Als zwei cardassianische Wissenschaftlerinnen an Bord kommen, um mitzuuhelfen, ein [[Kommunikationsrelais]] im Wurmloch zu installieren, nimmt er an einer Einsatzbesprechung mit diesen, Sisko, Kira und O'Brien teil. Wenig später bekommt er Besuch von Vedek [[Yarka]], der ihn auffordert, die Cardassianerinnen fortzuschicken, weil nach [[Trekors Prophezeiung]] der [[Himmlischer Tempel|Himmlische Tempel]] bald zerstört werden würde. Sisko ist davon nicht überzeugt. Nachdem alle Vorbereitungen auf der Station abgeschlossen sind, fliegt er mit den Wissenschaftlerinnen, Kira und Dax auf der ''Defiant'' in den Gamma-Quadranten. Dort entdecken sie einen Kometen, der auf das Wurmloch zufliegt. Sisko spricht nun mit Kira, die überzeugt ist, dass die Prophezeiung eintreffen wird. Als man das Relais in Betrieb nehmen will, aktiviert man versehentlich das Wurmloch, was durch seine Gravitationsfelder den Kometen anzieht. Dieser droht das Wurmloch durch eine Kettenreaktion zu zerstören, falls er in das Wurmloch eindringt. Als man versucht den Kometen mit den Phasern zu verdampfen, scheitert dies, weil [[Dejar]] die Phaser sabotiert hat und [[GiloraRejal]] offenbart, dass diese zum obsidianischen Orden gehört. Sisko stellt sie unter Arrest und fliegt mit Kira in einem Shuttle zum Wurmloch. Sie hüllen die Kometenfragmente in ein Subraumfeld ein und geleiten sie durch das Wurmloch. Dabei sickert etwas Silizium durch. Dadurch können fortan Subraumsignale durch das Wurmloch gelangen. Kira erkennt, dass sich Trekors Prophezeiung auf die drei Fragmente und nicht die Cardassianerinnen bezog. Nach seiner Rückkehr nach Deep Space 9 spricht er mit Yarka und dieser entschuldigt sich für seine Zweifel am Propheten. Außerdem erzählt er Sisko noch von Trekors vierter Prophezeiung. ({{DS9|Trekors Prophezeiung}})

Bei einem Empfang für eine [[Trill]]-Wissenschaftlerdelegation, die ein künstliches Wurmloch erschaffen wollen, bringt Sisko einen Toast aus. Da bei den Wissenschaftlern [[Lenara KhanKahn]] anwesend ist, deren Symbiont einst eine Beziehung mit Torias Dax hatte, kommen sie und Jadzia sich näher. Dies ist in der Trill-Gesellschaft verboten und Jadzia fragt Sisko um Rat. Dieser macht klar, dass er ihr keinen Rat geben kann, aber ihr immer beistehen wird, wie sie sich auch immer entscheidet. Sie solle aber auch bedenken, dass dies für den Dax-Symbionten den Tod bedeuten würde. Dax entschließt sich schließlich dagegen. ({{DS9|Wiedervereinigt}})

Nachdem Worf auf der Station, seinen Bruder [[Kurn]] beim [[Mauk-to-'Vor]]-Ritual töten will, weist ihn Sisko zurecht und erinnert ihn energisch daran, dass er auf einer bajoranischen Station lebt und nicht auf einer klingonischen. Zur gleichen Zeit, wird ein klingonischer Schlachtkreuzer in der Nähe von Deep Space 9 beschädigt und zur Station geschleppt, um Reparaturen durchzuführen. O'Brien und Kira entdecken eine getarnte klingonische Flotte, die das bajoranische System verminen will. Daraufhin bringen Worf und Kurn die Codes der Minen in Erfahrung und man sprengt diese anschließend. ({{DS9|Die Söhne von Mogh}})

Als Gul Dukat mit dem von ihm erbeuteten [[Dukats Bird-of-Prey|Bird-of-Prey]] das erste Mal nach Deep Space 9 fliegt, ortet Dax das sich enttarnende Schiff und meldet es Captain Sisko. Dieser lässt einen Kanal öffnen und auf dem Bildschirm erscheinen Dukat und Major Kira. Dukat bittet um die Erlaubnis anzudocken und Kira kommt mit [[Tory Tora Ziyal]] auf die Station. Während ihr Vater wieder in den Krieg gegen die Klingonen zieht, bleibt Ziyal auf der Station und lebt sich dort ein. ({{DS9|Zu neuer Würde}})

