Als Zweitbester seiner Klasse hält Bashir die [[Rede|Eröffnungsrede]], während [[Elizabeth Lense]] als Klassenbeste der medizinischen Fakultät die [[Rede|Abschlussrede]] hält. Lense nimmt als Klassenbeste den Posten als Mediziner auf der [[USS Lexington (NCC-61832)|USS ''Lexington'']] an. Bashir kann sich dafür jeden weiteren freien Posten selbst auszusuchen. Er entscheidet sich für Deep Space 9, weil er die Herausforderung liebt. ({{DS9|Der Abgesandte, Teil I|Die Erforscher}})

Kurz darauf besucht [[Kai]] [[Opaka]] die Station. Sisko lädt die Kai zu einem Flug durch das Wurmloch in den Gamma-Quadranten ein. Bashir und Kira begleiten die beiden. Im Gamma-Quadrant erhält die USS ''Yangtzee Kiang'' einen Notruf und Sisko geht diesem Notruf nach. Im [[Orbit]] eines [[Mond (Satellit)|Mondes]], von dem der Notruf stammt, wird die ''Yangtzee Kiang'' angegriffen und stürzt ab. Sisko, Kira und Bashir überstehen den Absturz unverletzt, jedoch wird Opaka tödlich verletzt und Bashir kann nichts mehr für sie tun. Die überlebenden Offiziere werden in einem Konflikt zwischen den [[Ennis]] und den [[Nol-Ennis]] verwickelt. Die Offiziere werden von den Ennis gefangen genommen und dort erfahren sie von dem Konflikt zwischen beiden Völkern. Plötzlich greifen die Nol-Ennis an, aber der Angriff wird schnell abgewehrt. Nach dem Kampf kümmert sich Bashir um die Verletzten. Einige Augenblicke später taucht Opaka lebendig auf und Bashir kann sich dies nicht erklären und auch die toten Ennis erwachen plötzlich wieder zum Leben. Bashir will diesen Vorfall untersuchen und begibt sich zur abgestürzten ''Yangtzee Kiang''. Dort findet Bashir heraus, dass die beiden verfeindeten Gruppen durch eine [[Mikrobe]] in der [[Atmosphäre]] wiederbelebt werden. Bashir stellt auch fest, dass die Mikroben nur auf diesem Mond überleben können. Währenddessen versucht Sisko zwischen den Ennis und den Nol-Ennis zu vermitteln, doch er scheitert und beide Gruppen bekämpfen sich weiter. Als Sisko angegriffen wird, rettet Bashir Sisko, damit dieser nicht auch getötet wird. Bashir will versuchen die Mikroben zu deaktivieren, damit die Personen in Frieden sterben können und nicht mehr dieses grausame Leben führen müssen. Doch als Bashir sieht, dass die Ennis dies zu ihrem Vorteil im Kampf gegen die Nol-Ennis nutzen wollen, lässt er davon ab. Die Offiziere können schließlich von Dax und O'Brien gerettet werden und beamen auf die USS ''Rio Grande''. Kai Opaka bleibt auf dem Mond zurück, um den Ennis und den Nol-Ennis bei der Beendigung ihres Konfliktes zu helfen. ({{DS9|Die Prophezeiung}})   

Wenige Wochen später leidet Dax unter starken [[Halluzination]]en und sie verliert mehrmals ihr Bewusstsein. Bashir tut alles um ihr zu helfen, aber es gelingt ihm nicht. Da Bashir Dax nicht helfen kann, bringt die ''Defiant'' Dax zu ihren Heimatplaneten [[Trill (Planet)|Trill]]. Während des Fluges zum Planeten wünscht Dax die Gesellschaft von Bashir und möchte in seinem Quartier mit Übernachten. Doch auf Trill sinken die [[Isoboramin]]werte von Dax und diese droht daran zu sterben. Bashir kümmert sich auch auf Trill um Dax. Es stellt sich heraus, dass es Probleme mit einen der Wirte von Dax gibt. Die Erinnerungen von [[Joran Belar]] wurden im [[Dax (Symbiont)|Dax-Symbionten]] unterdrückt. Schließlich werden die unterdrückten Erinnerungen in Dax freigesetzt und Jadzia wird gerettet. ({{DS9|Das Equilibrium}})  

