Nach dem Angriff auf die ''Odyssey'' ist sich die Föderation der Gefahr durch das Dominion bewusst. Auf Deep Space 9 bereiten sich die Offiziere auf eine [[Invasion]] des Dominions vor. Es finden in dieser Zeit Simulationen statt, um sich auf den Angriff des Dominions vorzubereiten. Allerdings verlaufen die Simulationen schlecht für die Station, da die [[Jem'Hadar]] bei einem Angriff auf die Station überlegen sind. Deswegen bekommt Commander Sisko für Deep Space 9 die [[USS Defiant (NX-74205)|USS ''Defiant'' (NX-74205)]] zugeteilt. Zu dieser Zeit wird [[Lieutenant Commander]] [[Michael Eddington]] von der Sternenflotte auf die Station versetzt und soll Odo als Sicherheitschef ersetzen, da die Sternenflotte wenig Vertrauen in Odo hat, da dieser sich nicht an die Regeln der Sternenflotte hält und auch nicht bereit ist, sich Autoritäten unterzuordnen. Sisko erklärt Odo das er nun Eddington unterstellt ist und nur noch für die Sicherheit auf dem Promenadendeck verantwortlich ist. Odo ist darüber sehr verärgert und will bei Sisko seine [[Kündigung]] einreichen. Inzwischen bekommt Sisko den Auftrag Kontakt mit den [[Gründer]]n des Dominions aufzunehmen. Die ''Defiant'' ist für diese Mission mit einer [[Romulaner|romulanischen]] [[Tarnvorrichtung]] ausgestattet. Zur selben Zeit versucht Kira Odo zu ermutigen und bittet ihn die ''Defiant'' mit auf dieser Mission zu begleiten. Odo will zuerst darauf nicht eingehen, doch dann fliegt er mit auf diese Mission. Auch Quark fliegt bei dieser Mission mit, um bei der Kontaktaufnahme zu helfen. Da aber nicht genügend Quartiere zur Verfügung stehen, müssen sich Quark und Odo ein Quartier teilen. Während der Mission sieht Odo eine Karte dieser Region und sieht dort den [[Omarion-Nebel]]. Plötzlich hat Odo ein unsterbliches Verlangen zum Omarion-Nebel zu gelangen. Wenig später wird die ''Defiant'' von den Jem'Hadar angegriffen und diese wird dabei schwer beschädigt. Odo kann die verletzte Kira auf [[Shuttle 01 der USS Defiant (NX-74205)|ein Shuttle]] mit nehmen und fliegt darauf zum Omarion-Nebel. Odo landet dort auf einem [[Heimatwelt der Gründer|Planeten]] und auf der Oberfläche trifft Odo auf sein Volk. ({{DS9|Die Suche, Teil I}})

Nach seiner Begegnung mit seinem Volk verändert Odo sein Leben. Er legt sich ein neues Quartier zu, um dort so oft wie möglich seine Gestalt zu ändern. Odo verwendet nun auch seinen Eimer nicht mehr, um sich dort zu verflüssigen. Zur selben Zeit kauft Quark die Trümmerteile eines im Gamma-Quadranten abgestürzten Raumschiffs. In diesen Trümmern befindet sich ein [[Baby]]. Mit der Zeit entwickelt sich das Baby zu [[~/Person/DS9/3x06/3|einem jungen Jem'Hadar]] und dieser greift sogar Bashir an. Doch Odo kann den Jem'Hadar unter Kontrolle bringen. Die Sternenflotte wünscht die Auslieferung des Jungen, da diese so einen Jem'Hadar untersuchen kann. Doch Bashir und Odo sind dagegen und wollen nicht das der Junge als Versuchsobjekt endet. Odo will sich um den Jungen kümmern, da sein Volk für das aggressive Verhalten der Jem'Hadar verantwortlich ist. Der Jem'Hadar verehrt Odo und wünscht bei ihm in seinem Quartier zu leben. Odo versucht dem Jungen beizubringen, dass Töten und Morden falsch ist. Um seine Aggression zu besänftigen, bringt Odo den Jungen in eine Holosuite und lässt dort den Jem'Hadar gegen ein Hologramm kämpfen. Inzwischen will die Sternenflotte den Jungen nun doch abholen, damit dieser Untersucht wird. Doch der Jem'Hadar zwingt Odo in den Gamma-Quadranten zu bringen, damit er dort bei seinem Volk kämpfen kann. Odo bietet dem Jem'Hadar ein Leben in Freiheit an, doch der Jem'Hadar lehnt dies ab und erkennt, dass Odo anders als die anderen Gründer ist. Da Odo trotzdem nicht will, dass der Junge im Labor endet, bringt er den Jem'Hadar zu seinem Volk in Gamma-Quadranten zurück. ({{DS9|Der Ausgesetzte}})  

