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[[Datei:Sisko lässt nach dem Saboteur suchen.jpg|thumb|left|Sisko lässt nach dem Saboteur suchen]]
Als die Flotte des Dominion in den Alpha-Quadranten eindringt, bereitet man sich auf einen Kampf vor. Wenig später dreht die Flotte von der Station ab und nimmt Kurs auf Cardassia und Dukats Schiff folgt ihm: Er schließt sich dem Dominion an und übernimmt die Macht auf Cardassia. Auf der Station versucht man inzwischen den Saboteur zu finden. Auch eine klingonische Flotte trifft bei Deep Space 9 ein, die sich unter schweren Verlusten aus dem cardassianischen Raum zurückziehen musste. Gowron trifft sich mit Sisko und setzt den Khitomervertrag wieder in Kraft. Wenig später wird er von Dukat kontaktiert, der sich inzwischen zum Regierungschef gemacht hat. Als Sisko das ablehnt, verkündet er, dass er alle Territorien, die Cardassia verloren hat, zurückerobern will. Auf der Station bereitet man sich auf einen Kampf vor und es trifft sogar ein romulanischer Verband ein, der sich dem Kampf anschließen will. Man empfängt bald zwar Warpsignaturen, doch sie können keinerlei Schiffe sehen, noch funktioniert die Zielerfassung. Als man die Nachricht Bashirs aus dem Gamma-Quadranten empfängt, lässt er Bashir lokalisieren und erfährt, dass er die Station verlassen hat. Sisko befiehlt Kira die ''Yukon'' mit der ''Defiant'' zu verfolgen und sie zu zerstören. Wenig später kontaktiert Dukat Sisko. Als dieser anspricht, dass er auch seine Tochter getötet hätte, antwortet Dukat, dass diese sch selbst efür die falsche Seite entschieden habe und nicht mehr seine Tochter sei. Er verkündet, dass die Föderation bald schon verlieren wird, doch Sisko will die Zukunft abwarten. ({{DS9|Im Lichte des Infernos}})
Der Mediziner Dr. [[Lewis Zimmerman]] kommt für drei Wochen an Bord der Station und will Dr. Bashir als Vorlage für ein [[Medizinisch-Holographisches Langzeitprogramm]] verwenden. Dieser holt auch Bashirs Eltern [[Amsha Bashir|Amsha]] und [[Richard Bashir|Richard]] auf die Station, die von Sisko, Dax und dem Doktor begrüßt werden. Nachdem Dr. Zimmerman herausfindet, dass Bashir genetisch aufgewertet wurde, was illegal ist, entschließen sich Bashirs Eltern Sisko aufzusuchen und ihm alles zu gestehen. Dieser kontaktiert Admiral [[Bennett (Admiral)|Bennett]] und man kommt überein, dass Bashir seinen Posten behalten darf und sein Vater für zwei Jahre ins Gefängnis geht. ({{DS9|Dr. Bashirs Geheimnis}})
Da Odo mit [[Arissa]] beschäftigt ist, bittet er Captain Sisko eine Konferenz mit dem Geheimdienst der Sternenflotte zu verschieben. Sisko ist darüber überrascht, gibt dem aber statt. Wenig später informiert Odo ihn darber, dassArissa eine Spionin ist. ({{DS9|Der Datenkristall}})