Wenig später übernimmt Scott das Kommando über die ''Enterprise'', nachdem Kirk, Spock und McCoy, sowie [[Nancy Hedford]], eine Gesandte der [[Föderation]], mit einem Shuttle zum Planeten [[Epsilon Canaris III]] fliegen. Nachdem das Shuttle vom Kurs verschwunden ist, macht sich Scott mit der ''Enterprise'' auf die Suche nach dem vermissten Shuttle. Scott findet schließlich das Außenteam auf einem dem unerforschten [[Planetoid]]en [[Gamma Canaris N]] in der [[Gamma -Canaris|Gamma-CanarisRegion]]-Region. ({{TOS|Metamorphose}})

[[Datei:Scott und M'ress.jpg|thumb|M'ress Ress macht sich an Scott heran.]]

Als nächstes bekommt die ''Enterprise'' den Auftrag, den Gauner Harry Mudd auf [[Motherlode]] zu verhaften. Kirk gelingt dies und Mudd kommt in den [[Arrest]] an Bord der ''Enterprise''. Mit Hilfe von [[Liebeskristall]]en gelingt es Mudd zu fliehen, währen sich die Besatzungsmitglieder der ''Enterprise'' untereinander verlieben. Auch Lieutenant [[M'ressRess]] steht unter dem Einfluss der Liebeskristalle und verliebt sich in Scott. Er versucht sie von sich fernzuhalten, aber mit wenig Erfolg. Nachdem die Wirkung des Kristalls nachlässt, kommt es immer zum Streit zwischen den ehemaligen verliebten, darunter auch M'ress Ress und Scott. Außerdem hat Scott einen schrecklichen [[Kater]]. ({{TAS|Der Liebeskristall}})

Einige Zeit später wird die ''Enterprise'' von drei romulanischen Schiffen angegriffen. Da die ''Enterprise'' den Romulanern unterlegen ist, versucht Kirk mit der ''Enterprise'' durch ein Energiefeld zu fliegen, um so den Romulanern zu entkommen. Kirks Plan funktioniert und die ''Enterprise'' kann den Romulanern entkommen. Beim Abendessen bekleckern sich alle Teilnehmer, weil die Gläser zu groß gewesen sind. Als Scott sich beim [[Nahrungsverteiler]] was zu essen bestellen will, spuckt der Verteiler unaufhörlich große Mengen verschiedenster Lebensmittel auf ihn aus. Im Gegensatz von M'ress Ress und [[Arex]] findet er das gar nicht lustig. Die Besatzung findet heraus, dass das geheimnisvolle Energiefeld den Computer der ''Enterprise'' übernommen hat und der Crew [[Streich]]e spielt. Scott versucht den Computer abzuschalten, aber der Computer kehrt die [[künstliche Schwerkraft]] um und die gesamte Crew klebt an der Decke. Erst als Scott den Computerraum verlässt, wird die normale Schwerkraft wieder hergestellt. Kirk kann später das Wesen im Computer aus tricksen und die ''Enterprise'' wird wieder freigegeben. ({{TAS|Wüste Scherze}})

[[2294]] scheidet Scott aus dem aktiven Dienst aus. Scott reist als Passagier an Bord der [[USS Jenolan|USS ''Jenolan'']] zur [[Norpin V|Norpin-Kolonie]], um dort seinen Lebensabend zu verbringen. Auf den Weg dorthin kommt es zu einem Defekt am Warpantrieb und eine Plasmaleitung fällt aus. Der Captain geht darauf unter Warp und dabei entdeckt die ''Jenolan'' eine [[Dyson-Sphäre]]. [[~/Person/TNG/6x04/1|Der Captain ]] versucht Kontakt mit der Dyson-Sphäre aufzunehmen, als plötzlich der Antrieb explodiert. Durch die [[Schwerkraft]] der Sphäre stürzt die ''Jenolan'' auf die Oberfläche der Sphäre ab. Nur Scott und Fähnrich [[Matt Franklin]] überleben den Absturz. Da es sonst keine Hoffnung auf Rettung gibt und die Nahrungsmittel zur neige gehen, versuchen Scott und Franklin sich zu beamen und im Musterpuffer zu warten, bis sie gerettet werden. ({{TNG|Besuch von der alten Enterprise}})

