[[2371]] kommt [[Kozak]] bei einem Kampf gegen [[Quark]] durch einen Unfall ums Leben. Da das [[Haus des Kozak]] keinen männlichen Erben hat, will [[D'Ghor]], der Todfeind des Hauses von Kozak, die Besitztümer übernehmen. Er fordert dies von Gowron ein und dieser stimmt zu. Doch [[Grilka]], die Witwe von Kozak, hat Quark gegen seinen Willen geheiratet und fordert von Gowron, dass sie ihr Haus behalten darf. Da Grilka sich an die Vorschriften gehalten hat, stimmt Gowron Grilkas Bitte zu und so entsteht das [[Haus des Quark]]. Quark versucht darauf die Betrügereien von D'Ghor aufzudecken und er trägt diese dem hohen Rat vor. Gowron interessieren solche Sachen nicht, aber er nimmt sich der Sache an, da D'Ghor unehrenhaft gehandelt hat. Darauf fordert D'Ghor Quark zu einem Kampf auf Leben und Tod heraus, um seine Ehre zurückzugewinnen. Quark muss sich am nächsten Tag D'Ghor stellen. Quark erscheint am nächsten Tag, doch statt zu kämpfen wirft Quark seine Waffe weg. Quark erklärt, dass er in diesem Kampf keine Chance hat und dies einer [[Hinrichtung]] gleicht. Er kniet vor D'Ghor nieder und wartet auf seinen Tod. Als D'Ghor Quark töten will, greift Gowron ein, da es sich um einen unehrenhaften Kampf handelt. Gowron ist von Quarks Verhalten beeindruckt und D'Ghor wird für sein Verhalten entehrt. Aufgrund der besonderen Umstände bekommt Grilka ihr eigenes Haus. ({{DS9|Das Haus des Quark}})

In den nächsten Wochen führt Gowron seine Angriffe fort, aber nicht alle im Reich sind mit Gowrons Politik einverstanden. Imperator Kahless verurteilt die Angriffe der Klingonen auf die cardassianische Union. Obwohl Kahless der Imperator über das Reich ist, hat dieser keine politische Macht und Gowron ignoriert die Meinung des Imperators. Aber auch [[Kor]] ist mit Gowrons Politik nicht einverstanden und freut sich, in dem entehrten Worf einen Verbündeten gefunden zu haben. Kor hat Hinweise auf das [[Schwert des Kahless]] auf dem [[Heimatplanet der Hur'q|Heimatplaneten der Hur'q]] gefunden und Worf begleitet ihn bei dieser Suche. Worf will das Schwert des Kahless finden, um dies dem Imperator zu geben, damit er alle Klingonen vereint und so auch die Macht über Gowron übernimmt. Obwohl die beiden das Schwert des Kahless finden, sehen beide ein, dass die Klingonen dafür noch nicht bereit sind und beide beamen das Schwert in den [[Weltraum]]. ({{DS9|Das Schwert des Kahless}})

 