Kurz darauf kauft Quark die Trümmerteile eines im Gamma-Quadranten abgestürzten Raumschiffs. In diesen Trümmern befindet sich jedoch ein [[Baby]]. Quark bringt das Kind zu Bashir und dieser untersucht es. Das Baby scheint zwar gesund zu sein, allerdings kann Bashir die Spezies des Babys nicht zu ordnen. Allerdings stellt Bashir fest, dass das Baby einen erhöhten Stoffwechsel hat. Das Baby entwickelt sich innerhalb von wenigen Stunden zu einem Teenager. Bashir wundert sich über die Entwicklung, aber er stellt fest, dass dies bei seiner Spezies normal zu sein scheint. Innerhalb von wenigen Stunden wächst der Junge heran und es stellt sich heraus, dass es sich um einen Jem'Hadar handelt. Dieser greift Bashir an, aber Odo kann ihn unter Kontrolle bringen. Die Sternenflotte wünscht die Auslieferung des Jungen, da diese so ein Jem'Hadar untersuchen kann. Doch Bashir und Odo sind dagegen und wollen nicht das der Junge als Versuchsobjekt endet. Während seiner Arbeitet findet Bashir heraus, dass die Jem'Hadar die [[Droge]] [[Ketracel-White]] zum Überleben benötigen. Odo versucht inzwischen den Jem'Hadar zu zähmen, aber der Jem'Hadar will nichts anderes als kämpfen und töten. Odo sieht schließlich ein, dass er den Jem'Hadar nicht helfen kann und bringt ihn zurück zu seinem Volk. ({{DS9|Der Ausgesetzte}})  

Kurz darauf verlässt Nog Deep Space 9, um auf die Sternenflottenakademie zu gehen. Zum Abschied verkauft Nog all seine Sachen. Dax kauft Nog ein erotisches Holosuite-Programm ab und schenkt dieses Programm Bashir. Später schenken O'Brien und Bashir Nog zum Abschied einen Reiseführer über die Erde und Nog nimmt diesen dankbar entgegen. ({{DS9|Kleine, grüne Männchen}})

Einige Zeit später befindet sich die ''Defiant'' im Gamma-Quadranten, um mit den Karemma zu [[Verhandlung|verhandeln]]. Plötzlich wird die ''Defiant'' von den Jem'Hadar angegriffen. Sisko lässt das Schiff in einen [[Gasriese]]n fliegen, um den Jem'Hadar-Abfangjägern zu entkommen. Doch die Jem'Hadar folgen der ''Defiant'' in die Atmosphäre und es kommt zu schweren Gefechten, dabei wird die ''Defiant'' schwer beschädigt. Als sich ein Riss in der Hülle bildet, muss die Krankenstation evakuiert werden. Während Bashir die Evakuierung leitet, kommt es zu einer Explosion und dabei wird Dax verletzt. Bashir kann Dax noch rechtzeitig in eine Jefferies-Röhre bringen, bevor das schützende [[Kraftfeld]] um die [[Schiffshülle]] nachlässt. Die beiden sitzen in der Röhre fest, doch der [[Sauerstoff]] reicht nur für wenige Stunden und es wird immer kälter. Dax lehnt sich an Bashir an, damit die beiden sich gegenseitig wärmen. Für Bashir geht damit indirekt ein Wunsch in Erfüllung, er hat sich immer gewünscht mit Dax in eine Notsituation zu kommen, bei der sie dann zusammen kommen. Worf gelingt es in der Zwischenzeit die Dominionschiffe zu vernichten. Ein paar Stunden später können Dax und Bashir gerettet zu werden. ({{DS9|Das Wagnis}})  

Nachdem die Gründer einen Anschlag auf der Erde verübt haben, ist Bashir in schlechter Stimmung. In dieser Zeit versuchen sich Bashir und O'Brien auf der Holosuite abzulenken. Auf der Erde findet Captain Sisko inzwischen heraus, dass Admiral [[Leyton]] einen [[Militärputsch (2372)|Militärputsch]] plant. Sisko beordert die ''Defiant'' zur Erde, welche Beweise für den Putsch von Leyton hat. Leyton will dies verhindern und lässt die ''Defiant'' von der [[USS Lakota|USS ''Lakota'']] angreifen. Es gibt Tote und Verletzte an Bord der ''Defiant'' und Bashir muss diese behandeln. Schließlich bricht die ''Lakota'' den Angriff auf die ''Defiant'' ab, als ihr Captain [[Erika Benteen]] den Verrat von Leyton erkennt. Später wird Leyton von Sisko gezwungen zurückzutreten. ({{DS9|Die Front|Das verlorene Paradies}})  

