Währenddessen fällt Odo auf, dass sich die Jem'Hadar ihm gegenüber sehr feindselig verhalten. Diese erklären, dass Odo ein gefallener Gott ist und dass sein Volk über ihn richten wird. Odo will dies aber nicht wahr haben, da er und sein Volk keine Götter sind. Später versucht auch Weyoun zu bewirken, dass Odo zu seinen Volk zurück kehrt, aber auch wie bisher lehnt Odo dies wieder ab. Die Sternenflotte führt darauf ihre erste gemeinsame Mission mit dem Dominion durch, allerdings verschweigt Weyoun gegenüber dem [[Erster (Jem'Hadar)|Ersten]] [[Omet'iklan]] und seinen Jem'Hadar die Existenz des Portals. Doch Omet'iklan gibt Weyoun zu verstehen, dass er bereits über das Portal Bescheid weiß und dass niemand, auch nicht Weyoun, an seiner Loyalität gegenüber den Gründern zweifeln soll. Auf der Oberfläche von [[Vandros IV]] kämpfen die Teams aus Sternenflotte gemeinsam mit den Jem'Hadar gegen die Abtrünnigen. Obwohl es zu einigen Verlusten kommt, ist die Mission ein Erfolg, das Portal wird vernichtet und die Abtrünnigen werden getötet. Als Weyoun auf die Oberfläche kommt, um seine Glückwünsche für die Erfolgreiche Mission zu äußern, wird dieser von Omet'iklan getötet, da er seine Loyalität gegenüber den Gründern angezweifelt hat. Omet'iklan erklärt gegenüber Sisko, dass er beeindruckt ist wie die Sternenflotte gekämpft hat, aber da diese Mission abgeschlossen ist, sind sie nun wieder Feinde und darauf kehrt die ''Defiant'' wieder in den Alpha-Quadrant zurück. ({{DS9|Die Abtrünnigen}})

Zu der dieser Zeit sieht Dukat sein Volk dem Untergang geweiht, es ist besiegt durch den Krieg mit den Klingonen und durch die ständigen Kämpfe mit dem [[Maquis]] in der [[Entmilitarisierte Zone|Entmilitarisierten Zone]]. Darauf sieht Dukat nur einen Weg sein Volk zu retten. Dukat beginnt heimliche Verhandlungen zwischen seiner Regierung und dem Dominion zu führen. ({{DS9|Im Lichte des Infernos}})  In dieser Zeit warnt [[Pascal Fullerton]] mit seiner [[Neue Essentialisten-Bewegung|Neuen Essentialisten-Bewegung]] vor angriffen des Dominions und den Borg. Er sieht, dass die Bewohner der Föderation mit ihren Verhalten schwach geworden sind und Fullerton soll mit seinen Warnungen Recht behalten. ({{DS9|Die Reise nach Risa}})

Zur selben Zeit wird [[Ishka]], die Frau des großen Nagus Zek und die Mutter von Quark, vom Dominion gefangen genommen. Quark bekommt mit seinem Bruder Rom vom Nagus den Auftrag, Ishka aus der Gewalt des Dominions wieder zu befreien. Quark beschließt seine Mutter mit einigen Ferengi zu befreien. Mit Hilfe von Rom, Nog, [[Gaila (Ferengi)|Gaila]], [[Leck]] und Brunt will Quark seine Mutter befreien. Da in den Simulationen die Ferengi bei der Befreiung von Ishka versagen, beschließt Quark mit dem Dominion ein Tauschgeschäft durchzuführen. Dank des Einsatzes von Kira bekommt Quark den Vorta Keevan von der Föderation ausgeliefert, damit dieser gegen Ishka ausgetauscht werden kann. Der Austausch soll auf der verlassenen cardassianischen Raumstation [[Empok Nor]] stattfinden und die Ferengi treffen dort auf den Vorta [[Yelgrun]]. Yelgrun fordert Keevans Auslieferung von Quark, damit dieser seine Mutter bekommt. Da die Ferengi Angst vor den Jem'Hadar haben, fordert Quark von Yelgrun, dass diese mit ihrem Schiff die Station verlassen und Yelgrun zurück lassen. Yelgrun geht darauf ein, da ihm Keevan zu wichtig ist, allerdings will er zwei Jem'Hadar behalten. Yelgrun bemerkt, dass die Ferengi sehr gerissen sind und das diese vielleicht eines Tages Mitglieder des Dominions werden können.  Kurz vor der Übergabe wird Keevan allerdings durch einen Streit der Ferengis getötet und nun haben diese niemanden, den sie austauschen können. Mit [[Neuralstimulator]]en gelingt es jedoch Nog einige Reflexe an Keevans Körper auszulösen und die Ferengi versuchen auf die Art den Austausch durchzuführen. Yelgrun fällt zuerst darauf rein jedoch bemerkt er schnell den Betrug, doch die Ferengi schlagen zu und töten schnell die beiden Jem'Hadar. Darauf nehmen die Ferengi Yelgrun gefangen. Die Mission ist ein voller Erfolg, Ishka kann befreit werden und die Ferengi übergeben der Sternenflotte den Vorta Yelgrun. ({{DS9|Der glorreiche Ferengi}})

Da die Föderation durch den Dominion-Krieg immer mehr geschwächt wird, sucht die Sternenflotte weiter nach neuen Verbündeten beim Kampf gegen das Dominion. Die Föderation beginnt schließlich mit den [[Son'a]] zusammen zu arbeiten, obwohl bekannt ist, dass sie auch einige Ketracel-White-Anlagen besitzen und so für das Dominion diese Droge produzieren. Während der Allianz zwischen der Föderation und den Son'a will sich die Föderation die [[metaphasische Strahlung]] des Planeten [[Ba'ku (Planet)|Ba'ku]] im [[Briar Patch]] zu nutzen machen, um den natürlichen Alterungsprozess zu stoppen. Allerdings wollen die Son'a zusammen mit dem Sternenflotten Admiral [[Matthew Dougherty]] die dort einheimischen [[Ba'ku]] zwangsumsiedeln.