Während sich die beiden auf der ''Jenolan'' befinden, wird die ''Enterprise'' in die Dyson-Sphäre gezogen. An Bord der ''Jenolan'' merkt La Forge wenig später, dass die ''Enterprise'' verschwunden ist. Scott gelingt es die ''Jenolan'' flugtauglich bekommen und es gelingt den beiden die Luke zur Dyson-Sphäre zu öffnen. Um die Luke offen zu halten, steuert Scott die ''Jenolan'' zwischen die Teile der Luke, bis die ''Enterprise'' wieder aus der Sphäre heraus fliegen kann, allerdings wird dabei die ''Jenolan'' zerstört. Da Scott sein Schiff verloren hat, bekommt er von Picard zum Dank das Shuttle [[Goddard|''Goddard'']] geschenktgeliehen. Scott beschließt nun nicht mehr in den Ruhestand zu gehen und reist mit dem Shuttle in eine neue Zukunft. ({{TNG|Besuch von der alten Enterprise}})

{{HGI|Nach dem Roman ''Von Magie nicht zu unterscheiden'' hat Scott in den [[2380er]] das Kommando über die [[USS Challenger (NCC-71099)|USS ''Challenger'' (NCC-71099)]]. Das Schiff ist bei [[Sternenbasis 410]] stationiert und dient dem Ingenieurskorps für technische Forschungen. Als Anfang [[2383]] ein Schiff der [[NX-Klasse]], die ''Intrepid'' (NX-07) auftaucht, bittet Scott La Forge im bei der Erforschung des Schiffes zu unterstützen. La Forge wird von der ''Enterprise'' auf die ''Challenger'' versetzt und mit seinem Team untersucht Scott das Schiff wie dieses soweit weg von der Erde hingelangen konnte. Scott erhält auch Unterstützung von [[Berlinghoff Rasmussen]], welcher aus dem [[22. Jahrhundert]] stammt, bei der Erforschung des Schiffes zu helfen. Scotts Team findet heraus, dass die ''Intrepid'' durch eine Trans-Slipstream-Heckwelle durch den Raum geschleudert wurde. Aber Rasmussen arbeitet heimlich mit dem [[Ferengi]] [[Bok]] zusammen und diesem gelingt es die ''Intrepid'' zu entführen. Rasmussen und Bok wollen die ''Intrepid'' nutzen, um über eine Anomalie durch die Zeit zurück zu reisen. Rasmussen will so in seine Zeit zurück und Bok will so den Tod seines Sohnes verhindern. Doch Scott gelingt es zu verhindern, das Bok seine Pläne in die Tat umsetzt und dabei kommt Bok bei der Zerstörung der ''Intrepid'' ums Leben. Beim Kampf gegen Boks Verbündete kommt Scotts Erster Offizier ums Leben und Scott wird schwer verletzt. Nach den Ereignissen gibt Doktor [[Alyssa Ogawa]] Scott zu verstehen, dass Scott aufgrund seiner langen Zeit im Transporter und aufgrund seines Alters seine Verletzungen sehr langsam heilen. Sie empfiehlt Scott seinen Posten als Captain niederzulegen. Schweren Herzens beendet Scott seinen Dienst bei der Sternenflotte und ernennt La Forge zu seinem Nachfolger und dieser wird Captain der ''Challenger''. Scott bleibt als ziviler Beraten an Bord und kümmert sich weiter um die Technik. La Forge untersucht weiter die Trans-Slipstream-Heckwelle und dabei wird auch die ''Challenger'' und eine Gruppe Romulaner von dieser Welle erfasst und in den intergalaktischen Raum geschleudert. Dort findet die ''Challenger'' die Überreste der [[USS Hera|USS ''Hera'']]. Die schwer beschädigte ''Challenger'' ist nicht mehr Flugfähig und Scott beamt mit einem Außenteam auf die Oberfläche einer Anomalie auf der sich die ''Hera'' befindet. Scott findet dort eine Gruppe Überlebende und hilft bei deren Rettung. La Forge nimmt inzwischen Kontakt mit der Rasse auf, welche mit Trans-Slipstream durch die Galaxie reisen und gibt diesen zu verstehen, dass diese häufig Schiffe mitziehen und die Fremden versprechen er vorsichtiger zu sein. Da die ''Challenger'' flugunfähig ist, geht deren Besatzung und die Überlebenden der ''Hera'' auf ein romulanisches Schiff, welches ebenfalls mitgezogen wurde. Damit die Schiffe aus der Anomalie frei kommen, muss Scott die ''Challenger'' vernichten. Da sich Scotts Zustand immer mehr verschlechtert steuert er die ''Challenger'' durch die Anomalie und beamt sich im letzten Moment weg bevor sich die Anomalie mit der ''Challenger'' auflöst. Mit Hilfe der Fremden gelangt das Schiff der Romulaner zurück in unsere Galaxie. Wenig später wird an Bord der [[USS Enterprise (NCC-1701-E)|USS ''Enterprise'' (NCC-1701-E)]] eine Gedenkfeier zu Ehren von Scott gehalten. La Forge hat aber noch immer die Hoffnung, das Scott überlebt hat.}}