Der [[Maquis]] [ma-kie] ist eine Widerstandsgruppe von [[Siedler]]n im [[Grenze|Grenzbereich]] zwischen der [[Föderation]] und der [[Cardassianische Union|Cardassianischen Union]], die entsteht, als zwischen [[Cardassia]] und der Föderation ein [[Friedensvertrag]] geschlossen wird und dadurch einige [[Planet]]en der Cardassianischen Union zugesprochen werden.

Nach dem neuen [[Vertrag]] fallen einige Welten der Föderation an die Cardassianer und einige cardassianische [[Kolonie]]n an die Föderation. Auch die Siedler von [[Dorvan V]], ehemalige [[Amerikanischer Ureinwohner|amerikanische Ureinwohner]], sollen umgesiedelt werden. Aber sie weigern sich und akzeptieren, dass sie nun den Cardassianern unterstellt sind. ({{TNG|Am Ende der Reise}})

Der erste große Angriff des Maquis endet in der Zerstörung des cardassianischen [[Frachter]]s ''[[Bok'Nor]]'', kurz nachdem das Schiff den Außenposten [[Deep Space 9]] verlassen hat. Der Commander der Station [[Benjamin Sisko]] und [[Lieutenant Commander]] [[Calvin Hudson]] versuchen herauszufinden, wer hinter den Angriff auf die ''Bok'Nor'' steckt. In dieser Zeit finden immer mehr Kämpfe zwischen den Kolonisten und den Cardassianern statt. Die Kolonisten rüsten alte [[Kurierschiff]]e auf und greifen cardassianische [[Raumschiff|Schiffe]] an. Später erhält man auf [[Deep Space 9]] eine Nachricht von einer Gruppe, die sich Maquis nennt und die Verantwortung für die Zerstörung der ''Bok'Nor'' übernimmt. Sisko findet schließlich heraus, dass Hudson zum Maquis [[Überläufer|übergelaufen]] ist.

Der Kampf zwischen dem Maquis und den Cardassianern geht weiter. Für den cardassianischen Bereich der EMZ ist Gul [[Evek]] verantwortlich, für den Bereich der Föderation [[Vizeadmiral]] [[Alynna Nechayev]]. Beide Seiten unterwandern den Maquis ihrerseits: Die Cardassianer durch [[Seska]], die Föderation mit [[Tuvok]] und [[Ro Laren]]. Während Ro Laren Nachforschungen im Maquis anstellt, beginnt sie mit dem Maquis zu sympathisieren und läuft schließlich zum Maquis über. ({{TNG|Die Rückkehr von Ro Laren}})

Für Sisko ist es schließlich ein harter Schlag, als sein [[Sicherheitschef]] Lieutenant Commander [[Michael Eddington]] [[2372]] zum Maquis überläuft. Sisko sieht das als [[Verrat|Hochverrat]] an der Sternenflotte und nimmt den [[Verrat]] als persönlichen Affront, sodass er beginnt, Eddington zu [[Jagd|jagen]]. ({{DS9|In eigener Sache}})

Ende [[2373]] sieht es so aus, als würde der Maquis einen letzten Verzweiflungsangriff auf die Cardassianer und das Dominion starten. Sie erwecken den Eindruck, als würden 30 [[Massenvernichtungswaffe|Massenvernichtungsraketen]], die mit klingonischen [[Tarnvorrichtung]]en ausgestattet sind, nach [[Cardassia]] fliegen. Das Ganze ist jedoch ein [[Bluff]] von Eddington, um seine Frau und andere Überlebende des Maquis zu retten, die sich auf [[Athos IV]] versteckt halten. Eddington wird bei der Rettung seiner Maquis-Freunde von den Jem'Hadar [[Tod|getötet]]. In diesem Moment hat selbst Sisko große Achtung vor dem Maquis und vor allem vor Eddington, der seiner Sache stets treu geblieben ist. ({{DS9|Glanz des Ruhms}})

Als die USS ''Voyager'' Mitte [[2374]] das erste Mal [[Kommunikation|Kontakt]] mit dem [[Alpha-Quadrant]]en aufnimmt, erfahren die Maquis-Mitglieder, dass der Maquis vom Dominion ausgelöscht worden ist. Einige der Mitglieder des Maquis verfallen in [[Depression]]en, so auch B'Elanna Torres. ({{VOY|Jäger|Extreme Risiken}})

[[Seska]] gelingt es einmal den [[Computerkern]] einer cardassianischen [[Fregatte]] im [[Orbit]] von [[Bajor]] außer Gefecht zu setzen, indem sie einen Anti-[[Proton (Partikel)|Protonenstrahl]] modifiziert, welcher ihre [[Schutzschild|Schilde]] und ihre [[Schiffshülle|Hülle]] durchdringt. Dieser Strahl ist aber nur auf sehr geringer Distanz effektiv. ({{VOY|Das Signal}})