Innerhalb der nächsten Wochen verschlechtern sich die Beziehungen zwischen der [[Föderation]] und dem [[Klingonisches Reich|Klingonischen Reich]] und ein [[Föderal-Klingonischer Krieg (2267)|Krieg]] bricht zwischen den beiden Mächten aus. Die ''Enterprise'' bekommt den Auftrag den Planet [[Organia]], welcher von strategischer Bedeutung ist zu beschützen und Kontakt mit der Bevölkerung aufzunehmen. Schon auf den Weg nach Organia wird die ''Enterprise'' von den [[Klingone]]n angegriffen. Ein klingonisches Raumschiff der [[D7-Klasse]] greift die ''Enterprise'' an, das Schiff kann jedoch schnell vernichtet werden. Kirk und Spock beamen auf den Planeten, um die [[Organier]] vor den Klingonen zu warnen. Aber die Organier lehnen die Hilfe der Föderation ab den Planeten zu verteidigen, da die Bevölkerung Krieg und Gewalt verabscheut. Kirk versteht das Verhalten der Organier nicht, da er die Gefahr kennt welche von den Klingonen ausgeht. Doch trotz Kirks Warnung lehnt der [[Ältestenrat von Organia]] unter der Leitung von [[Ayelborne]] Kirks Angebot weiter ab Verteidigungsmaßnahmen auf der Planetenoberfläche zu errichten. Inzwischen nähert sich eine klingonische Flotte dem Planeten und die unterlegene ''Enterprise'' muss sich zurück ziehen. Die Klingonen übernehmen den Planeten und der Klingone [[Kor]] ernennt sich zum neuen [[Gouverneur]] von Organia. Um Kirk und Spock zu schützen verbergen die Organier die wahre Identität der beiden. Kirk nennt sich nun „[[Baroner]]“, allerdings lehnt er sich im Gegensatz zu den anderen Organiern gegen Kor auf und dies gefällt Kor. Kor ernennt Kirk zu seinen Verbindungsmann und fordert von den Organiern, dass sie sich dem klingonischen Imperium fügen. Kirk und Spock wollen den Organiern zeigen, dass es sich lohnt für die Freiheit zu kämpfen und demonstrieren ihnen dies, indem die beiden ein Waffendepot der Klingonen vernichten. Doch die Organier sind mit dem Verhalten von Kirk und Spock nicht einverstanden. Als Kor entdeckt, dass Kirk und Spock für diesen Anschlag verantwortlich sind, dort Kor die beiden zu foltern um heraus zu finden was die beiden dazu veranlasst hat. Da Ayelborne dies nicht zu lassen will, verrät er die wahre Identität von Kirk und Spock. Kor will nun die beiden Föderrationsbürger als Feinde des Imperiums [[Hinrichtung|hinrichten]] lassen. Doch kurz vor der Hinrichtung werden beide von den Organiern befreit. Kirk und Spock verstehen nicht wie dies den Organiern gelungen ist, doch nach dem Verrat von Ayelborne vertraut Kirk den Organiern nicht mehr. Als Kor mitbekommt, dass seine Gefangenen entkommen sind, lässt er mehre hundert Organier hinrichten und fordert vom Ältestenrat die Übergabe von Kirk und Spock. Doch zur weiteren Überraschung zeigen die Organier keine Reaktion auf den Tod des Volkes und sie fordern von Kirk und Spock sich weiter friedlich zu verhalten. Kirk und Spock wollen trotz allem weiter für die Organier gegen die Klingonen kämpfen auch wenn sie wissen das sie gegen die Klingonen unterlegen sind. Die beiden beginnen gegen die Klingonen zu kämpfen, aber auch die ''Enterprise'' beginnt nun die Flotte wieder anzugreifen und es kommt zu weiteren Kämpfen überall zwischen der Föderation und dem klingonischen Reich. Die Organier demonstrieren nun ihre wahre Macht und unterbinden mit ihren Kräften die Kampfhandlung zwischen der Föderation und dem klingonischen Reich. Ayelborne kommt zu Kirk und Kor und erklärt das sie die Kampfhandlungen unterbunden haben und fordern beide Mächte auf Frieden zu schließen. Die Organier erzwingen den [[Vertrag von Organia|Friedensvertrag von Organia]] zwischen der Föderation und den Klingonen, damit beide Mächte ihre Kampfhandlungen beenden. Die Organier ziehen sich zurück und Kirk und Kor müssen erkennen, dass die scheinbar primitiven Organier in Wirklichkeit um eine höher entwickelte unsterbliche Spezies handelt. Der Krieg ist zwar beendet, aber Kirk und Kor verlassen den Planeten mit dem Wissen, dass sie nicht die mächtigsten Wesen in der Galaxie sind. ({{TOS|Kampf um Organia}})

