''Enterprise'' Deep Space 9 besucht und Doktor [[Julian Bashir]] besucht die ''Enterprise''. In der {{e|Besuch von der alten Enterprise}} Doohan als Captain Montgomery Scott die neue ''Enterprise''.  

Am 23. Mai 1994 wurde die letzte Folge {{e|Gestern, Heute, Morgen, Teil II}} ausgestrahlt. Damit endete die Serie erfolgreich [[TNG Staffel 7|nach sieben Jahren]]. Die heftige Kritik zu Beginn der Serie erwies sich als unbegründet. Als die Dreharbeiten für die letzte Folge abgeschlossen waren, begannen auch schon die Dreharbeiten für den ersten Kinofilm mit der neuen Generation.  Laut Rick Berman war diese Zeit sehr chaotisch. Eine Serie ging zu Ende, die zweite Staffel von ''Deep Space Nine'' sowie ein Kinofilm wurden produziert und {{S|VOY}} stand mitten in den Vorbereitungen.

In Deutschland wurde die Serie mit dem Titel: <q>''Raumschiff Enterprise: Das nächste Jahrhundert''</q> im ZDF ausgestrahlt. Am 07. September 1990 wurde die erste Folge: {{e|Der Mächtige}} gesendet. Das ZDF strahlte die ersten 83 Folgen aus. Danach sicherte sich der Privatsender Sat. 1 die Rechte an der Serie und ließ die übrigen Folgen synchronisieren. Dadurch bekamen die Rollen Picard, Crusher und Troi neue Synchronsprecher. Am 27. Juli 1994, nur zwei Monate nach der Erstausstrahlung in den USA, wurde auch die letzte Folge der Serie in Deutschland gezeigt. Auch hierzulande erfreut sich die Serie großer Popularität. Später wurde die Serie auch auf den Sendern Kabel 1 und Tele 5 ausgestrahlt.  

Schließlich kam man auf die Idee, in dem Film den [[Erstkontakt|ersten Kontakt]] zwischen der Menschheit und Außerirdischen zu zeigen. Man wählte [[Zefram Cochrane]] aus, der den ersten Kontakt ermöglicht und dem ersten [[Lebewesen]], das nicht von der Erde stammt, die Hand zu schütteln. Er war schon aus der originalen Serie bekannt. Der Film sollte in der Stadt <q>Resurrection</q>, was zu deutsch <q>Auferstehung</q> bedeutet, spielen und der Film bekam den Titel <q>Star Trek: Resurrection</q>. Als bekannt wurde, dass der vierte Alien-Film auch <q>Resurrection</q> heißen würde, änderte man den Titel in <q>First Contact</q>.

Für die Produzenten stand von Anfang an fest, dass dieser Film die [[Oberste Direktive]] behandeln sollte. Einer der ersten Titel für diesen Film lautete <q>Star Trek: Prime Directive</q>. Regie führte wieder Jonathan Frakes. Der Film hatte ein Budget von nunmehr 58 Millionen Dollar. Viele Sets wurden aus den sich noch in Produktion befindlichen Serien ''Deep Space Nine'' und ''Voyager'' übernommen. Dieser Film war auch der erste Star-Trek-Film, in dem sämtliche Weltraumszenen im Computer entstanden.  

Dieser Film war nicht so erfolgreich wie der vorige Film. ''Der Aufstand'' spielte in den USA 70 Millionen Dollar ein, weit weniger als sein Vorgänger. Der Film wurde aber nicht als Misserfolg angesehen. Selbst Kritiker waren sich über die Qualität des Films uneinig. Man beschloss aber, eine länger Pause zwischen den Filmen zu machen und die beiden Serien fertig zu filmen. So dauerte es einige Jahre, bis sich <q>Star Trek</q> wieder im Kino präsentieren darf.

