Einige Zeit später entdeckt die ''Enterprise'' ein altes irdisches Schiff der [[DY-100-Klasse]], welches seit einigen Jahrhunderten im Weltraum treibt. Allerdings werden schwache Lebenszeichen geortet und Kirk begibt sich mit einem Außenteam an Bord des Schiffes, welches den Namen [[SS Botany Bay|SS ''Botany Bay'']] trägt. Auf dem Schiff befinden sich Menschen im [[Kälteschlaf]]. Als Scott den Computer aktiviert, wird der Kommandant aus dem Kälteschlaf wieder erweckt. Der Kommandant wird auf die ''Enterprise'' gebracht und dort von McCoy behandelt. Dort erwacht der Fremde und wünscht den Captain zu sprechen. Kirk berichtet den Fremden, dass er sich im 23. Jahrhundert befindet und 72 Crewmitglieder die Reise überlebt haben. Der Fremde stellt sich schließlich als [[Khan Noonien Singh|Khan]] vor. Khan bittet Kirk etwas Wissen über das 23. Jahrhundert zu bekommen und Kirk gewährt Khan Zugang zur Datenbank. Spock entdeckt inzwischen, dass Khan aus der Zeit der [[Eugenische Kriege|eugenischen Kriege]] in der Menschen genetisch verbesserten worden sind und schließlich die Weltherrschaft erlangen wollten. Doch Kirk glaubt vorerst nicht das Khan was damit zu tun hat und er möchte mehr über ihn erfahren. Khan wird von Kirk als Gast behandelt und zum essen eingeladen. Während des gemeinsamen Essens verteidigt Khan die verbesserten Menschen während der eugenischen Kriege und dies bestätigt den Verdacht von Spock. Bei weiteren Nachforschungen stellt sich heraus, dass es sich bei Khan um [[Khan Noonien Singh]] handelt, welcher bei den eugenischen Kriegen über ein Viertel der Erde geherrscht und die Menschen versklavt hat, allerdings gilt Khan seit [[1996]] als verschwunden. Kirk stellt Khan darauf zur Rede, doch er verweigert die Auskunft. Khan wird darauf eingesperrt, kann aber wenig später entkommen. Mit Hilfe von [[Marla McGivers]], welche sich in Khan verliebt hat, kann Kirk seine Gefolgsleute erwecken und übernimmt die Kontrolle über die ''Enterprise''. Khan deaktiviert die Sauerstoffzufuhr auf der Brücke und Kirk verliert mit seinen Brückenoffizieren das Bewusstsein. Später sperrt Khan in die [[Unterdruckkammer]] und fordert von den anderen Offizieren, dass diese ihn unterstützen, ansonsten stirbt Kirk. McGivers kann aber nicht ansehen wie ihr Captain stirbt und befreit diesen. Darauf lässt Kirk das Schiff mit Gas fluten und Khans Anhänger werden außer Gefecht gesetzt und nur Khan kann entkommen. Kirk folgt Khan in den Maschinenraum, wo Khan bereits den Antrieb überlastet hat. Um die ''Enterprise'' zu retten ist Kirk gezwungen gegen den körperlich überlegenen Khan zu kämpfen. Mit Hilfe eines Werkzeugs kann Kirk Khan Niederschlagen und Khans Sabotage rückgängig machen. Kirk hält nach diesen Ereignissen eine Verhandlung gegen Khan und spricht Khan unerwartet frei. Da Kirk nicht weiß wie er mit diesen verbesserten Menschen umgehen soll, bietet er Khan an das er und seine Gefolgsleute einen unbewohnten Planeten besiedeln dürfen. Khan, seine Gefolgsleute und auch McGivers werden zu dem Planeten [[Ceti Alpha V]] gebracht, damit sie diese raue Welt besiedeln können. ({{TOS|Der schlafende Tiger}})

Zu dieser Zeit sucht der [[Tardigrade]] [[Ephraim]] einen Platz für ihre [[Ei]]er zu finden. Sie gelant auf ihrer Suche auf die ''Enterprise''. Dort findet Ephraim im [[Warpkern]] den perfekten Platz für ihre Eier und legt diesedort. [[Dot]] vertreibt sie von der ''Enterprise''. Ephraim beginnt die ''Enterprise'' zu verfolgen, um ihre Jungen zu schützen. ({{ST|Ephraim and Dot}})