Wenig später befindet sich die ''Enterprise'' im Orbit von einem scheinbar unbewohnten Planeten und wird dort von Turbulenzen erfasst. Durch die Erschütterungen wird Sulu verletzt. McCoy behandelt Sulu mit [[Cordrazin]] und kann diesen heilen. Allerdings wird die ''Enterprise'' von einer weiteren Erschütterung getroffen und dabei injiziert sich McCoy aus Versehen eine Überdosis von dem Cordrazin. McCoy wird dadurch Wahnsinnig und beamt sich auf den Planeten. Kirk beamt mit einem Außenteam ebenfalls auf dem Planeten, um dort nach McCoy zu suchen. Dort findet das Außenteam ein [[Zeitportal]], welches sich [[Hüter der Ewigkeit]] nennt. Der Hüter zeigt dem Außenteam die Geschichte doch dabei springt der wahnsinnige McCoy durch das Portal, verändert so die Geschichte und die Föderation wird nie gegründet. Um die normale Geschichte wieder herzustellen springen Kirk und Spock durch das Portal und landen in den [[1930er]] auf der Erde. Dort angekommen, lernen sie [[Edith Keeler]] kennen, die sich um Obdachlose kümmert. Da McCoy ihr jedoch zuvor das Leben gerettet hat, wird dadurch die [[Zeitlinie]] verändert. Da Captain Kirk aber einige Zeit vor diesem Ereignis eingetroffen ist, hat er daraufhin keine andere Wahl, als den folgenden tödlichen Unfall zuzulassen und so die eigentliche Zeitlinie wieder herzustellen. ({{TOS|Griff in die Geschichte}})

Einige Zeit darauf wird das als rätselhafter Massenwahnsinn aufgefasste Phänomen auf [[Deneva]] entdeckt. Die ''Enterprise'' wird zur Kolonie geschickt, kommt jedoch zu spät, die Infektion ist bei ihrem Eintreffen schon weit fortgeschritten. Das erste Anzeichen dafür ist ein kleines Raumschiff, dessen [[Pilot]] scheinbar [[Selbstmord]] begeht, als er in die [[Deneva-Sonne]] fliegt. Ein Landetrupp wird von Infizierten angegriffen und findet viele Tote, darunter auch [[George Samuel Kirk|George Kirk]], den Bruder Captain Kirk. Kirks infizierte [[Familie]], seine Frau [[Aurelan Kirk|Aurelan]] und sein Sohn [[Peter Kirk|Peter]], werden auf die Krankenstation der ''Enterprise'' gebracht. Aurelan Kirk kann einige Hinweise über die Natur und die Absichten der Parasiten geben, bevor sie an ihren Schmerzen stirbt. McCoy [[Sedativum|sediert]] deswegen Peter, kann ihm jedoch nicht darüber hinaus helfen. Bei der weiteren Erkundung der Kolonie trifft der Landetrupp erstmals auf die Infektionsformen des Parasiten. Angriffe mit Phasern zeigen nur geringe Wirkung. Beim Rückzug wird Commander Spock angefallen und infiziert. Zurück auf der ''Enterprise'' versucht McCoy, ihn in einer Notoperation zu heilen, hat damit jedoch keinen Erfolg. Spock versucht wenig später in einem durch den Parasiten ausgelösten Anfall, die ''Enterprise'' zu übernehmen, wird jedoch überwältigt und ruhig gestellt. Danach gelingt es ihm, durch vulkanische Geistestechniken die Schmerzen zu unterdrücken und Kontrolle über seinen Körper zu erlangen. So gefestigt überzeugt er Kirk, ihn erneut auf den Planeten zu lassen, um Versuchsobjekte zu beschaffen. Spock ist dabei erfolgreich und er und McCoy beginnen die Suche nach einem Gegenmittel, scheitern jedoch an der Widerstandsfähigkeit des Parasiten. Jeder für ihn tödliche Angriff würde auch alle Menschen in der Kolonie töten. Kirk ist fast bereit, einen solchen Schritt in Erwägung zu ziehen, um damit wenigstens andere Welten vor dem Parasiten zu bewahren. In diesem Moment kommt ihm jedoch die Idee, dass es das Licht des [[Stern]]s des [[Planetensystem]]s gewesen sein könnte, das den anfangs beobachteten Piloten kurz vor seinem Tod von dem Parasiten befreit hat. [[Experiment]]e bestätigen, dass die Infektionsform durch starkes Licht getötet wird. Spock stellt sich freiwillig für einen Versuch zur Verfügung, bei dem getestet werden soll, ob Licht auch Infizierte heilen kann. Der Versuch ist in dieser Hinsicht erfolgreich, doch durch das enorm helle Licht [[Blindheit|erblindet]] er. Während er selbst sich damit abfindet und froh ist, am Leben zu sein, macht sich McCoy schwere Vorwürfe, besonders als er herausfindet, dass eine Bestrahlung mit einem schwächeren Lichtimpuls aus einem schmalen, nicht sichtbaren Spektrum ausgereicht hätte, die Infizierten zu befreien. Zusammen mit Scott werden [[Satellit]]en entwickelt, die den Planeten mit der nötigen [[Dosis|Strahlendosis]] bestrahlen und alle Infizierten heilen. Abschließend stellt sich heraus, dass Spocks Blindheit nur vorübergehend gewesen ist, da ihn sein vulkanisches [[inneres Augenlid]] vor dem Licht geschützt hat. Auch Peter Kirk kann geheilt werden. ({{TOS|Spock außer Kontrolle}})

