Während der Doktor auf dem Holodeck eine [[Oper]] singt, beginnt er plötzlich seinen Text zu vergessen. Der Doktor kann sich dies allerdings nicht erklären. Zur gleichen Zeit werden Paris und Torres auf einem Shuttle von einer fremden Spezies, die sich der [[Schwarm (Spezies)|Schwarm]] nennt, angegriffen und verletzt. Paris wird dabei schwer verletzt. Dei der Behandlung bemerkt der Doktor immer mehr Erinnerungslücken. Als der Doktor Paris operieren will, hat er vergessen, wie er diese Operation durchführen muss, doch dank der Hilfe von Kes gelingt es dem Doktor dennoch Paris erfolgreich zu operieren. Torres untersucht das Programm des Doktors und stellt fest, dass es im Programm des Doktors zu einer [[Kaskadenüberladung]] kommt, die sein Programm überlastet und beginnt seine [[SpeicherkreiseSpeicherkreis]] e zu löschen. Um das Programm des Doktors zu retten, wäre ein kompletter Neustart des Programms nötig, allerdings würde damit der Doktor die Erfahrungen, die er in den letzten zwei Jahren gesammelt hat, verlieren. Torres versucht darauf auf Kes’ Bitten, einen anderen Weg zu finden, den Doktor zu retten. Torres aktiviert auf dem Holodeck das [[Diagnoseprogramm Alpha-11 der Jupiter-Station]], das speziell für die Wartung und Reparatur des MHNs erschaffen wurde. Doch auch dieses Programm kann dem Doktor nicht helfen und empfiehlt auch den kompletten Neustart des Programms des Doktors. Das Diagnoseprogramm untersucht weiter den Doktor, um eine Möglichkeit zu finden den Doktor zu retten. Dabei findet das Diagnoseprogramm viele unnötige Unterprogramme des Doktors, wie etwa Freundschaften zur Crew, Hobbys und Musik. Währenddessen hat sich das Programm des Doktors so zersetzt, dass er niemanden mehr wiedererkennt, und er benimmt sich wie ein Kleinkind. Schließlich finden Kes und das Diagnoseprogramm eine gemeinsame Lösung, um den Doktor zu retten. Da das Diagnoseprogramm dieselbe [[Holomatrix]] wie der Doktor hat, will Kes die Matrix des Diagnoseprogramms in die Matrix des Doktors transplantieren. Durch die [[Transplantation]] der Matrix des Diagnoseprogramms in die des Doktors geht zwar das Diagnoseprogramm verloren, aber der Doktor kann gerettet werden. Der Doktor wird wieder aktiviert und muss langsam beginnen seine Erinnerungen zu sammeln. ({{VOY|Der Schwarm}})

Im [[31. Jahrhundert]] finden einige kyrianische Wissenschaftler Artefakte der ''Voyager''. Die Kyrianer machen die ''Voyager'' dafür verantwortlich, dass sie vor 700 Jahre von ihnen angegriffen und somit von den Vaskanern unterworfen worden sind. Die beiden Völker leben zwar jetzt in Frieden, trotzdem geben die Kyrianer der ''Voyager'' die ganze Schuld an der Situation. Der kyrianische Wissenschaftler [[Quarren (Person)|Quarren]] findet ein Backup-Modul des Doktors und aktiviert es. Der Doktor ist entsetzt als er in einem Museum die verzerrte Geschichte der ''Voyager'' sieht, in dem das "[[Kriegsschiff Voyager]]" mit einer sadistischen Crew dargestellt wird, die bei den Kyrianern Massenvernichtungswaffen eingesetzt haben. In dieser Simulation wird der Doktor als Androide dargestellt. Als der Doktor das sieht, versucht er die Geschichte wieder ins rechte Licht zu rücken. Mit einem im Museum ausgestellten Tricorder kann der Doktor beweisen, dass die ''Voyager'' wirklich keine Kriegsverbrechen begangen hat. Nach diesen Ereignissen wird die Geschichte der Kyrianer und der Vaskaner umgeschrieben und ein neuer Zusammenhalt zwischen beiden Völkern entsteht. Das Backup-Programm des Doktors verbleibt noch viele Jahre auf dem Planeten und wird sogar zum [[chirugischer Chirurgischer Kanzler|chirugischen chirurgischen Kanzler]] ernannt. Doch schließlich fliegt der Doktor mit einem kleinen Raumschiff in Richtung des Alpha-Quadranten, da er Sehnsucht nach Hause hat. ({{VOY|Der Zeitzeuge}})