Nachdem Kim Chakotay aus seinem Quartier geholt hat, entschuldigt er sich beim Commander. Dieser fragt ihn zunächst, ob er sich für die Kursänderung oder die nächtliche Ruhestörung entschuldigt. Kim setzt schon zu einer Erklärung an. Jedoch beruhigt ihn Chakotay damit, dass er in beiden Fällen richtig gehandelt habe und überträgt ihm die Leitung des Außenteams, welches die Quelle des Notrufs untersuchen soll. Er selbst wird sein Vorgehen von der Brücke aus beobachten. Kim informiert anschließend den Doktor über den Notruf. Als dieser auf dem Weg zum Transporterraum erfährt, dass Kim das Außenteam leitet, ist das Hologramm etwas überrascht, da er annahm, dass Tuvok oder Chakotay eine Mission in unbekannte Gebiete leiten würden. Kim erwidert darauf harsch, dass er Führungsoffizier ist und fünf Jahre auf dem Schiff gedient hat und daher eine Außenmission leiten kann. Der Doktor entschuldigt sich damit, dass er Kim nicht beleidigen wollte, fügt aber noch hinzu, dass sein möglicherweise vorhandener Mangel an Erfahrung, durch den Arzt mehr als kompensiert werde. In diesem Moment gibt Kim den Befehl, sich, den Doktor und [[Timothy Lang]] auf den Planeten zu beamen.  

Die KI übermittelt Tom Paris die Koordinaten eines 2,3 Lichtjahre entfernten Sonnensystems. Dorthin sollen sie mit Maximalgeschwindigkeit fliegen. Janeway fragt nach dem Doktor, doch die KI teilt ihr mit, dass er "weg" sei. Die KI erklärt, dass sie dieser Kurs zu seinem Ziel führt und feindlichen Minenfeldern ausweicht. Daher sollen sie nicht von diesem Kurs abweichen. Sobald sie in dem System sind, sollen sie sie zu seinem Ziel beamen. Janeway erklärt, dass ihre Oberste Direktive die Einmischung in einen Krieg verhindert. Daraufhin meint die Waffe, dass sie sich bereits damit eingemischt haben, dass sie versuchten, ihn zu deaktivieren. Der Captain widerspricht und meint, dass sie nur seine explosiven Komponenten deaktivieren wollten. Die Waffe meint, dass kein Unterschied zwischen ihm und dem Explosivbestandteil besteht. Er erklärt, dass er jeden, der versucht ihn zu stoppen, als Feind betrachtet. Dann verlangt er nochmals, die Übertragung der Sensoranzeigen auf die Krankenstation. Janeway lässt daraufhin den Kurs ändern und beraumt eine Besprechung der Führungsoffiziere an.

