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[[Datei:Kathryn Janeway zerstört Kommunikationsknoten der Borg-Königin.jpg|thumb|Captain Janeway zerstört einen Kommunikationsknoten der Borg-Königin.]]
Daraufhin lässt Janeway Frachtraum 2 untersuchen und nach Transwarpsignaturen scannen. Sie selbst untersucht dabei Sevens Logbücher, um einen Hinweis darauf zu finden, weshalb sie zu den Borg zurückkehrte. Chakotays Einwand, dass Seven vor zwei Jahren ankündigte, sie würde Janeway verraten, weist sie zurück, da Seven vor zwei Tagen gesagt hatte, dass die ''Voyager'' ihr Kollektiv geworden sei. Als Neelix ihr meldet, dass sie alle polytrinischen Legierungen extrahiert haben und fragt, ob sie Sevens Alkoven deaktivieren sollen, verneint Janeway dies. Anschließend untersucht sie Sensordaten, um einen Hinweis auf die Ursache von Sevens Verhalten zu finden. Dabei wird sie von Tuvok unterbrochen, der ihr meldet, dass ein Besatzungsmitglied um ein Gespräch mit dem Captain gebeten hat. Zunächst will sie das Besatzungsmitglied an Chakotay verweisen, ändert jedoch ihre Meinung als sie Naomi Wildman hinter Tuvoks Bein hervorluken sieht und erkennt, dass sie dieses Besatzungsmitglied ist. Wildman übergibt ihr ein PADD mit einem Rettungsplan für Seven of Nine. Janeway lobt ihre Initiative, weist aber auch darauf hin, dass die Rettung von Seven of Nine nicht ganz so einfach ist. In diesem Moment komplettiert der Computer die transspektrale Analyse der Sensordaten und Janeway erkennt, dass es sich dabei um Komsignale der Borg handelt, die allesamt auf Frachtraum 2 gerichtet waren. Daraufhin begibt sie sich auf die Brücke. Sie sieht auch die Unterlagen der Hansons noch einmal durch. Sie entdeckt dabei Informationen, über eine Borg-Königin, die einer Drohne Befehle erteilte. Die Sensordaten dieser Drohne stimmen mit denen überein, die an Sevens Alkoven geschickt wurden. Da Seven der Meinung war, die Mission würde scheitern, wenn sie nicht an Bord der Sphäre gehen würde, ist der Captain überzeugt, dass sie von der Königin bedroht wurde und nicht freiwillig zu den Borg zurückkehrte. Daher verlangt sie von Chakotay, dass er einen Angriffsplan ausarbeitet. Bei dessen Realisierung fliegt sie mit Paris und dem Doktor im Delta-Flyer der Transwarpsignatur des Kubus nach. Während des Fluges studiert sie die Aufzeichnungen der Hansons und sucht nach Fehlern, die diese gemacht haben. Der Doktor bemerkt, dass die meisten Wissenschaftler auf Pionierleistungen vollbringen, nicht ihre vierjährige Tochter mitnehmen. Janeway entgegnet, dass sie die Tochter mithilfe ihrer Eltern wieder befreien werden. Nachdem sie in Reichweite kommen, ruft sie Seven of Nine und kündigt ihre baldige Rettung an. Es gelingt ihr sich zu Seven of NIne beamen und den Energieknoten, welcher der Königin ermöglicht mit anderen Drohnen zu kommunizieren zu zerstören. Daraufhin wird sie mit Seven auf den ''Delta-Flyer '' gebeamt und kann entkommen. Zurück auf der ''Voyager'' spricht sie mit Seven of Nine. Als diese meint, dass sie nicht erwartet hätte, dass sie sie retten würden, entgegnet sie, dass Seven noch viel lernen muss. Anschließend bringt sie sie in ihren Alkoven und wünscht ihr schöne Träume. ({{VOY|Das ungewisse Dunkel, Teil II}})
[[Datei:Janeway hält Kim eine Standpauke wegen dessen nicht genehmigter Beziehung zu Derran Tal.jpg|thumb|left|Janeway hält Kim eine Standpauke.]]
Nachdem man auf ein [[Generationenschiff]] der [[Varro]] trifft, hilft man diesen bei der Reparatur ihres Warpantriebs. Die Varro sind sehr misstrauisch, jedoch kann Janeway sie überzeugen, notwendige Arbeiten durchführen zu lassen. Nachdem sich Kim nach einem Intimkontakt mit einer Varrofrau auf der Krankenstation meldet, zitiert sie ihn zu sich. Sie gibt ihm einen formellen Verweis und befiehlt ihm die Beziehung zu beenden. Daraufhin lässt sie ihn wegtreten. Nachdem ein blinder Passagier entdeckt wird, spricht sie mit Chakotay über die Situation. Dieser merkt an, dass sie zu Kim vielleicht härter war, weil er sie persönlich enttäuscht hat. Wenig später spricht sie Jipeq. Als Kim in einem Shuttle entdeckt wird, mit Tal, verhört sie ihn. Jedoch werden sie unterbrochen, als es auf dem Varroschiff strukturelle Brüche gibt. Sie stimmt Kims Vorschlag, das strukturelle Integritätsfeld auszudehnen. Nachdem die gefährdeten Sektionen evakuiert wurden, dockt die ''Voyager'' ab und entfernt sich von dem Varroschiff. Nachdem sie sich verabschiedet haben, spricht sie mit Kim. Sie hat über ihre Entscheidung nachgedacht und meint, dass sie ihn zu hart bestraft hat, da sie zu ihm immer fürsorglicher war, als zu den Anderen. ({{VOY|Das Generationenschiff}})
Als das Schiff im Chaosraum strandet, ruft sie Chakotay auf die Brücke. Wenig später stimmt sie zu, dass er auf Visionensuche geht, um Kontakt mit den Fremden aufzunehmen. Sie bestärkt Chakotay darin, die Kontaktaufnahme nach einigen Schwierigkeiten fortzusetzen. Inzwischen scheitert ein Versuch den Chaosraum zu verlassen und Janeway begibt sich in die Astrometrie. Dort hat Seven of Nine eine Transmission entdeckt. Es stellt sich heraus, dass Chakotays Kampf von diesem Signal verursacht wurde. Er erhält von den Fremden eine Nachricht, die der ''Voyager'' die Flucht aus dem Chaosraum ermöglicht. ({{VOY|Der Fight}})
[[Datei:Kurros erscheint im Kasino.jpg|thumb|Janeway verhandelt mit Kurros.]]Später wird die ''Voyager'' von einem Raumschiff der [[Hazari]] angegriffen, kann jedoch entkommen, indem sie eine Gaswolke entzündet. Janeway sucht anschließend nach einem Fluchtweg aus der Umkreisung durch die Hazari. Als sie im Kasino sitzt, erscheint plötzlich ein Fremder, [[Kurros]], und bietet seine Hilfe an. Janeway ist dem aufgeschlossen und bittet um ein persönliches Treffen. Kurros akzeptiert und weist darauf hin, dass sie nur einen Crewman und keine Scanner mitbringen darf. Janeway nimmt diese Einladung an und begibt sich mit Seven of Nine an Bord der Denkfabrik. Sie werden über die Handlungsweise der Denkfabrik informiert und kehren anschließend auf das Schiff zurück. Wenig später unterbreitet Kurros Janeway ein Angebot. Als Bezahlung verlangen sie neben einigen Gütern, die Übergabe von Seven of Nine. Janeway informiert Seven über diesen Vorschlag und möchte ihre Meinung hören. Janeway meint, dass es eine einzigartige Chance ist Forschung zu betreiben. Janeway stellt ihr die Entscheidung frei und empfiehlt eine persönliche Unterhaltung mit Kurros. Seven of Nine lehnt das Angebot jedoch ab. Janeway befürchtet jedoch, dass die Denkfabrik eine ablehnende Antwort nicht akzeptieren wird. Nachdem man die Antwort überbracht hat, lässt Janeway ein Raumschiff der Hazari kampfunfähig schießen und untersucht es anschließend mit Chakotay. Sie entdecken, dass die Hazari beauftragt wurden. Der Doktor rekonstruiert den Verhandlungspartner der Hazari und es stellt sich heraus, dass es Kurros war. Daraufhin bespricht sie mit [[Y'Sek]] und den Führungsoffizieren einen Plan, die Denkfabrik aufzuspüren.Janeway erkennt, dass sie sie mithilfe von Sevens Kortikalimplantat aufspüren können. Sie müssen dafür Seven of Nine an Bord der Denkfabrik zu bringen, damit diese aus dem Subraum auftauchen muss. Dieser Plan gelingt und Seven of Nine kann zurück auf die ''Voyager'' gebeamt werden. Während die Hazari die Denkfabrik angreifen, setzt die ''Voyager'' ihre Reise fort. ({{VOY|Die Denkfabrik}})
[[Datei:Janeway und Fesek streiten.jpg|thumb|left|Janeway streitet mit Fesek.]]
Nachdem man den Notruf eines Malon-Müllfrachters empfangen hat, lässt Janeway einen Abfangkurs setzen, um den Malon zu helfen. Man entdeckt eine Vielzahl von Rettungskapseln und beamt zwei Überlebende an Bord. Anschließend befragt sie [[Fesek]]. Dieser informiert sie darüber, dass der Frachter jeden Augenblick explodieren kann. Daraufhin befiehlt sie einen Sicherheitsabstand zum Frachter zu schaffen. Jedoch kann ihr Befehl nicht ausgeführt werden, da die enorme Thetastrahlung den Subraum zerstört. Daher entschließt sich Janeway, die Quelle der Strahlung zu beseitigen und lässt Kurs auf den Frachter nehmen. Sie fordert Fesek auf, zusammen mit einem Außenteam die Quelle der Thetastrahlung zu beseitigen. Während das Außenteam versucht die Thetastrahlung zu dekontaminieren, sucht Janeway nach einer Alternative. Aus diesem Grund modifiziert sie mit Tuvok den Traktorstrahl. Als das Außenteam von einem Malon angegriffen wird, kann es diesen Angriff abwehren und Janeway lässt sie anschließend herausbeamen. ({{VOY|Verheerende Gewalt}})
Als Seven of Nine das menschliche Balzverhalten dadurch studiert, dass sie Tom Paris und B'Elanna Torres beobachtet und Feldnotizen anlegt, spricht Janeway mit ihr und ermutigt sie selbst romantische Erfahrungen zu sammeln. Wenig später begibt sie sich mit Tuvok und dem [[Kadi]] [[Abbot]] auf eine Außenmission, die zum Abschluss eines Handelsabkommens führt. ({{VOY|Liebe inmitten der Sterne}})
[[Datei:Captain Janeway erzählt von Shannon O'Donnell.jpg|thumb|Janeway erzählt von Shannon O'Donnell.]]