Ein Jahr nach Anlaufen der neuen Serie ''Enterprise'' hatte am 13. Dezember 2002 der Film {{Film|10}} in den USA Premiere.  [[Shinzon]], ein [[Romulaner|romulanischer]] [[Klon]] von Jean-Luc Picard, reißt die Macht auf [[Romulus]] an sich. Allerdings ist er nicht lebensfähig und braucht die [[DNA]] seines Ebenbildes. Picard ist allerdings nicht bereit, ihm zu helfen und sein eigenes Leben zu opfern. Picard und seine [[Liste von Crewmitgliedern der USS Enterprise (NCC-1701-E)|Crew]] flüchten vor dem übermächtigen Schiff Shinzons, der [[Scimitar|''Scimitar'']]. In der [[Schlacht im Bassen-Graben]] kommt er bei der Zerstörung seines Schiffes ums Leben. Und <q>Star Trek</q> verliert wieder einen beliebten Charakter: Data, der [[Androide]] mit dem Ziel, menschlicher zu werden, stirbt auch bei der Vernichtung der ''Scimitar''.  

Während die vierte Staffel von ''The Next Generation'' lief, kam es zu Überlegungen für eine weitere Serie, die parallel laufen sollte. <q>Star Trek</q> war so erfolgreich wie nie, eine weitere Serie erschien daher möglich. Eine der ersten Ideen für die Serie war <q>Star Trek: The Klingon Empire</q>, eine Serie, die nur von Klingonen hätte handeln sollen. Eine weitere Idee war eine Star-Trek-Sitcom Serie mit [[Lwaxana Troi]] in der Hauptrolle. Eine andere Idee war <q>Star Trek: The Final Frontier</q>. In dieser Serie sollte die Handlung auf der Sternenbasis 362, welche sich auf der Oberfläche eines Planeten befindet, stattfinden.  

[[Datei:DanubeDS9.jpg|thumb|Die Raumstation Deep Space 9.]]

Das Konzept stand ziemlich schnell fest. Die Serie behandelt die ehemalige [[Cardassianer|cardassianische]] Raumstation <q>[[Terok Nor]]</q>, welche im Auftrag der provisorischen bajoranischen Regierung von der Sternenflotte und den [[Bajoraner]]n verwaltet wird, und nun <q>Deep Space 9</q> heißt. Es sollte zu einigen kleineren Konflikten zwischen beiden Gruppen kommen. Als Gegner wurden die Cardassianer ausgesucht. Zum Schluss kam noch die Idee mit dem [[Bajoranisches Wurmloch|Wurmloch]], einem Tor zum, bis dahin unbekannten, [[Gamma-Quadrant]]en. Die Produzenten der neuen Serie waren Rick Berman und [[Michael Piller]].

Noch bevor die erste Folge gedreht wurde, gab Patrick Stewart seinen Auftritt im Pilotfilm bekannt. Das Budget für die erste Folge betrug 12 Millionen Dollar. Während die sechste Staffel von ''The Next Generation'' lief, wurde der Pilotfilm der neuen Serie {{S|DS9}} am 03. Januar 1993 ausgestrahlt. Für den Pilotfilm {{e|Der Abgesandte, Teil I}} hat Patrick Stewart als Captain Jean-Luc Picard einen Gastauftritt in der neuen Serie.

 

Erstmalig liefen zwei Star-Trek-Serien parallel im Fernsehen. Während der ersten Staffel traten einige bekannte Figuren auf, darunter [[Q]], Lwaxana Troi, Lursa und B'Etor, während Bashir einen Gastauftritt beim Vorgänger der Serie hatte.Es traten aber auch neue Figuren auf wie [[Marc Alaimo]] als [[Gul]] [[Dukat]], [[Aron Eisenberg]] als [[Nog]], [[Max Grodénchik]] als [[Rom]], [[Andrew Robinson]] als [[Elim Garak]] und [[Louise Fletcher]] als [[Winn Adami]] auf. Das erste Jahr verlief recht erfolgreich, man konnte einige Fehler, die während der [[DS9 Staffel 1|ersten Staffel]] von TNG gemacht wurden, vermeiden.

