Angesichts der Schäden an der ''Voyager'' kreiert er aus den Notrationen neue Speisen und Getränke. Dazu zählt das [[Elixier der Ausdauer]]. Später macht er mit Captain Janeway eine Bestandsaufnahme der gerissenen EPS-Leitungen. ({{VOY|Ein Jahr Hölle, Teil II}})

Im [[31. Jahrhundert]] gehört die Voyager zur Geschichte der [[Kyrianer]] und der [[Vaskaner]]. In dem Holoprogramm [[Kriegsschiff Voyager]] ist die [[Liste von Crewmitgliedern der USS Voyager|Crew]] skrupellos und gewalttätig. Neelix arbeitet in dieser Rekonstruktion an der taktischen Konsole auf der Brücke und ist am Angriff auf die Kyrianer beteiligt. Er ortet mit den Sensoren Tedrans Versteck und ermöglicht so den Angriff. Nachdem die erste Angriffswelle keinen Sieg herbeiführt, beraten die Führungsoffiziere über das weitere Vorgehen. Dabei streitet er sich mit Paris. Als dieser sich mit Chakotay streitet, kommt es zu einem Handgemenge, dass von Janeway mit einem Phaserschuss an die Decke aufgelöst wird. ({{VOY|Der Zeitzeuge}})

=== Die Rückkehr von Kes ===