Wenig später entdeckt Neelix seine Interesse für irdische Geschichte und berichtet davon Janeway. Im Gespräch, kommt auch das Millennium-Gate zur Sprache, dass von einer Vorfahrin Janeways mitgebaut wurde. Daraufhin berichtet Janeway von ihrer Vorfahrin. Sie durchforstet später die historische Datenbank und sucht nach weiteren Informationen. Dabei hilft ihr Seven of Nine. Außerdem unterhält sie sich in geselliger Runde mit Paris, Kim, Neelix und Seven of Nine über ihre Vorfahren. Dabei stellt sich heraus, dass O'Donnell nicht am Marsprogramm teilnahm. Um sie aufzumuntern, veranstaltet Neelix einen Vorfahrentag, an dem auch Janeway teilnimmt. ({{VOY|23 Uhr 59}})
[[Datei:Janeway und Seven scannen nach der zweiten Massenvernichtungswaffe.jpg|thumb|left|Janeway und Seven scannen nach der Massenvernichtungswaffe.]]
Nachdem Janeway mit der Tagschicht das Kommando über das Schiff übernimmt, wird sie von Chakotay informiert, dass sich Harry Kim mit einem Außenteam auf der Oberfläche eines Planeten befindet, von dem sie einen Notruf empfangen haben. Kim meldet sich wenig später pünktlich und bittet um die Erlaubnis eine beschädigte künstliche Intelligenz an Bord der ''Voyager'' beamen zu dürfen. Diesem Vorschlag entspricht Janeway und das Objekt wird an Bord gebeamt. Bei dessen Untersuchung stellt sich heraus, dass es noch eine weitere Lebensform gab. Daraufhin scannt Janeway mit Seven of Nine die Oberfläche des Planeten nach dieser Lebensform ab. Jedoch finden sie nur noch Trümmer dieser Lebensform und erkennen anhand des radiogenen Zerfalls, dass es sich bei dieser Lebensform um eine Massenvernichtungswaffe handelt. Daraufhin berät sie mit den Führungsoffizieren, wie mit dem Gerät weiter zu verfahren ist. Während der Doktor nur den Explosivkörper der Waffe deaktivieren will, plädieren die anderen Offiziere dafür, die gesamte Sonde abzuschalten. Sie entscheidet, dass der Doktor, Kim und Torres den Sprengkörper deaktivieren sollen. Jedoch befiehlt sie auch, die Sonde beim ersten Anzeichen von Gefahr vom Schiff zu beamen. Zunächst scheint dieser Plan zu funktionieren. Als die KI jedoch erkennt, dass sie eine taktische Langstreckenwaffe ist, nimmt sie Kim und Torres als Geiseln und verlangt von Captain Janeway Kurs auf sein Ziel zu setzen. Janeway entgegnet, dass sie ihm nicht helfen werden einen Krieg zu beginnen. Um Zeit zu gewinnen, lässt sie den Kurs ändern und beruft ein Treffen der Führungsoffiziere ein. Man entschließt sich Kontakt mit [[Onquanii]] aufzunehmen, mit dem Neelix bei einer Außenmission Kontakt hatte. Dieser erklärt sich bereit zu helfen, die Waffe zu deaktivieren, wenn sie ihm überlassen wird. Janeway ist dazu jedoch nicht bereit und verlangt die Energiematrix der Waffe. Daraufhin beendet Onquanii die Verhandlungen und greift mit seinem Schiff die ''Voyager'' an. Die KI vernichtet daraufhin sein Schiff und zwingt Janeway den alten Kurs wieder aufzunehmen. Die Offiziere kommen unterdessen auf die Idee, die Energiematrix des Doktors zu sabotieren, um die KI zu stoppen. Dieser Plan scheitert jedoch, und die KI fordert Janeway auf das Schiff zu evakuieren. Janeway lehnt dies ab. In diesem Moment erscheinen 32 Waffenschiffe und umstellen die ''Voyager''. Es gelingt Kim jedoch die KI zu überzeugen, dass sie einen Abbruchbefehl erhalten hat und die Mission abbrechen muss. ({{VOY|Geheimnisvolle Intelligenz}})
[[Datei:Janeway verteidigt die Brücke gegen die Geister des Glücks.jpg|thumb|Janeway verteidigt die Brücke.]]
Ende des Jahres empfängt Seven of Nine überraschend einen Notruf vom Föderationsraumschiff [[USS Equinox|USS ''Equinox'']]. Die ''Equinox'' ist wie die ''Voyager'' ebenfalls im Delta-Quadranten verschollen und wird von einer unbekannten Spezies angegriffen. Über diese Entdeckung informiert sie unverzüglich Captain Janeway und Commander Chakotay. Janeway erinnert sich sogleich an seinen Namen und lässt einen Abfangkurs mit Maximumwarp setzen. Inzwischen informiert sie Seven of Nine über die Biografie Captain [[Rudy Ransom|Ransom]]s von der ''Equinox'' und fügt hinzu, dass sie Ransom schon immer gern kennenlernen wollte. Sie bedauert nur die Umstände, unter denen dies nun geschieht. Nachdem man die ''Equinox'' erreicht, stellt man fest, dass deren Schilde von Energieentladungen durchbrochen werden. Janeway ruft das Schiff und wird von Ransom energisch gebeten, die Schilde auf sein Schiff auszudehnen. Diesem Wunsch kommt Janeway prompt nach und begibt sich anschließend mit einem Außenteam an Bord des Schiffes. Gemeinsam mit Tuvok erreicht sie die Brücke des Schiffes und stellt fest, dass bis auf den Captain und den Steuermann alle tot sind. SIe informiert Captain Ransom über die Situation und bringt ihn zur Behandlung auf die USS ''Voyager''. Anschließend lässt sie Torres und Kim die Primärsysteme der Equinox sichern. Nach einer Trauerfeier für die Getöteten, beginnt man mit der Reparatur der ''Equinox''. Janeway bespricht dabei mit Seven of Nine und einigen Offizieren der ''Equinox'' das weitere Vorgehen. Anschließend spricht sie an Bord der USS ''Equinox'' allein mit Ransom. Dieser fragt sie, ob sie die Oberste Direktive auf ihrer Reise verletzt habe. Sie antwortet, dass sie die wichtigste Vorschrift der Sternenflotte nur gebogen, aber nicht gebrochen hat. Bei einer anschließenden Besprechung der Führungsoffiziere, befiehlt sie Captain Ransom sein Schiff aufzugeben und seine Crew auf die Voyager zu transferieren, da sie ein Schiff besser verteidigen können. Nachdem Seven of Nine und Tuvok im Labor der ''Equinox'' eine hohe thermionische Strahlung entdecken, schickt sie den Doktor rüber, um die Ursache festzustellen. Dieser erkennt, dass die Crew der Equinox mit den Wesen Experimente durchgeführt hat. Dabei haben sie einige Wesen getötet und als Energiequelle für ihren Warpantrieb benutzt. Janeway lässt Captain Ransom daher verhaften und verhört ihn. Dieser rechtfertigt sich mit Sternenflottenverordnung 3 Paragraf 12, die einen Captain dazu ermächtigt, alles Vertretbare zu tun, um eine drohende Vernichtung seines Schiffs zu verhindern. Janeway kontert, dass dies wohl kaum Massenmord abdeckt. Ransom berichtet ihr, wie sie die Ankari den Geistern des Glücks vorstellten und sie weitere Wesen töteten, um schneller voranzukommen. Janeway entbindet ihn daraufhin von seinem Kommando und lässt ihn unter Arrest stellen. Anschließend lässt sie den Doktor die medizinischen Daten analysieren und Seven of Nine die Warpkernmodifikationen deaktivieren. Als die fremden Wesen die ''Voyager'' angreifen, lässt sie Tuvok das Sicherheitsgitter aktivieren. Zunächst halten diese. Jedoch bricht die ''Equinox''-Crew aus ihrem Arrest aus und flieht auf ihr Schiff. Außerdem beamen sie den Feldgenerator der ''Voyager'' auf ihr Schiff, weshalb die Schilde ausfallen. Anschließend dringen die fremden Wesen in die ''Voyager'' ein und werden mit Phaserfeuer abgewehrt. Ein Wesen greift jedoch Janeway an. ({{VOY|Equinox, Teil I}})
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[[Datei:Janeway foltert Noah Lessing.jpg|thumb|Janeway foltert Noah Lessing.]]
Janeway wird verletzt. Jedoch kann sie rasch wieder aufstehen und verstärkt die Schilde. Allerdings wird Chakotay zuvor noch schwer verletzt. Außerdem wird der Tod von zwei Besatzungsmitgliedern gemeldet. Daraufhin begibt sich Janeway auf die Krankenstation. Dabei entdeckt sie ein getötetes Wesen in einem Gang und wird von Neelix informiert, dass er den mobilen Emitter des Doktors auf Deck 9 gefunden hat. Sie bringt den Emitter auf die Krankenstation und aktiviert das MHN der ''Equinox''. Nachdem Chakotay behandelt wurde, will er mit den "Geistern des Glücks" Kontakt aufnehmen, jedoch meint Janeway, dass sie die Equinox aufspüren müssten. Sie studiert auch seine Dienstakte und erkennt, dass Ransom dazu neigt, sich zu verstecken, wenn er verfolgt wird. Daraufhin lässt sie Chakotay nach einem möglichen Versteck der ''Equinox'' suchen. Als man die ''Equinox'' im Orbit eines Planeten entdeckt, nimmt man ein Außenteam Ransoms gefangen und Janeway lässt anschließend die ''Equinox'' angreifen. Sie können die Waffen der ''Equinox'' ausschalten, jedoch flieht das Schiff durch die Atmosphäre des Planeten und entkommt. Daraufhin verhört Janeway den gefangen genommenen [[Noah Lessing]]. Als dieser ihre Fragen nicht beantworten will, deaktiviert sie die Schilde um den Frachtraum. Als Lessing nicht trotzdem nicht antwortet geht Chakotay mit einem Phaser in den Frachtraum und verschließt den sich öffnenden Spalt. Daraufhin nimmt er Lessing mit und fordert Informationen über die Ankari. Wenig später entbindet sie Chakotay vom Dienst. Anschließend nimmt sie Kontakt mit den Ankari auf. Sie erpresst den Ankari-Captain Kontakt mit den Wesen aufzunehmen, ehe sie sein Schiff freilässt. Daraufhin nimmt Janeway mit Tuvok und dem Ankari im Frachtraum 2 Kontakt mit den Wesen auf. Diese stellen ihre Angriffe auf die ''Voyager'' ein, als Janeway ihnen die ''Equinox ''ausliefert. Man verfolgt diese weiterhin und kann sie zum Kampf stellen. Inzwischen haben die Gewissensbisse Captain Ransom jedoch dazu bewogen, mit Janeway zu kooperieren. Als er sie kontaktiert, glaubt Janeway ihm und lässt die Besatzung der ''Equinox ''an Bord beamen. Jedoch errichtet Burke ein Kraftfeld um die Brücke, weshalb einige Offiziere nicht erfasst werden können. Anschließend bietet sie Ransom an, ihn an Bord zu beamen. Dieser lehnt jedoch ab, da er versucht Distanz zur ''Voyager'' zu gewinnen, um sie nicht zu gefährden. Anschließend rehabilitiert sie Chakotay und setzt Kurs auf die Heimat. Die fünf überlebenden Offiziere der ''Equinox'' degradiert sie zu Crewman und stellt sie bis auf Weiteres unter scharfe Beobachtung. Anschließend spricht sie sich mit Chakotay aus und meint, dass er auch einen Grund gehabt hätte, zu meutern. Da entdeckt sie die heruntergefallene Widmungsplakette der ''Voyager'' und meint, dass sie in all den Schlachten niemals herunterfiel. Chakotay nimmt sie an sich und hängt sie wieder an ihren Platz. ({{VOY|Equinox, Teil II}})
[[Datei:Janeway und der Doktor sprechen mit Seven über die drei Ex-Borg.jpg|thumb|left|Janeway und der Doktor sprechen mit Seven über die Ex-Borg.]]
