Als Zahir schwer verletzt, aber am Leben, entdeckt wird, möchte der Doktor auf den Planeten, um ihn zu heilen. [[Lieutenant]] Torres hält ihn jedoch auf, sie hat entdeckt, dass es Probleme mit seinen Persönlichkeitsunterprogrammen gibt und möchte ihn untersuchen. Als sie beginnt, die schädlichen Unterprogramme zu isolieren und zu löschen bittet sie den Doktor, sich zu deaktivieren. Als er das tut, bricht erneut der „Neue Meister“ hervor.

Er betäubt sie und verabreicht ihr [[Catelin]], das bei Torres einen [[Anaphylaktischer Schock|anaphylaktischen Schock]] auslöst. Dann deaktiviert er sich. Als [[Captain]] [[Kathryn Janeway|Janeway]] und Lieutenant [[Tuvok]] auf der [[Krankenstation]] eintreffen treffen sie auf die bewusstlos am Boden liegende Torres. Sie aktivieren sofort den Doktor, der erneut von nichts weiß. Er behandelt Torres mit [[Alizin]] gegen die [[Allergie|allergische]] Reaktion. Doch kaum ist er wieder mit ihr allen bricht erneut seine dunkle Seite hervor. Sie verabreicht Torres einen [[intraspinaler Hemmstoff|intraspinalen Hemmstoff]], der sie von der Hüfte abswärts lähmt und damit auf das [[Biobett]] fesselt, dann weckt er sie auf. Er will sie zwingen, seine Persönlichkeit zu stabilisieren und die des Doktors endgültig zu eliminieren, er will die alleinige Kontrolle über das Programm. Torres weigert sich, ihm zu helfen, weswegen er sie weiter lähmt und droht, ihr die [[Zunge]] herauszuschneiden. Als Torres jedoch meint, es gäbe keinen Weg, ihn vom Doktor zu isolieren, betäubt er sie vollkommen und verlässt die Krankenstation. Sein Ziel ist das Holodeck, wo er mit Hilfe seiner Vorbilder eine Lösung finden möchte.

Auf dem Weg durch die ''Voyager'' fällt er beinahe [[Fähnrich]] [[Brooks (Fähnrich)|Brooks]] an, doch [[Thomas Eugene Paris|Tom Paris]] kommt zufällig dazu, so dass der „Neue Meister“ sich zurückhält. Auf dem Holodeck angekommen beginnt er, die Hologramm seiner Vorbilder auf der Suche nach stabilen Unterprogrammen auseinander zu nehmen, findet jedoch nichts in ihnen.

Kurz darauf trifft Kes auf dem Holodeck ein, die dem Doktor hierhin gefolgt ist, und erkennt, dass der Doktor nicht mehr so ist, wie er normalerweise sein sollte. Der „Neue Meister“ stellt sich so vor und bedroht Kes dann mit einem [[Phaser Typ 2]]. Er zwingt sie, mit ihm in den [[Transporterraum]] zu kommen, wo er Fähnrich [[Kashimuro Nozawa|Nozawa]] niederschießt. Danach stellt er den Phaser auf Töten um und beamt sich mit Kes als [[Geisel]] und Schutzschild auf den Planetenoberfläche in Nakahns Lodge. Zuvor programmiert er den [[Tricorder]] so, dass er ein [[Dispersionssignal]] aussendet und damit ein [[Zerstreuungsfeld]] aufbaut, das ihre Position verschleiert. In der Lodge versucht er weiter, seine immer instabiler werdenden Unterprogramme zu stabilisieren und wartet auf Nakahn und das versprochene Raumschiff. Kes versucht ihn zu überzeugen, dass es eine Lösung gibt, wie er und der Doktor überleben können, doch der „Neue Meister“ hält den Doktor für minderwertig und nicht lebenswert, er dagegen sei die Kombination aus den unterdrückten Charaktereigenschaften der größten Persönlichkeiten aller Zeiten und habe ein Leben verdient. Kes schafft es auch fast, ihn vom Wert von Kooperation und Toleranz zu überzeugen.

Inzwischen haben Tuvok und [[Commander]] [[Chakotay]] am Tatort des Anschlags auf Zahir jedoch eine [[holographische Signatur]] entdeckt und erkannt, dass der Doktor der Täter gewesen ist. Die ''Voyager'' informiert die Mikhal-Traveler und richtet eine [[Blockade]] des Planeten ein, kein Raumschiff kann mehr [[start]]en. Als Nakahn dies dem „Neuen Meister“ berichtet und nun trotzdem sein [[Geld]] für den arrangierten Flug verlangt will der „Neue Meister“ Nakahn töten, doch der kann fliehen. Nun flieht auch der „Neue Meister“ mit Kes, er will ein kleines Schiff durch die [[Atmosphäre]] nehmen, um von der anderen Seite des Planeten aus staren zu können. Auf dem Weg zu nächsten Startplatz wird er von Chakotay, Tuvok und Zahir gestellt, die ihm den Weg blockieren. Sie versuchen, Zeit zu schinden, bis Janeway auf der [[Brücke]] der ''Voyager'' das Zerstreungsfeld durchdringen und Kes wegbeamen kann, doch der „Neue Meister“ lässt sich nicht aufhalten. Auch als Kes versucht ihm klarzumachen, dass er eigentlich nur gehandelt hat, um sie vor Gefahr zu beschützen, will er das nicht einsehen uns springt, absolut rücksichtslos und Kes' [[Tod]] billigend in Kauf nehmend, in eine tiefe Schlucht. Im letzten Moment, während des Falls, gelingt es Janeway, beide an Bord der ''Voyager'' zu beamen.

Dort trifft bereits der wieder vorherrschende Doktor ein, der sich erneut an nichts erinnern kann. Die fehlerhaften Unterprogramme werden vollständig von B'Elanna entfernt, vom „Neuen Meister“ bleibt nichts zurück. Jedoch ist es dem Doktor ziemlich unangenehm das er B'Elanna so gequält hat, doch B'Elanna winkt nur ab und erwidert darauf das es nicht seine Schuld wäre.

*[[Brannon Braga]] hatte die Idee zu dieser Episode und der Figur des bösen Doktors, als er herausfand, dass Picardo einen Werwolf in dem Horrorfilm ''Das Tier'' (siehe {{wikipedia|Das Tier}}) gespielt hatte. Die veränderte Maske Picardos in der Rolle des „Neuen Meisters“, zum Beispiel die falschen Zähne, entsprechen genau der Maske, die Picardo in diesem Film trug.