Die [[DS9 Staffel 2|zweite Staffel]] begann mit einem Dreiteiler, was es bis dahin noch nie bei „Star Trek“ gegeben hatte. In der Staffel wurden, im Vergleich zur ersten, die Hauptfiguren weiterentwickelt und es gab schon eine ganze Reihe an wiederkehrenden Nebenfiguren. Am Ende der zweiten Staffel wurde das [[Dominion]] in der Folge {{e|Der Plan des Dominion}} eingeführt. Im Gegensatz zu ''Raumschiff Enterprise: Das nächste Jahrhundert'' endete die Staffel nicht mit einem Zweiteiler, sondern ist eine [[Der Plan des Dominion|in sich abgeschlossene Folge]].

In der [[DS9 Staffel 3|dritten Staffel]] übernahmen [[Ira Steven Behr]] und [[Ronald D. Moore]] die Drehbücher für die Serie und übernahmen die Produktion der Serie. Die Produzenten reagierten auf die Bitten der Fans und brachten Bewegung in die Serie. Zu diesem Zweck wurde das neue Raumschiff, die [[USS Defiant (NX-74205)|USS ''Defiant'' (NX-74205)]], in die Serie eingeführt. Die ''Defiant'' war ein reines Kriegsschiff und widersprach dem Konzept von Gene Roddenberrys friedlichem Universum. Mit dem Raumschiff konnten nun die Offiziere teilweise zu fremden Welten reisen, die Handlung war nicht mehr auf die Station begrenzt. Die Staffel eröffnete wieder mit einem Zweiteiler, {{e|Die Suche, Teil I}} und {{e|Die Suche, Teil II}}, in dem der Konflikt mit dem Dominion weiter ausgebaut wurde. Somit wurde auch [[Salome Jens]] als [[Gründerin]] in die Serie eingeführt. [[Der Widersacher|In der abschließenden Folge]] der dritten Staffel wurde Sisko zum Captain befördert. Somit stand, wie in den anderen Serien zuvor, ein Captain <q>an der vordersten Front</q>.  

Viele Fans waren immer noch nicht ganz von der Serie überzeugt, das änderte sich aber schlagartig in der [[DS9 Staffel 4|vierten Staffel]]. In dieser Staffel wurden einige Veränderungen an der Serie vorgenommen, sogar das Intro wurde verändert. Dieses war im Vergleich zum alten Intro schneller und es wurden mehr Szenen mit Raumschiffen gezeigt.  

Man wollte die vierte Staffel spektakulär beginnen. Die Produzenten planten den Austritt der Vulkanier aus der Föderation. Aber dann erinnerte man sich an ein Zitat aus {{e|Der geheimnisvolle Garak, Teil II}}: <q>Die einzige Gefahr für das Dominion ist die Allianz zwischen der Föderation und den Klingonen.</q> So kam man auf eine andere Idee: Der immerwährende Konflikt zwischen der Föderation und dem Klingonischen Reich flammte wieder auf und eskalierte. So wurde am 02. Oktober 1995 der Zweiteiler {{e|Der Weg des Kriegers, Teil I}} im amerikanischen Fernsehen ausgestrahlt, in welchem die bisher größte Weltraumschlacht der Fernsehserien gezeigt wurde. Außerdem kehrte Michael Dorn als Worf wieder ins Star-Trek-Universum zurück. Die Fans waren begeistert und viele bezeichneten <q>Der Weg des Kriegers</q> als den zweiten Pilotfilm, weil dieser den Neubeginn der Serie markierte.  

In der vierten Staffel gab es in der Folge {{e|Wiedervereinigt}} den ersten Kuss zwischen den beiden Frauen [[Susanna Thompson]] und Farrell in <q>Star Trek</q>. Auch kam mit [[Jeffrey Combs]] als [[Weyoun]] ein neuer Gegner in die serie dazu. Während dieser Staffel wurde Visitor schwanger. Diese Schwangerschaft wurde ab der Folge {{e|Quarks Schicksal}} in die Serie eingebaut. Visitor brachte das Kind auf die Welt, während die Dreharbeiten zu {{e|Die Reise nach Risa}} stattfanden. In der Serie wurde die [[Geburt]] in der Folge {{e|Das Baby}} eingebaut.   