Wenig später dockt das Schiff an einem [[markonianischer Außenposten|markonianischen Außenposten]] an und Janeway stimmt entgegen Tuvoks Bedenken gegenseitigen Besuchen auf den Schiffen zu. Später wird sie von Tuvok und Chakotay informiert, dass es einen Sicherheitsbruch gibt, sie diesen aber nicht lokalisieren können. Es stellt sich heraus, dass drei Fremde Seven of Nine in ihrem Alkoven angegriffen haben. Nachdem man sie überwältigt hat, werden sie auf der Krankenstation vom Doktor untersucht. Seven informiert den Captain, dass es sich um ehemalige Drohnen aus Ihrer Unimatrix handelt. Sie spricht daraufhin mit Ihnen und befragt sie. [[Lansor]] berichtet, dass Seven of Nine Informationen hat, die sie brauchen. Sie wollen die neurale Verbindung trennen und dazu benötigen sie Seven of Nine. Die Drohnen stellen mithilfe der Alkoven eine Verbindung her und erfahren, dass Seven of Nine sie reassimilierte und so ihre Verbindung verursachte. Als sich die Drohnen später dazu entscheiden, als Individuen ihre restliche Zeit zu verbringen, nimmt Janeway [[Marika Wilkarah]], einer der Dohnen, in die Crew auf. ({{VOY|Überlebensinstinkt}})
Als B'Elanna Torres bei einer Außenmission schwer verletzt wird, glaubt sie zu sehen, wie ihre Mutter sich auf der Barke der Toten und auf dem Weg nach Gre'thor befindet. Daher lässt sich Torres vom Doktor in einen todesähnlichen Zustand versetzen, um ihre Mutter befreien zu können. Janeway wünscht ihr bei dieser Mission "Qapla!" Nachdem Torres ihr Vorhaben gelungen ist, beglückwünscht Janeway sie. ({{VOY|Die Barke der Toten}})
[[Datei:Janeway hat Bedenken wegen der Programmierung des NKH.jpg|thumb|Janeway hat Bedenken, wegen der Programmierung des NKH.]]
Bald darauf stößt man auf einen Nebel und erkundet ihn. Gleichzeitig erhält Janeway auch einen Beschwerdebrief des Doktors, der außerdem verlangt, im Falle eines Notfalls zum Kommandierenden Notfallhologramm ernannt zu werden. Diesbezüglich besteht er außerdem auf einer förmlichen Antwort, die Janeway auch sogleich aufsetzt. Später spricht sie mit dem Doktor und weist ihn darauf hin, dass die Krankenstation sein primärer Arbeitsbereich ist. Sie findet das NKH eine interessante Idee, aber die Erweiterung seines Programms würde Monate dauern und sie lehnt es ab. Jedoch hat sie empfohlen, dass ein Team von Ingenieuren nach der Rückkehr in den Alphaquadranten an dem Problem arbeiten soll. Wenig später soll der Doktor die Lebenszeichen eines Außenteams überwachen, dass einen fremden Planeten erforscht. Als er dabei geistesabwesend ist, erkundigt sich Janeway bei ihm nach seinem Zustand. Er informiert sie, dass er seinem Programm die Fähigkeit zu Tagträumen hinzugefügt hat. Diese gerät jedoch außer Kontrolle und Janeway gestattet Torres, die Träume des Doktors auf dem Holodeck mitzuverfolgen, um eine Reparatur zu ermöglichen. Nachdem die Reparatur abgeschlossen ist, spricht sie mit dem MHN und stellt klar, dass er ihren Respekt nicht verloren hat und Tagträume ihnen behilflich sind, andere Möglichkeiten im Leben zu entdecken. Als der Doktor wenig später von einem bevorstehenden Angriff berichtet, vor dem er in einem Traum gewarnt wurde, glaubt sie ihm zunächst nicht. Jedoch wird die Geschichte des Doktors durch Sensorscans bestätigt, weshalb Janeway Abwehrmaßnahmen einleiten lässt. Da der Fremde seinen Vorgesetzten mitteilte, dass der Doktor der Kommandant ist, lässt Janeway diesen auf dem Stuhl sitzen und gibt ihm Anweisungen über Interkom. Dank eines Bluffs des Doktors, zieht sich das Schiff zurück und Janeway verleiht dem Arzt dafür einen Orden. ({{VOY|Dame, Doktor, As, Spion}})
[[Datei:Janeway, Chakotay und Gedrin besprechen das Aufwecken des Bataillons.jpg|thumb|left|Gedrin schlägt das Wecken des Bataillons vor.]]
Weil das Schiff in einen Subraumkorridor einfliegt, der mit Trümmern gefüllt ist, wird Janeway auf die Brücke gerufen und von Chakotay über die Situation informiert. Daher lässt sie Paris nach einem Weg aus diesem Trümmerfeld suchen. Jedoch nimmt wenig später ein Raumschiff der Turei Kontakt mit ihnen auf, und fordert das Verlassen des Korridors. Da sich Janeway außer Stande sieht, dies zu bewerkstelligen, sind die Turei der ''Voyager'' dabei behilflich. Anschließend lässt Janeway das Schiff rufen. Der Turei-Kommandant weist Janeways Verhandlungsangebot zurück und fordert sie auf die Schilde zu senken. Sie wollen an Bord kommen, um die Datenbanken zu säubern, was Janeway ablehnt. Die Turei greifen daraufhin die ''Voyager'' an, weshalb Janeway Kurs auf die Atmosphäre der [[Vaadwaur-Heimatwelt]] setzen und dort landen lässt. Janeway untersucht mit Tuvok und Seven of Nine einige Lebenszeichen, die mit den Sensoren geortet werden konnten. Sie entdecken eine Vielzahl von Stasiskammern. Nachdem Seven of Nine eine der Kapseln ohne Genehmigung öffnet, nehmen sie Kontakt mit dem Vaadwaur [[Gedrin]] auf. Er wird zur Behandlung auf die ''Voyager'' gebracht und anschließend vom Captain und Seven of Nine befragt. Anschließend zeigt Janeway ihm das, was von seinem Planeten übrig ist. Auch kommen sie mit Neelix ins Gespräch, da die Vaadwaur Kontakt mit den Talaxianern hatten. Jedoch werden sie von Waffenfeuer unterbrochen und begeben sich auf die Brücke. Mithilfe von Gedrin, der ihnen einen Vaadwaur-Satelliten zur Waffensteuerung zur Verfügung stellt, können sie die Tureischiffe zum Rückzug zwingen. Daraufhin stimmt Janeway Gedrins Plan zu, sein Bataillon aufzuwecken. Während diese Arbeiten noch im Gange sind, wird sie von Tuvok informiert, dass eine Flotte von Tureischiffen sich im Orbit gesammelt hat. Gedrin fordert daraufhin, dass seine Schiffe mit Photonentorpedos ausgerüstet werden, was Janeway jedoch kategorisch ablehnt. Wenig später wird sie von Neelix und Seven of Nine darüber informiert, dass die Vaadwaur früher eine aggressive Rasse waren. Sie spricht daher mit Gedrin. Sie meint, dass die Vaadwaur die Korridore wohl nicht nur friedlich nutzten. Daher fordert sie eine Erklärung und Gedrin gesteht ein, dass beide Versionen der Geschichte zutreffend sind. Nachdem Janeway nun die Wahrheit kennt, informiert sie Chakotay darüber, dass sie Vorsichtsmaßnahmen einleiten werden, um die Vaadwaur unter Kontrolle zu halten. Sie fordert von [[Gaul]], dass er die Partikelkanonen auf den meisten Schiffen deaktivieren soll. Dieser lehnt die Forderung jedoch ab und beendet die Subraumverbindung. Daraufhin greifen sie die ''Voyager'' an, weshalb Janeway Kontakt mit den Turei aufnimmt. Mit deren Hilfe gelingt es der ''Voyager'' in die Subraumkorridore zu fliehen. Wenig später informiert Seven of Nine den Captain darüber, dass über 50 Schiffe der Vaadwaur in den Tunneln patrouillieren. Die Borg macht sich deswegen Vorwürfe, jedoch meint Janeway, dass sie genauso gehandelt hätte und sich sicher ist, dass sie wieder auf die Vaadwaur treffen werden. ({{VOY|Die Zähne des Drachen}})
[[Datei:Janeway und Seven versuchen Alice aufzuspüren.jpg|thumb|Janeway und Seven versuchen ''Alice'' aufzuspüren.]]
Während Tuvok das Kommando auf der Brücke hat, stößt man auf einen Raumschiffsfriedhof im Weltlall. Tuvok hält diesen zunächst für eine fremde Flotte, gibt Roten Alarm und ruft Janeway und Chakotay auf die Brücke. Es stellt sich heraus, dass sie einen Schrottplatz mit alten Raumschiffen entdeckt haben. Wenig später werden sie von Abaddon, dem Besitzer des Schrottplatzes gerufen. Von diesem kann man einige Ersatzteile sowie ein kleines Raumschiff, ''[[Alice (Shuttle)|Alice]]'', erwerben. Dieses Schiff wird von Tom Paris mit großem Aufwand restauriert. Dabei vernachlässigt er jedoch seinen Dienst und seine Freunde. Als B'Elanna Torres sie nach einem Streit mit Paris aufsucht, kann sich der Captain die Veränderungen an Paris nicht erklären. Torres vermutet, dass die Veränderung mit dem neuen Schiff zusammenhängt, was dem Captain plausibel erscheint. Daher ordnet sie eine Untersuchung von Paris an, wird jedoch im nächsten Augenblick von Chakotay auf die Brücke gerufen, da ein nicht autorisierter Shuttlestart im Gange ist. Sie versucht Gegenmaßnahmen einzuleiten, um Alice zu stoppen. Jedoch maskiert Paris die Warpspur des Shuttles und entkommt. Daher nimmt man wieder Kontakt zum Händler auf und spricht mit diesem. Sie erfährt, dass das Schiff einen Piloten brauchte und wird von Seven of Nine ins astrometrische Labor gerufen. Dort entdecken die beiden eine [[Partikelfontäne]] und machen sie als Ziel des Schiffes aus. SIe holen das Shuttle ein und Janeway kontaktiert Paris. Es gelingt schließlich Torres Paris zur Rückkehr zu bewegen. In letzter Minute wird Paris an Bord gebeamt, ehe das Shuttle zerstört wird. ({{VOY|Alice}})
[[Datei:Der Doktor behandelt Tuvok nach dem Angriff der Ba'Neth.jpg|thumb|left|Janeway geht zum verletzten Tuvok.]]