Als Sisko mit einem Team auf [[Torga IV]] ein [[Cormalin]]vorkommen erkundet, stürzt dort ein [[Jem'Hadar-Angriffsjäger]] ab. Sisko erkundet mit seinem Team das Schiff, dessen Crew offenbar durch das Versagen der [[Trägheitsdämpfer]] beim Beschleunigen getötet wurde. Wenig später trifft ein weiterer Angriffsjäger ein und zerstört das Shuttle im Orbit. Auf der Oberfläche greifen die Jem'Hadar an. [[TelorT'Lor]] wird getötet und [[Enrique Muniz]] verwundet. Das Team verschanzt sich im Schiffswrack. Die Vorta [[Kilana]], die die Jem'Hadar befehligt trifft sich daraufhin mit Sisko. Sie will das Schiff zurück, doch Sisko beansprucht es aufgrund des Bergungsrechts. Während er mit Kilana verhandelt, beamt sich ein Jem'Hadar in das Schiff und bringt dort ein Gerät an. Dieser wird wenig später entdeckt und nach einem Kampf von Muniz erschossen. Sisko kehrt zum Schiff zurück, verhandelt bald aber wieder mit Kilana. Diese will etwas aus dem Schiff, aber nicht verraten was es ist. Daraufhin enden die verhandlungen. Die Jem'Hadar feuern, jedoch ohne Schaden am Schiff anzurichten. O'Brien versucht die Triebwerke des Schiffs zu reparieren und zu starten. Jedoch droht aufgrund der Schäden ein Kernbruch und man schaltet es wieder ab. Ein Start ist nicht möglich. Inzwischen stirbt Muniz. Bald tropft ein Gründer in flüssigem Zustand von der Wand und stirbt. Sie erkennen, dass die Vorta das suchte. Die Jem'Hadar begehen Selbstmord, weil es ihre Schuld ist, dass der Gründer tot ist. Kilana beamt sich in das Schiff und sagt, dass nur der Gründer zählte. Sisko sagt, dass er nur das Schiff wollte. Kilana war bereit es ihm zu überlassen. Sisko sagt, dass alle noch am Leben sein könnten, wenn sie einander vertraut hätten. Kilana nimmt etwas von den sterblichen Überresten des Gründers mit und reist dann ab. ({{DS9|Das Schiff}})

Kurz darauf untersucht die ''Defiant'' ein [[Subraum-Kompressions-PhänomenSubraumkompressionsphänomen]]. Diese Forschung soll bei der Erschaffung von Transwarpkanälen helfen. Durch diese Anomalie werden allerdings auch Objekte verkleinert. Mit einem Runabout erforschen Bashir, Dax und O'Brien die Anomalie. Doch durch den Effekt der Anomalie werden das Runabout und dessen Crew ebenfalls geschrumpft. Die ''Defiant'' wird wenig später jedoch von einem Jem'Hadar-Kriegsschiff angegriffen. Sisko lässt das Feuer erwidern, doch die Waffen versagen. Die Jem'Hadar entern das Schiff und bringen es unter ihre Kontrolle. Interniert in einem Raum, beginnt Sisko mit seinen Offizieren die Rückeroberung des Schiffs zu planen. Der Erste [[Kudak'Etan]] lässt Sisko in den Maschinenraum bringen, um die Systeme zu reparieren. Der Zweite [[Ixtana'Rax]] bringt Sisko in den Maschinenraum. Dort lässt er Kira den Antrieb reparieren, während Sisko, Nog und Worf versuchen, die Kontrolle über die Brückensysteme zurückzuerlangen. Nog hat jedoch Schwierigkeiten die Sicherheitssperren zu durchbrechen. Er lässt Worf außerdem den Antrieb sabotieren, damit das Schiff explodiert, sobald es auf Warp 1 beschleunigt. Der Zweite treibt sie wenig später zusammen, doch Nog hat es rechtzeitig geschafft und informiert Sisko. Der Erste will den Antrieb nun aktivieren, doch Ixtana'Rax warnt vor Sabotage. Der Erste lässt beschleunigen, doch da greift das Runabout an und tötet einen Jem'Hadar. Es kommt zum Kampf und Sisko kämpft mit einem Jem'Hadar, der von Kira erschossen wird. Alle Decks werden mit Neurazingas geflutet, das Runabout wird vergrößert und die ''Defiant'' kehrt nach Deep Space 9 zurück. ({{DS9|Das winzige Raumschiff}})

