Kurz darauf wird die [[USS Honshu|USS ''Honshu'']], auf der sich zu dieser Zeit Captain Sisko und der gefangene Dukat befinden, von Cardassianern angegriffen und zerstört. Die ''Defiant'' bekommt den Auftrag zusammen mit der [[USS Constellation (NCC-55817)|USS ''Constellation'']] nach Überlebenden der ''Honshu'' zu suchen. Die ''Defiant'' bekommt den Auftrag nach Überlebenden der ''Honshu'' zu suchen. Worf erhält zwei Tage Zeit, um mit der ''Defiant'' nach Überlebenden und Captain Sisko zu suchen, ehe er umkehren muss, um einen [[Konvoi]] zu eskortierten. Wenig später empfängt O'Brien ein Notsignal von Siskos Notbake. Jedoch kann Dax es nicht lokalisieren und Kira muss die ''Defiant'' schließlich abziehen. Als die Zeit um ist, will Worf sich zu dem Konvoi begeben, obwohl Bashir dagegen protestiert. Darauf verweist Worf Bashir von der Brücke. In diesem Moment empfängt O'Brien ein Signal von Gul Dukat und die ''Defiant'' holt Sisko daraufhin ab. Dukat kann allerdings entkommen. Die ''Defiant'' begibt sich darauf zu dem Konvoi in die Badlands. ({{DS9|Das Gute und das Böse}})

Der erste wissenschaftliche Auftrag seit langem führt die ''Defiant'' gemeinsam mit der [[USS Rubicon|''Rubicon'']] zu einer Raumanomalie, in welcher der [[Subraum]] komprimiert ist. Hintergrund dieser Mission ist es, es der Föderation zu ermöglichen, [[Transwarpkanal|Transwarpkanäle]] zu schaffen, was gegenüber dem Dominion einen taktischen Vorteil bedeuten würde. Allerdings wird die ''Defiant'' von einem Jem'Hadar-Angriffsjäger überrascht und geentert, da die Sensoren in der Nähe der Anomalie stark eingeschränkt sind. ({{DS9|Das winzige Raumschiff}})