Nachdem Tuvok bei einer Außenmission schwer verletzt wird, eilt Janeway umgehend auf die Krankenstation und lässt sich vom Doktor über den Zustand des Vulkaniers informieren. Dieser berichtet, dass er Tuvok stabilisiert hat, aber ein schweres, neurologisches Trauma vorliegt. Um dieses behandeln zu können, benötigt er weitere Informationen über die Waffe, mit der auf Tuvok geschossen wurde. Daher nimmt Janeway Kontakt mit den Kesat auf und führt Gespräche mit Botschafter [[Naroq]]. Dieser unterstützt sie bei der Suche nach den Angreifern, den [[Ba'Neth]]. Sie selbst zeigt Naroq den Ort des Angriffs. Gemeinsam mit Seven of Nine findet dieser einen Weg die Schiffe der Ba'Neth zu enttarnen. Allerdings benötigen sie zur Realisierung dieses Vorhabens die Tarnfrequenz der Ba'Neth. Janeway spricht daher mit dem Doktor, ob Tuvok ihnen diese Frage beantworten könne. Zwar hat sich dessen Gesundheitszustand gebessert, allerdings spricht er nicht. Nachdem die Modifikationen an der Sensorphalanx von Seven of Nine und Naroq abgeschlossen wurden, wird ein Test durchgeführt, der ein Schiff der Ba'Neth enttarnt. Janeway lässt dieses Schiff rufen, jedoch greifen die Ba'Neth an. Im darauffolgenden Gefecht, lässt sie das Führungsschiff verfolgen. Nachdem dieses entkommt, befragt sie mit Naroq Tuvok nach der Frequenz, was jedoch ergebnislos bleibt. Tuvok arbeitet unterdessen im Kasino und Janeway versucht ihm zu helfen, indem sie ihn befragt. Er versteht sie jedoch nicht. Stattdessen malt er die Frequenz mit Schokolade auf einen Kuchen. Mit dieser Frequenz kann man eine Raumstation der Ba'Neth enttarnen und ruft sie. Jedoch eröffnen sie sofort das Feuer. Janeway und Naroq können jedoch durch Verhandlungen erreichen, dass die Ba'Neth Informationen über die Waffe herausgeben. Im Gegenzug erhalten sie taktische Daten über alle Spezies, denen die ''Voyager'' in letzter Zeit begegnet ist. Mithilfe dieser Daten kann Tuvok geheilt werden. ({{VOY|Rätsel}})
[[Datei:John Kellys Gedenkfeier.jpg|thumb|Gedenkfeier für Kelly.]]
Als ein schiffsweiter Energieabzug auftritt, wird sie von Kim auf die Brücke gerufen. Er informiert sie darüber, dass sie auf eine Gravitonellipse gestoßen sind, die gravimetrische Verzerrungen der Stufe 9 verursacht. Mithilfe des Borgwissens von Seven of Nine, können sie der Anomalie entkommen. Da sich Chakotay erinnert, dass eine der frühen Marsmissionen, [[Ares IV]], in einer solchen Anomalie verschwand, untersuchen sie die Ellipse näher. Als Seven of Nine den Captain nach dem Sinn der Mission fragt, betont sie, dass die Untersuchung der Ares IV, sie zu einem Teil ihrer Geschichte macht. Bei der Außenmission wird der Flyer jedoch schwer beschädigt und Janeway leitet auf der ''Voyager'' die Vorbereitungen für eine Rettungsmission. Man erkennt, dass der Ionenverteiler der Ares IV für den Flyer modifiziert werden kann. Daher ermutigt sie Seven of Nine dorthin zu beamen. Nachdem die Rettungsmission erfolgreich durchgeführt wurde, lässt sie Kurs setzen, um das Außenteam zurückzubeamen. Als die Mission beendet ist, veranstaltet man eine [[Trauerfeier]] im Kasino und Janeway hält die Ansprache für [[John Kelly]]. ({{VOY|Ein kleiner Schritt}})
[[Datei: Seven flieht mit dem Delta Flyer.jpg|thumb|left|Janeway überzeugt Seven of Nine aufzugeben.]]
In ihrer Freizeit nimmt sie gemeinsam mit Chakotay ein Abendessen ein und tauscht sich über die neuesten Gerüchte auf dem Schiff aus. Wenig später entdeckt man einen Nebel der [[Klasse K]] und untersucht diesen. Man trifft auf den Außerirdischen [[Tash]], der mithilfe eines [[Subraumkatapult]]s in die Heimat zurückkehren will. Dabei beobachtet man, dessen Sprung und Janeway fragt Tuvok, wann man mit einer Nachricht rechnen kann. Tuvok meint daraufhin, dass sie in zwei Stunden mit einer Antwort rechnen können. Wenig später wird sie von Seven of Nine ins astrometrische Labor gerufen. Sie teilt ihr mit, dass sie vermutet, dass Chakotay eine Verschwörung plant, um mithilfe des Katapults Schiffe der [[Cardassianer]] und der Föderation anzugreifen. Wenig später untersucht Janeway eine Energiewelle aus Frachtraum 2 und trifft dort auf Chakotay. Zusammen untersuchen sie Sevens Alkoven und stellen fest, dass sie in die Irre geführt wurden. In diesem Moment startet Seven ein Shuttle und Janeway und Chakotay begeben sich zusammen auf die Brücke. Dort erfahren sie, dass Seven mit dem Flyer auf das Katapult zufliegt und die Waffen aktiviert hat. Um eine Zerstörung des Katapults zu verhindern, lässt sich Janeway auf den Flyer beamen und überzeugt Seven in einem Gespräch, dass sie sich geirrt hat. Nach diesem Vorfall spricht sie sich mit Chakotay bei einer Tasse Kaffee aus. ({{VOY|Die Voyager-Konspiration}})
Seven of Nine entdeckt wenig später ein Mikrowurmloch und empfängt eine Botschaft von der Sternenflotte. Darüber informiert diese die Brücke. Janeway hört dort die Nachricht von Lt. [[Reginald Barclay]] und lässt eine Antwort vorbereiten. Sie meldet sich beim Sternenflottenkommando und Barclay antwortet ihr. Da das Wurmloch am Kollabieren ist, lässt sie Tuvok die Missionsberichte übermitteln. Nach dieser Kontaktaufnahme, stößt sie mit der Besatzung im Kasino an. ({{VOY|Das Pfadfinder-Projekt}})
[[Datei:Janeway und Sullivan unterhalten sich über Literatur.jpg|thumb|Janeway und Sullivan unterhalten sich.]]
Als sie Tom Paris sucht, findet sie ihn im Holodeckprogramm [[Fair Haven]] und lernt dort auch den Barkeeper [[Michael Sullivan]] kennen. Zur gleichen Zeit trifft die ''Voyager'' auf eine Neutronenwellenfront und trifft Vorbereitungen, diese zu durchfliegen. Janeway spricht im Kasino mit Neelix. Um die Moral aufrechtzuerhalten, gibt sie die Zustimmung, das Programm Fair Haven 24 Stunden am Tag laufen zu lassen. Auch sie selbst sucht das Programm auf und trifft Michael Sullivan. Dort unterhalten sie sich über die lange Reise und Janeway fällt ein, dass sie eine irische Tante hatte. Als sie gehen will, fordert Sullivan sie auf mit den Ringen zu spielen. Nachdem sie die ganze Nacht auf dem Holodeck verbracht hat, sucht sie den Doktor auf, um sich wegen [[Raumkrankheit]] behandeln zu lassen. Bei dieser Gelegenheit will Paris die Simulation auf Holodeck 2 ausdehnen, was Janeway genehmigt. Beim Aufprall auf eine Neutronenwellenfront, ist sie auf der Brücke. Anschließend begibt sie sich auf das Holodeck und modifiziert die Figur Michael Sullivans nach ihren Vorstellungen. Sie verbringt einige Zeit mit Michael Sullivan, bis sie von Chakotay unterbrochen wird. Dieser bringt ihr wenig später auch die neuen Sensordaten auf die Brücke, welche einen erhöhten Neutronengradienten am Rand der Wellenfront anzeigen. Dort unterhält sie sich auch mit Chakotay über Sullivan. Kurze Zeit später kehrt sie auf das Holodeck zurück und tanzt mit Sullivan. Nachdem sie das Holodeck verlassen hat, recycelt sie die Bücher von Swift. In diesem Moment klingelt Neelix an der Tür und lädt sie zu einem Ringturnier heute abend im Holodeck ein. Dort erscheint Janeway nicht, weshalb es zu einer Schlägerei mit Michael Sullivan kommt. Dabei werden einige Crewmitglieder verletzt, weshalb der Doktor diese auf der Krankenstation behandelt. Als Janeway dazu kommt, nimmt der Doktor sie beiseite und spricht mit ihr. Er meint zu ihr, dass er sich Sorgen um ihre Gefühle macht, da es kompliziert ist. Er bietet sich für eine Aussprache an und Janeway nimmt dieses Angebot an. Sie gesteht ihre Liebesbeziehung zu dem Hologramm und schildert ihr Problem, dass sie Sullivan ändern kann, wie sie möchte. Der Doktor meint, dass Sullivan real ist und ein Hologramm, die einzige Möglichkeit für Janeway ist, eine Liebesbeziehung zu führen, wenn sie sich nicht in einen vorbeiziehenden Fremden verlieben will. Als das Schiff die Wellenfront fast passiert hat, verstärkt sich der Sturm wieder. Chakotay will sich daher mit dem Deflektor einen Weg durch die Wellenfront schneiden. Dazu muss allerdings alle Energie in den Deflektor umgeleitet werden, was zum Ausfall der Holodecks führt. Als Paris und Kim die Schäden begutachten, stellt sich heraus, dass die Figur des Michael Sullivan intakt ist. Paris fragt daher Janeway, ob sie diese Figur erhalten sollen. Janeway spricht daher noch einmal mit Michael Sullivan auf dem Holodeck und untersagt sich selbst jeden Zugriff auf seine Verhaltenssubroutinen. ({{VOY|Fair Haven}})
[[Datei:Der Doktor berichtet Janeway, dass die Bewohner versuchen sie mit Raketen zu erreichen.jpg|thumb|left|Der Doktor berichtet Janeway vom Planeten.]]
Wenig später trifft man auf einen Planeten, auf dem die Zeit schnell vergeht und wird in dessen Orbit gefangen. Gemeinsam mit Chakotay und Seven of Nine analysiert sie im astrometrischen Labor ihren Status und sucht nach einem Ausweg. Später bespricht sie mit den anderen Führungsoffizieren das Vorgehen, nachdem man eine Funknachricht von dem Planeten empfängt. Sie will jedoch ihr Glaubenssystem nicht durch einen Erstkontakt zerstören. Auch hält sie das Risiko für ein Außenteam für zu groß. Jedoch entschließt sie sich den Doktor herunterzuschicken. Nachdem der Rücktransport zunächst misslingt, scannen Kim und Seven of Nine nach dem MHN und finden es schließlich. Es gelingt Torres und Janeway daraufhin den Doktor zurückzubeamen, der ihnen berichtet, dass gewisse politische Gruppen die ''Voyager'' abschießen wollen. Außerdem bringt er umfangreiche meteorologische Daten mit, die von Torres analysiert werden. Als zwei Astronauten des Planeten auf der Brücke erscheinen und zusammenbrechen, ruft Janeway die Krankenstation. Dort wird sie vom Doktor darüber informiert, dass nur der Astronaut, [[Gotana-Retz|Gotana Retz]] überlebt hat und spricht anschließend mit ihm. Sie informiert ihn darüber, dass sein Planet in einem anderen Zeitrahmen, als der Rest der Galaxie existiert. Sie bittet ihn um Mithilfe, die er auch gewährt. Nachdem die ''Voyager'' angegriffen wird, schickt sie Gotana-Retz auf den Planeten zurück, um sein Volk zu informieren. Diesem gelingt es zu erreichen, dass die Angriffe eingestellt werden und Schiffe gebaut werden, die die Voyager aus dem Orbit ziehen. Er verabschiedet sich noch dank eines temporalen Kompensators von Janeway. ({{VOY|Es geschah in einem Augenblick}})
[[Datei:Janeway ermahnt den Doktor seinen Pflichten nachzukommen.JPG|thumb|Janeway ermahnt den Doktor, seinen Dienst wieder aufzunehmen.]]