Im Maschinenraum erkundigt sich Onquanii bei Captain Janeway, ob das Kommunikationssystem deaktiviert wurde. Dies bestätigt der Captain und fügt hinzu, dass die Schilde verstärkt wurden, sodass sie nicht abgehört werden können. Onquanii scannt den Raum weiter und meint, dass er in ihre Versicherungen mehr Vertrauen hätte, wenn sie nicht bereits der Gnade dieser Waffe ausgeliefert wären. Chakotay erklärt, dass sie nicht wussten, was sie an Bord holten. Inzwischen untersucht Onquanii die Waffe und stellt fest, dass sie einen Klasse-11-Intelligenzfaktor besitzt, mit Warpgeschwindigkeit fliegen kann und selbstgesteuert ist. Ihre maximale Reichweite liegt bei 80 Lichtjahren und sie kann durch einen [[Ionensturm]] oder eine feindliche Armada fliegen und findet trotzdem ihr Ziel. Janeway will jedoch nur wissen, wie sie es von ihrem Schiff runterbekommt. Onquanii meint, dass sie dies nicht schaffen könne, jedoch sei er in der Lage, das Objekt mit seinem Transporter von der ''Voyager'' zu beamen, da sein Transporter ein [[Dämpfungsfeld]] benutzt, dass den Zünder deaktivieren kann, bis seine Ingenieure die Waffe entschärfen können. Janeway erkundigt sich nach der Gegenleistung für diese Leistung. Zunächst verlangt er die Übergabe der gesamten Waffe, was Janeway jedoch ablehnt. Sie meint, dass sie eine Massenvernichtungswaffe an Niemanden verkauft, den sie gerade kennengelernt hat. Onquanii behauptet, dass er im Bergungsgeschäft tätig sei und mit Kriegen nichts zu tun habe. Allerdings hält Chakotay es für möglich, dass er die Waffe für einen vielversprechenden Profit weiterverkaufen könnte. Onquanii erklärt nun, dass er viel größeren Profit erzielen könnte, wenn er die Waffe demontiert und die Komponenten einzeln verkaufen würde. So könne die Energiematrix allein eine Flotte von Raumschiffen antreiben und sein Intelligenzkern nach einer Neuprogrammierung für [[Terraforming|Landschaftsformung]] oder [[Wetterkontrollsystem|planetaren Wetterkontrolle]]. Janeway ist bereit ihm die Waffe zu überlassen. Sie fordert für sich nur die Energiematrix, damit sie sicher gehen können, dass niemand die Waffe je benutzen kann. Onquanii widerspricht und meint, dass die Energiematrix zu den wertvollsten Komponenten zählt. Neelix bietet ihm nun Dilithiumkristalle an, doch Onquanii meint, dass er einige tausend Dilithiumkristalle wert ist. Neelix legt nun noch einen Plasmaverteiler auf sein Angebot obendrauf. Da Janeway jedoch weiterhin die Energiematrix fordert, beendet Onquanii die Verhandlungen und beamt sich auf sein Schiff. Neelix entschuldigt sich beim Captain, doch da wird das Schiff erschüttert. Anschließend greift er die ''Voyager'' an, Waffen und Schilde versagen. Der Doktor ruft Janeway und fragt, was passiert ist. Diese teilt ihm mit, dass sie von einem Schiff an Backbord angegriffen werden. Die KI verlangt von Janeway das Feuer zu erwidern, was diese jedoch nicht kann, da ihre Waffen ausgefallen sind. Chakotay registriert auf der Brücke, dass sich die Kraftfelder um die Krankenstation destabilisieren. Onquanii versucht offenbar die Waffe mit dem Transporter zu erfassen. Chakotay remoduliert die Schilde, um dies zu verhindern. Allerdings zeigen seine Maßnahmen keine Wirkung. Jedoch lässt die KI eine Antimateriewelle durch den Transporterstrahl senden, was Onquaniis Schiff zerstört. Auf der Brücke registriert Chakotay die Vernichtung des Schiffes und Janeway meint zur KI, dass dies nicht notwendig war. Doch die Massenvernichtungswaffe rechtfertigt sich damit, dass dieses Schiff ein Feind war. Die KI lässt Janeway daraufhin den alten Kurs wieder aufnehmen.   

Seven of Nine hat unterdessen die Schemata der Waffe studiert und will ihre bioneuralen Schaltkreis mithilfe ihrer Nanosonden deaktivieren. Dazu braucht sie jedoch Zugang zu seinem [[Primärer Kontrollkanal|primären Kontrollkanal]]. Janeway erkennt, dass Seven dazu auf die Krankenstation gelangen muss, ohne Verdacht zu erregen. Chakotay weist darauf hin, dass sie die Holokontrollen über der Krankenstation sabotieren können, sodass sie das Programm des Doktors solange unterbrechen könnten, bis Seven die Nanosonden injizieren kann. Janeway fragt, wie lange, Seven für ihre Aktion benötigen würde. Als Zeitrahmen nennt sie 20 Sekunden. Daraufhin lässt Janeway Tuvok nach dem Minenfeld scannen, vor dem die Waffe sie gewarnt hat. Außerdem soll der taktische Offizier analysieren, welche Sprengkraft diese Minen besitzen und welchen Schaden sie dem Schiff zufügen können. Chakotay fragt nun, was der Captain für einen Plan hat. Darauf meint Janeway nur, dass sie auf ihrer Reise auf unerwartete Schwierigkeiten stoßen werden.  