Wenige Wochen später begleitet Jake Sisko Bashir auf eine medizinische Konferenz, um einen Artikel über ihn zu schreiben. Auf den Rückflug zur Station, berichtet Bashir von seinen medizinischen Erfolgen, doch dem jungen Sisko langweilen diese Erzählungen. Plötzlich erhält das Runabout einen Notruf von [[Ajilon Prime]]. Die Kolonie wird von Klingonen angegriffen und da es an medizinischen Personal mangelt, fliegt Bashir dort hin. Allerdings macht sich Bashir Sorgen, dass Jake Sisko etwas geschehen könnte, doch Jake erwähnt er wird schon auf sich achten. Auf der Oberfläche leistet Bashir medizinische Hilfe und Sisko wird als Sanitäter eingesetzt. Bashir führt einige Operationen an den Patienten durch, als ein weiter Angriff der Klingonen auf die Kolonie stattfindet und der Strom fällt aus. Da die Kolonie ihre weiteren Generatoren zum Schutz vor den Klingonenangriffen benötigen und die Patienten aufgrund des Energieausfalls im sterben liegen, versucht Bashir zusammen mit Sisko einen Generator aus ihrem Shuttle zu holen. Auf dem Weg dorthin werden die beiden von den Klingonen angegriffen. Bashir wird verletzt und von dem jungen Sisko getrennt. Sisko bekommt Angst und versucht sein Leben zu retten indem er weg rennt. Inzwischen gelingt es Bashir mit letzter Kraft dem Generator aus dem Runabout zu bergen und zur Kolonie zu bringen. Die Energieversorgung wird wieder hergestellt und Bashirs Verbrennungen werden versorgt. Bashir macht sich Vorwürfe, da er nicht weiß was mit Sisko geschehen ist und er den Jungen in Gefahr gebracht hat. Als Sisko wieder auftaucht, ist Bashir erleichtert und entschuldigt sich bei ihm, dass er ihn auf diesen Planeten mitgenommen hat. Doch Bashir ahnt nichts von Siskos Schuldgefühlen ihm gegenüber, da Sisko Bashir im Stich gelassen hat. Bei einem weiteren Angriff der Klingonen, dringen diese in den Komplex ein und Bashir hilft bei der Evakuierung der Patienten. Wenig später trifft die ''Defiant'' bei Ajilon Prime ein und die Klingonen können vertrieben werden. Wieder an Bord von Deep Space 9 schreibt Jake Sisko über die Ereignisse und seine Erlebnisse auf Ajilon Prime. ({{DS9|Die Schlacht um Ajilon Prime}})

Wenig später machen Bashir, Leeta, Dax, Worf und Quark Urlaub auf [[Risa]]. Worf ist davon nicht begeistert, da er seine Freizeit lieber allein mit Dax verbringen will. Trotzdem begleiten die anderen Worf und Dax nach Risa, um sich dort zu Vergnügen. Bashir und Leeta wollen auf Risa ihre Beziehung freundschaftlich zu beenden. Beide begehen wenig später das [[Ritual der Trennung]] und damit beenden sie ihre Beziehung. Quark dient dabei als Zeuge, doch er ist enttäuscht das die Trennung der beiden so friedlich von statten geht. Bashir und Quark erfahren darauf von Leeta, dass sich diese sich frisch verliebt hat. Als Quark und Bashir jedoch erfahren, dass sich Leeta in Rom verliebt hat, reagieren die beiden entsetzt und können nicht verstehen das es ausgerechnet Rom in den sich Leeta verliebt hat. Zur selben Zeit befindet sich eine [[Essentialisten-Bewegung]] auf Risa und die Gruppe will zeigen, dass die Bürger der Föderation wachsam sein sollen und ihre Zeit nicht mit Urlaub verschwenden sollen. Dabei stören die Essentialisten den Urlaub der anderen Touristen. Die Essentialisten manipulieren mit Hilfe von Worf das [[Wetterkontrollsystem]] und es gibt die nächsten Tage nur noch  [[Regen]]. Bashir ist über Worf und die Essentialisten verärgert, da diese ihn seinen Urlaub verderben. Aber Worf sieht sein Fehlverhalten ein und mit seiner Hilfe können die Essentialisten vertrieben werden. Als das Wetter wieder angenehm auf Risa ist, vergnügt sich Bashir auf Risa mit [[Jamaharon]]. ({{DS9|Die Reise nach Risa}})