Nachdem man ein havariertes Schiff der [[Qomar]] gerettet hat, verhalten diese sich dem Doktor gegenüber sehr abweisend, da sie dessen Technik für primitiv halten. DIeser ruft daher Captain Janeway auf die Krankenstation, damit sie vermitteln kann. Sie informiert die Qomar darüber, dass der Doktor der beste arzt ist, den sie haben und bittet um Verständnis, ehe sie rasch die Krankenstation verlässt. Als der Doktor anfängt zu singen, sind die Qomar dermaßen begeistert, dass sie ihn zu einem Besuch auf ihrem Planeten einladen. Als die ''Voyager'' den Orbit erreicht, empfängt das Schiff eine Vielzahl von Rufen. Janeway begrüßt auf einen dieser Rufe hin [[Prälat]] [[Koru]]. Dieser bekundet sogleich das Interesse seines Volkes an Musik und möchte das MHN kaufen. Dies lehnt Janeway grundsätzlich ab, bietet jedoch ein Konzert des MHNs an. Sie selbst besucht dieses Konzert auch. Anschließend bittet Koru den Doktor ein weiteres Konzert auf dem Planeten zu geben. Der Doktor zeigt sich aufgeschlossen, meint aber auch, dass Koru die Einzelheit mit seiner "Repräsentantin", Captain Janeway aushandeln müsse. Janeway ist über diese Bezeichnung nicht erfreut, willigt aber ein. Nach dem Konzert des Doktors gibt Seven of Nine Roten Alarm und Janeway begibt sich in die Astrometrie. Dort meint Seven, dass die Qomar versuchen ihr Kommunikationssystem durch Überladung mit Millionen Teraquod irrelevanter Daten zu sabotieren. Janeway hebt jedoch den roten Alarm auf und erklärt ihr, dass es sich um Fanpost handelt. Wenig später wird sie jedoch von Tuvok auf Deck 2 gerufen, da dort ein Sicherheitsproblem besteht. Ihr Sicherheitschef informiert sie darüber, dass sie den weiteren Transport von Qomar an Bord unterbunden haben, da bereits zu viele Personen an Bord sind. Daraufhin begibt sich Janeway zum Doktor und spricht mit ihm in ernstem Ton und verlangt, dass er seine Pflichten als medizinischer Offizier erfüllt. Wenig später reicht der Doktor ein Abmusterungsgesuch ein, was Janeway nach einer hitzigen Diskussion genehmigt. Sie nimmt mit weiteren Offizieren am Abschiedskonzert des Doktors teil und ist von seiner Darbietung zu Tränen gerührt. Nach dem Ende der Darbietung des Doktors stellt [[Tincoo]], die sich mit dem Doktor angefreundet hat, jedoch ein neues Hologramm vor, dass ihre eigene Komposition singen kann. Der enttäuschte Doktor kehrt auf die ''Voyager'' zurück und reicht bei Captain Janeway seine formelle Bitte um Wiedereinsetzung ein. Außerdem will er seine Musiksubroutinen löschen, was Janeway ihm jedoch untersagt. Stattdessen soll er seine gesamten normalen Aktivitäten wieder aufnehmen. ({{VOY|Der Virtuose}})
[[Datei:Janeway baut Ashmore auf.jpg|thumb|left|Janeway baut Ashmore auf.]]
Als die ''Voyager'' ein Sonnensystem erreicht, erlebt die Crew die Erinnerungen an ein Massaker. Nachdem Neelix dabei so traumatisiert wird, dass er sich mit Naomi Wildman im Kasino verbarrikadiert, wird er auf der Krankenstation behandelt. Janeway erkundigt sich beim Doktor nach dem Zustand ihres Besatzungsmitglieds. Da auch die anderen Mitglieder des Außenteams traumatische Erinnerungen besitzen, versuchen sie mithilfe von Janeway und dem Doktor die Geschehnisse zu rekonstruieren. Bei der Analyse der Sensordaten, erinnert sich auch Janeway, als sie ein Bild des Planeten [[Tarakis]] sieht, an das Massaker und meint, sie sei anwesend gewesen. Nachdem sie den Planeten erreichen, lässt Janeway Waffen und Schilde aktivieren. Im Orbit des Planeten angekommen, beamt sie mit einem Außenteam herunter und sucht nach Spuren des Massakers. Janeway findet eine schwache Energiesignatur und findet mit Chakotay einen Obelisken. Dieser enthält einen [[Synaptischer Emitter|synaptischen Emitter]] und verbreitete die Erinnerung an das Massaker. Sie diskutiert mit den Offizieren, ob sie den Transmitter deaktivieren sollen, oder nicht. Sie spricht sich dagegen aus und will den Obelisken reparieren. Außerdem platzieren sie eine Warnboje im Orbit. ({{VOY|Das Mahnmal}})
Während die Crew Landurlaub auf [[Norcadia Prime]] macht, fliegt Captain Janeway zu einer Konferenz. Nachdem Seven of Nine und Tuvok entführt und Seven gezwungen wird, in einer Arena als Gladiatorin zu kämpfen, informiert Chakotay den Captain darüber. Bei der Befreiungsaktion für Seven, hilft auch Janeway mit dem ''Delta Flyer'', sodass sie befreit werden kann. ({{VOY|Tsunkatse}})
[[Datei:Erster beharrt auf seinen Forderungen.JPG|thumb|Erster verlangt von Janeway den Deflektor.]]Als man einen Notruf des ''Flyers ''erhält, geht man auf Abfangkurs. Bei den Koordinaten des Notrufs, entdeckt Torres einen Borg-Kubus. Janeway gibt daraufhin Roten Alarm und lässt das Schiff scannen. Die ''Voyager'' wird vom Kubus angegriffen, kann diesen jedoch kampfunfähig schießen. Anschließend verhandeln die Borg und verlangen den Deflektor der ''Voyager'' im Austausch gegen die Crewmitglieder. Janeway geht zum Schein auf dieses Angebot ein und lässt versuchen Harry Kim zu lokalisieren. Sie selbst versucht mit den Borg zu verhandeln, jedoch wehrt Erster ihre Vermittlungsversuche ab und untersagt ihr ein nochmaliges Betreten des Schiffes. Als es gelingt, Kontakt mit Kim aufzunehmen, beauftragt sie ihn mit Plasmaladungen die Schildgeneratoren zu sprengen. Nachdem man den Kontakt verliert, informiert Tuvok sie darüber. Gleichzeitig ruft der Doktor den Captain auf die Krankenstation. Dort wird sie informiert, dass ein Borgfötus zu ihnen gebeamt wurde. Die Freude über die Rettung des Babys ist allerdings nur kurz, denn Erster fordert bald darauf, dass der Deflektor der ''Voyager'' übergeben wird. Als die Borg angreifen, lässt Janeway einen Resonanzimpuls durch den Traktorstrahl schicken. Es gelingt den Kubus schwer zu beschädigen und das Außenteam zurückzubeamen. Seven of Nine kann inzwischen die Borg, bis auf Erster, überzeugen aufzugeben. Dieser wird durch eine Fehlfunktion getötet, während die Anderen an Bord der ''Voyager'' gebeamt werden. Dort überträgt Janeway Seven of Nine die Fürsorge für die Kinder und ermutigt sie, dass sie diese Aufgabe meistern wird. ({{VOY|Das Kollektiv}})
[[Datei:Janeway zeigt Sullivan die Voyager.jpg|thumb|left|Janeway zeigt Sullivan die ''Voyager''.]]
Wenig später besucht Janeway die Fair-Haven-Simulation auf dem Holodeck und wird von Michael Sullivan gefragt, ob sie irgendwelche Kinder geraubt hätte, da Seamus gesehen hatte, wie Tom Paris ein Rad per Computerbefehl wechselte. Sie berichtet, dass sie ihrem Onkel und ihrer Tante auf der Farm geholfen hätte. Wenig später besucht sie an einem Abend Sullivan. Dieser stellt sie zur Rede und möchte die Wahrheit wissen, da er weiß, dass sie ihn belogen hat. Janeway kann ihm jedoch nicht die Wahrheit sagen und beendet, stattdessen das Programm. Als die Fehlfunktionen fortbestehen, begeben sich Kim und Paris auf das Holodeck, um dort die notwendigen Änderungen manuell vorzunehmen. Gleichzeitig spricht sie mit Chakotay über ihr Problem, dass sie Sullivan nicht die Wahrheit sagen kann. Chakotay meint dazu, dass sie dann kreativ werden muss. Als Kim und Paris beim Abschaltversuch von den Hologrammen gefangen genommen werden, bespricht Janeway das weitere Vorgehen mit den Führungsoffizieren. Sie macht dabei klar, dass sie sowohl ihre Offiziere, als auch das Holoprogramm retten will. Sie beschließt daher, dass sich der Doktor mit dem mobilen Emitter auf das Holodeck begeben soll, um Paris und Kim erfassen zu können. Beim Versuch den Doktor herauszubeamen, wird jedoch Michael Sullivan mit dem mobilen Emitter erfasst. Janeway informiert ihn daraufhin über die Wahrheit und zeigt ihm ihre Welt. So kann sie ihn überzeugen, dass sie keine Gefahr für Fair Haven sind. Gemeinsam mit Sullivan kann sie anschließend die anderen Dorfbewohner davon überzeugen, Paris und Kim freizulassen. Im Gespräch mit Torres im Maschinenraum, entscheidet sie, den Hologrammen ihre Erinnerungen zu belassen. Abschließend schenkt sie Sullivan noch ein Buch von [[Mark Twain]], ''[[Ein Yankee aus Connecticut an Sir Arthurs Hof]]'', damit er seine Situation besser verstehen kann. ({{VOY|Das Geistervolk}})
[[Datei:Janeway begrüßt Jhet'leya in der Crew.jpg|thumb|Janeway begrüßt Jhet'leya]]
Einige Zeit später, wird das Schiff von einer [[Kobali]] kontaktiert, die behauptet [[Fähnrich]] [[Lyndsay Ballard]] zu sein. Janeway lässt sie an Bord beamen und auf der Krankenstation untersuchen, wo der Doktor ihre Identität bestätigt. Dann berichtet [[Jhet'leya]], dass sie von den Kobali wiederbelebt und in eine von Ihnen transformiert wurde. Als die Untersuchung des Doktors ihre Geschichte bestätigt, akzeptiert Janeway Jhet'leya als Crewmitglied und lässt Vorsichtsmaßnahmen einleiten. Auch lädt sie Ballard zu einem privaten Abendessen ein, bei dem ihr Replikator allerdings den Schmorbraten verflüssigt, wofür sie sich bei Ballard entschuldigt. Als Mahlzeit serviert sie dann [[Erdnussbutter-Sandwich|Erdnussbutter]]- und [[Marmeladensandwich]]es. Beim Mahl erkundigt sie sich auch nach Ballards erstem Tag, mit dem diese sehr zufrieden ist. Als sie auf die fragliche Außenmission zu sprechen kommen, fragt Ballard Janeway wieso sie diese auswählte. Janeways Erklärung, dass sie am besten dafür geeignet war, bestreitet Ballard. Sie erklärt aber auch, keinen Groll gegen Janeway zu hegen, da die Kobali niemals Groll gegen die hegen, die ihnen den Tod brachten, da sie ihnen so ein neues Leben ermöglichten. Ballard verlässt anschließend Janeways Quartier. Als ein Kobali-Raumschiff eintrifft, um Jhet'leya abzuholen, gibt sie Roten Alarm und lässt die Schilde aktivieren, ehe sie mit dem fremden Captain [[Q'ret]] verhandelt. Dieser kommt wenig später an Bord, um mit Jhet'laya zu reden und sie in ihre Heimat zurückzubringen. Ballard lehnt dies jedoch ab, allerdings besteht Q'ret darauf sie mitzunehmen. Als er auch mit Waffengewalt droht, meint Janeway zu ihm, dass sein Schiff für die ''Voyager'' keine Gefahr sei. Wenig später kehrt er mit Verstärkung zurück und fügt der ''Voyager'' erheblichen Schaden zu. Da Ballard inzwischen zu der Erkenntnis gelangt ist, dass ihr menschliches Leben in dem Shuttle endete, verlangt sie von Captain Janeway wieder den Kobali übergbeen zu werden und Janeway lässt sie gewähren. ({{VOY|Asche zu Asche}})
[[Datei:Der Doktor erklärt Seven und Janeway Ichebs Zustand.jpg|thumb|left|Der Doktor informiert Janeway und Seven über Ichebs Zustand.]]
