[[Der Doktor]] wird aktiviert, aber es ist niemand auf der [[Krankenstation]]. Er befragt den [[Computer]] , warum er aktiviert wurde. Dieser antwortet ihm, dass es aufgrund des [[Roter Alarm|Roten Alarms]] geschah. Er versucht Kontakt mit Captain Kathryn Janeway aufzunehmen. Aber dieses diese ist nicht erreichbar. Als er nochmal den Computer befragt, wird ihm mitgeteilt, dass das Schiff verlassen ist.

Es kommt ein pochendes Geräusch vom Eingang der Krankenstation herüber. Scheinbar versucht jemand, die [[Tür]] aufzubrechen. Der Doktor greift sich ein [[Hypospray]], bereit , sich gegen den Eindringling zur Wehr zu setzen. Als sich die Tür öffnet stellt sich aber heraus, dass es sich um [[B'Elanna Torres]] handelt. Sie behauptet, das Schiff sei von [[Kazon]] angegriffen worden und nur noch sie und der [[Captain]] seien an Bord. Sie sei auf der [[Brücke]] und brauche [[medizin]]ische Hilfe. Da die [[Turbolift]]e ausgefallen seien , solle er auf die Brücke gehen, was den Doc verwirrt, da er die Krankenstation ja nicht verlassen kann. Daraufhin erklärt ihm Torres, dass man schon seit einiger Zeit an einer Methode arbeite, ihn auch in andere Räume wie die Brücke oder den [[Maschinenraum]] zu projizieren, dieses aber noch nie gestestet getestet wurde. Als der Doktor auf der Brücke eintrifft, findet er dort eine verwundete [[Kathryn Janeway|Janeway]] vor, welche ihn bittet, ihm ihr bei einigen Reparaturen zu helfen. Dabei wird er jedoch durch einen [[Notruf]] von [[Neelix]] unterbrochen. Scheinbar Anscheinend hatte Torres die interne [[Kommunikation]] wieder repariert. Janeway beschließt, den Doktor in die [[Messe]] zu schicken.

Die einzige Möglichkeit um aus dieser angeblichen Simulation auszubrechen, wäre, die holografische Voyager zu zerstören. Da der Doktor dies nicht akzeptieren will, versetzt ihn Barclay zurück an den Tag, als er zum ersten Mal aktiviert wurde. Nachdem der Doktor die Hologramme [[Tom Paris]] und [[Harry Kim]] gelöscht hat, ist er Barclay gegenüber schon aufgeschlossener, und Barclay sagt ihm, er müsse nun den Warpkern zerstören um die Simulation zu beenden. Der Doktor will aber zuerst sicher wissen, dass er eine reale Person ist. Nach einem kurzem Zwischenfall mit dem Hologramm Captain Janeways (das dabei vom Doktor gelöscht wird) zerstört er das zentrale holografische Projektionssystem der Voyager, um absolut sicher zu gehen, dass er auch wirklich eine reale Person ist. Da er daraufhin nicht verschwindet - und ihn danach noch ein Schmerzanfall überfällt, lässt er sich von Barclay überreden, den Warpkern zu zerstören.

Als der Doktor den [[Warpkern]] zerstören will , erscheint plötzlich [[Chakotay]] und erklärt dem Doktor das er in einer [[Feedback|Feedback-Schleife]] auf dem [[Holodeck]] der Voyager gefangen sei, welche langsam seine Speicherbänke zerstöre.

Nach einer langen Diskussion zwischen ihm, Barclay, Chakotay und Kes (die nun als seine Frau erscheint) muss er sich nun entscheiden , ob er die Voyager zerstört (was ihn laut Chakotay löschen würde) oder nicht (was ihn laut Barclay töten würde). Dem Doktor geht es zunehmenden zunehmendend schlechtet, er liegt am Boden und alle reden auf ihn ein. Er kann sich nicht entscheidenund Kes beugt sich zu ihm hinunter, um ihn zu küssen. Er fängt an: "Kes, ich wollte Ihnen schon immer sagen..."

Plötzlich ist er wieder zurück auf der [[Krankenstation]] und beendet seinen Satz mit einem verlegenen "...dass ich Sie schön finde." und alles scheint normal, doch nachdem alle außer Kes gegangen sind, entspinnt sich ein Dialog, in dem der Doktor [[Kes]] weis machen will, dass er sie nur auf eine platonische Art schön finde. Daraufhin macht sich [[Kes]] Sorgen um ihre Ehe mit dem Doktor, und da wird klar das , dass es noch nicht vorüber ist. Die Situation eskaliert , Barclay kommt zurück und versucht von neuem, ihn zu überreden; der Doktor sieht sich wieder zu dem Zeitpunkt seiner Aktivierung zurückversetzt. Auf einmal sieht sich der Doktor als verwundeter Patient auf einem [[Biobett]] worauf , der ihn mit der Stimme des Captains anredet: "Doktor!" Auf einmal findet er sich neben [[Kathryn Janeway|Captain Janeway]] auf dem Holodeck erscheintwieder, welche ihm ihn besorgt fragt, ob er wisse, wo er sei. Er antwortet, dass er auf dem Holodeck der Voyager sei. Auf die Frage, ob er auch wisse, wer er sei, erwidert er, er sei das MHN-Programm der Voyager. Janeway erklärt , dass nun alles, was er gesehen habe, sich nur innerhalb des Holodecks abgespielt habe. Um sicher zu gehen, dass es wirklich alles vorüber vorbei ist, fragt er die verblüfft Janeway, ob Kes auch nicht seine Frau sei.