Khan Noonien Singh ist ein menschlicher Augment und somit ein Produkt der letzten genetischen Experimente des 20. Jahrhunderts.
Während der Eugenischen Kriege ist er ein Tyrann, der jedoch später entmachtet wird. Daraufhin flieht er mit einigen seinesgleichen auf das Schläferschiff SS Botany Bay und verschwindet in den Weiten des Weltraums.
Im 23. Jahrhundert wird sein Schiff zufällig durch die USS Enterprise (NCC-1701) wiederentdeckt und die Besatzung schließlich geweckt. Captain James T. Kirk gelingt es, Khan und seine Crew daran zu hindern, die Enterprise in ihre Gewalt zu bringen.
Die Aufzeichnungen dieser Zeitepoche, einschließlich Khans Ursprung, sind lückenhaft und unvollständig. Sicher ist jedoch, dass Khan das Endprodukt eines geheimen genetischen Experiments ist, dessen Ziel darin besteht, ein überlegenes menschliches Wesen zu schaffen. Dadurch will man mit der Zeit die menschliche Zivilisation auf eine neue Ebene bringen. Besonders die physische Stärke und auch der Intellekt dieser neuen
Menschen, die auch als Augment bezeichnet werden, sind besonders stark ausgeprägt.