In [[militär]]ischen Organisationen gibt es ebenfalls Protokolle, die zum Beispiel die [[Rang]]folge aber auch allgemein standardisierte Verfahrensweisen kennzeichnen. Die Mitglieder dieser Organisationen müssen die Protokolle kennen und nach ihnen handeln, damit die gesamte Organisation überhaupt funktionieren kann. ({{VOY|Die Parallaxe}}) Auch Zivilisten, die enger mit dem Militär zusammenarbeiten oder längere Zeit bei ihm verbringen, müssen sich an die Protokolle halten um die Handlungsabläufe nicht zu behindern. ({{ENT|Die Verbindung}})

Zur Überwachung der Einhaltung von Protokollen gibt es [[Protokolloffizier]]e. Unter bestimmten Umständen kann es aber auch möglich sein, gegen das Protokoll zu handeln. So sieht das Protokoll der [[Sternenflotte]] im [[24. Jahrhundert]] vor, dass alle vorgesetzen [[Offizier]]e mit <q>[[Sir]]</q> angesprochen werden, auch wenn sie [[Geschlecht|weiblich]] sind, während im [[23. Jahrhundert]] noch <q>Madam</q> für weibliche Offiziere vorgeschrieben ist ({{Film|6}}). Da [[Captain]] [[Kathryn Janeway|Janeway]] die Anrede mit <q>Sir</q> jedoch nicht mag und auch die im 24. Jahrhundert angebotene Alternative <q>Ma'am</q> ungern hört gilt an Bord der [[USS Voyager|USS ''Voyager'']], seit sie das [[Kommando]] hat, ein geändertes Protokoll, sie direkt mit <q>Captain</q> anzusprechen. ({{VOY|Der Fürsorger, Teil I}})

{{siehe auch|Computerprotokoll}}