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[[Datei:Dax Sisko finden Bashir OBrien Sloan.jpg|thumb|Dax und Sisko finden Bashir, O'Brien und Sloane]]
O'Brien und Dr. Bashir informieren Sisko über ihren Verdacht, dass Sektion 31 Odo vor drei Jahren mit dem Virus infiziert hat und sie beabsichtigen ein Mitglied der Organisation auf die Station zu locken, um an dessen Informationen über ein Gegenmittel zu gelangen. Bashir hat dafür eine Nachricht an die Sternenflottenmedizin geschickt, dass er ein Heilmittel gefunden habe. Diesen wollen sie dann mit [[Romulanischer Gedächtnisscanner|einem romulanischen Gedächtnisscanner]] befragen. Sisko gestattet dies inoffiziell, da dieses Gerät in der Föderation illegal ist. Trotzdem ist es die einzige Chance für Odo. Nachdem Ezri O'Brien mit Dr. Bashir und einem weiteren Mann in einer Apparatur vorfindet, informiert sie Captain Sisko. Dieser sagt ihr, dass der Unbekannte [[Luther Sloan]] und ein Agent von [[Sektion 31]] ist. Kurz nachdem Sloan stirbt, erwachen Bashir und O'Brien und berichten, dass sie das Heilmittel gefunden haben. Odo wird wenig später erfolgreich von Bashir behandelt. ({{DS9|Extreme Maßnahmen}})
[[Datei:Letzter Angriff.jpg|thumb|left|Sisko plant mit Admiral Ross und ihren Verbündeten die letzte Offensive.]]
Admiral Ross bringt wenig später die [[USS Sao Paulo|USS ''Sao Paulo'']] nach Deep Space 9 und stellt sie unter das Kommando von Captain Sisko. Gleichzeitig wird sie in USS ''Defiant'' umbenannt. Wenig später teilt er Odo mit, dass der Föderationsrat es abgelehnt hat, das Heilmittel gegen das morphogene Virus den Gründern zur Verfügung zu stellen. Sisko verlangt von Odo das Versprechen, dass er das Heilmittel nicht eigenmächtig weitergibt. Bevor Odo geht, wirft er der Föderation vor, wegzusehen, wenn ihr die Machenschaften von Sektion 31 nützten. Als sich das Dominion wenig später aus allen besetzten Gebieten der Romulaner, Klingonen und der Föderation zurückzieht, entschließen sich die Alliierten zum Angriff auf Cardassia, damit das Dominion nicht hinter dem Perimeter aufrüstet und stärker zurückkehren können wird, als zuvor. Kasidy informiert ihn später, dass sie schwanger ist, weil er ihre Injektionen vergessen hat. Kasidy denkt aber auch an die Propheten, die sagten, dass es Ben Kummer bringen wird, wenn er sie heiratet und fürchtet, dass ihrem Baby etwas zustoßen könnte. Sisko verspricht ihr jedoch, dass alles gut werden wird. ({{DS9|In den Wirren des Krieges}})
=== Krieg mit dem Dominion ===