Als auf der ''Voyager'' die Erste [[Jahr|jährliche]] [[Voyager-Wissenschaftsausstellung]] veranstaltet wird, betrachtet sie mit Chakotay, B'Elanna Torres und Seven of Nine die Exponate. Anschließend teilt der Captain ihr mit, dass man Ichebs Eltern lokalisiert hat. Sie diskutieren wenig später, über die Rückkehr Ichebs zu seinen Eltern. Im Gespräch mit Janeway, entschließt sich Seven of Nine, ihn an ihren Erfahrungen teilhaben zu lassen, um ihm die Rückkehr zu erleichtern. Nachdem das Schiff der Orbit der Brunali-Heimatwelt erreicht, schickt sie Seven of Nine, um Icheb zu holen. Anschließend begibt sie sich mit den beiden und Tuvok auf den Planeten. Da Icheb jedoch nach der ersten Begegnung mit seinen Eltern und alten Freunden auf das Schiff zurückkehren möchte, versucht sie in einem Gespräch mit Seven of Nine und Ichebs Eltern eine Lösung zu finden. Da Seven of Nine sich stark ablehnend verhält, schickt Janeway sie aus dem Raum und lädt anschließend Ichebs Eltern an einige Zeit an Bord zu bleiben, damit Icheb sie besser kennenlernen kann. Als nächstes geht sie zu Seven of Nine und stellt sie zur Rede. Seven meint, dass Eltern, die ihr eigenes Wohl über das ihrer Kinder stellen verantwortungslos handeln. Nun erkennt Janeway, dass Seven die Verantwortung ihrer eigenen Eltern für ihre Assimilierung auf [[Yifay]] und [[Leucon]] projiziert. Diese steht offen zu ihrer Meinung und meint, dass man ein Kind nicht Eltern zurückgeben sollte, die es nicht beschützen können. Janeway appelliert an sie, dass sie ihm erlauben soll, seine eigene Meinung zu bilden. So entschließt sich Icheb zu seinen Eltern zurückzukehren. Janeway und Seven of Nine verabschieden Icheb im Transporterraum. Zum Abschied wünscht sie ihm viel Glück. Wenig später entdeckt Seven of Nine, dass die Geschichte von Ichebs Eltern nicht der Wahrheit entspricht. Sevens Bedenken über Ichebs SIcherheit, überzeugen Janeway zum Planeten zurückzukehren. Sie befragen Ichebs Eltern und erfahren, dass die Brunali ihre Kinder nutzen, um Borgschiffe anzulocken und mit einem Erreger zu vernichten. Sie erkennen, dass sich Icheb an Bord eines Raumschiffs befindet, dass auf den Transwarpkanal der Borg zufliegt. Janeway lässt einen Abfangkurs setzen und Icheb an Bord beamen. Anschließend kann Tuvok den Angriff, einer inzwischen eingetroffenen Borg-Sphäre abwehren, und die ''Voyager'' entkommt. Danach spricht Janeway mit dem Doktor und Seven of Nine über Icheb. Diese berichten ihr, dass es Icheb physisch gut geht, er aber das Trauma verarbeiten muss. Janeway meint zu Seven, dass sie die beste ist, um dies zu bewerkstelligen. ({{VOY|Icheb}})
[[Datei:TalCeles2.jpg|thumb|Janeway mit den drei Offizieren.]]
Nachdem Seven of Nines Effizienzanalyse ergibt, dass besonders drei Crewman Probleme haben, effizient zu arbeiten, stellt Janeway fest, dass diese Offiziere auch noch nie auf einer Außenmission waren. Chakotay meint, dass Harren nie antritt, Celes die Leistungsanforderungen nicht erfüllt und Telfer immer vom Doktor krankgeschrieben wird. Janeway will sie jedoch auch nicht vom Dienst befreien. Stattdessen entschließt sie sich diese Crewman auf eine Außenmission mitzunehmen. Sie informiert Tal Celes und William Telfer darüber, dass sie an einer Außenmission teilnehmen werden. In der Astrometrie verteilt Janeway die Aufgaben. Nachdem die Crewman gegangen sind, weist Seven sie darauf hin, dass Celes' Analysen voller Fehler sein werden und sie alle gefährden wird. Janeway antwortet darauf, dass es bei dieser Mission darum gehe, die Crewmitglieder nicht allein zu lassen. Nach dem Start des Flyers versucht Janeway mit Harren ins Gespräch zu kommen. Dieser Versuch scheitert jedoch und eine Raumfluktuation reißt ein Stück von der Außenhülle heraus. Janeway sendet anschließend einen Notruf an die ''Voyager''. Nachdem man das Hüllenfragment an Bord gebeamt hat, untersucht sie gemeinsam mit Tal Celes. Als Celes sich dafür entschuldigt, dass sie die Sensordaten für ein Hintergrundgeräusch hielt, meint Janeway, dass sie selbst zum gleichen Ergebnis kam. Celes offenbart sich Janeway, die die Bajoranerin ermutigt, selbstbewusster zu sein. Anschließend analysieren sie erneut ihre Situation. Wenig später wird der Flyer jedoch von weiteren Anomalien getroffen und Telfer vom Schiff gebeamt. Augenblicke später erscheint er wieder und wird von Janeway untersucht. Eine Lebensform ist in seinen Hals eingedrungen. Janeway kann diese entfernen und Harren feuert mit seinem Phaser auf sie. Anschließend gehen die beiden ins Cockpit, während Celes bei Telfer bleibt. Sie setzen einen Kurs auf die ''Voyager''. Harren kommt jedoch ins Cockpit und wird mit einem Phaser betäubt. Entgegen Janeways Befehl tötet Telfer, jedoch die [[Dunkle-Materie-Lebensform]], nachdem sie Harrens Körper verlassen hat. Anschließend wird der ''Flyer'' angegriffen und Janeway lässt Kurs auf die Ringe des Gasriesen setzen. Sie lässt radiogene Partikel in die Reaktionskammer beamen und erkundigt sich bei Harren, wie es ihm geht. Er berichtet, dass seine Angst verschwunden ist. Janeway erzählt ihm, dass sie Angst vor dem Meer hatte. Erst beim Zero-G-Training im [[Korallenmeer]] auf der Akademie überwand sie diese Angst. Als der Flyer erneut angegriffen wird, befiehlt sie den Crewmitgliedern den Flyer mit den Rettungskapseln zu verlassen, ehe sie die Fremden angreift. Nur Harren befolgt scheinbar ihren Befehl. Jedoch greift er die Lebensform mit der Kapsel an. Celes beamt ihn daraufhin zurück, ehe der Flyer von der Schockwelle getroffen wird. Wenig später erwacht Janeway auf der Krankenstation. Sie berichtet Chakotay, dass sie auf eine Lebensform trafen und sie ihre Mission erfüllt hat. ({{VOY|Der gute Hirte}})
[[Datei:Janeway versucht Orek zu erklären, dass sie ihn nicht betrogen hat.jpg|thumb|left|Janeway versucht Orek zu erklären, dass sie ihn nicht betrogen haben.]]Am Morgen stellt Janeway fest, dass ihre Schalldusche eine Fehlfunktion hat und durch einen hohen Ton ihren Spiegel zerspringen lässt. Umgehend verlangt sie eine Erklärung von Torres. Sie entdecken bei einer Untersuchung, dass auch das Replikatorsystem verseucht wurde. Daher untersuchen sie das Kasino und entdecken ein defektes Energiemodul. Wenig später kontaktiert sie ein Mr. [[Orek]] und fordert Dilithium zurück, dass Janeway angeblich gestohlen haben soll. Er präsentiert ihnen eine visuelle Aufzeichnung, die das belegen soll. Janeway erkennt, dass diejenigen, die Paris und Neelix beim Handel betrogen, sich nun als Crew der ''Voyager'' ausgeben. Sie erkennt, dass Mobar mit seinem Talisman die Datenbank des ''Delta Flyers '' herunterlud. Mit Orek kommt sie überein, die Fremden zu verfolgen. Es gelingt ihnen das Schiff der Betrüger zu stellen, jedoch werden sie von [[Varn]]s Schiff angegriffen, da dieser denkt, dass die ''Voyager'' den Betrügern zu Hilfe kommt. Dadurch gelingt es den Betrügern zu entkommen, jedoch wird Dala gefangen genommen. Janeway versucht sie mit der fiktiven Beschreibung der Zustände in telsianischen Gefängnissen zur Kooperation zu bewegen. Da dies nicht zum Erfolg führt, schickt man den Doktor in Gestalt von Dala herüber, der mit Tuvok die Betrüger überwältigen kann. ({{VOY|Lebe flott und in Frieden}})
[[Datei:Janeway muss Paris beruhigen.jpg|thumb|Janeway beruhigt Paris.]]Nachdem B'Elanna Torres und Harry Kim mit dem ''Delta Flyer '' in einen Ionensturm geraten und auf einem Planeten notlanden müssen, leitet man auf der ''Voyager'' eine Suchaktion ein. Als diese zunächst ergebnislos bleibt, meldet sie das der Crew, was Paris jedoch nicht akzeptieren will. Wenig später wird sie von Chakotay darüber informiert, dass ein Frachtschiff vor zehn Tagen einen Notruf des Delta Flyers empfangen hat. In diesem befiehlt Torres Kim in die Rettungskapsel zu gehen. Janeway erkundigt sich daraufhin bei Chakotay, wie lange Kim in einer Rettungskapsel überleben kann. Darauf antwortet er, dass es weniger als zehn Tage sind. Anschließend ist sie erschüttert, äußert aber die Hoffnung, dass es auch Kim auf diesen Planeten geschafft haben könnte. Schließlich können die beiden gerettet werden. ({{VOY|Die Muse}})
[[Datei:Janeway überzeugt Kes aufzugeben.jpg|thumb|left|Janeway überzeugt Kes, aufzugeben.]]
