Eine Ebene-3-Diagnose ist eine technische Überprüfung. Mit ihr kann unter anderem Software auf Schäden geprüft werden.
Hierbei werden nur die Primärsysteme von zuständigen Abteilungsleiter geprüft und untersucht. diese Diagnose wird vor und nach jeder Schichtübergabe durchgeführt.. die Protokolle werden kurz gefasst und an den zweiten Offizier weitergeleitet. ([Quelle fehlt])
2369 befiehlt Commander William Thomas Riker eine Ebene-3-Diagnose am inneren Sensorennetzwerk der USS Enterprise (NCC-1701-D) vorzunehmen, nachdem dieses fälschlicherweise eine EPS-Explosion im Frachtraum gemeldet hatte. (TNG: In den Subraum entführt)
2371 lässt der Chefarzt der USS Voyager auf der Krankenstation eine Ebene-3-Diagnose durch eine Krankenschwester durchführen. (VOY: Der Fürsorger, Teil I)
Im gleichen Jahr ordnet Commander Sisko während der Suche nach den Gründern eine Ebene-3-Diagnose an. (DS9: Die Suche, Teil I)
Bevor Dr. Zimmerman die Datenbank und Software des Medizinisch-Holographischen Notfallprogramms auf das MHL-Testprogramm 1 überträgt, führt er eine Ebene-3-Diagnose an dem MHN vor. (DS9: Dr. Bashirs Geheimnis)