Wenig später begibt sich die ''Enterprise'' nach [[Omicron Ceti III]]. Der Planet wird von der tödlichen [[Bertholdstrahlung]] bestrahlt und Kirk hat den Auftrag nach überlebenden einer Kolonistengruppe zu suchen. Zur Überraschung der Crew sind die Kolonisten alle noch am Leben, obwohl dies aufgrund der Bertholdstrahlung unmöglich ist. Der Führer der Kolonie, [[Elias Sandoval]] zeigt Kirk und dem Außenteam die Kolonie. Das Außenteam stellt dabei fest, dass alle Kolonisten kerngesund sind, allerdings gibt es kein tierisches Leben auf der Oberfläche. Vom Sternenflottenkommando bekommt Kirk den Befehl die Kolonie trotzdem zu evakuieren, doch Sandoval weigert sich dem Folge zu leisten. Zur selben Zeit wird Spock von seltsamen [[Omicron-Spore|Sporen]] getroffen, er wünscht nun ebenfalls auf der Kolonie bleiben und aufgrund der Sporen lässt er auch seine [[Emotion]]en zu. Als Kirk Kontakt mit Spock aufnimmt, bemerkt er das eigenartige Verhalten von seinem ersten Offizier. Kirk versucht seinen ersten Offizier wieder zur Vernunft zu bringen, doch Spock hat kein Interesse den Befehlen seines Captains Folge zu leisten. Mit der Zeit geraten weitere Crewmitglieder des Außenteams unter den Einfluss der Sporen und diese werden auch an Bord der ''Enterprise'' gebeamt. Dadurch werden weitere Crewmitglieder infiziert und schließlich [[Meuterei|meutert]] die gesamte Crew gegen ihren Captain und beamt auf die Oberfläche, um dort ein neues Leben zu beginnen. Uhura sabotiert sogar die Kommunikation, damit die Enterprise keinen Kontakt zum Sternenflottenkommando aufnehmen kann. Aufgrund seiner starken Erregung und Wut scheint Kirk immun gegen die Sporen zu sein. Trotz der Bitte der Kolonisten will sich Kirk der Gruppe nicht anschließen und er bleibt allein an Bord der ''Enterprise'' zurück. Doch dort wird Kirk nun auch von den Sporen infiziert und er entschließt sich nun der Gruppe auf der Oberfläche anzuschließen. Doch als Kirk beamen will, erleidet Kirk einen weiteren Wutausbruch und kann sich den Sporen wieder entziehen. Nun weiß Kirk wie er die Sporen endgültig neutralisieren kann. Allerdings benötigt Kirk die Hilfe von Spock und er bittet ihn an Bord der ''Enterprise'' zu kommen. Spock kommt im Glauben, dass er Kirk helfen soll mit auf den Planeten zu siedeln, doch stattdessen wird Spock von Kirk provoziert und in Wut versetzt. Spock verliert schließlich seine Kontrolle und greift Kirk an. Kirk befindet sich nun in großer Gefahr, da Spock Kirk körperlich überlegen ist. Durch die Wut verlieren die Sporen nun auch bei Spock ihre Wirkung und Spock erlangt wieder seine Kontrolle über sich. Darauf installieren die beiden einen Unterschallsender und richten ihn auf den Planeten und alle Bewohner werden starken und aggressiven Emotionen ausgesetzt. Die Crew und die Kolonisten werden so vom Einfluss der Sporen befreit und die Crew kehrt zusammen mit den Kolonisten auf die ''Enterprise'' zurück. ({{TOS|Falsche Paradiese}})

Kurz darauf erhält die ''Enterprise'' einen Notruf von der [[Bergbau]]kolonie [[Janus VI]]. Die Bergleute werden von einem unbekannten Wesen angegriffen und getötet. Kirk, Spock und McCoy untersuchen diesen Vorfall und unterstützen die Bergleute diese Kreatur zu finden. Doch die Kreatur tötet weiter und entwendet sogar den [[PXK-Pergiumreaktor]] der Kolonie und die Bergleute sind aufgrund des Energieverlustes gezwungen die Kolonie aufzugeben. Scott tut alles um den Reaktor zu reparieren, während Kirk mit einem Sicherheitsteam nach der Kreatur sucht. Während Kirk und Spock nach der Kreatur suchen, entdecken sie das diese schnell [[Tunnel]] errichten kann. Kirk und Spock können einen Angriff mit ihren Phasern abwehren und verletzen diese, doch die Kreatur kann entkommen. Später können Kirk und Spock die verwundete Kreatur aufspüren. Doch zur Überraschung der beiden verhält sich diese Kreatur friedlich und Spock nimmt über eine Gedankenverschmelzung Kontakt zu der Kreatur auf. Dabei erkennt Spock, dass es sich um ein intelligente empfindungsfähige Kreatur handelt, welche sich [[Horta]] nennt. Diese Horta hat sich gegen die Bergleute gewehrt, da diese ohne es zu ahnen die [[Ei]]er der [[Mutterhorta]] zerstört haben. Kirk beschließt nun der Kreatur zu helfen und lässt diese von McCoy behandeln. McCoy kann die Horta mit Hilfe von [[Thermozement]] behandeln. Kirk und Spock gelingt es mit der Horta zu verhandeln und diese gibt den Reaktor wieder frei. Die Bergleute versprechen die Eier und die Brut der Horta in Frieden zu lassen und später helfen die Horta den Bergleuten neue Tunnel zu errichten. ({{TOS|Horta rettet ihre Kinder}})

[[Datei:Enterprise im Orbit von Vulkan 2.jpg|thumb|Die ''Enterprise'' im Orbit von Vulkan]]