Als der Doktor überrascht feststellt, dass er [[blut]]et, lässt er sich zurück auf die Krankenstation transferieren. Er ist entsetzt, als er feststellen muss, dass er Schmerz empfinden kann. Er scannt sich selbst mit einem Tricorder und ortet [[Herz]] und Blutströme. Dann lässt er vom Computer einen Systemcheck vornehmen. Dieser behauptet, dass es kein medizinisch-holographisches Notfallprogramm im Speicher gäbe. Der Doktor ist verwirrt, da das Programm jetzt gerade läuft. Dann will er ein Schme ader einen Check der holografischen Systeme auf der Krankenstation. Auf der Krankenstation gebe es keine Holoemitter und kein laufendes Holoprogramm. Nun fragt er nach dem Chefarzt der ''Voyager'' Der leitende medizinische Offizier der ''Voyager'' sei Dr. Lewis Zimmerman, antwortet der Computer. Der Doktor erkennt, dass dies der Ingenieur war, der sein Programm geschaffen hat. Allerdings befindet dieser sich nicht auf der ''Voyager'' sondern im Holoprogrammierzentrum auf der Jupiter-Station und sehe ihm ähnlich. Jedoch stimmt die Sternzeit seiner Aktivierung mit der Versetzung Zimmermans auf die ''Voyager'' überein. [[Datei:Der_Doktor_und_das_Hologramm_von_Barclay.jpg|thumb|Das Barclay -Hologramm]]Auf die Frage, was für Programme sich denn im Speicher befänden, gibt der Computer eine [[Liste von Crewmitgliedern der USS Voyager|Liste der Crew der ''Voyager'']] aus. Auf die Frage, wer der Doktor sei, antwortet der Computer, dies sei [[Doktor|Dr.]] [[Lewis Zimmerman]]. In diesem Augenblick wird der Doktor bei seinen Recherchen von Captain Janeway, Torres und Kim unterbrochen, die mit ihrem Kazon-Gefangenen auf die Krankenstation kommen. Janeway befiehlt ihm einen ARA-Scan durchzuführen, während sie ihn verhören. Der Doktor [[scan]]nt alle mit dem [[Tricorder]], doch dieser stellt keinerlei [[Lebenszeichen]] fest. Laut dem Computer ist er ein lebendes, atmendes und blutendes, menschliches Wesen und sein Programm existiert nicht. Janeway vermutet, dass es sich vielleicht um ein Problem mit den Fernprojektoren handelt und die multiplen holografischen Signale den Computer eventuell verwirren. Janeway befiehlt das Programm zu deaktivieren, um es neu zu starten. Als sie es abschalten will, passiert nichts. Sie kann das Programm nicht finden. Sie ist schockiert und [[Befehl|befiehlt]] dem Computer, alle laufenden holografischen Programme im ganzen Schiff zu beenden, woraufhin alle Personen im Raum außer dem Doktor plötzlich verschwinden.

Außerhalb der Krankenstation ist der Doktor verwundert, dass er noch vorhanden ist, da die holografischen Fernprojektoren deaktiviert wurden. Barclay versichert ihm, dass er ein realer Mensch sei und die beiden gehen weiter. Im Maschinenraum aktiviert Janeway inzwischen die magnetischen Begrenzer und stabilsiiert stabilisiert den Warpkern. Sie will sich nun um die [[Plasmarelais]] kümmern. Anschließend trifft sie auf den Doktor. Er soll drei verletzte Crewmitglieder behandeln. Janeway befiehlt ihm die Verletzten zu versorgen. Der Doktor will sie stattdessen deaktivieren, was jedoch nicht funktioniert. Barclay erklärt dies damit, dass die holografischen Protokolle beginnen einzufrieren. Daraufhin befiehlt Janeway [[Michael Parsons (Hologramm)|Parsons]] und [[Jarvis (Hologramm)|Jarvis]] den Doktor und Barclay festzunehmen und in den Arrest zu bringen. Barclay beruhigt den Doktor, dass alles nur holografisch sei. Jedoch ist der Arzt sich dessen nicht mehr sicher, da er vorhin verwundet wurde. Barclay sagt, dass dies bedeute, dass die Holodecksicherungen nicht mehr funktionieren würden. Der Doktor hebt nun die Hände und bittet nichts zu überstürzten. Auf Janeways Nachfrage, erklärt der Doktor, dass sie nicht dafür verantwortlich sind, dass die ''Voyager'' hier gelandet ist. Sie würden feststellen, dass die Phalanx von einem fremden Wesen namens Fürsorger oder Banjoman kontrolliert wird. Es ist eine fremde Lebensform, die für eine Spezies sorgt, die als [[Ocampa]] bezeichnet wird. Janeway unterbricht ihn nun und befiehlt ihn in die Arrestzelle zu bringen, da sie etwas mit ihrem Stranden zu tun hätten. Der Doktor ignoriert dies jedoch und kündigt an, dass in Kürze die gesamte Crew auf die Phalanx gebeamt werden wird. Dort würden sie gefoltert und medizinisch untersucht werden. Es würde schmerzhaft, aber nicht tödlich sein. Da ruft Paris den Captain und sagt, dass sie gescannt werden. Janeway fragt den Doktor noch, was er sei. Nachdem alle weggebeamt wurden, drängt Barclay den Doktor dazu das Schiff zu zerstören um das Programm zu beenden. Der Doktor will jedoch zunächst sichergehen, was er ist. Er zerstört daher den zentralen Speicherknotenpunkt für alle holografischen Systeme der ''Voyager'', um absolut sicher zu gehen, dass er auch wirklich eine reale Person ist. Nachdem er mit einem Phaser auf das Projektionssystem geschossen hat, verschwindet er nicht und erfährt vom Computer, dass das holografische Abbildungssystem zerstört wurde. Er ist jedoch verwirrt, warum die Schifssimulation noch existiert und kein [[Hologitter]] zu sehen ist. Barclay meint, dass er sich klar machen muss, dass er das Projektionssystem eines Hologramms zerstört hat und das Schiff selbst zerstören muss, um das Programm zu beenden. Der Doktor ist überzeugt und Barclay drängt ihn das Schiff zu zerstören, bevor es zu spät ist. Barclay weiß nicht, wie er es ihm noch erklären solle. Als er danach noch einen Schmerzanfall erleidet, lässt er sich von Barclay überreden, den Warpkern zu zerstören. Sein ganzes Gehirn sei mit kinoplasmischer Strahlung überflutet und es gehe zu Ende. Barclay sagt, dass er auf den Warpkern feuern solle. Barclay erklärt ihm, dass ein Dauerfeuer des Phasers notwendig ist, um die äußeren Duraniumschilde zu durchschlagen. Der Doktor stellt daher seinen Phaser auf Maximum und zielt auf die magnetischen Begrenzer. Als der Doktor den [[Warpkern]] mit seinem Phaser zerstören will, erscheint plötzlich [[Chakotay (Hologramm 2371)|Chakotay]] und fordert ihn auf aufzuhören.