Nach einen Besuch auf der bajoranischen Kolonie [[Prophet's Landing]] verfolgen Odo und Kira ein Maquisschiff. Das Maquisschiff flüchtet auf einen [[~/Mond/DS9/3x14/1|Mond]] in den Badlands und Kira und Odo landen mit ihrem Runabout auf dem Mond. Die beiden suchen nach dem Maquis doch sie finden ihn nicht. Um effizienter nach dem Flüchtling zu suchen trennen die beiden sich. Doch wenige Minuten später meldet sich Kira über ihrem Kommunikator, da sie mit ihrem Fuß in einem Kristall festhängt. Odo begibt sich zu Kira, doch er kann sie nicht aus dem Kristall befreien. Auch Odos Versuche Kira mit dem Transporter aus dem Kristall raus zu beamen scheitern. Mit der Zeit wächst der Kristall und verschlingt ganz langsam Kira. Odo versucht mit einigen technischen Geräten den Kristall zu vernichten. Während seiner Arbeit kommen Odo und Kira ins Gespräch und Odo gesteht Kira seine Liebe. Unerwartet erwidert Kira seine Liebe, doch dies macht Odo stutzig. Odo stellt Kira darauf zur Rede und er will Wissen, was mit Kira geschehen ist. Es stellt sich heraus, dass diese Kira in Wirklichkeit eine der Gründer ist. Die Gründerin wollte Wissen warum Odo nicht bei seinem Volk bleiben will und nun weiß sie, dass Odo wegen Kira bleibt. Die Gründerin hat erst vorgegeben ein Maquisflüchtling zu sein und hat später Kira außer Gefecht gesetzt. Die Gründerin beamt sich auf ihr Schiff und Odo befreit darauf Kira. Beide verlassen danach mit ihrem Runabout den Mond und kehren nach Deep Space 9 zurück. ({{DS9|Herz aus Stein}})

Wenige Wochen später informiert Odo Bashir, dass die [[USS Lexington (NCC-30405)|USS ''Lexington'']] eingetroffen ist und das sich eine Bekannte von Bashir im Quark's befindet. ({{DS9|Die Erforscher}})

Einige Zeit später bekommt Quark von seinem Cousin [[Gaila (Ferengi)|Gaila]] ein [[Ferengi-Shuttle|Shuttle]] geschenkt, welches er [[Quark's Treasure|''Quark's Treasure'']] nennt. Quark will zusammen mit seinem Bruder Rom Nog zur Erde bringen, damit dieser dort auf die [[Akademie der Sternenflotte]] kann. Quark überlässt Morn vorübergehend die Aufsicht über die Bar, doch Odo traut Quark nicht und versteckt sich ebenfalls auf dem Shuttle. Odos Vermutungen bestätigen sich, als dieser bemerkt, dass Quark [[Kemocit]] schmuggeln will. Als das Shuttle das [[Sol-System]] erreicht, versucht Rom die Geschwindigkeit zu reduzieren, doch aufgrund einer Sabotage von Gaila beschleunigt das Shuttle immer mehr und droht auseinanderzubrechen. Rom leitet das Kemocit in den Antrieb, um die Geschwindigkeit zu reduzieren. Dabei löst das Shuttle einen Zeitsprung aus und stürzt auf die Erde des Jahres [[1947]]. Die Ferengis werden vom Militär gefangen genommen und untersucht, da das Militär eine Invasion von Außerirdischen befürchtet. Odo nimmt unterdessen die Gestalt eines [[Schäferhund]]es an, damit dieser ungestört auf dem Militärgelände herumlaufen kann. Als Odo ungestört bei den Ferengis ist, nimmt dieser seine humanoide Gestalt an. Odo informiert sie, dass das Shuttle sich in einem Hangar befindet und dass sie bald fliehen werden. Doch Quark will auf der Erde bleiben, da diese Menschen für ihn primitiv sind und er viel Profit machen kann. Doch Odo erklärt, dass er in sechs Stunden auf die Ferengis warten will und auch Quark mitnehmen wird, ob er nun will oder nicht. Später sieht das Militär in den Ferengis eine Bedrohung und die Drei werden verhört und sollen getötet werden. Doch Quark, Rom und Nog gelingt die Flucht. Bei der Flucht setzt Odo einige Soldaten außer Gefecht. Mit dem Shuttle fliegen die Vier in Explosion einer [[Atombombe]] und durch die Reaktion der [[Betastrahlung]] mit dem Kemocit gelangen die Vier zurück ins 24 Jahrhundert. Nog begibt sich auf die Sternenflottenakademie, während Quark, Rom und Odo zurück nach Deep Space 9 fliegen. Zurück auf der Station wird Quark von Odo wegen des Schmuggels von Kemocit verhaftet. ({{DS9|Kleine, grüne Männchen}})