Als sie durch intensive Recherchen das Geburtsdatum von Tuvok herausfindet, befiehlt sie ihn in ihren Bereitschaftsraum und gratuliert ihm. Sie werden jedoch von Kim unterbrochen, der sie auf die Brücke ruft, weil ein Schiff mit einem Ocampa-Lebenszeichen entdeckt wurde. Auf der Brücke meint Janeway zum irritierten Chakotay, dass sie diese Angelegenheit fast vergessen hätte. Anschließend gibt sie roten Alarm und evakuiert Deck 11. Anschließend lässt sie den Warpkern abschalten und übergibt Chakotay das Kommando auf der Brücke. Mit Tuvok betritt sie den Maschinenraum, nachdem eine Holoaufzeichnung von Kes abgespielt wurde, die ihr älteres Ich überzeugen kann, dass die Crew der ''Voyager'' nicht an ihrem Schicksal schuld ist. Anschließend verabschiedet sie mit Neelix und Tuvok Kes, die nach Ocampa zurückkehrt. ({{VOY|Voller Wut}})
[[Datei:Janeway und Chakotay entschließen sich einen gemeinsamen Bericht an die Sternenflotte zu schicken.jpg|thumb|Janeway und Chakotay entschließen sich, einen gemeinsamen Bericht zu schreiben.]]
Bald darauf empfängt man einen komprimierten Datenstrom von der Erde. Das Sternenflottenkommando teilt darin mit, dass man von nun an einmal im Monat mit der ''Voyager'' kommunizieren kann. Janeway teilt diese Neuigkeit ihren Führungsoffizieren bei einer Besprechung mit. Die Offiziere sollen in ihren Briefen auch Reginald Barclay und dem Pfadfinderprojekt danken, da sie nie aufgegeben wurden. Mit dem Datenstrom erhält der Doktor auch eine Nachricht, dass sein Schöpfer Lewis Zimmerman an einer tödlichen Krankheit leidet. Er schlägt daher vor, dass er in den Alphaquadranten geschickt wird. Nach einigem Zögern willigt Janeway in diesen Plan ein. Unterdessen informiert sie Chakotay darüber, dass Admiral Hayes einen Bericht über den Status der Sternenflotte und des Maquis wünscht. Da sie jedoch die Maquis seit langem als Teil ihrer Crew ansieht, verfassen die beiden gemeinsam eine Antwort. ({{VOY|Rettungsanker}})
Als sich das Schiff einem Nebel der [[Klasse J]] nähert, deaktiviert man vorsichtshalber die Hauptenergie. Janeway lässt dort die elektromagnetische Lebensform aussetzen, die drei Monate zuvor an Bord gekommen ist. ({{VOY|Der Spuk auf Deck Zwölf}})
[[Datei:Kathryn Janeway wird assimiliert.jpg|thumb|left|Kathryn Janeway wird assimiliert.]]
Wenig später befördert sie Paris wieder zum Lieutenant J.G. In diesem Augenblick empfängt man einen Notruf und folgt diesem. Man findet jedoch nur noch eine zerstörte Kolonie und einen Borg-Kubus vor. Janeway lässt daraufhin auf den alten Kurs zurückkehren und macht eine Logbucheintragung. Wenig später berichtet ihr Seven of Nine, dass sie während ihres Regenerationszyklusses Kontakt mit einer Gruppe abtrünniger Borg aufgenommen hat, die in ihrer Regeneration an einen virtuellen Ort namens [[Unimatrix Zero]] gelangen und dort als Individuen existieren können. Da das Kollektiv kurz davor steht, Unimatrix Zero zu vernichten, bitten sie um Hilfe. Janeway zeigt sich aufgeschlossen, will jedoch zunächst mehr Informationen sammeln, ehe sie zu einer Entscheidung kommt. Daher geht sie mit Tuvok und Seven of Nine eine Gedankenverschmelzung ein und ignoriert dabei die Bedenken des Doktors. Janeway gelangt so nach Unimatrix Zero und begibt sich mit Seven auf die Suche nach Axum. Als sie ihn finden, schlägt Janeway vor, nach einem Weg zu suchen, wie sie dem Kollektiv effektiv WIderstand entgegensetzen können, anstatt sich nur zu verstecken. Ihre Unterhaltung wird unterbrochen, als es der Königin gelingt drei Drohnen nach Unimatrix Zero zu bringen. Korok kann zwei der Drohnen mit seinem Bat'leth töten, wird jedoch von der Dritten niedergeschlagen. Janeway greift nach dem Bat'leth und tötet auch die dritte Drohne, wird dabei jedoch auch von der Königin beobachtet. Nach ihrer Rückkehr aus Unimatrix Zero spricht sie mit Chakotay in ihrem Bereitschaftsraum und bittet ihn, um seine Unterstützung bei ihrem Plan, Unimatrix Zero im Kampf gegen die Borg zu helfen. Mit seiner Zustimmung, bespricht Janeway mit Torres, dem Doktor und Seven of Nine in der Krankenstation das weitere Vorgehen. Sie planen einen Nanovirus am zentralen Plexus eines Borgschiffes freizusetzen und so den Mitgliedern von Unimatrix Zero zu ermöglichen, ihre Erinnerungen behalten zu können. Das einzige Borgschiff in Reichweite ist jedoch ein taktischer Kubus der Klasse 4, was Seven beunruhigt. Janeway spricht daher mit ihr und teilt ihr mit, dass sie Unimatrix Zero besuchen und ihnen mitteilen soll, dass sie sie nicht vergessen haben. Bei einer weiteren Besprechung offenbart Janeway, dass sie allein zum zentralen Plexus gelangen will. Dies akzeptieren ihre Führungsoffiziere jedoch nicht und so begleiten Tuvok und Torres den Captain bei dieser Mission. Wenig später kontaktiert die Borgkönigin die ''Voyager'' und bietet ihnen Transwarptechnologie gegen die Nichteinmischung in Unimatrix Zero. Dies lehnt der Captain jedoch ab. Sie begibt sich mit Tuvok und Torres in den Flyer. Sie entern den Kubus und schießen sich den Weg zum Plexus frei. Jedoch passen sich die Borg an und sie fliehen. Wenig später werden sie assimiliert und in Drohnen verwandelt. ({{VOY|Unimatrix Zero, Teil I}})
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[[Datei: Die Borg-Königin versucht Kathryn Janeway zur Kapitulation zu überreden.jpg|thumb|Die Borg-Königin versucht Kathryn Janeway zur Kapitulation zu zwingen]]
Nachdem Janeway assimiliert wurde, begibt sie sich zum zentralen Plexus und trifft Vorbereitungen, um das Virus freizusetzen. Sie findet Tuvok und Torres wieder und sie machen sich auf die Suche nach einer Zugriffsmöglichkeit. Nachdem sie den zentralen Plexus erreicht haben, wird Tuvok zunehmend eins mit dem Borg-Kollektiv. Sie versucht den Virus freizusetzen, während Janeway mit Tuvok spricht und ihn auffordert den Kampf gegen die Borg fortzusetzen. Es gelingt Torres inzwischen die Tür zu öffnen und in den zentralen Plexus einzudringen. Nachdem sie das Virus freigesetzt haben, wird Tuvok eins mit dem Kollektiv und stellt sich ihnen entgegen. Janeway und Torres versuchen zu fliehen, werden jedoch aufgehalten. Janeway wird daraufhin in einen Alkoven gebracht und ihr Bild zur Königin projiziert. Die Königin zerstört vor Janeways Augen mehrere Borgschiffe mit Abtrünnigen um ihre Kooperation zu erzwingen. Janeway geht darauf allerdings nicht ein. Die Königin schickt Janeway nach Unimatrix Zero, um deren Rückkehr zu erzwingen. Janeway fordert sie allerdings auf, selbst dorthin zu gehen. Als die Königin zurückkehrt, erklärt sie ihr, dass sie nicht verstehen kann, wie man diesen Ort der Perfektion vorziehen kann. Sie offenbart ihr, dass sie ihr Nanovirus so umprogrammiert haben, dass es die mutierten Drohnen anvisiert und in Minuten tötet. Der Captain erwidert, dass sie diese Drohnen nicht erreichen kann, worauf die Königin antwortet, dass sie das Virus in Unimatrix Zero freisetzen wird. Janeway soll die Drohnen zur Rückkehr überreden, um tausende Leben zu retten, was sie jedoch ablehnt. Sie übermittelt daher Chakotay eine Nachricht, Unimatrix Zero könne nicht länger existieren. Als sie erfährt, dass die Interlinkfrequenz unterbrochen wurde, teilt sie der Königin mit, dass sie keine Kompromisse mit Borg schließt. Wenig später gelingt es der ''Voyager'' das Außenteam zu befreien und Janeway wird auf der Krankenstation vom Doktor behandelt. ({{VOY|Unimatrix Zero, Teil II}})
[[Datei:Icheb erfährt von Sevens Zustand.jpg|thumb|left|Janeway informiert Icheb über Sevens Zustand.]]