Sisko und Kira fliegen nach B'hala, wo die Archäologen dem Abgesandten einen ihrer Funde zeigen wollen. Als Sisko eine Steintafel sieht, hat er eine Vision der Propheten, die ihm sagen, dass die [[Zeit der Abrechnung]] bevorsteht. Sisko lässt die Tafel für weitere Untersuchungen auf die Station bringen, wogegen Kai Winn protestiert. Nach einem formellen Protest Winns bei der Föderation, erhält Sisko von Admiral Ross den Befehl, die Tafel zurück zu geben. Dax übersetzt inzwischen die Inschriften, in denen steht, dass das Tor zum Tempel, also DS9 zerstört werden wird. Als der Kampf zwischen Propheten und Pah-Geistern beginnt, wird die Crew der Station evakuiert. [[Kosst AmujanAmojan]] wählt Jake als Gefäß, weshalb Sisko sich selbst anbietet. Der Pah-Geist schleudert Sisko jedoch weg. Dann beginnen er und der Prophet, welcher Kiras Körper übernommen hat zu kämpfen. Kai Winn unterbricht den Kampf jedoch mit einem Chronitonenfeld und bittet die Propheten um Verzeihung. Ben spricht anschließend mit seinem Sohn. Dieser denkt jedoch, dass sein Vater richtig gehandelt hat, weil er den Hass des Pah-Geistes spürte, als dieser ihn kontrollierte. ({{DS9|Zeit der Abrechnung}})

Nachdem er Ezri und Worf auf der Station begrüßt hat, rechtfertigt sich Ezri für ihre Eigenmächtigkeit und das Entwenden des Shuttles. Sisko will jedoch zunächst über die Breen-Dominion-Allianz sprechen. Da erhält er aber auch schon die Meldung über einen Angriff der Breen auf die Erde. Zwar kann die Sternenflotte die meisten der Breen-Schiffe zerstören, doch da hatten sie den meisten Schaden schon angerichtet. Als er ins Quartier kommt, findet er Kasidy vor, die erfolglos versucht hat für ihn zu kochen. Allerdings hat sie dabei nur seine Peperoni verbrannt und gelobt, die [[Schürze|Kochschürze]] nicht mehr anzurühren. Als er mit der bajoranischen Frachtbehörde spricht, damit Kasidy einen Monat bezahlten Urlaub bekommt und keine Frachtflüge macht, erkennt sie sofort, dass er dafür verantwortlich ist und stellt ihn zur Rede. Yates bringt ihn dazu, wieder dafür zu sorgen, dass sie auf die aktuelle Liste gesetzt wird. Admiral Ross befiehlt ihm kurz darauf, mit der ''Defiant'' und einer Flotte ins Chin'toka-System zu fliegen, um einen Vorstoß der Breen aufzuhalten, die dort eine Gegenoffensive gestartet haben. Die [[Dritte Schlacht von Chin'toka|Schlacht]] ist jedoch bald entschieden, da die Breen eine [[Energiedämpfungswaffe]] einsetzen, die die gesamte Flotte der Föderationsallianz lahmlegt. Anschließend schießen sie die Schiffe einfach ab, deren Mannschaften sich mit Rettungskapseln und Shuttles retten. Sisko erstattet Admiral Ross Bericht, als Kira ihnen meldet, dass sie eine Transmission aus dem cardassianischen Raum empfangen: Damar verkündet darin den Beginn einer Rebellion gegen das Dominion. Cardassianische Verbände haben den Außenposten des Dominion auf [[Rondac III]] angegriffen und die [[Kloneinrichtung]] zerstört. Kira bestätigt wenig später die Meldung und Sisko ({{DS9|Im Angesicht des Bösen}})