Dukat wird vom [[Cardassianisches Zentralkommando|Zentralkommando]] für den Abbruch der Besetzung verantwortlich gemacht. Die Entdeckung des [[Bajoranisches Wurmloch|bajoranischen Wurmloches]] kurz nach Abzug der cardassianischen Truppen wird ihm ebenfalls als Niederlage angerechnet. Dennoch hat er zunächst als Kommandant des [[Zweiter Orden|Zweiten Ordens]] weiterhin die Möglichkeit, die cardassianisch-bajoranisch-föderale [[Politik]] zu beeinflussen. So kontaktiert er kurz nach dem Einzug der Sternenflotte auf Deep Space Nine [[Commander]] [[Benjamin Lafayette Sisko|Sisko]] und erklärt ihm, dass die cardassianischen Nachbarn für alle Probleme eine Lösung hätten. Sie kommen auch auf die Drehkörper zu sprechen, doch Sisko gibt sich wortkarg und gestattet schließlich widerwillig, dass die Cardassianer das Promenadendeck betreten dürfen. Nachdem Sisko mit einem [[Runabout]] ins Wurmloch fliegt und dort Kontakt mit den [[Wurmlochwesen]] aufnimmt, folgt ihm Dukat mit seinem Schiff, trotz Warnungen von Kira. Nachdem Sisko mit den Wurmlochwesen vereinbart hat, dass Raumschiffe dieses passieren dürfen, schicken sie ihn zurück. Da Dukats Schiff manövrierunfähig geworden ist, schleppt Sisko es mithilfe eines [[Traktorstrahl]]s mit seinem [[Runabout]] ab. Als sie die Station erreichen, befiehlt Dukat [[Gul]] [[Jasad]] seinen Angriff auf die Station abzubrechen. ({{DS9|Der Abgesandte, Teil I|Der Abgesandte, Teil II}})

Nachdem ein Cardassianer auf Deep Space 9 verhaftet wird, kontaktiert Dukat Commander Sisko und erfährt, dass sich der Gefangene als [[Gul]] [[Darhe'el]] ausgibt. Dukat verlangt von Sisko ein faires Verfahren. Wenig später wird er von Sicherheitschef [[Odo]] kontaktiert. Dukat versichert Odo, dass dieser jedoch schon Jahre tot ist und auf Cardassia beerdigt wurde. Damit Odo ihm glaubt, gewährt Dukat ihm begrenzten Zugriff auf seine Datenbank. Durch diese Beweise wird Odo von der Unschuld Marritzas überzeugt und er ermittelt weiter, nach dem Grund für die Falschaussage des [[Aamin Marritza|Mannes]]. ({{DS9|Der undurchschaubare Marritza}})

Um die neue Aufgabe, die Pah-Geister aus den [[Feuerhöhlen]] zu befreien, durchzuführen, überzeugt der vermeintliche Anjohl die Kai, das Buch des Kosst Amojan zu lesen. Er umgarnt Winn, die ihm gesteht, dass sie dem Weg der Propheten nicht mehr folgen kann. Winn hat zunächst Bedenken, weil die Befreiung der Pah-Geister Bajor laut den Prophezeiungen zerstören soll. Dukat sagt, dass die Auserwählten überleben und sie dann über sie herrschen wird. Er überzeugt sie daraufhin im Buch des Kosst Amojan zu lesen. Er will zunächst bei ihr bleiben, doch Winn schickt ihn aus dem Raum. Als Winn über den Büchern einschläft, will Solbor sie zurück in die Bibliothek bringen. Dukat kommt ihm jedoch entgegen, schlägt den Mönch nieder und bringt die Brücher zur Kai zurück. Dann weckt er sie und erinnert sie an ihre Arbeit. Ranjen [[Solbor]], der zu dieser Zeit der [[Diener]] der Kai ist, entdeckt unterdessen die wahre Identität und entlarvt Dukat. Doch es ist zu spät. Winn lässt sich auch davon nicht aufhalten und arbeitet mit dem verhassten [[Kriegsverbrecher]] zusammen. Sie [[Mord|tötet]] Solbor und [[Studium|studiert]] das Buch, um die Pah-Geister zu befreien. Dukat beseitigt derweil Solbors Leiche. ({{DS9|Im Angesicht des Bösen}})