Im Gegensatz zu den anderen Staffeln, begann die [[DS9 Staffel 5|fünfte Staffel]] mit einer abgeschlossenen Episode. {{e|Die Apokalypse droht}} war ursprünglich auch als Zweiteiler geplant, aber später entschied man sich dagegen, um die Handlung nicht unnötig in die Länge zu ziehen. Zum [[Star Trek Jubiläum|30-jährigen Jubiläum der ersten Serie]] gab es für die Fans eine besonderes Episode: Mit einem Budget von 3 Millionen Dollar wurde die Folge {{e|Immer die Last mit den Tribbles}} gedreht. In dieser Folge unternehmen Sisko und seine Leute eine Reise in die <q>originale Ära</q>. Mit Hilfe von Computereffekten wurde dieses besondere ''Treffen der Generationen'' bewerkstelligt. Die ''Deep-Space-Nine''-Figuren wurden in die originale Folge: {{e|Kennen Sie Tribbles?}} eingebaut. Diese Episode ist bis heute eine der beliebsten Star-Trek-Folgen. In dieser Staffel kamen mit [[J.G. Hertzler]] als [[General]] [[Martok]] und [[Casey Biggs]] als [[Damar]] zwei wichtige Figuren dazu. Die Staffel endete mit einem Spektakel. In der Folge {{e|Zu den Waffen!}} eroberte das Dominion Deep Space 9. Man sieht wieder eine große Weltraumschlacht, mit welcher der [[Dominion-Krieg]] begann. In der letzten Szene sieht man, wie eine riesige Flotte aus Föderations- und Klingonenschiffen in den Krieg zieht, dies ist ein offenes Ende. Da die wichtigen Worte <q>Fortsetzung folgt…</q> fehlten, meinten viele Fans, dies sei die letzte DS9-Folge und es folge vielleicht ein neuer Kinofilm. Produzent Ira Steven Behr meinte dazu: <q>Dadurch, dass es sich nicht um einen Cliffhanger sondern einen Siebenteiler handelte, waren die Worte 'Fortsetzung folgt' nicht nötig.</q>

Die [[DS9 Staffel 6|sechste Staffel]] begann mit sechs zusammenhängenden Folgen, die von der Rückeroberung von Deep Space 9 erzählen. Es werden auch wieder aufwändige Raumschlachten gezeigt; am Ende kann die Station zurückerobert werden. In der nächsten Folge {{e|Klingonische Tradition}} wurde die erste [[Hochzeit]] zweier Hauptcharaktere gezeigt. Aber die [[Ehe]] von Worf und Dax sollte nur von kurzer Dauer sein: Bald darauf gab Farrell bekannt, am Ende der Staffel die Serie zu verlassen. So kam es, dass man Jadzia Dax in der letzten Folge der Staffel {{e|Tränen der Propheten}} sterben ließ. In dieser Staffel kam auch [[James Darren]] als [[Vic Fontaine]] hinzu.  

Farrell wurde durch [[Nicole deBoer]] ersetzt, welche [[Ezri Dax]] spielte. Sie wurde in der Folge {{e|Das Gesicht im Sand}} in die Serie eingeführt. Langsam näherte sich auch diese Serie dem Ende. Für das Finale dachten sich die Produzenten Ira Steven Behr und Ronald D. Moore etwas ganz Besonderes aus. Die Serie sollte nicht mit einem Zweiteiler wie TNG enden, sondern es wurde ein zehnteiliges Finale für die Serie gesendet, welches nicht nur das Ende des Dominionkrieges zeigte, sondern alle wichtigen Handlungsstränge zu einem Ende führte, die während der Serie aufgebaut worden waren. Nach einigen Anlaufproblemen fand die Serie doch noch einen Platz im [[Herz]]en der Fans und am 02. Juni 1999, nach sieben Jahren, lief die [[Das, was du zurückläßt, Teil II|letzte Episode]] über den Bildschirm.