Bashir behandelt kurz darauf Sisko, Dax, Garak und Odo. Die vier werden bewusstlos in einem Runabout aufgefunden, als sie nach Deep Space 9 zurückgekehrt sind. Die vier befinden sich durch Odo in einer [[Große Verbindung|Verbindung]] und erleben Erinnerungen von Odo aus der Besatzungszeit. Wenig später können die vier dank Odo aus der Verbindung befreit werden und erwachen auf der Krankenstation. ({{DS9|Die Schuld}})  

Kurz darauf werden Sisko und seiner Crew von Worf und General Martok gerettet. Die Offiziere verbringen einige Zeit auf der ''Rotarran''. Als die ''Rotarran'' schließlich Sternenbasis 375 erreicht, sind vor allem O'Brien und Bashir froh kein klingonisches Essen und Gesänge mehr hören zu müssen. ({{DS9|Söhne und Töchter}})

Nach der Rückeroberung der Station planen Worf und Dax ihre [[Klingonische Hochzeit|Hochzeit]]. Worf fragt seine Freunde, ob sie an dem [[Kal'Hyah]]-Ritual teilnehmen. Bashir denkt sofort an eine Junggasellenabschiedsparty und sagt sofort zu. Aber in Wirklichkeit handelt es sich um eine harte Prüfung für die Ausdauer. So muss Bashir vier Tage in der Hitze fasten und dies zerrt sehr an seinen Kräften. Während der Prüfung des Blutes schläft Bashir schließlich vor Erschöpfung ein. Worf fragt darauf wer sich als erstes freiwillig meldet, um sich seine Adern aufschneiden zu lassen. Als O'Brien bemerkt, dass Bashir schläft, treten O'Brien, Sisko und [[Alexander Rozhenko]] einen Schritt zurück. Somit ist Bashir ohne es zu ahnen der erste Freiwillige für diese Prüfung. Später müssen Bashir und O'Brien über glühende [[Kohle]]n hängen und beide schwören sich bei Worf für diese Qualen zu rächen. Doch durch einen Streit von Worf und Dax wird die Hochzeit abgesagt. Als dies Bashir und O'Brien erfahren, freuen sie sich, dass sie endlich wieder was essen dürfen. Beide begeben sich darauf in Quarks, um dort etwas zu essen. Doch als Quark den beiden das Essen vorbei bringt, hält sie Sisko vom Essen ab, da die Hochzeit nun doch statt findet. Auf der Hochzeit dürfen die Teilnehmer der Kal'Hyah darauf das Paar symbolisch verprügeln. Bashir und O'Brien können es nicht erwarten zu schlagen zu können und Bashir fragt Martok ständig wann er endlich zuschlagen darf. Als die Hochzeit abgeschlossen ist, dürfen Bashir und O'Brien endlich auf Worf einschlagen und beide stürzen sich auf Worf, um sich für das Leiden, welches die beiden während des Kal'Hyah ertragen mussten, zu rächen. ({{DS9|Klingonische Tradition}})

In einer [[Alternative Zeitlinie|Alternativen Zeitlinie]] wird Captain Sisko 2372 durch einen Unfall in den [[Subraum]] gezogen. Da es keine Möglichkeit gegeben hat Sisko zu retten, wird dieser für tot erklärt. Bashir nimmt auch mit an der Gedenkfeier für Sisko teil. 2373 taucht Sisko wieder auf und Bashir untersucht ihn darauf. Aber Bashir kann nicht verhindern, dass Sisko wieder in den Subraum gezogen wird. In der Zwischenzeit verschlechtern sich die Beziehung zwischen den Klingonen und der Föderation immer mehr und schließlich verlässt die Sternenflotte Deep Space 9. Jake Sisko versucht einige male seinen Vater zurück zu holen, aber es gelingt ihm nicht. [[25. Jahrhundert|2422]] versuchen Jake Sisko, Dax, Bashir und Captain Nog Sisko aus dem Subraum zu befreien. Bashir ist in dieser Zeit bereits zum Commander befördert worden. Bashir führt in dieser Zeit viele Referate oder er kümmert sich um seine Kinder. Auf der ''Defiant'' wird der Unfall, durch den Sisko in den Subraum gezogen worden ist, nachgestellt. Aber auch dies misslingt Jake Sisko und ihm gelingt es nicht seinen Vater zu retten. Jahre später findet Jake heraus, dass sein Tod seinen Vater retten kann. Beim letzten Besuch von seinen Vater tötet sich Jake und Benjamin Sisko wird zu dem Moment des Unfalls zurück geschleudert. Sisko kann diesen Unfall verhindern und diese [[Zeitlinie]] wird aufgelöst. ({{DS9|Der Besuch}})