Gemeinsam mit Dukat, der immer noch sein bajoranisches Aussehen hat, versucht Winn, die Pah-Geister zu befreien. Doch zwischen den beiden wachsen Hass und Misstrauen. Dukat vertraut Winn so wenig, dass er das Buch des Kosst Amojan selbst lesen will, auch wenn das Buch nur für die [[Auge]]n der Kai bestimmt ist, und [[Blindheit|erblindet]] vorübergehend.  Um ihm eine Lektion in [[Demut]] zu erteilen, lässt Winn ihn auf die Straße werfen, damit er seinen Lebensunterhalt erbetteln kann. Er solle erst zurückkommen, wenn er sich als würdig erwiesen und sein Augenlicht wiedererlangt haben wird. ({{DS9|Ein Unglück kommt selten allein}})

Nachdem Dukat sein Augenlicht zurückerhält, kehrt er zu Adami zurück und bittet sie um Verzeihung. Winn will jedoch dem Kriegsverbrecher nicht verzeihen. Sie hat die Geheimnisse des Kosst Amujan enthüllt, und will nun mit Dukat in die Feuerhöhlen gehen. Als sie durch die Höhlen gehen, macht er sich über die Angst der Bajoraner vor den Höhlen lustig und erzählt, dass er sie dennoch nie besucht hat. Dann gehen sie weiter. Als sie die Feuerhöhlen erreichen, ist Dukat enttäuscht, weil er kein Feuer sieht. Winn liest daraufhin aus dem Buch des Kosst Amujan. Daraufhin erscheint ein riesiges Feuer in der Höhle und sie fragt, ob das besser sei. Wenig später ruft Winn die Pah-Geister an. ({{DS9|Das, was du zurückläßt, Teil I}})

 

Die beiden versuchen später die Pah-Geister aus den Feuerhöhlen zu befreien. Winn reicht Dukat einen Becher nachdem sie eine Formel gesprochen hat. Dieser trinkt und gibt ihn Winn zurück. Diese verschüttet jedoch den Inhalt und lässt den Becher fallen. Dukat krümmt sich bald vor Schmerzen und fragt, wieso sie das getan hat. Winn antwortet, dass die Pah-Geister ein Opfer verlangen, dass ihrer würdig ist. Es gebe niemanden, der besser dafür geeignet wäre, als Dukat. Dukat erliegt dem [[Gift]] und Winn bietet dieses Leben den Pah-Geistern um das Feuer zu schüren, dass sie endlich befreit. Ein Pah-Geist fährt nun in Dukats Körper und belebt ihn wieder. Außerdem erhält er auch seine cardassianische Gestalt zurück. Dann verhöhnt er Winn und meint, dass die Pah-Geister sich durch den Himmlischen Tempel und den Alpha-Quadranten brennen werden. Da bemerkt er Sisko. Er entwaffnet diesen mithilfe seiner telekinetischen Kräfte. Als Winn das Buch des Kosst Amujan verbrennen will, holt sich Dukat es mit telekinetischen Kräften und Winn wird von den Pah-Geistern verbrannt. Sisko stürzt sich nun auf Dukat und reißt ihn mit in den Abgrund, wo er verbrennt. In einem Showdown der beiden Männer wird Dukat zusammen mit den Pah-Geistern in den bajoranischen Feuerhöhlen für alle Ewigkeit eingesperrt, da der einzige Schlüssel, das Buch des Kosst Amojan, in den Feuerhöhlen verbrennt. ({{DS9|Das, was du zurückläßt, Teil II}})