Das Waffenmodul ist ein Zusatzelement, dass auf Runabouts der Danube-Klasse montiert werden kann, um z.B. zusätzliche Mikrotorpedos abfeuern zu können. Weitaus größer fällt dagegen das Waffenmodul der Schiffe der Nebula-Klasse aus: dieses dreieckige Modul kann mehrere hundert Torpedos tragen und erweitert die Feuerkraft neben Photonentorpedorampen (mind. vier) auch um Phaserbänke und verfügt über eigene Schildgeneratoren.