Auf der Krankenstation, fordert der Doktor Harry Kim auf, ihm zu helfen einige beschädigte Gedächtnisdateien zu reparieren, damit er die Ursache erforschen kann, die zu seinem Absturz führte. Torres meint, dass sie ihn nicht unterstützen dürfen, da sie ihre erste Hilfeleistung in diese Situation gebracht hat. Kim meint jedoch, dass man als Gefangener dem Handbuch für Offiziere zufolge, jede Gelegenheit nutzen muss, um den Feind auszuschalten. Torres bezweifelt, dass ihnen die Sternenflottendiplomatie einen Vorteil bringt. Kim meint, dass er so vielleicht seine Meinung ändern kann, auch wenn Torres dem entgegensetzt, dass er eine Bombe ist. Die KI wiederholt unterdessen ihre Forderung und Torres kommt dem nach. Er berichtet, dass er eine Lücke in seinen Erinnerungsdateien hat, unter anderem fehlen ihm drei Minuten vor dem Absturz. Torres versucht daraufhin mit einem rekursiven Suchalgorithmus die Daten zurückzuholen. Sie erkennen, dass die Sonde den Befehl zur Rückkehr erhielt und daher auf dem Planeten landete. Kim meint, dass seine Landung, wohl doch kein Unfall war. Die Waffe meint, dass es ein Versuch des Feindes war, ihn zu manipulieren und ihn von seinem Ziel fernzuhalten. Torres entgegnet, dass seine Zugriffscodes verschlüsselt sind. Er meint, dass sein eigenes Volk den Angriff nicht abbrechen wollen konnte. Kim erklärt ihm, dass sein Volk vielleicht seine Meinung geändert hat. Die Waffe fragt, wieso sein Volk den Angriff abblasen sollte. Kim will daraufhin noch einige Gedächtnisdateien öffnen. Torres und Kim wollen weitermachen und ihm diese Informationen zur Verfügung stellen. Torres fragt, ob er fürchtet, dass er diese Einrichtung vielleicht gar nicht zerstören sollte. Kim fügt hinzu, dass sie weitere Daten öffnen sollten, um ihm Gewissheit zu verschaffen. Dem stimmt die Waffe zu und Kim macht sich an die Arbeit. Er fragt die Waffe, ob die Bezeichnung [[Strategische Kommandomatrix]] eine Bedeutung für ihn hat. Die KI erklärt, dass diese seinen Start befohlen hat. Jedoch teilt Kim ihm mit, dass sie den Befehl zum Abbruch der Mission gab. Die KI erkennt, dass sein Volk vor drei Jahren einen Waffenstillstand schloss und die taktischen Langstreckenwaffen deaktivierte. Jedoch gab es eine Fehlfunktion in einem der Kommandosensoren. Dieser aktivierte eine Serie von Startsequenzen. Sein Volk konnte die meisten abschalten, jedoch wurden 34 Waffen gestartet. Kim meint, dass er sich nun deaktivieren kann. Die KI traut ihnen nicht und will seine Mission abschließen, da es keinen Bestätigungscode gibt. Torres argumentiert, dass der Bestätigungscode vielleicht in einer seiner beschädigten Erinnerungsdateien liegt. Allerdings glaubt die Waffe nun wieder getäuscht zu werden. Sie fragt, wieso sie ihnen glauben solle, da sie bereits einmal versuchten ihn zu täuschen. Torres erklärt, dass er ihnen nicht glauben muss und nur seine Dateien checken soll. Die Waffe lehnt dies ab und will seine Mission abschließen. Kim fragt ihn, wie viele Personen sterben werden, wenn er einen neuen Krieg auslöst, falls er mit seinem Angriff den Waffenstillstand bricht.   

Das Schiff läuft unterdessen scheinbar auf eine Subraummine auf. Janeway erklärt dem Doktor, dass sie auf eine Mine aufgelaufen sind und Chakotay fügt hinzu, dass sie tausende in dieser Region des Weltalls gefunden haben. Der Doktor lässt den neuen Kurs auf seine Station übertragen. Da diese sie zwei Tage kosten wird, lehnt er ab. Er programmiert eine Schildverstärkung, um das Schiff gegen das Minenfeld zu schützen. Janeway kann zumindest durchsetzen, dass sie langsamer weiterfliegen. Paris lässt es anschließend noch zweimal erschüttern. Tuvok erreicht unterdessen die Holomatrix. Der Captain erkundigt sich bei Neelix. Dieser erklärt, dass er fast fertig ist. Dann befiehlt Janeway Paris eine weitere Minenexplosion zu simulieren und Chakotay lässt die Plasmarelais auf Deck 7 durchbrennen. Wieder ruft sie den Doktor und informiert ihn, dass sie Schwerverletzte haben. Janeway lässt Seven of Nine auf der Krankenstation behandeln, da sie ohne sie als astrometrischen Offizier das Minenfeld nicht durchfliegen können. Die Waffe gibt ihre Zustimmung und warnt den Captain nochmals vor einer Irreführung. Neelix bringt Seven auf die Krankenstation und die Waffe lässt Seven behandeln und mahnt zur Eile. Tuvok löst unterdessen eine Fehlfunktion des MHN aus, worauf das Programm nachfragt. Janeway behauptet, dass ihre sekundären Kommandosystem beschädigt wurden und der Doktor verlangt eine Reparatur. Dann steht Seven auf und versucht die Waffe zu assimilieren. Jedoch wird sie durch eine Energieentladung verletzt und fällt in einen [[Neuraler Schock|neuralen Schock]]. Neelix und Torres behandeln Seven of Nine daher. Der Doktor informiert Janeway, dass sie mit ihrer Crew das Schiff sofort verlassen soll, da ihr Versuch sie zu deaktivieren gescheitert ist. Janeway meint, dass er ihr keine Wahl ließ. Als er droht zu detonieren, meint Janeway, dass er es tun soll. Der Doktor weist sie daraufhin, dass alle an Bord getötet werden, doch Janeway entgegnet, dass niemand sonst sterben wird. Paris ortet in diesem Moment 32 Schiffe backbord voraus. Es sind weitere Massenvernichtungswaffen.