Einige Zeit später spielt Dax Odo einige Streiche und bringt Odos [[Möbel]] durcheinander und Odo kann dies gar nicht leiden. Später muss Dax Odos Quartier wieder aufräumen und die Möbel wieder an den richtigen Platz rücken. Zur selben Zeit kommt es auf der Erde zu einem Anschlag auf der [[Antwerpen-Konferenz]] und die Gründer sind in diesem Anschlag verwickelt. Darauf begeben sich Sisko und Odo zur Erde, um bei der Verteidigung gegen die Gründer zu helfen. Odo und Sisko unterstützen Admiral [[Leyton]] beim Ausbau der Verteidigung der Erde. Die Offiziere unterbreiten ihre Vorschläge [[Jaresh-Inyo]] dem [[Präsident der Föderation|Präsidenten der Föderation]]. Der lehnt erst die Erhöhung der Sicherheitsmaßnahmen ab, doch als Odo demonstriert, wie groß die Bedrohung wirklich ist, gewährt dieser die Bitten von Leyton und Sisko. In dieser Zeit erklärt sich Odo bereit, sich von der [[Medizinisches Corps der Sternenflotte|medizinischen Abteilung der Sternenflotte]] genauer untersuchen zu lassen, um anhand der Untersuchungsergebnisse die Formwandler besser entdecken zu können. Bei dieser Gelegenheit infiziert [[Sektion 31]] ihn heimlich mit einem [[morphogener Virus|morphogenen Virus]]. Sie hoffen darauf, dass Odo im Laufe der Zeit erneut Kontakt zu der Großen Verbindung herstellt, wodurch auch alle anderen Gründer infiziert würden. Wenig später nutzt Odo seine Freizeit und verwandelt sich in eine [[Seemöwe]] und überfliegt [[San Francisco]]. Er trifft wenig später auf Admiral Leyton und Commander [[Benteen]] und als diese in ein Gespräch kommen, bemerkt Odo plötzlich eine Feindseligkeit von Leyton ihm gegenüber. Als Odo Leyton berührt, enttarnt er Leyton als Gründer und dieser verschwindet. Als der echte Leyton von diesem Vorfall erfährt, macht er sich Sorgen, weil es den Gründern so leicht gelungen ist in das Hautquartier der Sternenflotte einzudringen, und er hält Jaresh-Inyo für einen schwachen Präsidenten, welcher nicht in der Lage ist die Erde zu schützen. Leyton will schließlich selbst die Kontrolle mit Hilfe einer Militärregierung übernehmen. Wenig später kommt es zu einem kompletten Energieausfall auf der Erde und es wird vermutet, dass die Gründer für diese Sabotage verantwortlich sind. Durch diesen Ausfall ruft schließlich Jaresh-Inyo den Ausnahmezustand aus und das Militär übernimmt die Kontrolle über die Erde. ({{DS9|Die Front|Ein Unglück kommt selten allein|Extreme Maßnahmen}})

Ende des Jahres bricht Odo in Garaks Geschäft qualvoll zusammen. Bashir untersucht Odo und stellt fest, dass dieser unter einer unbekannten Krankheit leidet. Aufgrund der Krankheit hat dieser große Mühe seine Form zu halten. Mit der Zeit verschlechtert sich Odos Zustand und Bashir findet keine Möglichkeit, um Odo zu retten und Odo droht zu sterben. Odo hat keine andere Wahl, er muss zu seinem Volk zurück, damit die Gründer ihn behandeln. Auf der ''Defiant'' kümmern sich Bashir und Garak um Odo und versuchen diesen abzulenken. Schließlich treffen die Jem'Hadar und die Gründerin auf der ''Defiant'' ein. Die Gründerin bringt die ''Defiant'' zur [[Neue Heimatwelt der Gründer|neuen Heimatwelt der Gründer]]. Die Gründerin erklärt auf dem Flug dort hin, dass sich Odo für den Tod eines anderen Gründers verantworten muss. Sisko und Bashir begleiten Odo mit auf die Oberfläche. Die beiden warten auf Odo, während sich dieser in der Großen Verbindung für seine Taten verantworten muss. Zur Strafe wird Odo in einem [[Solid]] umgewandelt und darf dann den Planeten verlassen. Auch Bashirs Untersuchungen ergeben, dass Odo nun ein Humanoide ist. Aufgrund der Erfahrung mit den Gründern, glaubt Odo, dass der [[Klingonischer Kanzler|klingonische Kanzler]] [[Gowron]] ein Gründer ist. ({{DS9|Das Urteil}})

Als sich das Dominion in den cardassianischen Raum zurück zieht, fliegt ein Kampfverband der Föderation, der Klingonen und der Romulaner nach Cardassia, um den Krieg zu beenden. Auch Odo fliegt mit den Kampfverband nach Cardassia, da er sich um Kira, welche sich noch auf Cardassia befindet große Sorgen macht. Allerdings spricht Sisko Odo Mut zu, dass sie es schaffen wird. Kurz darauf beginnt die [[Schlacht um Cardassia]]. Die ''Defiant'' kämpft mit den anderen Schiffen der Föderationsallianz gegen die starke Übermacht des Dominions, der Breen und der Cardassianer. Doch der Kampf verläuft schlecht für die Föderationsallianz, allerdings wechselt die cardassianische Flotte die Seiten und schließt sich der Föderationsallianz an. Odo meldet diesen unerwarteten Vorfall Sisko. Die Schlacht verläuft erfolgreich und das Dominion und die Breen ziehen sich nach Cardassia zurück. ({{DS9|Das, was du zurückläßt, Teil I}})

(mit Ausnahme der Episoden

)