Wenig später verlassen Mezoti, Azan und Rebi die ''Voyager'' und werden von den [[Wysanti]] aufgenommen. Janeway verabschiedet die Kinder mit Seven of Nine und Icheb im Transporterraum. Bald darauf bricht Seven of Nine im Kasino zusammen und wird auf der Krankenstation behandelt, da ihr Kortikalknoten ausfällt. Janeway sucht Seven umgehend auf der Krankenstation auf und wird vom Doktor über die Situation informiert. Sie lässt daraufhin nach einem Borg-Trümmerfeld scannen und fliegt mit dem ''Delta Flyer'' dorthin. Als Icheb sich für diese Mission freiwillig meldet, lehnt sie dieses Gesuch ab. Nachdem sie das Trümmerfeld gefunden haben, suchen sie nach einem Kortikalknoten und entnehmen ihn einer Drohne. Sie werden jedoch von mehreren Fremden gestört, die das Bergungsrecht beanspruchen und die Herausgabe des Knotens verlangen. Janeway bedroht den Anführer der Fremden mit einem Laserskalpell, damit sie mit dem Knoten entkommen können. Zurück auf der ''Voyager'' führt sie mit dem Doktor und Paris auf dem Holodeck eine Simulation der Operation durch. Jedoch führt jede Simulation zu dem Ergebnis, dass die Operation scheitern wird, weil der Knoten zu lang inaktiv war. Janeway verlässt daraufhin mit dem Doktor das Holodeck. Kurzzeitig erwägt sie den Knoten einer lebenden Drohne zu nehmen, wird jedoch vom Doktor davon abgebracht. Anschließend informieren sie Seven of Nine über ihr Scheitern. Ihre Bitte den Dienst wieder aufnehmen zu dürfen, lehnt sie zunächst ab, da der Doktor ihren Zustand permanent überwachen muss. Schließlich kommen der Doktor und Seven zu einem Kompromiss: Wenn Seven einen Kortikalmonitor trägt, darf sie die Krankenstation verlassen. In der Astrometrie betracht Seven Bilder von der Erde und Janeway berichtet ihr von Indiana. Sie versucht sie damit zu ermutigen, dass sie in sieben Jahren 30000 Lichtjahre der Erde näher gekommen sind. Jedoch erwidert Seven, dass einige Crewmitglieder dabei gestorben sind und fragt, warum sie ihren Tod nicht akzeptieren kann. Wenig später wird Janeway mit dem Doktor in Frachtraum 2 gerufen. Dort hat er seinen Kortikalknoten deaktiviert und den Doktor aus den Kontrollen ausgesperrt, damit sie seinen Kortikalknoten Seven einsetzen müssen. Sie werden auf die Krankenstation gebeamt. Dort lehnt Seven zunächst den Knoten ab, jedoch können Icheb, Janeway und der Doktor sie überzeugen, den Knoten dennoch anzunehmen. Janeway assistiert dem Doktor und Paris bei der Operation, bei der Ichebs Knoten in Seven eingesetzt wird. Nachdem Seven nach sechs Tagen Regeneration wieder erwacht, erwarten sie Janeway und der Doktor und teilen ihr mit, dass sie wieder völlig genesen wird. ({{VOY|Unvollkommenheit}})
[[Datei:Neelix übernimmt die Kommentierung des Rennens.jpg|thumb|Janeway lauscht Neelix' Reportage.]]
Als ihr Tom Paris und Harry Kim wenig später vorschlagen an der [[Antarianische Transstellarrallye|antarianischen Transstellarrallye]] teilzunehmen, genehmigt sie dies, da sie so Gelegenheit haben, neue Freunde zu gewinnen und der Crew etwas Erholung zu gönnen. Gleichwohl erwartet sie, dass sie das Rennen gewinnen. Als sie mit Botschafter [[O'Zaal]] die Details der Teilnahme klärt, offenbart ihr dieser, dass er gern sehen würde, wenn sie gewinnen. Später verfolgt sie das Rennen mit anderen Crewmitgliedern in der Astrometrie. Nachdem das Rennen wegen eines Unfalls unterbrochen werden muss, begibt sie sich auf die Krankenstation und wird vom Doktor über die Verletzungen von [[Irina]] und [[Joxom]] informiert. Nachdem Tuvoks Analyse ergibt, dass Irinas Schiff sabotiert wurde, entschließen sich die Teilnehmer das Rennen fortzusetzen. Nachdem Assan das Rennen gewinnt und Tuvok mit den Sensoren eine Antimaterieexplosion registriert, befiehlt sie nach dem ''Delta Flyer'' zu suchen und bald kann man Torres und Paris retten. ({{VOY|Das Rennen}})
Nachdem [[Tabor ]] bewusstlos auf dem Holodeck gefunden wird, bringt man ihn auf die Krankenstation, wo der Doktor ihn untersucht und feststellt, dass er angegriffen wurde und er Quetschungen am Hals besitzt. Daraufhin beauftragt sie Tuvok mit einer Untersuchung. Bei seinem ersten Zwischenbericht, meint er, dass er eine starke Ahnung hat, was Janeway erstaunt, da sie dachte, Vulkanier hätten so etwas nicht. Nachdem fünf Maquis im Koma liegen, bespricht sie mit Chakotay und Tuvok einen Weg, die restlichen Maquis zu schützen. Nachdem weitere Maquis angegriffen werden, erwachen die ersten Opfer wieder aus dem Koma, was Janeway eigenartig erscheint. Gegenüber Tuvok meint sie, dass sie allmählich glaubt, dass ihr Täter ein Geist ist. Der Vulkanier schlägt daraufhin vor, eine Seance abzuhalten. Janeway schickt Tuvok zum Ausruhen und sieht sich selbst seine Scans an. Wenig später analysiert sie mit Harry Kim die Rekonstruktion des Abbilds des Angreifers auf dem Holodeck. Sie werden dabei von Tuvok unterbrochen, der meint, dass er selbst dafür verantwortlich ist. Plötzlich sieht er das Abbild eines Bajoraners und zielt mit seinem Phaser auf diesen. Janeway fragt ihn, wie dies möglich sein kann, beschränkt ihn aber in der Arrestzelle. Sie versucht mit ihm zu sprechen, um die Ereignisse aufzuklären und Tuvok berichtet, dass er die Stimme eines Fremden hört. Wenig später erwachen die Maquis aus ihrer Bewusstlosigkeit und werden von Janeway über die neuesten Erkenntnisse informiert. Sie zeigt Chakotay, dass Tuvok einen Brief von seinem Sohn erhielt, in den eine andere Botschaft versteckt wurde, die Tuvok unterbewusst wahrnahm. Sie entdecken eine Nachricht von [[Teero Anaydis]], einem bajoranischen Vedek, der mit Gedankenkontrolle experimentierte und aus dem Maquis ausgestoßen wurde. Janeway informiert Tuvok über die neuen Erkenntnisse und dieser erinnert sich daran, dass Anaydis an ihm Experimente durchführte. Jedoch hat Tuvok bereits ein Codewort an die Maquis durchgegeben, wodurch deren durch die Gedankenverschmelzung übertragene mentale Konditionierung aktiviert wird. Janeway wird von Chakotay gefangen genommen, während die Maquis das Schiff erorbern. Sie versucht Chakotay zu überzeugen, dass eine Rebellion 35000 Lichtjahre vom Alphaqquadranten entfernt sinnlos ist. Er reagiert jedoch nicht auf ihre Einwände. Wenig später wird sie von [[Yosa]] in den Besprechungsraum gebracht, wo Chakotay Tuvok einen Phaser gibt und ihn auf Janeway abfeuern lässt. Jedoch ist der Phaser defekt und Janeway wird nicht verletzt. Wenig später gelingt es Tuvok, Chakotays Konditionierung mit einer weiteren Gedankenverschmelzung aufzuheben und dieser beendet die Rebellion. Daraufhin wird Janeway befreit und ist froh, die "Alten" wieder zurückzuhaben. Anschließend besuchen sie mit einem Großteil der Crew eine Filmvorführung auf dem Holodeck. ({{VOY|Verdrängung}})
Wenig später wird der Doktor vom Schiff entführt und Janeway bespricht die Situation mit den Führungsoffizieren. Insbesondere befragt sie Tuvok und Neelix, wie es dem [[Dralianer]] [[Gar]] gelingen konnte mit dem Programm zu fliehen. Sie erfährt, dass er wegen einer angeblichen Krankheit die Nacht auf der Krankenstation verbrachte und diese Gelegenheit nutzte um das MHN zu stehlen. Um den Doktor zu befreien, lässt sie nach der Ionenspur von Gars Schiff scannen. Nachdem sie die Besprechung verlassen hat, spricht Neelix mit ihr und legt ein gutes Wort für Tuvok ein. Sie macht ihm jedoch klar, dass Gars Verbrechen nicht seine Schuld ist und sich sicher ist, dass Neelix sein Bestes tut um bei seiner Ergreifung zu helfen. Die Suche nach Gar führt die ''Voyager'' zu einem bewohnten Asteroiden. Dort trifft man den Händler Kip, der sie zum nächsten Käufer verweist. Man folgt dieser Spur bis zu einer Frau, die eine Affäre mit Gar hatte. Janeway kann sie durch Vorspiegelung einer Affäre mit Tuvok dazu bewegen, ihr zu sagen, dass er auf dem Weg zu einem Spielturnier auf [[Selek IV]] ist. Man kann Gars Schiff aufspüren und aufbringen. Nachdem dieser den Namen des Käufers verrät, setzt man Kurs auf dessen Planeten und Janeway lässt nach der Signatur des Doktors scannen. Sie finden diese auf einem Hospitalschiff und kontaktieren dieses. Da jedoch nur [[Administrator]] [[Chellick]] befugt ist mit Schiffen zu sprechen, werden sie abgewiesen. Daher schickt sie ein Außenteam herunter, dass den Doktor befreien kann. ({{VOY|Kritische Versorgung}})
Bald darauf empfängt man den Notruf von Hirogen und Janeway lässt Kurs auf dessen Quelle setzen. Dort trifft man auf eine Raumstation der Hirogen. Da keine Hirogenschiffe in der Nähe sind, entschließt sie sich ein Außenteam auf die Station zu schicken. Das Außenteam findet einen Überlebenden und 43 getötete Hirogen, von denen Chakotay Janeway berichtet. Sie erkennen, dass diese Simulation von der Holotechnologie stammt, die sie den Hirogen vor drei Jahren überließen. Auf der Krankenstation weigert sich Donik inzwischen vom Doktor behandelt zu werden, da dieser ein Hologramm ist. Janeway bittet den Doktor sich zu deaktivieren und beruhigt inzwischen Donik. Dieser berichtet ihr davon, dass die Hologramme die Kontrolle über die Anlage erlangten und die Hirogen töteten. Sie werden jedoch von Tuvok unterbrochen, der dem Captain meldet, dass sich ein Hirogenschiff nähert. Als dieses die ''Voyager'' angreift, lässt sie es rufen. Jedoch antworten die Hirogen erst nachdem, man das Feuer erwidert hat und fordern den Abzug der ''Voyager''. Nachdem Janeway ihn darüber informiert, dass es auf der Trainingsanlage nur einen Überlebenden gibt, kommt er an Bord der ''Voyager'' und befragt diesen in Anwesenheit von Janeway auf der Krankenstation. So erfährt sie, dass die Hologramme mit einem Raumschiff mit Holoemittern geflohen sind. Nachdem Seven of Nine das Raumschiff der Hologramme lokalisieren kann, bittet Janeway den Alpha, an der Jagd teilnehmen zu dürfen. Dieser stimmt dem zu. Nachdem das Hirogenschiff im Kampf schwer beschädigt wird, beamt man die Überlebenden an Bord. Jedoch dringen die Hologramme in die Holosysteme der Krankenstation ein und entführen den Doktor. Janeway gibt Befehl das MHN zurückzubeamen, jedoch ist das Schiff der Hologramme bereits auf Warp gegangen. Torres untersucht inzwischen die Daten der Hologramme und stellt fest, dass diese verbessert wurden, um wie Humanoide zu handeln. Daher begibt sich Janeway ins Kasino, um Donik zur Rede zu stellen. Dort ist inzwischen der Beta zu Bewusstsein gekommen und verlangt als neuer Alpha eine Erklärung. Janeway informiert ihn über die Situation und den Plan, die Hologramme aus der Ferne zu deaktivieren. Der Alpha lehnt dies ab, weshalb Donik ihr helfen will. Janeway verlässt daraufhin mit Donik das Kasino. Es gelingt das Schiff der Hologramme aufzuspüren und man versucht diese zu deaktivieren. Jedoch transferiert sich der Doktor auf das Schiff der Hologramme und ermöglicht diesen die Flucht. ({{VOY|Fleisch und Blut, Teil I}})
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