Anfang [[2373]] nimmt der Konflikt mit den Klingonen zu und Sisko bekommt den Auftrag, die Klingonen zu infiltrieren und Gowron als Gründer zu enttarnen. Durch [[Plastische Chirurgie|plastische Chirurgie]] verändert Doktor [[Julian Bashir]] das Aussehen von Sisko, Worf, Odo und [[Miles O'Brien]], damit sie wie Klingonen aussehen. [[Dukat]] bringt die Vier mit seinem eroberten [[Dukats Bird-of-Prey|Bird-of-Prey]] nach [[Ty'Gokor]], wo sich Gowron zu dieser Zeit befindet. Von Dukat bekommen die Vier eine neue klingonische Identität als Kandidaten auf der Kandidatenliste für den [[Orden des Bat'leth]]. Die Vier begeben sich in die [[Halle der Krieger]] und nehmen an den Feierlichkeiten teil. Sisko und seine Leute wollen Gowron mithilfe von [[Polaronemitter]]n als Wechselbalg entlarven. Bevor diese jedoch zum Einsatz kommen können, werden sie von Martok bei der Zeremonie zur Ordensverleihung entlarvt und verhaftet. Als Worf jedoch Martok zu einem ehrenhaften Kampf aufzufordern, erwidert dieser, dass es kein ehrenwerter Kampf sein würde. Stattdessen will er den vier Männern helfen, in die Halle der Krieger zu gelangen und dort sollen sie den Kanzler umbringen. Damit sind die [[Gefangener|Gefangenen]] einverstanden. Worf fordert Gowron zum Duell, daraufhin entbrennt ein heißer Kampf zwischen den beiden. Odo hat dabei das [[Gefühl]], dass alles nicht stimmt. Er fragt sich, warum Gowron nicht Worf von seiner [[Leibwächter|Leibwache]] aufhalten lässt, und gibt sich selbst die Antwort. Es ist klingonische [[Ehre|Ehrvorstellung]], die Gowron daran hindert. Er wundert sich, sollte Martok dieses Konzept doch vertraut sein, im Gegensatz zu seinem eigenen [[Volk]]. Damit steht für Odo fest, dass Martok der Wechselbalg ist. Bevor Worf Gowron töten kann, warnt Odo die anderen vor Martok. Es bricht ein Kampf zwischen Martok und Odo aus, wobei der Wechselbalg von den umstehenden [[Krieger]]n erschossen wird. Als Gowron die erfährt, fordert Sisko Gowron auf die Kämpfe mit der Föderation zu beenden, doch Gowron will keine Verhandlungen, das dies seiner Ehre widerspricht. Doch Odo gibt Gowron zu verstehen, dass dies die Gründer wollen, damit sie so den Alpha-Quadranten erobern können. Gowron versteht dies und empfiehlt dem Hohen Rat einen Waffenstillstand mit der Föderation. Gowron sorgt auch dafür, dass die Vier sicher nach Deep Space 9 zurück kehren können. Zum Abschied gibt er Worf zu verstehen, dass er ihn hätte töten sollen als er die Gelegenheit dazu gehabt hat, da er nie wieder dazu kommen wird. ({{DS9|Die Apokalypse droht}})

Einige Wochen später schließt sich Cardassia unter Führung von Dukat dem Dominion an. Mit Hilfe des Dominions, können die Cardassianer die Klingonen schlagen und die Klingonen müssen ihre eroberten cardassianischen Gebiete aufgeben. Die Klingonen müssen sich nun zurück ziehen. Gowron bittet darauf auf Deep Space 9 um medizinische Unterstützung und Sisko gewährt den Klingonen diese. Auf Deep Space 9 kann Sisko Gowron davon überzeugen die Khitomer-Verträge wieder zu unterzeichnen, damit die Föderation gemeinsam mit den Klingonen das Dominion aufhalten kann. Im Zuge der neuen Allianz bleibt eine klingonische militärische Präsenz, unter Führung des echten General [[Martok]], auf der Station. ({{DS9|Im Lichte des Infernos}})

Im [[Dominion-Krieg]] sieht Gowron [[2375]] seine Macht als Kanzler durch [[Martok]] bedroht und übernimmt dessen [[Kommando]] über die [[Klingonische Imperiale Flotte|klingonische Flotte]]. Er schickt Martok auf [[Mission]]en ohne Aussicht auf Gewinn, um ihn im Reich zu demütigen und dadurch seine Position zu schwächen. Durch dieses törichte Verhalten gefährdet Gowron den gesamten [[Alpha-Quadrant]]en, da die Klingonen zur Zeit die einzigen sind, die der [[Energiedämpfungswaffe]] der [[Breen]] standhalten können. Worf fordert deshalb Gowron zum Duell heraus und tötet ihn. Er übergibt Gowrons Nachfolge allerdings an Martok, der damit zum neuen Kanzler wird. ({{DS9|Kampf mit allen Mitteln}})