Einige Wochen später verschwinden bei einer Außenmission Scott und Sulu auf der Oberfläche von [[Pyris VII]]. Captain Kirk, Spock und McCoy begeben sich auf die Oberfläche, um nach den Vermissten zu suchen. Zu dieser Zeit übernimmt [[Lieutenant]] [[DeSalle]] das Kommando über die ''Enterprise'' und [[Pavel Chekov]] meldet ihm sämtliche Vorgänge von der Oberfläche des [[Planet]]en. Inzwischen findet Kirk seine [[Offizier]]e unter der Kontrolle von [[Korob]] und [[Sylvia (Pyris VII)|Sylvia]] vor. Mit Hilfe ihres [[Transmutator]]s kontrolliert Sylvia auch die ''Enterprise'' und sie demonstriert dies Kirk. So lassen sie die [[Temperatur]] an Bord steigen und dies löst Alarm an Bord aus. Als nächstes wird durch Sylvia die ''Enterprise'' von einem [[Kraftfeld]] festgehalten. Doch Chekov findet einen Weg das Kraftfeld langsam zu durchbrechen. Zur selben Zeit gelingt es Kirk und Spock den Transmutator zu entwenden und zu vernichten. Dadurch wird die Kontrolle von Korob und Sylvia gebrochen und die beiden kommen dabei ums Leben. Dadurch wird auch die ''Enterprise'' frei gegeben und die Offiziere erhalten ihren freien Willen zurück. ({{TOS|Das Spukschloss im Weltall}})

Wenige Wochen später begleiten Kirk, Spock und McCoy in einem Shuttle [[Nancy Hedford]] zu Verhandlungen auf [[Epsilon Canaris III]]. Auf den Weg dorthin, wird das Shuttle von einem [[Energiewesen]] auf einem [[Planetoid]]en entführt. Auf der Oberfläche ist das Shuttle nicht in der Lage zu starten. Spock versucht das Shuttle zu reparieren, aber auch dies zeigt keine Wirkung. Zur selben Zeit hat Scott das Kommando über die ''Enterprise''. Nachdem das Shuttle vom Kurs verschwunden ist, macht sich Scott mit der ''Enterprise'' auf die Suche nach dem vermissten Shuttle. Auf dem Planetoiden taucht ein fremder Mann und dieser stellt sich als [[Zefram Cochrane]] vor. Cochrane erklärt Kirk, dass er mit seinem Schiff auf den Planetoiden abgestürzt ist und bereits seit Jahrhunderten dort lebt. Cochrane erklärt dem Außenteam, dass das Energiewesen, welches er [[Companion]] nennt, sich in den Jahren um ihn gekümmert und jung erhalten hat. Von Cochrane erfährt das Außenteam auch das der Companion das Shuttle auf den Planetoiden geholt hat, damit Cochrane Gesellschaft hat. Doch für Hedford bedeutet dies der Tod, da sie an der [[Sakuro-Krankheit]] leidet und dringend an Bord der ''Enterprise'' behandelt werden muss. Kirk tut alles, um sie zu retten und von den Planetoiden zu entkommen. In dieser Zeit erkennt Kirk die tiefe Bindung zwischen Cochrane und dem Companion, welche fast in Liebe ausartet. Da der Companion den Start des Shuttles verhindert, wollen Kirk und Spock den Companion außer Gefecht setzen. Doch der Companion greift Spock und Kirk an und will diese nun töten. Erst als Cochrane dazwischen geht, lässt der Companion davon ab. In der Zwischenzeit liegt Hedford, aufgrund ihrer Krankheit im Sterben. Zur selben Zeit gelingt es Kirk mit Hilfe des [[Universalübersetzer]]s Kontakt zum Companion aufzunehmen und zur Überraschung des Außenteams stellt sich heraus, dass der Companion weiblich ist und sich in Cochrane verliebt hat. Trotz der Kontaktaufnahme will der Companion das Shuttle nicht freigeben. Doch Kirk kann den Companion überzeugen sie wieder frei zu lassen, da sich Menschen entwickeln müssen und er erklärt ihr auch was Liebe ist. Der Companion will die Liebe genau verstehen und vereinigt sich mit der sterbenden Hedford, um eine körperliche Form anzunehmen. Da der Companion den Planetoiden nicht dauerhaft verlassen kann, beschließt Cochrane bei ihr zu bleiben. Kirk, Spock und McCoy kehren zur ''Enterprise'' zurück und versprechen den beiden nichts von diesen Vorfällen zu berichten, damit die beiden ungestört leben können. ({{TOS|Metamorphose}})

[[Datei:Planetenkiller & Enterprise.jpg|thumb|left|Der Planeten-Killer und die ''Enterprise'']]