O'Brien und Kira verwenden nun den Transporter, um die vermissten Offiziere zu finden und mit zu helfen die [[Zeitlinie]] wieder herzustellen. So reisen sie ins Jahr [[1930]], doch dort können die beiden die Offiziere nicht finden. Danach reisen die beiden in die [[1960er]] und die beiden treffen auf einige [[Hippie]]s, welche total erstaunt sind, als die beiden sich zurück beamen. Als die beiden in die Mitte des [[21. Jahrhundert]]s reisen, erkennen sie dass in diesem Zeitraum die Zeitlinie verändert worden ist. Schließlich finden Kira und O'Brien die drei Offiziere im Jahr [[2024]]. Nachdem Sisko die Zeitlinie korrigiert hat kehren die Offiziere in ihre Zeit auf die ''Defiant'' zurück. ({{DS9|Gefangen in der Vergangenheit, Teil II}})

Einige Wochen später, kommt es aufgrund des [[Bajoranisch-Cardassianisches Friedensabkommen|Bajoranisch-CardassianischenFriedensabkommens]] zur Zusammenarbeit zwischen den Cardassianern und den Bajoranern. In einem gemeinsamen Projekt wird eine [[Relaisstation]] im Gamma-Quadrant installiert, welche eine Kommunikation durch das Wurmloch ermöglichen soll. Die ''Defiant'' bringt das Relais durch das Wurmloch in den Gamma-Quadrant. Durch einen Unfall wird durch eine Trägerwelle, ein Komet umgeleitet, welcher nun auf das Wurmloch zufliegt und es zu zerstören droht. O'Brien modifiziert darauf die Phaser, damit diese die nötige Energie haben, um den Kometen vollständig zu schmelzen. Doch durch eine Sabotage der Cardassianerin [[Dejar]] fallen die Phaser aus und der Komet wird ind drei große Bruchstücke gesprengt. Mit einem Subraumfeld will Sisko verhindern, dass das [[Silizium]] des Kometen das Wurmloch zerstört. Da die ''Defiant'' zu groß ist nimmt Sisko ein Shuttle und Kira begleitet ihn. Mit dem Subraumfeld umfüllt Sisko die Kometenfragmente, doch ein wenig Silizium dringt durch das Subraumfeld hindurch. Dies bewirkt, dass das Wurmloch sich nicht mehr vollständig schließt und somit ist eine dauerhafte Kommunikation in den Gamma-Quadranten möglich. Wenig später durchfliegen die Fragmente das Wurmloch. ({{DS9|Trekors Prophezeiung}})

Wenig später kommt eine Delegation der Romulaner nach Deep Space 9 und wollen sämtliche Informationen über das Dominion, da diese im Gegenzug ihre Tarntechnologie der Föderation überlassen haben. Die Romulaner befragen die Führungsoffizier zu dem Vorfall, als die Jem'Hadar die ''Defiant'' geentert haben. Die Romulaner wollen auch Zutritt zur ''Defiant'', Sisko erlaubt dies aber mit Einschränkungen. ({{DS9|Der Visionär}})

Nachdem Sisko die Beförderung zum [[Captain]] erhalten hat, wird er durch eine fingierte Mission, hinter der das Dominion steckt, mit der ''Defiant'' auf einen Patrouillenflug entlang der Grenze zum Raum der [[Tzenkethi]] geschickt. Allerdings wird die ''Defiant'' durch einen [[Wechselbalg]] sabotiert, der den Auftrag hat, die Föderation in einen Krieg mit den Tzenkethi zu treiben. Die Situation wird jedoch noch rechtzeitig entschärft. ({{DS9|Der Widersacher}})